In the present work, we analyzed th

In the present work, we analyzed the sequences of SCAR markers
that distinguished the initial line A188 from somaclones. The information we obtained suggests that the genetic changes in the
somaclones can be caused by different molecular processes. For
instance, marker M-10 probably arose after a transposon insertion
near the pseudogene rpl26 (Table 2). Furthermore, the conversion
of marker QR-2 into QR-A most likely resulted from the excision
of a small MITE-type transposon (Table 2, Figs. 4 and 5). However,
marker NO-15 possibly arose from a microdeletion (Fig. 2).
In contrast, the appearance/disappearance of the Leb marker may
have been caused by point mutations and/or recombination events.
The Leb fragment is similar to a large number of sequences in
the maize genome. Nevertheless, only a minor fraction of this
repeat family possesses the appropriate annealing sites for these
primers (Fig. 6). A repeat element often bears the appropriate
annealing site for only one SCAR Leb primer, which makes amplification
impossible. Recombination shuffles repeat elements and can
bridge the appropriate annealing sites from two different repeat
elements or disrupt connections between these sites in one repeat
element. The molecular event that led to the formation of the Q-20
marker in all somaclones from the second group is not obvious.
The sequence of the somaclonal Q-20 fragment is similar to the
mtDNA of the Z. mays subsp. mays genotype CMS-T (DQ490953)
and of other representatives of the genus, Z. perennis (DQ645538)
and Z. luxurians (DQ645537), giving an e-value of 0.0 in all three
cases (Table 2). The presence of the Q-20 fragment in the mtDNA is
supported by the absence of segregation in hybrids (F2105×188)
of somaclones with the initial A188 line, with the somaclones used
as the maternal line (Supplementary Table 2). However, no similar
sequence was found in the mtDNA of other lines of Z. mays,
including A188 (DQ490952, AY506529, DQ490951, DQ645536, and
DQ645539) [21]. The rearrangement of mtDNA during in vitro culture
has previously been described in several reports. In particular,
Kemble et al. [22] observed mtDNA modification in maize regenerants,
Rani et al. [23] observed polymorphism of mtDNA in coffee
regenerants, and Devarumath et al. [24] observed the same polymorphism
in tea regenerants. However, this cannot explain why
a long sequence similar to the one that exists in other Zea plants
arose in somaclones that originated from A188. The probability of
formation of such a similar sequence by random events is zero
(e = 0.0, Table 2). Another explanation is more speculative. The
plant mitochondrial genome is known to be highly variable, and
it is present in multiple copies; more than a single type of mtDNA
occurs, even in inbred lines [25]. A minor fraction of the CMS-T
mitochondrial genotype that is undetectable using PCR or sequencing
may be present in the original A188 line. In this case, this type
of mtDNA could propagate in somaclones of the second group, and the Q-20 fragment was detected using SCAR primers and Southern
