The acquired tandem mass spectra we

The acquired tandem mass spectra were searched against the human proteins database using Sequest search engine (Proteome Discoverer 1.1, Thermo Fischer). The setting allowed up to two missed cleavage sites and a mass tolerance of 10 ppm for precursor and 0.8 u for product ion scans. Each sample was analyzed using a set of variable modifications including propionamide on Cys, oxidation of Met, Cys, His, Trp and four Michael adducts: HNE (delta mass 156,115), HHE (delta mass 114,068), ONE (delta mass 154,099), and OHE (delta mass 112,052) on Cys, His and Lys. In this study only peptides with high and medium confidence, Xcorr valueZ1.5, ranked in position 1 in the database search were considered, if the corresponding protein was identified in three technical replicates within each experimental group. Functional protein interaction analysis was performed with Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes (STRING), i.e. a database of known and predicted protein interactions [20]. Resulted networks were clustered based on the Markov cluster algorithm (MCL), disconnected nodes were removed and resulted clusters were manually annotated. It is important to note that STRING protein– protein interaction analysis, performed in the current study, relay on the knowledge databases which are summing up reported physical interactions (proteins binding) as well as neighborhood in

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แรมสเป็คตรามวลตัวตามกันไปซื้อมาถูกค้นกับฐานข้อมูลของโปรตีนที่มนุษย์ใช้เครื่องมือค้นหา Sequest (Proteome Discoverer 1.1 เทอร์โมตื่น) การตั้งค่าได้ถึงสองพลาดไซต์ปริและยอมรับโดยรวมของ 10 ppm สำหรับสารตั้งต้นและ 0.8 u สำหรับผลิตภัณฑ์ไอออนสแกน แต่ละตัวอย่างได้วิเคราะห์โดยใช้ชุดของตัวแปรปรับเปลี่ยนรวมถึง propionamide ใน Cys ออกซิเดชันของเม็ท Cys เขา Trp และ Michael สี่ adducts: HNE (เดลต้ามวล 156,115) HHE (เดลต้ามวล 114,068), หนึ่ง (เดลต้ามวล 154,099), และ OHE (เดลต้ามวล 112,052) บน Cys เขาและ Lys ในการศึกษานี้ เปปไทด์เดียวกับขนาดกลางสูง และความมั่นใจ Xcorr valueZ1.5 ตำแหน่งที่ 1 ในการค้นหาฐานข้อมูลการจัดอันดับได้ว่า ระบุโปรตีนที่เกี่ยวข้องใน 3 เทคนิคเหมือนกับภายในแต่ละกลุ่มทดลอง วิเคราะห์โปรตีนทำงานโต้ตอบที่ดำเนินการ ด้วยเครื่องมือค้นหาสำหรับการเรียกของโต้ตอบยีน (สตริง), เช่นฐานข้อมูลของโปรตีนที่รู้จัก และคาดการณ์โต้ตอบ [20] ส่งผลให้เครือข่ายได้จับกลุ่มตามในแบบ Markov คลัสเตอร์อัลกอริทึม (MCL), เชื่อมต่อโหนถูกเอาออก และมีการใส่คำอธิบายประกอบผลคลัสเตอร์ด้วยตนเอง สิ่งสำคัญคือต้องทราบว่า สตริโปรตีน – โปรตีนโต้ตอบการวิเคราะห์ ดำเนินการในการศึกษาปัจจุบัน relay บนฐานข้อมูลความรู้ซึ่งรวมค่ารายงานโต้ตอบทางกายภาพ (โปรตีนผูก) ตลอดจนพื้นที่ใกล้เคียงใน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ที่ได้มาควบคู่สเปกตรัมมวลถูกค้นกับฐานข้อมูลโปรตีนของมนุษย์โดยใช้เครื่องมือค้นหา Sequest (โปรตีน Discoverer 1.1 เทอร์โมฟิชเชอร์) การตั้งค่าที่ได้รับอนุญาตได้ถึงสองเว็บไซต์แตกแยกพลาดและความอดทนมวลของ 10 นาทีสำหรับสารตั้งต้นและ 0.8 ยูไอออนสแกนสินค้า ตัวอย่างแต่ละคนได้รับการวิเคราะห์โดยใช้ชุดของการปรับเปลี่ยนตัวแปรรวมทั้ง propionamide ใน Cys, ออกซิเดชันของ Met, Cys ของเขา, Trp และสี่ adducts ไมเคิล: hne (มวลเดลต้า 156115) HHE (มวลเดลต้า 114068) หนึ่ง (มวลเดลต้า 154099) และ OHE (มวลเดลต้า 112052) บน Cys และลิซของเขา ในการศึกษานี้เปปไทด์เท่านั้นที่มีความเชื่อมั่นสูงและกลาง Xcorr valueZ1.5 อันดับในตำแหน่งที่ 1 ในการค้นหาฐานข้อมูลได้รับการพิจารณาถ้าโปรตีนที่สอดคล้องกันที่ถูกระบุอยู่ในสามซ้ำทางเทคนิคในแต่ละกลุ่มทดลอง การวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์โปรตีนทำงานได้ดำเนินการกับเครื่องมือค้นหาสำหรับการดึงของยีนโต้ตอบ (STRING) คือฐานข้อมูลของที่รู้จักและคาดการณ์โปรตีน [20] ส่งผลให้เครือข่ายคลัสเตอร์ถูกขึ้นอยู่กับขั้นตอนวิธีการกลุ่มมาร์คอฟ (MCL) โหนดตัดการเชื่อมต่อที่ถูกถอดออกและส่งผลให้กลุ่มที่ถูกข้อเขียนด้วยตนเอง มันเป็นสิ่งสำคัญที่จะทราบว่า STRING โปรตีนโปรตีนการวิเคราะห์การทำงานร่วมกันดำเนินการในการศึกษาในปัจจุบัน, การถ่ายทอดความรู้ในฐานข้อมูลที่มีการรายงานข้อสรุปถึงการมีปฏิสัมพันธ์ทางกายภาพ (โปรตีน) เช่นเดียวกับในพื้นที่ใกล้เคียง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

