- ข้อความ
- ประวัติศาสตร์
2. Analyzing multi-locus data using
2. Analyzing multi-locus data using a single locus framework
One objective of molecular phylogenetics is to provide comprehensive
and well-supported phylogenies that reflect species relationships.
While this objective has remained constant throughout
the last 50 years, the ability to interrogate different types of molecular
data and the methodologies used to analyze these data has
changed considerably. Earlier studies of molecular evolution
inferred species relationships utilizing immunological and hybridization
techniques. Although these studies made exciting contributions,
particularly with regard to our close genetic relationship
to chimpanzees and gorillas (e.g., Goodman, 1961, 1962a,b,
1963a,b), they offered only crude measures of genetic relatedness.
Aided by technical advances in molecular biology, later studies
were able to overcome this limitation by directly sequencing
polypeptide chains and DNA, and from these data infer rates of
sequence evolution, gene trees, and divergence times (e.g., as discussed
in Goodman, 1996). The traditional molecular phylogenetic
framework employed by such studies infers a gene tree and uses it
as a hypothesis for the species tree, and infers divergence times
across the gene tree through the use of a fossil calibration point
and assumption of a molecular clock.
More recently the field of molecular phylogenetics has shifted
from single locus studies to multi-locus studies that capture large
segments of the nuclear genome. In order to apply the traditional
molecular phylogenetic approach to large multi-locus datasets,
multiple regions of the genome are concatenated into a supermatrix
for analysis (reviewed in de Queiroz and Gatesy, 2007), or
1055-7903/$ - see front matter Published by Elsevier Inc.
http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2012.08.021
⇑ Corresponding author at: 308 Condon Hall, Department of Anthropology, 335
Pacific Hall, 5289 University of Oregon Eugene, OR 97403, USA. Fax: +1 541 346
0668.
E-mail address: nting@uoregon.edu (N. Ting).
Molecular Phylogenetics and Evolution 66 (2013) 565–568
Contents lists available at SciVerse ScienceDirect
Molecular Phylogenetics and Evolution
journal homepage: www.elsevier.com/locate/ympev
multiple loci are analyzed separately and the resulting trees are
combined to form a consensus tree (reviewed in Bininda-Emonds,
2004). While it has been known for some time that gene trees can
be incongruent with one another and the species tree (e.g., see,
Goodman et al., 1979), these ‘‘supermatrix’’ and ‘‘supertree’’ methods
(we will from here on refer to these as ‘‘consensus methods’’)
assume that capturing the most common phylogenetic signal or
tree will produce a gene tree that accurately represents species
relationships. Within this framework, gene tree incongruence is
viewed as an obstacle in the search for true species relationships.
The consensus method approach has been used extensively in
recent studies to infer primate phylogenetic relationships from
multi-locus data (including Horvath et al., 2008; Wildman et al.,
2009; Jameson et al., 2011; Perelman et al., 2011; Wang et al.,
2012). For example, Perelman and colleagues (2011) included as
many as 191 primate species across 54 genes and 34,941 orthologous
base pairs in their study and Jameson and colleagues (2011)
sampled eight primate species across more than 1000 genes and
one million orthologous base pairs. As a result, we now have a near
fully resolved, well-supported, and taxonomically complete genuslevel
phylogenetic tree for the living primates (Perelman et al.,
2011). But is this phylogeny an accurate representation of primate
species relationships?
Over the past few years, it has become apparent that consensus
methods have theoretical limitations and drawbacks when it
comes to the analysis of large multi-locus datasets (Degnan and
Rosenberg, 2009; Edwards, 2009). For example, obtaining a false
phylogenetic signal through the use of supermatrix methods can
occur if substantial amounts of sequence in the dataset are from
linked parts of the genome and/or have faster rates of evolution
than other parts, thus swamping out potential true phylogenetic
signal found at other loci. Results from the supermatrix method
are also highly influenced by the selection of alleles in the concatenation
process, which is often not taken into account (Weisrock
et al., 2012). Furthermore, results from consensus approaches can
be confounded by gene tree incongruence due to past hybridization
and can fail to uncover such subtleties in the evolutionary
history of species. Lastly, consensus methods may lead to very
well-supported and well-resolved relationships that are not concordant
with the species tree. This can happen at nodes with short
branch lengths and/or large ancestral effective population sizes
because such nodes are expected to contain gene trees that are frequently
discordant from the species tree due to incomplete lineage
sorting (reviewied in Degnan and Rosenberg (2009) and Edwa
One objective of molecular phylogenetics is to provide comprehensive
and well-supported phylogenies that reflect species relationships.
While this objective has remained constant throughout
the last 50 years, the ability to interrogate different types of molecular
data and the methodologies used to analyze these data has
changed considerably. Earlier studies of molecular evolution
inferred species relationships utilizing immunological and hybridization
techniques. Although these studies made exciting contributions,
particularly with regard to our close genetic relationship
to chimpanzees and gorillas (e.g., Goodman, 1961, 1962a,b,
1963a,b), they offered only crude measures of genetic relatedness.
Aided by technical advances in molecular biology, later studies
were able to overcome this limitation by directly sequencing
polypeptide chains and DNA, and from these data infer rates of
sequence evolution, gene trees, and divergence times (e.g., as discussed
in Goodman, 1996). The traditional molecular phylogenetic
framework employed by such studies infers a gene tree and uses it
as a hypothesis for the species tree, and infers divergence times
across the gene tree through the use of a fossil calibration point
and assumption of a molecular clock.
