The partition scheme and evolutiona

The partition scheme and evolutionary models selected were then used for maximum likelihood phylogenetic reconstruction using Garli 2.0.1 (Zwickl, 2006) and for Bayesian phylogenetic analysis using MrBayes 3.2.2 (Ronquist and Huelsenbeck, 2003). For our Garli analyses, we ran 50 bootstrap replications using the default parameter values recommended for datasets with small numbers of taxa, with 2 searches per run and 4 individuals in the population for the genetic algorithm. For our Bayesian analyses, we ran 4 chains and 2 runs of 11 million generations each, with trees sampled every 1000 generations, discarding the first 1 million generations and 1000 trees as burnin. All Garli and MrBayes runs were executed on the CIPRES Science Gateway v 3.3 (Miller et al., 2010). As we were able to collect less sequence data overall on Ateles marginatus than on any of the other taxa (and as we were unable to sequence any portion of the NAD6 gene for that sample), we ran our phylogenetic analyses in three ways: (a) including data from Ateles marginatus and analyzing all three coding regions, (b) including A. marginatus, but only considering the NAD5 and cyto- chrome B loci, and (c) excluding A. marginatus completely from the alignment. Once the phylogenetic trees were inferred, we replaced the sample names with the species name assigned according to Groves (2001) to check if the samples putatively assigned to a specific taxon formed monophyletic groups.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ชุดรูปแบบพาร์ติชันและรูปแบบวิวัฒนาการที่เลือกถูกแล้วการฟื้นฟู phylogenetic โอกาสสูงสุดที่ใช้ Garli 2.0.1 (Zwickl, 2006) และทฤษฎีวิเคราะห์ phylogenetic ใช้ MrBayes 3.2.2 (Ronquist และ Huelsenbeck, 2003) การวิเคราะห์ของเรา Garli เราวิ่ง 50 ระยะเริ่มต้นระบบโดยใช้ค่าพารามิเตอร์เริ่มต้นที่แนะนำสำหรับ datasets มีหมายเลขขนาดเล็กของ taxa กับ 2 การค้นหาต่อรันและบุคคล 4 ประชากรสำหรับอัลกอริทึมทางพันธุกรรม การวิเคราะห์ทฤษฎีของเรา เราวิ่ง 2 ทำงาน ของแต่ละรุ่น 11 ล้าน ตัวอย่างทุกรุ่น 1000 ละทิ้งการ first รุ่น 1 ล้านต้นและต้นไม้ 1000 และโซ่ 4 เป็น burnin เรียกใช้ Garli และ MrBayes ทั้งหมดได้ดำเนินการกับเกตเวย์วิทยาศาสตร์ CIPRES v 3.3 (มิลเลอร์ et al., 2010) เราไม่สามารถที่จะเก็บข้อมูลลำดับน้อยโดยรวมบน Ateles marginatus กว่าบนใด ๆ taxa อื่น ๆ (และเป็นลำดับส่วนหนึ่งส่วนใดของยีน NAD6 ในตัวอย่างที่สามารถ), เราวิ่งเราวิเคราะห์ phylogenetic ในสามวิธี: (ก) รวมถึงข้อมูลจาก Ateles marginatus และวิเคราะห์ทุกภูมิภาครหัสสาม, (b) รวมทั้งอ. marginatus แต่เพียง พิจารณา NAD5 และโครเมี่ยม cyto B lociและ (ค) ไม่รวม marginatus อ.สมบูรณ์จากตำแหน่ง เมื่อต้นไม้ phylogenetic ได้สรุป เราแทนชื่อตัวอย่างชื่อชนิดที่กำหนดตามสวน (2001) เพื่อตรวจสอบถ้าอย่างให้ specific taxon putatively ก่อตั้งกลุ่ม monophyletic

