3.2. A linkage map of the heterokar

3.2. A linkage map of the heterokaryon Horst U1

The commercial cultivar Horst U1 was used to generate a linkage map. The total map length is 321 cM and consists of 13 linkage groups according to the 13 chromosomes published previously (Kerrigan et al., 1993 and Sonnenberg et al., 1996). The analysis of segregation ratios showed that 203 markers (32%) deviate from the expected 1:1 ratio (chi-square test, P < 0.05), mainly markers from chromosomes 3, 4, 5 and 7 (Table 3). In order to visualize the recombination along each chromosome, the cumulative genetic distance (cM) were plotted against their corresponding cumulative physical distance (Supplementary materials Fig. S3). These plots show clearly a restriction of CO at chromosome ends. The ratio of number of crossovers (COs) occurring in the first/last 100 kb of each chromosome over all COs varies from 0.62 to 1 with an average of 0.89 for all COs (Table 3). Covering the chromosome ends with suitable markers was not always possible due to the presence of telomeres and associated repeats. These consist almost exclusively of non-LTR Penelope sequences that are found in subtelomeric regions of many eukaryotic genomes ( Gladyshev and Arkhipova, 2007; for an annotation of chromosome ends see Supplemental materials Fig. S4). Three classes of Penelope have been found, exclusively in association with telomere sequences and not present in other parts of the genome. They all have a reverse transcriptase motive and are likely involved in the maintenance of telomeres as in other eukaryotes ( Fulcher et al., 2014). The regions containing Penelope copies vary from a few kb up to 40 kb. Thus, not all COs at chromosome ends might have been registered due to these repeats and as a consequence, more post-meiotic chromosomes are completely parental types (81%) than expected. Since the majority of the COs is confined to chromosome ends, most chromosomes are very similar to either one of the parental types (visualized in the genotype file of the 139 homokaryotic offspring in Supplemental materials Fig. S5).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3.2. ความสัมพันธ์กับตำแหน่งของ heterokaryon Horst U1พันธุ์พาณิชย์ Horst U1 ถูกใช้เพื่อสร้างการเชื่อมโยงแผนที่ ความยาวรวมแผนที่ 321 ซม. และประกอบด้วย 13 กลุ่มเชื่อมโยงตาม 13 โครโมโซมเผยแพร่ก่อนหน้านี้ (Kerrigan et al. 1993 และ Sonnenberg et al. 1996) การวิเคราะห์อัตราส่วนแยกแสดงให้เห็นว่า เครื่องหมาย 203 (32%) เบี่ยงเบนจากอัตรา 1:1 ที่คาดไว้ (ทดสอบไคสแควร์ P < 0.05), เครื่องหมายส่วนใหญ่จากโครโมโซม 3, 4, 5 และ 7 (ตารางที่ 3) เพื่อเห็นภาพรวมตัวกันไปตามแต่ละโครโมโซม สะสมระยะทางพันธุกรรม (cM) ถูกพล็อตกับความสอดคล้องกันสะสมระยะทางจริง (เสริมวัสดุมะเดื่อ S3) ผืนนี้แสดงชัดเจนข้อจำกัดของ CO ที่ปลายของโครโมโซม อัตราส่วนของจำนวน crossovers (COs) เกิดขึ้นในครั้งแรก หรือครั้งสุดท้าย 100 kb ของแต่ละโครโมโซมมากกว่า COs ทั้งหมดตั้งแต่ 0.62 ถึง 1 โดยเฉลี่ย 0.89 สำหรับ COs ทั้งหมด (ตาราง 3) ครอบคลุมปลายโครโมโซมพร้อมเครื่องหมายที่เหมาะสมไม่ได้เสมอเนื่องจากของ telomeres และทำซ้ำการเชื่อมโยง เหล่านี้ประกอบด้วยเกือบเฉพาะของ LTR Penelope ลำดับที่พบในภูมิภาค subtelomeric genomes eukaryotic หลาย (Gladyshev และ Arkhipova, 2007 สำหรับบันทึกย่อของปลายโครโมโซมดูวัสดุเสริมมะเดื่อ S4) เรียนสามของ Penelope พบ เฉพาะในสมาคม มี telomere ลำดับ และไม่ปรากฏในส่วนอื่น ๆ ของจีโน พวกเขาทั้งหมดมีแรงจูงใจที่สคริปเทส และมีส่วนร่วมมีแนวโน้มในการบำรุงรักษาของ telomeres ใน eukaryotes อื่น ๆ (Fulcher et al. 2014) ภูมิภาคที่ประกอบด้วยสำเนา Penelope แตกต่างจากกี่กิโลถึง 40 กิโล ดังนั้น ไม่ทั้งหมด COs ที่โครโมโซม ปลายอาจได้ลงทะเบียนเนื่องจากเหล่านี้ซ้ำ และเป็นผล โครโมโซมขึ้นหลัง meiotic ชนิดอย่างสมบูรณ์โดยผู้ปกครอง (81%) กว่าที่คาดไว้ เนื่องจากส่วนใหญ่ของ COs จะจำกัดไปปลายโครโมโซม โครโมโซมส่วนใหญ่จะคล้ายกับอย่างใดอย่างหนึ่ง (แสดงเป็นภาพในไฟล์จีโนไทป์ของลูกหลาน homokaryotic 139 วัสดุเสริมมะเดื่อชนิดโดยผู้ปกครอง S5)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3.2 แผนที่การเชื่อมโยงของ heterokaryon Horst U1

พันธุ์พาณิชย์ Horst U1 ถูกใช้ในการสร้างแผนที่เชื่อมโยง ความยาวแผนที่รวมเป็น 321 เซนติเมตรประกอบด้วย 13 กลุ่มการเชื่อมโยงไปตาม 13 โครโมโซมเผยแพร่ก่อนหน้านี้ (Kerrigan, et al., 1993 และ Sonnenberg et al., 1996) การวิเคราะห์อัตราส่วนทางแยกแสดงให้เห็นว่า 203 เครื่องหมาย (32%) เบี่ยงเบนไปจากที่คาดว่าอัตราส่วน 1: 1 (ทดสอบไคสแควร์, p <0.05) เครื่องหมายจากโครโมโซม 3, 4, 5 และ 7 ส่วนใหญ่ (ตารางที่ 3) เพื่อให้เห็นภาพการรวมตัวกันไปตามแต่ละโครโมโซมที่สะสมระยะทางพันธุกรรม (CM) ได้รับการพล็อตกับระยะทางกายภาพของพวกเขาที่สอดคล้องกันสะสม (เอกสารประกอบรูป. S3) แปลงเหล่านี้แสดงให้เห็นอย่างชัดเจนข้อ จำกัด ของ CO ที่โครโมโซมปลาย อัตราส่วนของจำนวนของไขว้ (โคไซน์) ที่เกิดขึ้นในครั้งแรก / สุดท้าย 100 Kb ของแต่ละโครโมโซมมากกว่าโคไซน์ทั้งหมดแตกต่างกันไป 0.62-1 มีค่าเฉลี่ย 0.89 สำหรับโคไซน์ทั้งหมด (ตารางที่ 3) ครอบคลุมโครโมโซมลงท้ายด้วยเครื่องหมายที่เหมาะสมไม่ได้เสมอไปได้เนื่องจากการปรากฏตัวของ telomeres และทำซ้ำที่เกี่ยวข้อง เหล่านี้ประกอบด้วยเกือบเฉพาะของ LTR ไม่ใช่ลำดับเพเนโลพีที่พบในภูมิภาค subtelomeric ของจีโนมของยูคาริโอจำนวนมาก (Gladyshev และ Arkhipova 2007 