More recently the field of molecular phylogenetics has shifted
from single locus studies to multi-locus studies that capture large
segments of the nuclear genome. In order to apply the traditional
molecular phylogenetic approach to large multi-locus datasets,
multiple regions of the genome are concatenated into a supermatrix
for analysis (reviewed in de Queiroz and Gatesy, 2007), or
1055-7903/$ - see front matter Published by Elsevier Inc.
http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2012.08.021
⇑ Corresponding author at: 308 Condon Hall, Department of Anthropology, 335
Pacific Hall, 5289 University of Oregon Eugene, OR 97403, USA. Fax: +1 541 346
0668.
E-mail address: nting@uoregon.edu (N. Ting).
Molecular Phylogenetics and Evolution 66 (2013) 565–568
Contents lists available at SciVerse ScienceDirect
Molecular Phylogenetics and Evolution
journal homepage: www.elsevier.com/locate/ympev
multiple loci are analyzed separately and the resulting trees are
combined to form a consensus tree (reviewed in Bininda-Emonds,
2004). While it has been known for some time that gene trees can
be incongruent with one another and the species tree (e.g., see,
Goodman et al., 1979), these ‘‘supermatrix’’ and ‘‘supertree’’ methods
(we will from here on refer to these as ‘‘consensus methods’’)
assume that capturing the most common phylogenetic signal or
tree will produce a gene tree that accurately represents species
relationships. Within this framework, gene tree incongruence is
viewed as an obstacle in the search for true species relationships.
The consensus method approach has been used extensively in
recent studies to infer primate phylogenetic relationships from
multi-locus data (including Horvath et al., 2008; Wildman et al.,
2009; Jameson et al., 2011; Perelman et al., 2011; Wang et al.,
2012). For example, Perelman and colleagues (2011) included as
many as 191 primate species across 54 genes and 34,941 orthologous
base pairs in their study and Jameson and colleagues (2011)
sampled eight primate species across more than 1000 genes and
one million orthologous base pairs. As a result, we now have a near
fully resolved, well-supported, and taxonomically complete genuslevel
phylogenetic tree for the living primates (Perelman et al.,
2011). But is this phylogeny an accurate representation of primate
species relationships?
Over the past few years, it has become apparent that consensus
methods have theoretical limitations and drawbacks when it
comes to the analysis of large multi-locus datasets (Degnan and
Rosenberg, 2009; Edwards, 2009). For example, obtaining a false
phylogenetic signal through the use of supermatrix methods can
occur if substantial amounts of sequence in the dataset are from
linked parts of the genome and/or have faster rates of evolution
than other parts, thus swamping out potential true phylogenetic
signal found at other loci. Results from the supermatrix method
are also highly influenced by the selection of alleles in the concatenation
process, which is often not taken into account (Weisrock
et al., 2012). Furthermore, results from consensus approaches can
be confounded by gene tree incongruence due to past hybridization
and can fail to uncover such subtleties in the evolutionary
history of species. Lastly, consensus methods may lead to very
well-supported and well-resolved relationships that are not concordant
with the species tree. This can happen at nodes with short
branch lengths and/or large ancestral effective population sizes
because such nodes are expected to contain gene trees that are frequently
discordant from the species tree due to incomplete lineage
sorting (reviewied in Degnan and Rosenberg (2009) and Edwa
0/5000
2. วิเคราะห์ข้อมูลหลายโลกัสโพลใช้กรอบเดียวโลกัสโพลวัตถุประสงค์หนึ่งของวงศ์วานวิวัฒนาการระดับโมเลกุลคือเพื่อ ให้ครอบคลุมและ phylogenies ได้รับการสนับสนุนอย่างดีที่แสดงถึงความสัมพันธ์ของสายพันธุ์ในขณะที่วัตถุประสงค์ยังคงคงที่ตลอด50 ปี ความสามารถในการถามชนิดของโมเลกุลข้อมูลและวิธีที่ใช้ในการวิเคราะห์ข้อมูลเหล่านี้ได้เปลี่ยนแปลงอย่างมาก การศึกษาก่อนหน้านี้ของวิวัฒนาการเชิงโมเลกุลข้อสรุปความสัมพันธ์ชนิดที่ใช้ปรับภูมิคุ้มกันและ hybridizationเทคนิค แม้ว่าการศึกษาเหล่านี้ทำผลงานน่าตื่นเต้นโดยเฉพาะอย่างยิ่งเกี่ยวกับความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของเราลิงชิมแปนซีและกอริลล่า (เช่น Goodman, 1961, 1962a, b1963a, b), พวกเขานำเสนอ relatedness พันธุกรรมเฉพาะดิบวัดโดยความก้าวหน้าทางเทคนิคในอณูชีววิทยา การศึกษาในภายหลังสามารถเอาชนะข้อจำกัดนี้ โดยการจัดลำดับโดยตรงโซ่ของ polypeptide และดีเอ็นเอ และจากข้อมูลเหล่านี้สรุปราคาของลำดับวิวัฒนาการ ยีนต้นไม้ และ divergence เท่า (เช่น กล่าวใน Goodman, 1996) ความโมเลกุล phylogeneticกรอบการจ้างงาน โดยการศึกษาดังกล่าว infers ยีนต้นไม้ และใช้ในเป็นสมมติฐานสำหรับต้นไม้พันธุ์ และ infers divergence ครั้งข้ามต้นไม้ยีนผ่านจุดที่สอบเทียบซากดึกดำบรรพ์และสมมติฐานของนาฬิกาโมเลกุลเมื่อเร็ว ๆ นี้ มีเลื่อนฟิลด์ของวงศ์วานวิวัฒนาการระดับโมเลกุลจากการศึกษาเดียวโลกัสโพลเพื่อศึกษาหลายโลกัสโพลที่จับขนาดใหญ่segments