Results3.1. Genetic diversity, inbr

Results
3.1. Genetic diversity, inbreeding, and genetic structure
All loci were polymorphic for all of the populations surveyed
(except CD37 for 1PRI and 38CM22 for 2DEU), and a total of 108
alleles were detected, ranging from eight (locus CD37) to 25 (locus
21D9), with an average of 13.5 alleles per locus. At population level
(Table 1), the mean number of alleles per locus (A) ranged from
3.875 in populations HEL and BRU1 to 7 in population LIT2
(Table 1). Exclusive alleles were found for most populations, albeit
in low numbers (ranging from one to four; Table 1). The lowest
value of expected heterozygosity was found for the population
HEL (He = 0.412), whereas the highest value corresponded to the
population LIT2 (He = 0.694; Table 1). Therefore, C. heldreichii was
the least variable of all the species studied (A = 3.875;
He = 0.412), whereas C. litochorea showed the greatest genetic
diversity (A = 6.938, He = 0.655; Table 1).

No significant linkage disequilibrium was detected in any of the
loci pairs. A significant deviation from H–W equilibrium expectations
(P < 0.05) was found for many loci within populations (66
out of 120 possible cases). Thus, FIS values were significantly positive
(P < 0.05) for all the populations and species (Table 1), a pattern
that is compatible with strong levels of inbreeding and/or
the presence of null alleles. Null alleles (those that fail to amplify)
may lead to false observation of homozygotes, because those
individuals in which a null allele occurs in heterozygosity (i.e. a
given locus has one null and one visible allele) are falsely interpreted
as being homozygous for the visible allele. The values of
null allele frequency at all loci were low (ranging from 0.035 for
the CD37 locus to 0.150 in locus 21D9 with a mean of 0.110), suggesting
that null alleles are not expected to cause significant biases
in our genetic analyses (except for producing artificially inflated FIS
values); several authors have suggested that biases are negligible
when null alleles are present at frequencies below 0.200 (Dakin
and Avise, 2004). Linear correlations between the frequency of null
alleles and the FIS values were significantly positive both for loci
within populations (N = 120, R2 = 0.89, P = 0.00) and for loci across
populations (N = 8, R2 = 0.69, P = 0.01) indicating that the significant
deviations from H–W equilibrium can be partly attributed
to the presence of null alleles.

All values of genetic divergence between populations based on
FST were significant (P < 0.05) and ranged from 0.078 (PRI1-DEU1)
to 0.451 (HEL-PRI2), with a mean of 0.243 (Table 2). The values of
FST between pairs of species were all significant also, and of similar
magnitude to those between populations: they ranged from 0.074
(C. deusta–C. chrysocephala) to 0.407 (C. heldreichii–C. messenicolasiana),
with a mean of 0.182 (Table 3). Values of FST corrected
for null alleles closely resembled the uncorrected ones, both
between populations and between species (Supplementary
Tables S2 and S3). Mean FST between pairs of populations and
between pairs of species were 0.229 and 0.172, respectively (that

