4. Genetics4.1. X- and Y-chromosoma

4. Genetics
4.1. X- and Y-chromosomal loci. We assembled a ,4.6 kb
contig of X-chromosomal DNA from three overlapping amplicons
for the newly surveyed C. hamlyni and C. lomamiensis individuals,
using primers and protocols described by Tosi et al. [11]. The
surveyed region is homologous to a portion of human Xq13.3 and
consists solely of intergenic DNA [12]. This is a region of low
recombination in both humans [13] and cercopithecins [11] and
therefore unlikely to contain substantial reshuffling of ancestral
DNA sequences, making it an excellent locus for phylogenetic
study.
We amplified and sequenced a ,2.2 kb segment of the Testis-
Specific Protein, Y-chromosome (TSPY) using primers and
protocols described by Tosi et al. [14]. TSPY is a multigene family
located in the non-recombining portion of the Y-chromosome and
is believed to have a function in spermatogonial proliferation [15].
Data already collected on this gene family suggest that it is
maintained by a mechanism of concerted evolution in cercopithecine
monkeys [11,14].
4.2. Sequencing and contig assembly. Amplified products
were cleaned with exonuclease I and shrimp alkaline phosphatase
[16] and cycle-sequenced using BigDye chemistry (Applied
Biosystems, Foster City, CA). Cycle-sequence products were
cleaned via ethanol precipitation and analyzed using an ABI
3730 automated DNA sequencer. Complementary strands were
sequenced as a proofreading check of the data. The sequence
reads from each amplicon were processed and assembled into
a single contig using the program Sequencher v4.8 (Gene Codes
Corp.).
4.3. Data analysis. We used a phylogenetic analysis in
a comparative context to address the question of species vs
subspecies status for the C. lomamiensis individuals. If the divergence
date calculated between the C. lomamiensis lineage and its sister
lineage is equal to, or greater than, estimates calculated between
recognized species within other cercopithecin species groups, it
provides a strong argument for equivalent species-level status of
the C. lomamiensis lineage. The TSPY and X-datasets were not
combined for these analyses. X- and Y-loci differ in significant
parameters, including effective population size and mode of
inheritance, and are therefore known to follow unique evolutionary
trajectories [17]. Moreover, earlier studies have shown that
while the X-locus surveyed here is evolving in a clock-like fashion
in cercopithecins [11], the TSPY gene is not [18].

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

4. พันธุศาสตร์
4.1 X- และตำแหน่งของโครโมโซม Y- เรารวบรวม 4.6 กิโล
contig ดีเอ็นเอโครโมโซม X-จากสาม amplicons
ที่ทับซ้อนกันสำหรับhamlyni สำรวจใหม่ซีซีและบุคคล lomamiensis,
โดยใช้ไพรเมอร์และโปรโตคอลอธิบายโดย Tosi et al, [11]
ภูมิภาคสำรวจคล้ายคลึงกันเป็นส่วนหนึ่งของมนุษย์และ Xq13.3
ประกอบด้วย แต่เพียงผู้เดียวของดีเอ็นเอ intergenic [12] นี้เป็นพื้นที่ต่ำรวมตัวกันอีกทั้งในมนุษย์ [13] และ cercopithecins [11] และดังนั้นจึงไม่น่าจะมีreshuffling สำคัญของบรรพบุรุษลำดับดีเอ็นเอทำให้มันเป็นสถานที่ที่ยอดเยี่ยมสำหรับสายวิวัฒนาการการศึกษา. เราขยายและลำดับขั้นตอนการส่วน 2.2 กิโลของ Testis- โปรตีนเฉพาะโครโมโซม Y-(TSPY) โดยใช้ไพรเมอร์และโปรโตคอลอธิบายโดยTosi et al, [14] TSPY เป็นครอบครัว multigene ตั้งอยู่ในส่วนที่ไม่ recombining ของ Y โครโมโซมและเชื่อว่าจะมีฟังก์ชั่นในการขยายspermatogonial a [15]. ข้อมูลที่เก็บอยู่ในครอบครัวของยีนนี้แสดงให้เห็นว่ามันถูกเก็บรักษาไว้โดยกลไกของวิวัฒนาการร่วมกันในcercopithecine ลิง [11,14]. 4.2 ลำดับและ contig การชุมนุม ขยายผลิตภัณฑ์ได้รับการทำความสะอาดด้วยผม exonuclease และกุ้งด่าง phosphatase [16] และวงจรติดใจใช้เคมี BigDye (Applied Biosystems, ฟอสเตอร์ซิตี, แคลิฟอร์เนีย) ผลิตภัณฑ์วงจรลำดับถูกทำความสะอาดผ่านการตกตะกอนเอทานอลและวิเคราะห์โดยใช้ ABI ซีเควนดีเอ็นเอ 3730 อัตโนมัติ เส้นที่สมบูรณ์ได้รับการจัดลำดับในขณะที่การตรวจสอบพิสูจน์อักษรของข้อมูล ลำดับอ่านจาก amplicon แต่ละถูกประมวลผลและประกอบเป็น contig เดียวโดยใช้โปรแกรม SEQUENCHER v4.8 (ยีนรหัสคอร์ป.) 4.3 การวิเคราะห์ข้อมูล. เราใช้การวิเคราะห์สายวิวัฒนาการในบริบทเปรียบเทียบคำถามไปยังที่อยู่ของสิ่งมีชีวิตสู้สถานะย่อยสำหรับซีlomamiensis บุคคล หากแตกต่างวันที่คำนวณระหว่างเชื้อสายซี lomamiensis และน้องสาวของวงศ์ตระกูลจะมีค่าเท่ากับหรือสูงกว่าประมาณการคำนวณระหว่างสายพันธุ์ที่ได้รับการยอมรับภายในกลุ่มcercopithecin ชนิดอื่น ๆ ก็มีอาร์กิวเมนต์ที่แข็งแกร่งสำหรับสถานะเทียบเท่าสายพันธุ์ระดับซีlomamiensis เชื้อสาย. TSPY และ X-ชุดข้อมูลที่ไม่ได้ทำงานร่วมกันเพื่อวิเคราะห์เหล่านี้ X- และ Y-แตกต่างกันในตำแหน่งที่สำคัญพารามิเตอร์รวมทั้งขนาดของประชากรที่มีประสิทธิภาพและรูปแบบของการถ่ายทอดทางพันธุกรรมและเป็นที่รู้จักกันจึงจะปฏิบัติตามวิวัฒนาการที่ไม่ซ้ำกันลูกทีม[17] นอกจากนี้ยังมีการศึกษาก่อนหน้าแสดงให้เห็นว่าในขณะที่การสำรวจX-สถานที่ที่นี่มีการพัฒนาในแฟชั่นนาฬิกาเหมือนในcercopithecins [11] ยีน TSPY ไม่ได้ [18]