of the nuclear genome. In order to apply the traditionalmolecular phylogenetic approach to large multi-locus datasets,multiple regions of the genome are concatenated into a supermatrixfor analysis (reviewed in de Queiroz and Gatesy, 2007), or1055-7903/$ - see front matter Published by Elsevier Inc.http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2012.08.021⇑ Corresponding author at: 308 Condon Hall, Department of Anthropology, 335Pacific Hall, 5289 University of Oregon Eugene, OR 97403, USA. Fax: +1 541 3460668.E-mail address: nting@uoregon.edu (N. Ting).Molecular Phylogenetics and Evolution 66 (2013) 565–568Contents lists available at SciVerse ScienceDirectMolecular Phylogenetics and Evolutionjournal homepage: www.elsevier.com/locate/ympevmultiple loci are analyzed separately and the resulting trees arecombined to form a consensus tree (reviewed in Bininda-Emonds,2004). While it has been known for some time that gene trees canbe incongruent with one another and the species tree (e.g., see,Goodman et al., 1979), these ‘‘supermatrix’’ and ‘‘supertree’’ methods(we will from here on refer to these as ‘‘consensus methods’’)assume that capturing the most common phylogenetic signal ortree will produce a gene tree that accurately represents speciesrelationships. Within this framework, gene tree incongruence isviewed as an obstacle in the search for true species relationships.The consensus method approach has been used extensively inrecent studies to infer primate phylogenetic relationships frommulti-locus data (including Horvath et al., 2008; Wildman et al.,2009; Jameson et al., 2011; Perelman et al., 2011; Wang et al.,2012). For example, Perelman and colleagues (2011) included asmany as 191 primate species across 54 genes and 34,941 orthologousbase pairs in their study and Jameson and colleagues (2011)sampled eight primate species across more than 1000 genes andone million orthologous base pairs. As a result, we now have a nearfully resolved, well-supported, and taxonomically complete genuslevelphylogenetic tree for the living primates (Perelman et al.,2011). But is this phylogeny an accurate representation of primatespecies relationships?Over the past few years, it has become apparent that consensusmethods have theoretical limitations and drawbacks when itcomes to the analysis of large multi-locus datasets (Degnan andRosenberg, 2009; Edwards, 2009). For example, obtaining a falsephylogenetic signal through the use of supermatrix methods canoccur if substantial amounts of sequence in the dataset are fromlinked parts of the genome and/or have faster rates of evolutionthan other parts, thus swamping out potential true phylogeneticsignal found at other loci. Results from the supermatrix methodare also highly influenced by the selection of alleles in the concatenationprocess, which is often not taken into account (Weisrock
et al., 2012). Furthermore, results from consensus approaches can
be confounded by gene tree incongruence due to past hybridization
and can fail to uncover such subtleties in the evolutionary
history of species. Lastly, consensus methods may lead to very
well-supported and well-resolved relationships that are not concordant
with the species tree. This can happen at nodes with short
branch lengths and/or large ancestral effective population sizes
because such nodes are expected to contain gene trees that are frequently
discordant from the species tree due to incomplete lineage
sorting (reviewied in Degnan and Rosenberg (2009) and Edwa
et al., 2012). Furthermore, results from consensus approaches can
be confounded by gene tree incongruence due to past hybridization
and can fail to uncover such subtleties in the evolutionary
history of species. Lastly, consensus methods may lead to very
well-supported and well-resolved relationships that are not concordant
with the species tree. This can happen at nodes with short
branch lengths and/or large ancestral effective population sizes
because such nodes are expected to contain gene trees that are frequently
discordant from the species tree due to incomplete lineage
sorting (reviewied in Degnan and Rosenberg (2009) and Edwa
การแปล กรุณารอสักครู่..
2. การวิเคราะห์ข้อมูลหลายสถานทีโดยใช้กรอบความเชื่ออำนาจเดียว
หนึ่งวัตถุประสงค์ของโมเลกุล phylogenetics คือการให้ครอบคลุม
phylogenies อย่างดีและได้รับการสนับสนุนที่สะท้อนให้เห็นถึงความสัมพันธ์ชนิด.
ในขณะที่วัตถุประสงค์นี้ยังคงคงที่ตลอด
ช่วง 50 ปีที่ผ่านมาความสามารถในการสอบถามความแตกต่างของ โมเลกุล
ข้อมูลและวิธีการที่ใช้ในการวิเคราะห์ข้อมูลเหล่านี้มี
การเปลี่ยนแปลงอย่างมาก การศึกษาก่อนหน้าของโมเลกุลวิวัฒนาการ
ความสัมพันธ์อนุมานชนิดใช้ภูมิคุ้มกันและการผสมพันธุ์
เทคนิค ถึงแม้ว่าการศึกษาเหล่านี้ทำผลงานที่น่าตื่นเต้น
โดยเฉพาะอย่างยิ่งในเรื่องเกี่ยวกับความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของเราอย่างใกล้ชิดกับ
ชิมแปนซีและกอริลล่า (เช่นสามี 1961, 1962a, B,
1963a, B) พวกเขาให้เฉพาะมาตรการน้ำมันดิบของความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม.