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ผลลัพธ์3.1. พันธุ inbreeding และโครงสร้างทางพันธุกรรมทั้งหมด loci ถูก polymorphic ของประชากรที่สำรวจทั้งหมด(ยกเว้น CD37 1PRI และ 38CM 22 สำหรับ 2DEU), และจำนวน 108alleles พบ ตั้งแต่แปด (โลกัสโพล CD37) กับ 25 (โลกัสโพล21 D 9), โดยเฉลี่ย 13.5 alleles ต่อโลกัสโพล ระดับประชากร(ตารางที่ 1), จำนวน alleles ต่อโลกัสโพล (A) หมายถึงอยู่ในช่วงจาก3.875 ในประชากรด้อยและ BRU1 ไป 7 ประชากร LIT2(ตาราง 1) Alleles พิเศษพบในประชากรส่วนใหญ่ แม้ว่าตัวเลขต่ำ (ตั้งแต่ 1-4 ตาราง 1) ต่ำสุดค่าของ heterozygosity คาดพบในประชากรด้อย (เขา = 0.412), ใน ขณะที่ค่าสูงสุดที่ corresponded การประชากร LIT2 (เขา = 0.694 ตาราง 1) ดังนั้น heldreichii ค.ถูกการศึกษาตัวแปรที่น้อยที่สุดของสปีชีส์ทั้งหมด (A = 3.875เขา = 0.412), ใน ขณะที่ c. litochorea พบทางพันธุกรรมความหลากหลาย (A = 6.938 เขา = 0.655 ตาราง 1)พบ disequilibrium ไม่เชื่อมโยงสำคัญในการloci คู่ ความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญจากความคาดหวังที่สมดุล H – W(P < 0.05) พบใน loci จำนวนมากในกลุ่มประชากร (66จาก 120 เป็นกรณี) ดังนั้น ค่า FIS ได้บวกอย่างมีนัยสำคัญ(P < 0.05) ประชากรและชนิด (ตาราง 1), รูปแบบเข้ากันได้กับระดับแรงของ inbreeding และ/หรือสถานะของ null alleles Alleles null (ผู้ที่ไม่ได้ขยาย)อาจทำให้ผิดสังเกตของ homozygotes เนื่องจากผู้allele เป็น null ซึ่งเกิดใน heterozygosity บุคคล (เช่นการให้โลกัสโพลมี null หนึ่งและเห็น allele หนึ่ง) แอบแปลเป็น homozygous สำหรับ allele มองเห็น ค่าของความถี่ของ allele เป็น null ที่ทั้งหมด loci ถูกต่ำสุด (ตั้งแต่ 0.035 สำหรับแนะนำ CD37 โลกัสโพลกับ 0.150 ในโลกัสโพล 21D 9 มีค่าเฉลี่ยของ 0.110),null alleles ไม่คาดว่าจะทำให้ยอมอย่างมีนัยสำคัญในการวิเคราะห์ทางพันธุกรรมของเรา (ยกเว้นการผลิตสูงเกินจริงเหือด FISค่า); หลายผู้เขียนได้แนะนำว่า ยอมเป็นระยะเมื่อ null alleles อยู่ที่ความถี่ต่ำ (Dakin 0.200ก Avise, 2004) ความสัมพันธ์เชิงเส้นระหว่างความถี่ของค่า nullalleles และค่า FIS ได้บวกอย่างมีนัยสำคัญทั้ง lociในกลุ่มประชากร (N = 120, R2 = 0.89, P = 0.00) และ loci ข้ามประชากร (N = 8, R2 = 0.69, P = 0.01) แสดงที่สำคัญความเบี่ยงเบนจากสมดุล H – W สามารถบางส่วนเกิดจากการแสดงตนของ null allelesค่าทั้งหมดของ divergence พันธุกรรมระหว่างประชากรตามFST ได้อย่างมีนัยสำคัญ (P < 0.05) และมา 0.078 (PRI1-DEU1)การ 0.451 (ด้อย-PRI2), กับค่าเฉลี่ยของ 0.243 (ตาราง 2) ค่าของFST ระหว่างคู่พันธุ์แนะนำสำคัญทั้งหมด และ ของที่คล้ายกันขนาดที่ระหว่างประชากร: พวกเขาอยู่ในช่วงจาก 0.074(C. deusta – C. chrysocephala) กับ 0.407 (C. messenicolasiana heldreichii – ซี),มีค่าเฉลี่ยของ 0.182 (ตาราง 3) ค่าของ FST แก้ไขสำหรับ null alleles อย่างใกล้ชิดคล้ายกับคน uncorrected ทั้งสองระหว่างประชากร และระ หว่างสปีชีส์ (Supplementaryตาราง S2 และ S3) หมายความว่า FST ระหว่างคู่ของประชากร และระหว่างคู่พันธุ์คำ 0.229 0.172 ตามลำดับได้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ผล
3.1 ความหลากหลายทางพันธุกรรม,
การเจริญเติบโตและโครงสร้างทางพันธุกรรมทั้งหมดตำแหน่งเป็นpolymorphic สำหรับทุกประชากรที่สำรวจ
(ยกเว้น CD37 สำหรับ 1PRI และ 38CM22 สำหรับ 2DEU) และรวมของ 108
อัลลีลที่ตรวจพบตั้งแต่แปด (สถานที่ CD37) ถึง 25 (สถานที่
21D9 ) มีค่าเฉลี่ยของอัลลีล 13.5 ต่อสถานที่ ในระดับประชากร
(ตารางที่ 1) จำนวนเฉลี่ยของอัลลีลต่อสถานที่ (A) ตั้งแต่
3.875 ในประชากร HEL และ BRU1 7 ของประชากรใน LIT2
(ตารางที่ 1) อัลลีลพิเศษที่พบประชากรส่วนใหญ่แม้ว่าในตัวเลขที่ต่ำ (ตั้งแต่ 1-4; ตารางที่ 1)
ต่ำสุดมูลค่าของ heterozygosity คาดว่าถูกพบสำหรับประชากร HEL (เขา = 0.412) ในขณะที่ค่าสูงสุดสอดคล้องกับประชากรLIT2 (เขา = 0.694; ตารางที่ 1) ดังนั้นซี heldreichii เป็นตัวแปรที่น้อยที่สุดของทุกชนิดที่ศึกษา(A = 3.875; เขา = 0.412) ในขณะที่ซี litochorea แสดงให้เห็นว่าทางพันธุกรรมที่ยิ่งใหญ่ที่สุดหลากหลาย(A = 6.938, เขา = 0.655; ตารางที่ 1). ไม่มีการเชื่อมโยงอย่างมีนัยสำคัญสมดุล ถูกตรวจพบในใด ๆ ของคู่ตำแหน่ง เบี่ยงเบนอย่างมีนัยสำคัญจากการคาดการณ์ความสมดุล H-W (P <0.05) ก็พบว่าหลายตำแหน่งภายในประชากร (66 จาก 120 กรณีเป็นไปได้) ดังนั้นค่า FIS เป็นบวกอย่างมีนัยสำคัญ(P <0.05) สำหรับประชากรทั้งหมดและสายพันธุ์ (ตารางที่ 1) รูปแบบที่เข้ากันได้กับระดับที่แข็งแกร่งของการเจริญเติบโตและ/ หรือการปรากฏตัวของอัลลีลเป็นโมฆะ อัลลีลนัล (ผู้ที่ล้มเหลวในการขยาย) อาจนำไปสู่การสังเกตที่ผิดพลาดของ homozygotes เพราะผู้บุคคลซึ่งเป็นอัลลีลnull เกิดขึ้นใน heterozygosity (เช่นสถานที่ที่กำหนดมีหนึ่งโมฆะและอัลลีลที่มองเห็นได้อย่างใดอย่างหนึ่ง) จะถูกตีความอวดอ้างว่าเป็น homozygous สำหรับที่มองเห็นได้ อัลลีล ค่าของความถี่อัลลีล null ที่ตำแหน่งทั้งหมดอยู่ในระดับต่ำ (ตั้งแต่ 0.035 สำหรับทีCD37 เพื่อ 0.150 ใน 21D9 สถานที่มีค่าเฉลี่ย 0.110) ที่บอกว่าอัลลีลnull ไม่ได้คาดว่าจะก่อให้เกิดอคติอย่างมีนัยสำคัญในการวิเคราะห์พันธุกรรมของเรา(ยกเว้นสำหรับการผลิต พองเทียม FIS ค่า); ผู้เขียนหลายคนบอกว่าเป็นอคติเล็กน้อยเมื่ออัลลีล null มีอยู่ที่ความถี่ด้านล่าง 0.200 (Dakin และ Avise, 2004) ความสัมพันธ์เชิงเส้นตรงระหว่างความถี่ของการโมฆะอัลลีลและค่า FIS เป็นบวกอย่างมีนัยสำคัญทั้งสำหรับตำแหน่งภายในประชากร(ยังไม่มี = 120, R2 = 0.89, P = 0.00) และตำแหน่งทั่วประชากร(ยังไม่มี = 8 R2 = 0.69, P = 0.01 ) แสดงให้เห็นว่ามีความสำคัญเบี่ยงเบนไปจากความสมดุลH-W สามารถนำมาประกอบส่วนหนึ่งการปรากฏตัวของอัลลีลเป็นโมฆะ. ค่าทั้งหมดของความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่างประชากรบนพื้นฐานของFST อย่างมีนัยสำคัญ (P <0.05) และตั้งแต่ 0.078 (PRI1-DEU1) เพื่อ 0.451 (HEL-PRI2) โดยมีค่าเฉลี่ย 0.243 (ตารางที่ 2) ค่าของFST ระหว่างคู่ของสายพันธุ์ที่มีนัยสำคัญทั้งหมดด้วยและของที่คล้ายกันขนาดให้กับผู้ที่ระหว่างประชากรพวกเขาตั้งแต่0.074 (ค deusta-C chrysocephala.) เพื่อ 0.407 (ค heldreichii-C messenicolasiana.) ที่มีค่าเฉลี่ย ของ 0.182 (ตารางที่ 3) ค่านิยมของการแก้ไข FST สำหรับอัลลีล null อย่างใกล้ชิดคล้ายกับคนที่ไม่ได้แก้ไขทั้งระหว่างประชากรและระหว่างเผ่าพันธุ์(เสริมตาราง S2 และ S3) หมายถึง FST ระหว่างคู่ของประชากรและระหว่างคู่ของสายพันธุ์เป็น0.229 และ 0.172 ตามลำดับ (ที่