hybridization.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ในงานนำเสนอ เราวิเคราะห์ลำดับของเครื่องหมายรอยที่แตกต่างเริ่มต้นบรรทัด A188 จาก somaclones แนะนำข้อมูลที่เราได้รับซึ่งการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมในการsomaclones อาจเกิดจากกระบวนการที่โมเลกุลแตกต่างกัน สำหรับอินสแตนซ์ เครื่อง M 10 อาจเกิดขึ้นหลังจากแทรก transposonใกล้ pseudogene rpl26 (ตารางที่ 2) นอกจากนี้ การแปลงของเครื่องหมาย QR-2 เป็น QR-A อาจเป็นผลมาจากการตอนการผ่าตัดของตัวเล็กชนิดไร transposon (ตารางที่ 2, Figs. 4 และ 5) อย่างไรก็ตามเครื่องหมายเลข 15 อาจเกิดจาก microdeletion (Fig. 2)ในทางตรงกันข้าม ลักษณะ/สูญหายของเครื่องหมาย Leb อาจเกิดจากการกลายพันธุ์จุดหรือเหตุการณ์ recombinationส่วน Leb จะคล้ายกับลำดับในจำนวนมากกลุ่มข้าวโพดเลี้ยงสัตว์ อย่างไรก็ตาม เพียงเศษเสี้ยวเล็กน้อยนี้ครอบครัวซ้ำมีไซต์หลอมที่เหมาะสมสำหรับเหล่านี้ไพรเมอร์ (Fig. 6) องค์ประกอบซ้ำมักหมีเหมาะสมการอบเหนียวไซต์เดียวแผล Leb พื้น ซึ่งทำให้ขยายเป็นไปไม่ Recombination shuffles องค์ประกอบซ้ำและสามารถสะพานต่าง ๆ ซ้ำสองไซต์หลอมเหมาะสมองค์ประกอบ หรือรบกวนการเชื่อมต่อระหว่างเว็บไซต์เหล่านี้ในหนึ่งซ้ำองค์ประกอบการ เหตุการณ์ที่นำไปสู่การก่อตัวของ Q-20 โมเลกุลเครื่องหมายใน somaclones ทั้งหมดจากกลุ่มที่สองไม่ชัดลำดับของส่วน somaclonal Q-20 จะคล้ายกับการmtDNA z. mays ถั่ว mays ลักษณะทางพันธุกรรมซ.ม.-T (DQ490953)และผู้แทนอื่น ๆ ของตระกูลนี้ z. perennis (DQ645538)และ z. luxurians (DQ645537), การให้ค่าอีตัวของ 0.0 ในทั้งหมดสามกรณี (ตาราง 2) สถานะของส่วน Q-20 ใน mtDNA เป็นโดยการขาดงานของการแบ่งแยกในลูกผสม (F2105 × 188)ของ somaclones กับบรรทัด A188 ครั้งแรก กับ somaclones ที่ใช้เป็นแม่บรรทัด (เสริมตารางที่ 2) อย่างไรก็ตาม ไม่เหมือนลำดับพบใน mtDNA ของบรรทัดอื่น ๆ ของ z. maysรวม A188 (DQ490952, AY506529, DQ490951, DQ645536 และDQ645539) [21] Rearrangement ของ mtDNA ในระหว่างเพาะมีการอธิบายไว้ก่อนหน้านี้ในหลายรายงานการ โดยเฉพาะแก้ไข mtDNA [22] สังเกต Kemble et al. ใน regenerants ข้าวโพดรานี al. ร้อยเอ็ด [23] พบโพลิมอร์ฟิซึมของ mtDNA ในกาแฟregenerants และ Devarumath et al. [24] สังเกตโพลิมอร์ฟิซึมเหมือนกันในชา regenerants อย่างไรก็ตาม นี้ไม่สามารถอธิบายเหตุผลลำดับยาวคล้ายกับที่มีอยู่ในพืชซีอื่น ๆเกิดใน somaclones ที่ต้น A188 ความเป็นไปได้ก่อตัวของลำดับดังกล่าวคล้ายกันโดยเหตุการณ์สุ่มเป็นศูนย์(e = 0.0 ตารางที่ 2) คำอธิบายอื่นคือเก็งกำไรมากขึ้น ที่เรียกว่าจีโนม mitochondrial พืชจะผันแปรสูง และมีอยู่ในหลายสำเนา มากกว่าของ mtDNAเกิดขึ้น แม้ในบรรทัด inbred [25] เศษส่วนย่อยของ CMS-Tลักษณะทางพันธุกรรม mitochondrial ที่สามคใช้ PCR หรือลำดับเบสอาจนำเสนอในรายการ A188 เดิม ในกรณีนี้ ชนิดนี้ของ mtDNA สามารถแพร่กระจายใน somaclones ของกลุ่มที่สอง และส่วน Q-20 ถูกตรวจพบโดยใช้ไพรเมอร์ของแผล และภาคใต้hybridization

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ในการทำงานในปัจจุบันเราวิเคราะห์ลำดับของเครื่องหมาย SCAR
ที่โดดเด่น A188 สายเริ่มต้นจาก somaclones ข้อมูลที่เราได้แสดงให้เห็นว่าการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมใน
somaclones อาจเกิดจากกระบวนการโมเลกุลที่แตกต่างกัน สำหรับ
ตัวอย่างเช่นเครื่องหมาย M-10 อาจจะเกิดขึ้นหลังจากการแทรก transposon
ใกล้ pseudogene rpl26 (ตารางที่ 2) นอกจากนี้การแปลง
ของเครื่องหมาย QR-2 เป็น QR-ผลมากที่สุดน่าจะมาจากการตัดออก
ของ MITE ขนาดเล็กชนิดทรานส (ตารางที่ 2, มะเดื่อ. 4 และ 5) อย่างไรก็ตาม
เครื่องหมาย NO-15 อาจจะเกิดขึ้นจาก microdeletion (รูปที่ 2)..
ในทางตรงกันข้ามลักษณะ / การหายตัวไปของเครื่องหมาย Leb อาจ
มีสาเหตุมาจากการกลายพันธุ์จุดและ / หรือกิจกรรมรวมตัวกันอีก.