รับความช่วยเหลือจากความก้าวหน้าทางเทคนิคในระดับโมเลกุล ชีววิทยาการศึกษาต่อมา
ก็สามารถที่จะเอาชนะข้อ จำกัด นี้โดยตรงโดยลำดับ
polypeptide โซ่และ DNA และจากข้อมูลเหล่านี้สรุปอัตราการ
วิวัฒนาการลำดับต้นไม้ยีนและเวลาที่แตกต่างกัน (เช่นตามที่กล่าวไว้
ในกู๊ดแมน, 1996) แบบโมเลกุล phylogenetic
กรอบการจ้างงานโดยการศึกษาดังกล่าวอ้างถึงต้นไม้ยีนและใช้มัน
เป็นสมมติฐานต้นไม้ชนิดและอนุมานครั้งแตกต่าง
ข้ามต้นไม้ยีนที่ผ่านการใช้จุดสอบเทียบฟอสซิล
และข้อสันนิษฐานของนาฬิกาโมเลกุล.
อีกไม่นาน เขตของโมเลกุล phylogenetics ได้เปลี่ยน
จากการศึกษาสถานทีเดียวกับการศึกษาหลายสถานทีที่จับขนาดใหญ่
ส่วนของจีโนมนิวเคลียร์ เพื่อที่จะนำไปใช้แบบดั้งเดิม
วิธีโมเลกุล phylogenetic ชุดข้อมูลขนาดใหญ่หลายที
หลายภูมิภาคของจีโนมที่มีการตัดแบ่ง supermatrix
สำหรับการวิเคราะห์ (สอบทานใน Queiroz และ Gatesy 2007) หรือ
1055-7903 / $ - เห็นหน้าเรื่องการตีพิมพ์ โดยเอลส์อิงค์
http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2012.08.021
⇑ผู้รับผิดชอบที่: 308 Condon ฮอลล์ภาควิชามานุษยวิทยา 335
แปซิฟิคฮอลล์ 5289 มหาวิทยาลัยออริกอน Eugene, OR 97403, USA . โทรสาร: +1 541 346
0668.
E-mail address: nting@uoregon.edu (เอ็น Ting).
โมเลกุล Phylogenetics และวิวัฒนาการ 66 (2013) 565-568
สารบัญรายการสามารถดูได้ที่ SciVerse ScienceDirect
โมเลกุล Phylogenetics และวิวัฒนาการ
หน้าแรกวารสาร: www elsevier.com/locate/ympev
ตำแหน่งหลายมีการวิเคราะห์แยกต่างหากและต้นไม้ที่เกิดขึ้นจะมีการ
รวมกันเพื่อสร้างต้นไม้ฉันทามติ (สอบทานใน Bininda-Emonds,
2004) ในขณะที่มันได้รับการรู้จักสำหรับบางเวลาที่ต้นไม้ยีนสามารถ
จะสอดคล้องกันกับคนอื่นและต้นไม้ชนิด (เช่นเห็น
สามี et al., 1979) เหล่านี้ '' supermatrix '' และ '' supertree '' วิธีการ
(เราจะ จากที่นี่ที่อ้างถึงเหล่านี้เป็น '' วิธีฉันทามติ '')
สมมติว่าจับสัญญาณสายวิวัฒนาการที่พบมากที่สุดหรือ
ต้นไม้จะผลิตต้นไม้ยีนที่ถูกต้องหมายถึงสายพันธุ์
ความสัมพันธ์ ภายในกรอบนี้ต้นไม้ยีน incongruence จะถูก
มองว่าเป็นอุปสรรคในการค้นหาความสัมพันธ์ของสายพันธุ์ที่แท้จริง.
วิธีการวิธีฉันทามติได้ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางใน
การศึกษาล่าสุดเพื่อสรุปความสัมพันธ์ phylogenetic เจ้าคณะจาก
ข้อมูลหลายสถานที (รวมทั้ง Horvath et al, 2008. Wildman, et al.,
2009; Jameson et al, 2011;. Perelman et al, 2011;.. วัง, et al,
2012) ยกตัวอย่างเช่น Perelman และเพื่อนร่วมงาน (2011) รวม
เป็นจำนวนมาก 191 สายพันธุ์ทั่วเจ้าคณะ 54 ยีนและ 34,941 orthologous
ฐานคู่ในการศึกษาของพวกเขาและเจมสันและเพื่อนร่วมงาน (2011)
ตัวอย่างแปดสายพันธุ์เจ้าคณะข้ามมากกว่า 1000 ยีนและ
หนึ่งล้านฐานคู่ orthologous เป็นผลให้ขณะนี้เรามีที่อยู่ใกล้
การแก้ไขอย่างเต็มที่ทั้งการสนับสนุนและ genuslevel สมบูรณ์ taxonomically
phylogenetic ต้นไม้สำหรับบิชอพที่อยู่อาศัย (Perelman et al.,
2011) แต่เป็นเชื้อชาตินี้เป็นตัวแทนที่ถูกต้องของเจ้าคณะ
ความสัมพันธ์พันธุ์?
ในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมามันได้กลายเป็นที่ชัดเจนว่าฉันทามติ
วิธีการมีข้อ จำกัด ทางทฤษฎีและข้อเสียเมื่อมัน
มาถึงการวิเคราะห์ขนาดใหญ่ชุดข้อมูลหลายสถานที (Degnan และ
โรเซนเบิร์ก 2009; เอ็ดเวิร์ด 2009) ยกตัวอย่างเช่นการได้รับการเท็จ
สัญญาณสายวิวัฒนาการผ่านการใช้วิธีการ supermatrix สามารถ
เกิดขึ้นได้ถ้าจำนวนมากของลำดับในชุดข้อมูลที่มาจาก
ชิ้นส่วนที่เชื่อมโยงของจีโนมและ / หรือมีอัตราที่เร็วขึ้นของวิวัฒนาการ
กว่าส่วนอื่น ๆ จึงท่วมศักยภาพ phylogenetic จริง
สัญญาณ พบได้ที่ตำแหน่งอื่น ๆ ผลที่ได้จากวิธีการ supermatrix
ยังได้รับอิทธิพลอย่างสูงจากการเลือกของอัลลีลในการ concatenation
กระบวนการซึ่งมักจะไม่นำเข้าบัญชี (Weisrock
et al., 2012) นอกจากนี้ผลจากแนวทางฉันทามติสามารถ
จะอับอายโดย incongruence ต้นไม้ยีนเนื่องจากการผสมพันธุ์ที่ผ่านมา
และสามารถล้มเหลวที่จะเปิดเผยรายละเอียดปลีกย่อยเช่นในวิวัฒนาการ
ประวัติศาสตร์ของสายพันธุ์ สุดท้ายวิธีฉันทามติอาจนำไปสู่มาก
ความสัมพันธ์ที่ดีได้รับการสนับสนุนอย่างดีและได้รับการแก้ไขที่ไม่สอดคล้อง
กับต้นไม้ชนิดนี้ นี้สามารถเกิดขึ้นที่โหนดสั้น
ความยาวสาขาและ / หรือขนาดใหญ่ของบรรพบุรุษที่มีประสิทธิภาพขนาดประชากร
เพราะโหนดดังกล่าวคาดว่าจะมีต้นไม้ยีนที่มักจะ
ไม่ปรองดองกันจากต้นไม้ชนิดเนื่องจากเชื้อสายสมบูรณ์
เรียงลำดับ (reviewied ใน Degnan และโรเซนเบิร์ก (2009) และ Edwa
หนึ่งวัตถุประสงค์ของโมเลกุล phylogenetics คือการให้ครอบคลุม
phylogenies อย่างดีและได้รับการสนับสนุนที่สะท้อนให้เห็นถึงความสัมพันธ์ชนิด.
ในขณะที่วัตถุประสงค์นี้ยังคงคงที่ตลอด
ช่วง 50 ปีที่ผ่านมาความสามารถในการสอบถามความแตกต่างของ โมเลกุล
ข้อมูลและวิธีการที่ใช้ในการวิเคราะห์ข้อมูลเหล่านี้มี
การเปลี่ยนแปลงอย่างมาก การศึกษาก่อนหน้าของโมเลกุลวิวัฒนาการ
ความสัมพันธ์อนุมานชนิดใช้ภูมิคุ้มกันและการผสมพันธุ์
เทคนิค ถึงแม้ว่าการศึกษาเหล่านี้ทำผลงานที่น่าตื่นเต้น
โดยเฉพาะอย่างยิ่งในเรื่องเกี่ยวกับความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของเราอย่างใกล้ชิดกับ
ชิมแปนซีและกอริลล่า (เช่นสามี 1961, 1962a, B,
1963a, B) พวกเขาให้เฉพาะมาตรการน้ำมันดิบของความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม.
รับความช่วยเหลือจากความก้าวหน้าทางเทคนิคในระดับโมเลกุล ชีววิทยาการศึกษาต่อมา
ก็สามารถที่จะเอาชนะข้อ จำกัด นี้โดยตรงโดยลำดับ
polypeptide โซ่และ DNA และจากข้อมูลเหล่านี้สรุปอัตราการ
วิวัฒนาการลำดับต้นไม้ยีนและเวลาที่แตกต่างกัน (เช่นตามที่กล่าวไว้
ในกู๊ดแมน, 1996) แบบโมเลกุล phylogenetic
กรอบการจ้างงานโดยการศึกษาดังกล่าวอ้างถึงต้นไม้ยีนและใช้มัน
เป็นสมมติฐานต้นไม้ชนิดและอนุมานครั้งแตกต่าง
ข้ามต้นไม้ยีนที่ผ่านการใช้จุดสอบเทียบฟอสซิล
และข้อสันนิษฐานของนาฬิกาโมเลกุล.
อีกไม่นาน เขตของโมเลกุล phylogenetics ได้เปลี่ยน
จากการศึกษาสถานทีเดียวกับการศึกษาหลายสถานทีที่จับขนาดใหญ่
ส่วนของจีโนมนิวเคลียร์ เพื่อที่จะนำไปใช้แบบดั้งเดิม
วิธีโมเลกุล phylogenetic ชุดข้อมูลขนาดใหญ่หลายที
หลายภูมิภาคของจีโนมที่มีการตัดแบ่ง supermatrix
สำหรับการวิเคราะห์ (สอบทานใน Queiroz และ Gatesy 2007) หรือ
1055-7903 / $ - เห็นหน้าเรื่องการตีพิมพ์ โดยเอลส์อิงค์
http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2012.08.021
⇑ผู้รับผิดชอบที่: 308 Condon ฮอลล์ภาควิชามานุษยวิทยา 335
แปซิฟิคฮอลล์ 5289 มหาวิทยาลัยออริกอน Eugene, OR 97403, USA . โทรสาร: +1 541 346
0668.
E-mail address: nting@uoregon.edu (เอ็น Ting).