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ผลลัพธ์
3.1 . ความหลากหลายทางพันธุกรรมและโครงสร้างทางพันธุกรรมการ , ,
ทั้งหมดทั้งหมดของจำนวนประชากรทั้งสิ้น
( ยกเว้น cd37 และสำหรับ 1pri 38cm22 สำหรับ 2deu ) , และรวมของ 108
อัลลีลที่พบตั้งแต่แปด ( ความเชื่อ cd37 ) 25 ( -
21d9 ) มีค่าเฉลี่ย 13.5% ต่อโลกัสยีน . ในประชากร ( ตารางที่ 1 )
2 มีค่าเฉลี่ยจำนวนอัลลีลต่อโลกัส ( ) ค่า
3875 ในประชากร และ bru1 นรก 7
lit2 ประชากร ( ตารางที่ 1 ) อัลลีลที่พบเฉพาะสำหรับประชากรส่วนใหญ่ แม้ว่า
ต่ำตัวเลข ( ตั้งแต่หนึ่งถึงสี่ ตารางที่ 1 ) ค่าต่ำสุดเฉพาะที่
คาดว่าพบประชากร
นรก ( เขา = 0.412 ) ส่วนมูลค่าสูงสุดตรงกับ
ประชากร lit2 ( เขา = 0.694 ตารางที่ 1 ) ดังนั้น heldreichii คือ
Cตัวแปรอย่างน้อยทุกชนิด ศึกษา ( = 3.875 ;
เขา = 0.412 ) ส่วน C litochorea มีความหลากหลายทางพันธุกรรมมากที่สุด ( =
= 6.938 เขา 0.655 ตารางที่ 1 ) .