ส่วน Leb คล้ายกับเป็นจำนวนมาก ลำดับใน
จีโนมข้าวโพด แต่เพียงเศษเสี้ยวเล็ก ๆ น้อย ๆ นี้
ครอบครัวซ้ำมีเว็บไซต์ที่เหมาะสมสำหรับการหลอมเหล่านี้
ไพร (รูปที่. 6) องค์ประกอบซ้ำมักหมีที่เหมาะสม
เว็บไซต์หลอมเพียงหนึ่ง SCAR ไพร Leb ซึ่งจะทำให้การขยาย
ไปไม่ได้ recombination shuffles ซ้ำองค์ประกอบและสามารถ
เชื่อมโยงเว็บไซต์ที่เหมาะสมจากการหลอมซ้ำสองที่แตกต่างกัน
องค์ประกอบหรือรบกวนการเชื่อมต่อระหว่างเว็บไซต์เหล่านี้ในการทำซ้ำหนึ่ง
องค์ประกอบ เหตุการณ์โมเลกุลที่นำไปสู่การก่อตัวของ Q-20
เครื่องหมายใน somaclones จากกลุ่มที่สองไม่ชัดเจน.
ลำดับของเซลล์ร่างกายส่วน Q-20 มีความคล้ายคลึงกับ
mtDNA ของ Z. mays subsp mays จีโนไทป์ CMS-T (DQ490953)
และผู้แทนอื่น ๆ ของพืช, Z. perennis (DQ645538)
และ Luxurians Z. (DQ645537) ทำให้ e-ค่าของ 0.0 ในทั้งสาม
ราย (ตารางที่ 2) การปรากฏตัวของส่วน Q-20 ใน mtDNA จะ
ได้รับการสนับสนุนโดยไม่มีการแยกจากกันในลูกผสม (F2105 × 188)
ของ somaclones กับสาย A188 เริ่มต้นด้วย somaclones ใช้
เป็นบรรทัดมารดา (เสริมตารางที่ 2) แต่ไม่มีที่คล้ายกัน
ลำดับที่พบใน mtDNA ของสายอื่น ๆ ของซี mays,
รวมทั้ง A188 (DQ490952, AY506529, DQ490951, DQ645536 และ
DQ645539) [21] การปรับปรุงใหม่ของ mtDNA ระหว่างวัฒนธรรมในหลอดทดลอง
ได้รับก่อนหน้านี้ที่ระบุไว้ในรายงานหลาย โดยเฉพาะอย่างยิ่ง
เบิ้ลและคณะ [22] สังเกตเห็นการเปลี่ยนแปลงใน mtDNA เพาะข้าวโพด
ราชินีและคณะ [23] สังเกตเห็นความแตกต่างของ mtDNA ในกาแฟ
เพาะและ Devarumath และคณะ [24] สังเกตเห็นความแตกต่างที่เหมือนกัน
ในชาเพาะ แต่นี้ไม่สามารถอธิบายได้ว่าทำไม
ลำดับยาวคล้ายกับที่มีอยู่ในพืชอื่น ๆ Zea
เกิดขึ้นใน somaclones ที่มาจาก A188 น่าจะเป็นของ
การก่อตัวของดังกล่าวที่คล้ายกันโดยลำดับเหตุการณ์สุ่มเป็นศูนย์
(E = 0.0 ตารางที่ 2) คำอธิบายก็คือการเก็งกำไรมากขึ้น
จีโนมพืชยลเป็นที่รู้จักกันเป็นตัวแปรมากและ
มันมีอยู่ในหลายชุด; มากกว่าชนิดเดียวของ mtDNA
เกิดขึ้นแม้จะอยู่ในสายพันธุ์แท้ [25] ส่วนเล็กน้อยของ CMS-T
จีโนไทป์ยลที่เป็น undetectable วิธี PCR หรือลำดับ
อาจจะอยู่ในสาย A188 เดิม ในกรณีนี้ประเภทนี้
ของ mtDNA สามารถเผยแพร่ใน somaclones ของกลุ่มที่สองและส่วน Q-20 ได้รับการตรวจพบโดยใช้ไพรเมอร์ SCAR และภาคใต้
ไฮบริ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ในงานปัจจุบัน เราวิเคราะห์ลำดับของแผลเป็นเครื่องหมาย
ที่แยก a188 บรรทัดแรกจากกลุ่ม . ข้อมูลที่เราได้แสดงให้เห็นว่าการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมในกลุ่ม
อาจเกิดจากกระบวนการโมเลกุลที่แตกต่างกัน สำหรับ
ตัวอย่างเครื่องหมาย ? ? ? ? ? m-10 อาจเกิดขึ้นหลังจากการแทรก
ใกล้ pseudogene rpl26 ( ตารางที่ 2 ) นอกจากนี้การแปลง
เครื่องหมาย qr-2 เป็น qr-a ส่วนใหญ่เป็นผลมาจากการขับไล่
ของเล็ก ๆ ? ? ? ? ? ไรชนิด ( ตารางที่ 2 , มะเดื่อ . 4 และ 5 ) อย่างไรก็ตาม ,
no-15 เครื่องหมายอาจเกิดขึ้นจาก microdeletion ( รูปที่ 2 ) .