โมเลกุล Phylogenetics และวิวัฒนาการ 66 (2013) 565-568
สารบัญรายการสามารถดูได้ที่ SciVerse ScienceDirect
โมเลกุล Phylogenetics และวิวัฒนาการ
หน้าแรกวารสาร: www elsevier.com/locate/ympev
ตำแหน่งหลายมีการวิเคราะห์แยกต่างหากและต้นไม้ที่เกิดขึ้นจะมีการ
รวมกันเพื่อสร้างต้นไม้ฉันทามติ (สอบทานใน Bininda-Emonds,
2004) ในขณะที่มันได้รับการรู้จักสำหรับบางเวลาที่ต้นไม้ยีนสามารถ
จะสอดคล้องกันกับคนอื่นและต้นไม้ชนิด (เช่นเห็น
สามี et al., 1979) เหล่านี้ '' supermatrix '' และ '' supertree '' วิธีการ
(เราจะ จากที่นี่ที่อ้างถึงเหล่านี้เป็น '' วิธีฉันทามติ '')
สมมติว่าจับสัญญาณสายวิวัฒนาการที่พบมากที่สุดหรือ
ต้นไม้จะผลิตต้นไม้ยีนที่ถูกต้องหมายถึงสายพันธุ์
ความสัมพันธ์ ภายในกรอบนี้ต้นไม้ยีน incongruence จะถูก
มองว่าเป็นอุปสรรคในการค้นหาความสัมพันธ์ของสายพันธุ์ที่แท้จริง.
วิธีการวิธีฉันทามติได้ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางใน
การศึกษาล่าสุดเพื่อสรุปความสัมพันธ์ phylogenetic เจ้าคณะจาก
ข้อมูลหลายสถานที (รวมทั้ง Horvath et al, 2008. Wildman, et al.,
2009; Jameson et al, 2011;. Perelman et al, 2011;.. วัง, et al,
2012) ยกตัวอย่างเช่น Perelman และเพื่อนร่วมงาน (2011) รวม
เป็นจำนวนมาก 191 สายพันธุ์ทั่วเจ้าคณะ 54 ยีนและ 34,941 orthologous
ฐานคู่ในการศึกษาของพวกเขาและเจมสันและเพื่อนร่วมงาน (2011)
ตัวอย่างแปดสายพันธุ์เจ้าคณะข้ามมากกว่า 1000 ยีนและ
หนึ่งล้านฐานคู่ orthologous เป็นผลให้ขณะนี้เรามีที่อยู่ใกล้
การแก้ไขอย่างเต็มที่ทั้งการสนับสนุนและ genuslevel สมบูรณ์ taxonomically
phylogenetic ต้นไม้สำหรับบิชอพที่อยู่อาศัย (Perelman et al.,
2011) แต่เป็นเชื้อชาตินี้เป็นตัวแทนที่ถูกต้องของเจ้าคณะ
ความสัมพันธ์พันธุ์?
ในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมามันได้กลายเป็นที่ชัดเจนว่าฉันทามติ
วิธีการมีข้อ จำกัด ทางทฤษฎีและข้อเสียเมื่อมัน
มาถึงการวิเคราะห์ขนาดใหญ่ชุดข้อมูลหลายสถานที (Degnan และ
โรเซนเบิร์ก 2009; เอ็ดเวิร์ด 2009) ยกตัวอย่างเช่นการได้รับการเท็จ
สัญญาณสายวิวัฒนาการผ่านการใช้วิธีการ supermatrix สามารถ
เกิดขึ้นได้ถ้าจำนวนมากของลำดับในชุดข้อมูลที่มาจาก
ชิ้นส่วนที่เชื่อมโยงของจีโนมและ / หรือมีอัตราที่เร็วขึ้นของวิวัฒนาการ
กว่าส่วนอื่น ๆ จึงท่วมศักยภาพ phylogenetic จริง
สัญญาณ พบได้ที่ตำแหน่งอื่น ๆ ผลที่ได้จากวิธีการ supermatrix
ยังได้รับอิทธิพลอย่างสูงจากการเลือกของอัลลีลในการ concatenation
กระบวนการซึ่งมักจะไม่นำเข้าบัญชี (Weisrock
et al., 2012) นอกจากนี้ผลจากแนวทางฉันทามติสามารถ
จะอับอายโดย incongruence ต้นไม้ยีนเนื่องจากการผสมพันธุ์ที่ผ่านมา
และสามารถล้มเหลวที่จะเปิดเผยรายละเอียดปลีกย่อยเช่นในวิวัฒนาการ
ประวัติศาสตร์ของสายพันธุ์ สุดท้ายวิธีฉันทามติอาจนำไปสู่มาก
ความสัมพันธ์ที่ดีได้รับการสนับสนุนอย่างดีและได้รับการแก้ไขที่ไม่สอดคล้อง
กับต้นไม้ชนิดนี้ นี้สามารถเกิดขึ้นที่โหนดสั้น
ความยาวสาขาและ / หรือขนาดใหญ่ของบรรพบุรุษที่มีประสิทธิภาพขนาดประชากร
เพราะโหนดดังกล่าวคาดว่าจะมีต้นไม้ยีนที่มักจะ
ไม่ปรองดองกันจากต้นไม้ชนิดเนื่องจากเชื้อสายสมบูรณ์
เรียงลำดับ (reviewied ใน Degnan และโรเซนเบิร์ก (2009) และ Edwa
การแปล กรุณารอสักครู่..
