2.2. Data analysesSeveral brachyura

2.2. Data analyses
Several brachyuran sequences were obtained from the GenBank public sequence database and together with the obtained DNA Barcoding and authentication sequences were used as an in group in a phylogenetic analysis. The anomuran Emerita analoga was used to root the phylogenetic tree (GenBank accession number GU443275). For each kind of sequence (haplotypes with less of 5% of differentiation) found in the authentication (AeG) a consensus sequence was generated in order to decrease the amount of units in the phylogenetic analysis. In the same way, for each barcoded species a consensus sequence was generated for phylogenetic analysis.Phylogenetic analysis was performed using Maximum Likelihood (ML) with Modeltest (Posada & Crandall, 1998) to determine the molecular model that better adjusts to the data for ML analysis,as implemented in the PAUP 4.0b10 plugin for Geneious Pro 5.1.7 (Biomatters Ltd.). In order to determine the support that the data gives to the nodes of the phylogenetic hypothesis generated,a bootstrap with 10,000 heuristic searches was performed also using the PAUP 4.0b10 plugin for Geneious Pro.


 

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.2 การวิเคราะห์ข้อมูลลำดับ brachyuran
หลายคนที่ได้รับจากฐานข้อมูลลำดับประชาชน genbank และร่วมกับบาร์โค้ดดีเอ็นเอและการตรวจสอบลำดับที่ได้ถูกนำมาใช้ในขณะที่ในกลุ่มในการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการ analoga anomuran Emerita ถูกใช้ในการรากต้นไม้สายวิวัฒนาการ (จำนวนเข้า genbank gu443275)สำหรับชนิดของการลำดับ (พบ haplotype มีน้อย 5% ของความแตกต่าง) แต่ละที่พบในการตรวจสอบ (AEG) ลำดับฉันทามติถูกสร้างขึ้นเพื่อที่จะลดปริมาณของหน่วยงานในการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการ ในลักษณะเดียวกันสำหรับแต่ละชนิด barcoded ลำดับฉันทามติที่ถูกสร้างขึ้นสำหรับการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการได้รับการดำเนินการโดยใช้ความน่าจะเป็นสูงสุด (มล. ) ที่มี modeltest (Posada & crandall, 1998) ในการกำหนดรูปแบบโมเลกุลที่ดีกว่าที่จะปรับข้อมูลสำหรับการวิเคราะห์ มล. ในขณะที่การดำเนินการใน PAUP 4.0b10 ปลั๊กอินเพื่อ Geneious โปร 5.1.7 (biomatters LTD.) เพื่อตรวจสอบว่าข้อมูลที่ได้รับการสนับสนุนให้กับโหนดของสายวิวัฒนาการสมมติฐานที่สร้างขึ้นที่บูตกับ 10,000 ค้นหาเรียนรู้ได้ดำเนินการยังมีการใช้ PAUP 4.0b10 ปลั๊กอินโปร Geneious.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.2 วิเคราะห์ข้อมูล
ลำดับหลาย brachyuran ได้รับมาจากฐานข้อมูลสาธารณะลำดับ GenBank และกับซอฟต์แวร์ดีเอ็นเอได้รับและการตรวจสอบ ลำดับถูกใช้เป็นกลุ่มในการวิเคราะห์ phylogenetic ใช้ anomuran Emerita analoga รากต้นไม้ phylogenetic (GenBank เลขทะเบียน GU443275) สำหรับแต่ละชนิดของลำดับ (haplotypes มีน้อย 5% ของการสร้างความแตกต่าง) พบฉันทามติในการรับรองความถูกต้อง (AeG) มีสร้างลำดับการลดจำนวนของหน่วยในการวิเคราะห์ phylogenetic เดียว ในแต่ละสปีชีส์ barcoded ลำดับช่วยสร้าง phylogenetic วิเคราะห์วิเคราะห์ phylogenetic ถูกดำเนินการด้วยความเป็นไปได้สูงสุด (มล) Modeltest (อิ่ม& Crandall, 1998) เพื่อกำหนดรูปแบบโมเลกุลที่ดี ปรับปรุงข้อมูลสำหรับการวิเคราะห์ ML เป็นมาใช้ในปลั๊กอิน 4.0b10 PAUP Geneious Pro 5.1.7 (Biomatters Ltd.) เพื่อกำหนดสนับสนุนที่ให้ข้อมูลโหนของสมมติฐาน phylogenetic สร้างbootstrap กับค้นหาแล้ว 10000 ทำยัง ใช้ปลั๊กอิน 4.0b10 PAUP Geneious Pro

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.2 . การวิเคราะห์ข้อมูล
ลำดับ brachyuran หลายคนได้รับจากเลี้ยงดูที่ฐานข้อมูลตามลำดับสาธารณะและร่วมกันด้วยดีเอ็นเอได้รับการตรวจสอบความถูกต้องของลำดับและ barcoding ได้ถูกนำมาใช้เป็นในกลุ่มที่อยู่ในการวิเคราะห์ phylogenetic ที่ analoga emerita anomuran นั้นถูกใช้กับรากต้นไม้ phylogenetic (เลี้ยงดู ภาค ยา นุวัติ 443275 จำนวนผู้ใช้บริการ)สำหรับแต่ละ ประเภท ของ Sequence ( haplotypes พร้อมด้วยน้อยลง 5% ของความแตกต่าง)พบว่าในการตรวจสอบความถูกต้อง(, AEG ,)ตามลำดับฉันทามติที่ถูกสร้างขึ้นในการสั่งซื้อเพื่อลดจำนวนของหน่วยในการวิเคราะห์ phylogenetic ได้ ในทางเดียวกันสำหรับสายพันธุ์ barcoded แต่ละครั้งตามลำดับฉันทามติที่ถูกสร้างขึ้นสำหรับการวิเคราะห์ phylogeneticการวิเคราะห์ phylogenetic ได้ดำเนินการโดยใช้สูงสุดโอกาส(มล.)พร้อมด้วย modeltest (ลูอิซโปซาดาการ์ริ& crandall 1998 )เพื่อระบุรุ่นระดับโมเลกุลที่ดีขึ้นปรับเข้ากับข้อมูลสำหรับการวิเคราะห์มล.และนำมาใช้ในปลั๊กอิน paup 4.0 B 10 ให้ geneious Pro 5.1.7 ( biomatters จำกัด) ในการสั่งซื้อเพื่อดูการสนับสนุนได้ว่าข้อมูลที่ให้ไปยังโหนดที่สมมุติฐาน phylogenetic ที่ถูกสร้างขึ้นBootstrap Processor พร้อมด้วย 10 , 000 การค้นหา Heuristic ได้ดำเนินการยังใช้ปลั๊กอิน paup 4.0 B 10 ให้ geneious pro .