ส่วนลักษณะ / การหายตัวไปของเครื่องหมายของอาจ
เกิดจากการกลายพันธุ์จุด และ / หรือกิจกรรมการ .
เศษเล็บคล้ายกับตัวเลขขนาดใหญ่ของลำดับในข้าวโพด (
.อย่างไรก็ตาม เพียงเศษส่วนเล็กน้อยของ
ย้ำครอบครัวครบถ้วนที่เหมาะสมสำหรับการอบไซต์ชนิดเหล่านี้
( ภาพที่ 6 ) องค์ประกอบที่เหมาะสมมักจะซ้ำหมี
อบเว็บไซต์เพียงหนึ่งแผลเป็นของไพรเมอร์ซึ่งทำให้ขยาย
เป็นไปไม่ได้ การทำซ้ำและสามารถ
สะพาน shuffles องค์ประกอบเหมาะสมจากการหลอมเว็บไซต์
ย้ำที่แตกต่างกันสององค์ประกอบหรือทำลายความสัมพันธ์ระหว่างเว็บไซต์เหล่านี้ในหนึ่งย้ำ
องค์ประกอบ ของเหตุการณ์ที่นำไปสู่การก่อตัวของ q-20
เครื่องหมายทุกกลุ่มจากกลุ่มที่สองไม่ชัดเจน .
การเรียงลำดับของเบส q-20 : คล้ายกับ
แสดงของซี เมย์ส subsp . เมย์กับ cms-t ( dq490953 )
และตัวแทนอื่น ๆของพืช ซี เพเรนนิส ( dq645538 )
และ Zluxurians ( dq645537 ) ให้ประโยชน์ของ 0.0 ทั้ง 3
ราย ( ตารางที่ 2 ) การปรากฏตัวของ q-20 จำเพาะในแสดงเป็น
สนับสนุนโดยขาดการลูกผสม ( f2105 × 188 )
ของกลุ่มกับสาย a188 เริ่มต้นด้วยกลุ่มใช้
เป็นเส้นของมารดา ( โต๊ะเสริม 2 อย่างไรก็ตาม ไม่คล้ายกัน
ลำดับพบแสดงสายอื่น เมย์
Z ,รวม a188 ( dq490952 ay506529 dq490951 dq645536 , , , ,
dq645539 ) [ 21 ] รูปแบบแสดงใน
เพาะเลี้ยงก่อนหน้านี้ได้ถูกอธิบายไว้ในรายงานหลาย โดย
เคมเบิล et al . [ 22 ] สังเกตการแสดงในข้าวโพด regenerants
รานี , et al . [ 23 ] สังเกตความหลากหลายของกาแฟและแสดงใน regenerants
devarumath et al . [ 24 ] )
) เดียวกันใน regenerants ชา อย่างไรก็ตาม มันไม่สามารถอธิบายได้ว่าทำไม
ยาวลำดับคล้ายกับหนึ่งที่มีอยู่ในพืชอื่น ๆซี
เกิดขึ้นในกลุ่มที่มาจาก a188 . ความน่าจะเป็นของการเกิด เช่น คล้าย
ลำดับเหตุการณ์สุ่มเป็นศูนย์
( E = 0.0 , ตารางที่ 2 ) คำอธิบายอื่นเก็งเพิ่มเติม
ยลจีโนมพืชเป็นที่รู้จักกันเป็นตัวแปรอย่างมากและ
มันมีอยู่ในหลายชุด มากกว่าชนิดเดียวของแสดง
เกิดขึ้นแม้ในสายพันธุ์แท้ [ 25 ] เศษส่วนย่อยของ cms-t
ยลกับที่เป็น undetectable โดยใช้ PCR หรือลำดับ
อาจจะอยู่ในบรรทัด a188 ต้นฉบับ ในกรณีนี้ ชนิดนี้ของสามารถเผยแพร่ในกลุ่ม
แสดงของกลุ่มที่สอง และถูกตรวจพบใช้ไพรเมอร์ที่จำเพาะ q-20 แผลเป็นและภาคใต้
ลูกผสม