2 . วิเคราะห์ข้อมูล โดยใช้กรอบความเชื่อหลายความเชื่อเดียววัตถุประสงค์หนึ่งของโมเลกุลเพื่อให้ครอบคลุมไฟโลเจเนติกและการสนับสนุนอย่างดี phylogenies ที่สะท้อนให้เห็นถึงชนิดของความสัมพันธ์ในขณะที่วัตถุประสงค์นี้ได้คงที่ตลอด50 ปี ความสามารถในการสอบสวนของโมเลกุลชนิดต่าง ๆข้อมูล และวิธีการที่ใช้ในการวิเคราะห์ข้อมูลเหล่านี้ได้เปลี่ยนมาก การศึกษาก่อนหน้านี้ของวิวัฒนาการโมเลกุลมีการใช้สารและชนิดความสัมพันธ์เทคนิค แม้ว่าการศึกษาเหล่านี้สร้างผลงาน น่าตื่นเต้นโดยเฉพาะในเรื่องความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของเราปิดกับลิงชิมแปนซีและ gorillas ( เช่น กูดแมน , 1961 , 1962a บี1963a , B ) , พวกเขาเสนอเพียงดิบวัดพันธุสัมพันธ์ .ช่วยโดยความก้าวหน้าทางเทคนิคในการศึกษาชีววิทยาระดับโมเลกุล ในภายหลังสามารถเอาชนะข้อจำกัดนี้โดยการโดยตรงโซ่พอลิเพปไทด์และดีเอ็นเอ และจากข้อมูลเหล่านี้สรุปอัตราลำดับวิวัฒนาการของยีน ต้นไม้ และความแตกต่างครั้ง ( เช่น ตามที่กล่าวไว้ใน กู๊ดแมน , 1996 ) แบบดั้งเดิม ซึ่งโมเลกุลกรอบที่ใช้ โดยการศึกษาดังกล่าวจะพบยีนของต้นไม้และใช้มันเป็นสมมติฐานสำหรับพรรณไม้ และอนุมานความแตกต่างครั้งข้ามต้นไม้ยีนที่ผ่านการใช้ซากดึกดำบรรพ์สอบเทียบจุดและ สมมติฐานของนาฬิกาโมเลกุลเมื่อเร็วๆนี้เขตของโมเลกุลไฟโลเจเนติก ได้เปลี่ยนจากการศึกษาความเชื่อหลายความเชื่อเดียว การศึกษาที่ยึดขนาดใหญ่ส่วนของจีโนมนิวเคลียร์ เพื่อที่จะใช้แบบดั้งเดิมโมเลกุล ซึ่งวิธีการขนาดใหญ่ข้อมูลหลายตน ,หลายภูมิภาคของโครโมโซมจะตัดแบ่งเป็น supermatrixสำหรับการวิเคราะห์ ทบทวน เดอ เคยรอซ และ gatesy , 2007 ) , หรือ1055-7903 / $ - เห็นหน้า จัดพิมพ์โดย Elsevier Inc ก็ตามhttp://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2012.08.021ผู้เขียน⇑สอดคล้องกันที่ : 308 Condon ฮอลล์ ภาควิชามานุษยวิทยา , 335แปซิฟิค ฮอลล์ 5289 มหาวิทยาลัยออริกอนโอเรกอนหรือ 97403 , USA โทรสาร : + 541 3460668 .อีเมล : nting@uoregon.edu ( ( ติ่ง )ไฟโลเจเนติกโมเลกุลและวิวัฒนาการ 66 ( 2013 ) 565 568 จำกัดเนื้อหารายการของที่ sciverse บริการไฟโลเจเนติกโมเลกุลและวิวัฒนาการหน้าแรก : www.elsevier.com/locate/ympev วารสารหลายตำแหน่งจะวิเคราะห์แยกและเป็นผลไม้รวมฐานเสียงต้นไม้ ( ดูใน emonds bininda ,2004 ) ในขณะที่มันได้รับทราบมานานแล้วว่า ยีนต้นสามารถเป็นซึ่งไม่ลงรอยกันกับคนอื่นและชนิดของต้นไม้ เช่น เห็นกู๊ดแมน et al . , 1979 ) "supermatrix เหล่านี้ " " " และ " " "supertree " " วิธีการ( เราจะจากที่นี่ที่อ้างถึงเหล่านี้เป็น "consensus " วิธีการ " " )สมมติว่า การจับสัญญาณชนิดที่พบมากที่สุดหรือต้นไม้จะผลิตของต้นไม้ที่ถูกต้องแทน ชนิดความสัมพันธ์ ภายในกรอบนี้ ความพึงพอใจต้นไม้ยีนคือมองว่าเป็นอุปสรรคในการค้นหาเป็นจริงชนิดของความสัมพันธ์วิธีการรับวิธีการได้รับใช้อย่างกว้างขวางในการศึกษาล่าสุดสรุปว่าลิงวิวัฒนาการความสัมพันธ์จากข้อมูลหลายด้าน รวมถึงฮอร์วาธ et al . , 2008 ; ไวลด์เมิน et al . ,2009 ; เจมสัน et al . , 2011 ; เพเรลมาน et al . , 2011 ; Wang et al . ,2012 ) ตัวอย่างเช่น เพเรลแมนและเพื่อนร่วมงาน ( 2011 ) รวมเป็นชนิด สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมหลายเป็น 191 ข้าม 54 ยีนและ 34941 orthologousคู่เบสในการศึกษาและเจมิสันและเพื่อนร่วมงานของพวกเขา ( 2011 )ตัวอย่าง 8 ชนิดเจ้าคณะทั่วประเทศกว่า 1 , 000 ยีน และหนึ่งล้านคู่เบส orthologous . เป็นผลให้เราได้ใกล้การแก้ไขอย่างเต็มที่และสมบูรณ์ genuslevel taxonomically สนับสนุนได้ดีphylogenetic