ไม่พบการเชื่อมโยงการเก็บน้ำที่ตรวจพบในใด ๆของ
ของคู่ เบี่ยงเบนอย่างมีนัยสำคัญจาก H และ W สมดุลความคาดหวัง
( p < 0.05 ) ตามลำดับ พบมากในประชากร ( 66
ออกจาก 120 กรณีเป็นไปได้ ) ดังนั้นปรับค่า
อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ ( p < 0.05 ) สำหรับประชากรและชนิด ( ตารางที่ 1 ) รูปแบบ
ที่เข้ากันได้กับระดับของการแข็งและ / หรือ
การแสดงตนของ null อัลลีล ในการศึกษาครั้งนี้ผู้ที่ล้มเหลวในการขยาย )
อาจนำไปสู่การสังเกตที่ผิดพลาดของ homozygotes เพราะผู้
บุคคลซึ่งเกิดขึ้นในเฉพาะที่ null allele ( i.e .
ให้ตนมีกิจกรรมหนึ่งที่มองเห็นอัลลีล ) เป็นเท็จที่ตีความ
เป็นยีนกลุ่มที่มองเห็นได้ ค่า null allele ในทุกรูปแบบ
ความถี่ต่ำ ( ตั้งแต่ 0.035 สำหรับ
cd37 ความเชื่อในความเชื่อ เพื่อทำธุรกิจ 21d9 กับค่าเฉลี่ยของ 0.110 ) แนะนำ
ที่ null อัลลีลคาดว่าจะไม่ทำให้เกิดอคติ
อย่างมีนัยสำคัญในการวิเคราะห์ทางพันธุกรรมของเรา ( ยกเว้นการผลิตพองเทียม 6
; หลายค่า ) ผู้เขียนได้ชี้ให้เห็นว่าอคติเป็นเล็กน้อย
เมื่อ null อัลลีลเป็นปัจจุบันที่ความถี่ต่ำกว่า 0.200 ( เดกคิ้น
และ วีเซ่ , 2004 ) ความสัมพันธ์เชิงเส้นระหว่างความถี่ของอัลลีลและปรับค่า null
เป็นไปในทางบวกอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติทั้งทาง
ภายในประชากร ( n = 120 , R2 = 0.89 , p = 000 ) และตำแหน่งในประชากร
( n = 8 , R2 = 0.69 , p = 0.01 ) แสดงว่าเบี่ยงเบนอย่างมีนัยสำคัญจาก H (
w
สมดุลสามารถฝนจากการปรากฏตัวของ null อัลลีล

ค่าทั้งหมดของความแตกต่างทางพันธุกรรมของประชากรขึ้นอยู่กับ
f อย่างมีนัยสำคัญ ( P < 0.05 ) อยู่ระหว่าง 0.078 ( pri1-deu1 )
ให้ 0.451 ( hel-pri2 ) กับค่าเฉลี่ยของ 0.243 ( ตารางที่ 2 ) ค่า