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โครงการพาร์ทิชันและรูปแบบวิวัฒนาการเลือกถูกนำมาใช้แล้วสำหรับความเป็นไปได้สูงสุดฟื้นฟูสายวิวัฒนาการโดยใช้ Garli 2.0.1 (Zwickl 2006) และสำหรับการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการแบบเบย์โดยใช้ MrBayes 3.2.2 (Ronquist และ Huelsenbeck 2003) สำหรับการวิเคราะห์ Garli ของเราเราวิ่ง 50 ซ้ำบูตโดยใช้ค่าพารามิเตอร์เริ่มต้นแนะนำสำหรับชุดข้อมูลที่มีตัวเลขเล็ก ๆ ของแท็กซ่ามี 2 ค้นหาต่อการทำงานและ 4 บุคคลในประชากรสำหรับขั้นตอนวิธีทางพันธุกรรม สำหรับการวิเคราะห์แบบเบย์ของเราเราวิ่ง 4 โซ่และ 2 วิ่ง 11 ล้านคนรุ่นแต่ละที่มีต้นไม้ตัวอย่างทุกๆ 1000 รุ่นทิ้งสายแรก 1,000,000 รุ่นและ 1,000 ต้นเป็น Burnin ทั้งหมด Garli และวิ่ง MrBayes ถูกประหารชีวิตในเกตเวย์ต้นไซเปรซวิทยาศาสตร์ V 3.3 (มิลเลอร์ et al., 2010) ขณะที่เรามีความสามารถในการเก็บรวบรวมข้อมูลลำดับน้อยโดยรวมใน Ateles marginatus กว่าที่ใด ๆ ของแท็กซ่าอื่น ๆ (และในขณะที่เราไม่สามารถลำดับส่วนหนึ่งส่วนใดของยีน NAD6 สำหรับตัวอย่างที่) เราวิ่งสายวิวัฒนาการของเราจะวิเคราะห์ในสามวิธี: ( ) รวมทั้งข้อมูลจาก Ateles marginatus และวิเคราะห์ทั้งสามภูมิภาคเข้ารหัส (ข) รวมทั้ง A. marginatus แต่เพียงพิจารณา NAD5 และโครเมี่ยม loci B cyto- และ (ค) ไม่รวม A. marginatus อย่างสมบูรณ์จากการจัดตำแหน่ง เมื่อต้นไม้ถูกอ้างถึงเราเปลี่ยนชื่อกลุ่มตัวอย่างที่มีชื่อสายพันธุ์ที่ได้รับมอบหมายตามที่โกรฟ (2001) เพื่อตรวจสอบว่ากลุ่มตัวอย่างที่ได้รับมอบหมายอย่างสมมุติที่จะแท็กซอนคที่ระบุไว้ที่เกิดขึ้นกลุ่มไฟย์เลติ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พาร์ทิชันรูปแบบวิวัฒนาการและแบบเลือกได้ใช้โอกาสฟื้นฟูสูงสุด ซึ่งใช้ garli 2.0.1 ( zwickl , 2006 ) และการวิเคราะห์แบบเบส์ ซึ่งใช้ mrbayes 3.2.2 ( ronquist และ huelsenbeck , 2003 ) การวิเคราะห์ garli ของเรา เราวิ่ง 50 บูทซ้ำโดยใช้พารามิเตอร์ค่าเริ่มต้นที่แนะนำสำหรับข้อมูลตัวเลขของความสูงขนาดเล็ก ,2 การค้นหาต่อ วิ่ง 4 คน ในประชากรสำหรับขั้นตอนวิธีทางพันธุกรรม การวิเคราะห์แบบเบส์ของเรา เราวิ่ง 4 กลุ่ม และ 2 วิ่ง 11 ล้านรุ่นแต่ละ กับต้นไม้ โดยทุกๆ 1000 รุ่น ทิ้งจึงตัดสินใจเดินทางไป 1 ล้าน รุ่น 1000 ต้นไม้ไหม้ . ทั้งหมด garli mrbayes วิ่งและถูกประหารชีวิตใน cipres วิทยาศาสตร์เกตเวย์ V 3.3 ( มิลเลอร์ et al . , 2010 )เราสามารถเก็บน้อยกว่าลำดับข้อมูลโดยรวมใน ateles marginatus กว่าใด ๆของและอื่น ๆ ( และเราไม่สามารถลำดับใด ๆ ส่วนของยีน nad6 สำหรับตัวอย่าง ) เราวิ่งการวิเคราะห์ phylogenetic ของเราสามวิธี : ( ) รวมทั้งข้อมูลจาก ateles marginatus และวิเคราะห์ 3 ( รหัสภูมิภาค b ) รวมทั้ง marginatus A ,แต่เมื่อพิจารณา nad5 cyto - โครเมี่ยมและ B ตามลำดับ และ ( c ) ยกเว้น . marginatus อย่างสมบูรณ์จากแนว ครั้งหนึ่งต้นไม้ต่างๆได้ คือ เราเปลี่ยนชื่อ กับ ชื่อพรรณไม้ ตัวอย่างที่ได้รับมอบหมายตามป่าละเมาะ ( 2001 ) เพื่อตรวจสอบว่าตัวอย่าง putatively มอบหมายให้กาจึงตั้งกลุ่ม C ชนิด monophyletic .