a b s t r a c tSimulations of virus

a b s t r a c t
Simulations of virus-like particles needed for computer-aided vaccine design highlight the need for new
algorithms that accelerate molecular dynamics. Such simulations via conventional molecular dynamics
present a practical challenge due to the millions of atoms involved and the long timescales of the
phenomena of interest. These phenomena include structural transitions, self-assembly, and interaction
with a cell surface. A promising approach for addressing this challenge is multiscale factorization. The
approach is distinct from coarse-graining techniques in that it (1) avoids the need for conjecturing phenomenological
governing equations for coarse-grained variables, (2) provides simulations with atomic
resolution, (3) captures the cross-talk between disturbances at the atomic and the whole virus-like particle
scale, and (4) achieves significant speedup over molecular dynamics. A brief review of multiscale
factorization method is provided, as is a prospective on its development.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

นามธรรม
จำลองของอนุภาคไวรัสเช่นที่จำเป็นสำหรับการออกแบบวัคซีนคอมพิวเตอร์ช่วยเน้นถึงความจำเป็นสำหรับใหม่
อัลกอริทึมที่เร่งการเปลี่ยนแปลงในระดับโมเลกุล แบบจำลองดังกล่าวผ่านการเปลี่ยนแปลงโมเลกุลทั่วไป
นำเสนอความท้าทายในทางปฏิบัติเนื่องจากล้านของอะตอมที่เกี่ยวข้องและระยะเวลานานของ
ปรากฏการณ์ที่น่าสนใจ ปรากฏการณ์เหล่านี้รวมถึงการเปลี่ยนโครงสร้างการชุมนุมด้วยตนเองและการมีปฏิสัมพันธ์
ที่มีพื้นผิวเซลล์ วิธีการที่มีแนวโน้มสำหรับการแก้ไขความท้าทายนี้เป็นตัวประกอบ Multiscale
วิธีการที่แตกต่างจากเทคนิคหยาบ graining ในการที่จะ (1) หลีกเลี่ยงความจำเป็นสำหรับ conjecturing ปรากฏการณ์
สมการตัวแปรเนื้อหยาบ (2) ให้การจำลองกับอะตอม
ความละเอียด (3) จับข้ามพูดระหว่างการรบกวนที่ อะตอมและไวรัสเช่นอนุภาคทั้ง
ขนาดและ (4) ประสบความสำเร็จในการเร่งความเร็วอย่างมีนัยสำคัญในช่วงการเปลี่ยนแปลงในระดับโมเลกุล ทบทวน Multiscale
วิธีตีนเป็ดมีให้เป็นเป็นที่คาดหวังในการพัฒนา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

B S T R A C Tการจำลองแบบอนุภาคไวรัสวัคซีนที่จำเป็นสำหรับการออกแบบใช้คอมพิวเตอร์ช่วยเน้นความต้องการใหม่กลไกเร่งพลศาสตร์โมเลกุล เช่นการจำลองทางพลศาสตร์โมเลกุลปกติปัจจุบันปฏิบัติความท้าทายจากล้านของอะตอมที่เกี่ยวข้องและ timescales ยาวของปรากฏการณ์ที่น่าสนใจ ปรากฏการณ์เหล่านี้ รวมถึงโครงสร้างต่างๆ และปฏิสัมพันธ์ระหว่างช่วงกับเซลล์ผิว วิธีการที่มีแนวโน้มในการท้าทายนี้ multiscale การแยกตัวประกอบ ที่วิธีการที่แตกต่างจากเทคนิค graining หยาบในที่นั้น ( 1 ) ไม่ต้องคาดเดาเชิงปรากฏการณ์วิทยาสมการควบคุมสำหรับตัวแปรที่มีเนื้อหยาบ ( 2 ) ให้ใช้กับอะตอมความละเอียด ( 3 ) จับ cross-talk ระหว่างการจลาจลที่อะตอมและอนุภาคไวรัสทั้งหมด เช่นขนาด และ ( 4 ) สำคัญกว่าใช้ SpeedUp พลศาสตร์โมเลกุล รีวิวสั้นๆของ multiscaleวิธีการแยกตัวประกอบไว้ เป็นข้อมูลในการพัฒนา