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

4 . พันธุศาสตร์
4.1 . X - และ y-chromosomal ตำแหน่ง . เรารวบรวม 4.6 x-chromosomal บางครั้ง
contig ของดีเอ็นเอจากสามซ้อน amplicons
สำหรับใหม่สํารวจ C และ C hamlyni lomamiensis บุคคล
ใช้ไพรเมอร์และโปรโตคอลอธิบายโดย tosi et al . [ 11 ]
ภูมิภาคมีความคล้ายคลึงกับการสำรวจบางส่วนของ xq13.3 มนุษย์
ประกอบด้วย แต่เพียงผู้เดียวของส่าดีเอ็นเอ [ 12 ] นี่เป็นเขตของต่ำ
การทั้งในมนุษย์ [ 13 ] และ cercopithecins [ 11 ] และ
จึงน่าจะประกอบด้วยรูปธรรม reshuffling ของบรรพบุรุษ
ลำดับ DNA ทำให้มันเป็นสถานที่ที่ยอดเยี่ยมสำหรับการศึกษา phylogenetic
.
และเราขยาย นี้เป็น 2.2 KB ส่วนอัณฑะ -
เฉพาะโปรตีน โครโมโซม Y ( ขณะนี้มีเครื่อง ) ใช้ไพรเมอร์และ
โปรโตคอลอธิบาย โดย tosi et al . [ 14 ] ขณะนี้มีเครื่องอยู่
multigene ครอบครัวตั้งอยู่ในที่ไม่ใช่ส่วนของโครโมโซม Y
recombining และเชื่อกันว่ามีฟังก์ชันในการ spermatogonial [ 15 ] .
ข้อมูลแล้วเก็บในนี้ยีนครอบครัวแนะนำว่ามันเป็น
รักษาโดยกลไกของวิวัฒนาการร่วมกันใน cercopithecine
ลิง [ 11,14 ] .
4.2 . ลำดับการประกอบ contig . ขยายผลิตภัณฑ์
สะอาดกับเอกโซนิวคลีเอสผมกุ้ง
อัลคาไลน์ ฟอสฟาเตส[ 16 ] และวงจรนี้ใช้ เคมีประยุกต์ ( bigdye
Biosystems ฟอสเตอร์ ซิตี้ แคลิฟอร์เนีย ) ผลิตภัณฑ์ทำความสะอาดรอบเป็นลำดับ
ผ่านฝนและเอทานอลโดยใช้การ abi
940 อัตโนมัติ DNA sequencer ได้ เส้นซึ่งมีลำดับเป็นพิสูจน์อักษร
ตรวจสอบข้อมูล ลำดับ
อ่านจากแต่ละและถูกประมวลผลและประกอบ
contig เดียวโดยใช้โปรแกรม sequencher v4.8 ( รหัสยีน
. .
4.3 . การวิเคราะห์ข้อมูล เราใช้ในการวิเคราะห์ phylogenetic
บริบทเปรียบเทียบกับคําถามที่อยู่ของสถานะชนิด vs
ชนิดย่อยสำหรับ C lomamiensis บุคคล ถ้าวันที่คำนวณความแตกต่างระหว่าง C .

lomamiensis วงศ์ตระกูลและน้องสาวของวงศ์ตระกูล เท่ากับ หรือสูงกว่าประมาณการคำนวณระหว่าง
ชนิดอื่น ๆ cercopithecin ชนิดได้รับการยอมรับภายในกลุ่ม
ให้อาร์กิวเมนต์ที่แข็งแกร่งสำหรับสถานะชนิดเทียบเท่าระดับ
c . lomamiensis เชื้อสาย และในขณะนี้มีเครื่อง x-datasets ไม่ได้
รวมกันเพื่อวิเคราะห์เหล่านี้ X - และ y-loci แตกต่างกันในพารามิเตอร์ที่สำคัญ
รวมทั้งขนาดของประชากรที่มีประสิทธิภาพและโหมดของ
มรดก และดังนั้นจึงเป็นที่รู้จักกัน
ตามวิวัฒนาการวิถี [ 17 ] นอกจากนี้ การศึกษาก่อนหน้านี้ได้แสดงให้เห็นว่า
ในขณะที่ x-locus สำรวจที่นี่พัฒนาในนาฬิกาที่ชอบแฟชั่น
ใน cercopithecins [ 11 ] , ขณะนี้มีเครื่องจีนไม่ได้ [ 18 ]