สำหรับคำอธิบายประกอบของโครโมโซมดูอุปกรณ์เสริมรูป S4.) สามชั้นเรียนของเพเนโลพีได้รับการพบเฉพาะในการเชื่อมโยงกับลำดับ telomere และไม่ได้อยู่ในส่วนอื่น ๆ ของจีโนม พวกเขาทั้งหมดมีแรงจูงใจ transcriptase ย้อนกลับและมีส่วนร่วมในการบำรุงรักษาแนวโน้มของ telomeres กับในยูคาริโออื่น ๆ (Fulcher et al., 2014) ภูมิภาคที่มีสำเนา Penelope แตกต่างจากไม่กี่กิโลไบต์ถึง 40 KB ดังนั้นไม่โคไซน์ทั้งหมดในโครโมโซมปลายอาจได้รับการจดทะเบียนเนื่องจากซ้ำเหล่านี้และเป็นผลให้โครโมโซมเพิ่มเติมการโพสต์ meiotic ประเภทของผู้ปกครองอย่างสมบูรณ์ (81%) กว่าที่คาดไว้ เนื่องจากส่วนใหญ่ของโคไซน์ถูกกักขังอยู่ในโครโมโซมปลายโครโมโซมส่วนใหญ่จะคล้ายกันมากกับคนใดคนหนึ่งในประเภทที่ผู้ปกครอง (มองเห็นในไฟล์จีโนไทป์ของลูกหลาน 139 homokaryotic ในวัสดุเสริมรูปที่. S5)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3.2 . การเชื่อมโยงแผนที่ของ heterokaryon Horst ราคาถูกพันธุ์พาณิชย์ Horst ราคาถูกถูกใช้เพื่อสร้างการเชื่อมโยงแผนที่ ความยาวของแผนที่ทั้งหมดเป็นเซนติเมตรและประกอบด้วย 13 กลุ่มเชื่อมโยงตาม 13 โครโมโซมเผยแพร่ก่อนหน้านี้ ( เคอริแกน et al . , 1993 และ โซนเนนเบิร์ก et al . , 1996 ) การวิเคราะห์อัตราส่วนทางการเงินการแสดงเครื่องหมายที่ 203 ( 32% ) เบี่ยงเบนไปจากที่คาดว่าอัตราส่วน ( การทดสอบไคสแควร์ , p < 0.05 ) ส่วนใหญ่เป็นเครื่องหมายจากโครโมโซม 3 , 4 , 5 และ 7 ( ตารางที่ 3 ) เพื่อให้เห็นภาพการไปตามแต่ละโครโมโซม ระยะห่างทางพันธุกรรมสะสม ( ซม. ) กำลังงัดข้อกับที่สอดคล้องกันของพวกเขาสะสมระยะทางทางกายภาพ ( วัสดุเสริมรูปที่ S3 ) แปลงเหล่านี้ให้เห็นข้อจำกัด CO ที่ปลายโครโมโซม . อัตราส่วนของจำนวนของไขว้ ( COS ) ที่เกิดขึ้นในช่วง 100 กิโลแรกของแต่ละโครโมโซมทั้งหมด เพราะแตกต่างจากแบบ 1 เฉลี่ย 0.89 สำหรับ cos ( ตารางที่ 3 ) ครอบปลายโครโมโซมที่มีเครื่องหมายที่เหมาะสมคือไม่เสมอเป็นไปได้เนื่องจากการปรากฏตัวของเทโลเมียร์และทำซ้ำที่เกี่ยวข้อง เหล่านี้ประกอบด้วยเกือบเฉพาะไม่ใช่ LTR เพเนโลปี้ ลำดับที่พบใน subtelomeric ภูมิภาคของจีโนม ( gladyshev เข้ามามาก และ arkhipova , 2007 ; สำหรับบันทึกย่อของปลายโครโมโซมดูรูปเสริมวัสดุ S4 ) สามประเภทของเพเนโลปี้ ได้พบเฉพาะในความสัมพันธ์กับภาวะลําดับและไม่ได้อยู่ในส่วนอื่น ๆของจีโนม . พวกเขาทั้งหมดมีสิ่งที่ตรงกันข้ามแรงจูงใจและมีแนวโน้มที่เกี่ยวข้องในการบำรุงรักษาของเทโลเมียร์ในยูแคริโอต ( Fulcher et al . , 2010 ) ภูมิภาคที่มีเพเนโลปี้สำเนาแตกต่างกันจากไม่กี่กิโลถึง 40 KB ดังนั้น ไม่ทั้งหมด เพราะที่ปลายโครโมโซมอาจได้รับการจดทะเบียนจากเดิมเหล่านี้และผลที่ตามมา , โพสต์มากขึ้นเซลล์โครโมโซมจะประเภทผู้ปกครองอย่างสมบูรณ์ ( 81% ) กว่าที่คาดไว้ เนื่องจากส่วนใหญ่ของ cos คับปลายโครโมโซม โครโมโซมส่วนใหญ่จะคล้ายกันมากเพื่อให้หนึ่งในประเภทของผู้ปกครอง ( มองเห็นใน 24 ไฟล์ของ 139 homokaryotic ลูกหลานในรูปเสริมวัสดุ S5 )