มวลสเปกตรัมถูกค้นได้มาควบคู่กับโปรตีนของมนุษย์ฐานข้อมูลโดยใช้เครื่องมือค้นหา sequest ( ผู้ค้นพบโปรตีน 1.1 , เทอร์โมฟิชเชอร์ ) การตั้งค่าอนุญาตถึงสองพลาดการเว็บไซต์และมวลมากกว่า 10 ppm และสารตั้งต้นและ 0.8 U สำหรับสแกนไอออนผลิตภัณฑ์ แต่ละตัวอย่างวิเคราะห์ข้อมูลโดยใช้ชุดของการปรับเปลี่ยนตัวแปร ได้แก่ propionamide ในภาวะออกซิเดชันของพบภาวะ , เขา , TRP และสี่ adducts ไมเคิล : hne ( Delta มวล 156115 ) เขา ( Delta มวล 114068 ) หนึ่ง ( Delta มวล 154099 นนา โอ ( เดลต้า ) และมวล 112052 ) ในภาวะของเขา และ . . ในการศึกษานี้เท่านั้น เปปไทด์สูงขนาดกลางและความมั่นใจ xcorr valuez1.5 อันดับในตำแหน่ง 1 ในการค้นหาฐานข้อมูลที่ถูกพิจารณาหากเป็นโปรตีนที่ถูกระบุใน 3 ซ้ำทางเทคนิคภายในแต่ละคน กลุ่ม ฟังก์ชันการวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์โปรตีนได้ด้วยเครื่องมือค้นหาการทำยีน ( string ) คือฐานข้อมูลของโปรตีนที่รู้จักและทำนายปฏิกิริยา [ 20 ] ส่งผลให้เกิดเครือข่ายเป็นกลุ่มตามขั้นตอนวิธีแบบคลัสเตอร์ ( mcl )เชื่อมต่อโหนดคลัสเตอร์ได้ด้วยตนเอง จึงได้ออกบันทึกย่อ . มันเป็นสิ่งสำคัญที่จะทราบว่าสายโปรตีนซึ่งโปรตีนการวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ดำเนินการในการศึกษาปัจจุบัน ถ่ายทอดความรู้เกี่ยวกับฐานข้อมูลซึ่งจะสรุปรายงานการติดต่อทางกายภาพ ( โปรตีนผูกพัน ) รวมทั้งละแวก