ต้นไม้สำหรับชีวิตสัตว์ ( เพเรลมาน et al . ,2011 ) แต่นี้เป็นระบบเชื้อชาติเป็นตัวแทนที่ถูกต้องของลิงชนิดความสัมพันธ์ช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมามันได้กลายเป็นที่ชัดเจนว่า เอกฉันท์วิธีมีข้อจำกัดทางทฤษฎีและข้อเสียเมื่อมันมาถึงการวิเคราะห์ข้อมูล ( degnan ขนาดใหญ่หลายความเชื่อและโรเซนเบิร์ก , 2009 ; Edwards , 2009 ) ตัวอย่างเช่น การปลอมซึ่งสัญญาณที่ผ่านการใช้วิธีการ supermatrix สามารถเกิดขึ้นหากอย่างมากปริมาณของลำดับในชุดข้อมูลจากเชื่อมชิ้นส่วนของโครโมโซมและ / หรือมีอัตราเร็วของวิวัฒนาการมากกว่าส่วนอื่น ดังนั้น swamping ศักยภาพที่แท้จริง ซึ่งออกสัญญาณที่พบในรูปแบบอื่น ๆ ผลลัพธ์ที่ได้จากวิธี supermatrixยังได้รับอิทธิพลอย่างมากโดยการเลือกความถี่ในการต่อสายอักขระกระบวนการ ซึ่งมักจะไม่เข้าบัญชี ( weisrocket al . , 2012 ) นอกจากนี้ ผลจากมติแนวทางสามารถอับอายโดยยีนต้นไม้ความพึงพอใจเนื่องจากที่ผ่านมา hybridizationและล้มเหลวในการค้นพบดังกล่าว รายละเอียดปลีกย่อยในวิวัฒนาการประวัติของสายพันธุ์ สุดท้ายวิธีฉันทามติอาจนำไปสู่มากดีได้รับการสนับสนุน และแก้ไขความสัมพันธ์ที่ไม่สอดคล้องกันกับชนิดของต้นไม้ นี้สามารถเกิดขึ้นเมื่อโหนดที่มีสั้น ๆความยาวกิ่งและ / หรือขนาดใหญ่ของบรรพบุรุษที่มีขนาดประชากรเพราะจุดดังกล่าวคาดว่าจะมียีนต้นไม้นั้นอยู่บ่อย ๆเสียงแตกจากพรรณไม้วงศ์เนื่องจากไม่สมบูรณ์การเรียงลำดับ ( reviewied ใน degnan เป็น
การแปล กรุณารอสักครู่..
ภาษาอื่น ๆ
การสนับสนุนเครื่องมือแปลภาษา: กรีก, กันนาดา, กาลิเชียน, คลิงออน, คอร์สิกา, คาซัค, คาตาลัน, คินยารวันดา, คีร์กิซ, คุชราต, จอร์เจีย, จีน, จีนดั้งเดิม, ชวา, ชิเชวา, ซามัว, ซีบัวโน, ซุนดา, ซูลู, ญี่ปุ่น, ดัตช์, ตรวจหาภาษา, ตุรกี, ทมิฬ, ทาจิก, ทาทาร์, นอร์เวย์, บอสเนีย, บัลแกเรีย, บาสก์, ปัญจาป, ฝรั่งเศส, พาชตู, ฟริเชียน, ฟินแลนด์, ฟิลิปปินส์, ภาษาอินโดนีเซี, มองโกเลีย, มัลทีส, มาซีโดเนีย, มาราฐี, มาลากาซี, มาลายาลัม, มาเลย์, ม้ง, ยิดดิช, ยูเครน, รัสเซีย, ละติน, ลักเซมเบิร์ก, ลัตเวีย, ลาว, ลิทัวเนีย, สวาฮิลี, สวีเดน, สิงหล, สินธี, สเปน, สโลวัก, สโลวีเนีย, อังกฤษ, อัมฮาริก, อาร์เซอร์ไบจัน, อาร์เมเนีย, อาหรับ, อิกโบ, อิตาลี, อุยกูร์, อุสเบกิสถาน, อูรดู, ฮังการี, ฮัวซา, ฮาวาย, ฮินดี, ฮีบรู, เกลิกสกอต, เกาหลี, เขมร, เคิร์ด, เช็ก, เซอร์เบียน, เซโซโท, เดนมาร์ก, เตลูกู, เติร์กเมน, เนปาล, เบงกอล, เบลารุส, เปอร์เซีย, เมารี, เมียนมา (พม่า), เยอรมัน, เวลส์, เวียดนาม, เอสเปอแรนโต, เอสโทเนีย, เฮติครีโอล, แอฟริกา, แอลเบเนีย, โคซา, โครเอเชีย, โชนา, โซมาลี, โปรตุเกส, โปแลนด์, โยรูบา, โรมาเนีย, โอเดีย (โอริยา), ไทย, ไอซ์แลนด์, ไอร์แลนด์, การแปลภาษา.
- 它也跟我一样沉默
- ฉันซื้อมาใหม่
- เครื่องซักผ้าแบบหยอดเหรียญ
- จากเรื่องของวิธีการสื่อความหมายผู้อ่านจะ
- Please make sure that you have all payme
- annotations
- ขอบคุณมากๆเลย ฉันก็ชอบสไตลของคุณ และคุณก
- Then she cheats, cheats, cheats until I
- 曼谷北部大学委托招生授权书
- หน่อไม้ฝรั่งผัดกุ้ง
- Special offer
- Table 4: Correlation between Personal Ch
- causing water vapor and moistore
- 時間外勤務
- Materials and methods
- Bankers
- Materials and methods
- Is to explain and emphasize the prioriti
- Consuming food rich in selenium can ward
- The F-value of the models with a low p-v
- พ่อฉันทำงานเป็นคนขับรถตู้สาธารณะ
- ต่อไปนี้ฉันอยากให้คุณถ่ายรูปแล้วยิ้ม
- Consuming food rich in selenium can ward
- ต่อไปนี้ฉันอยากให้คุณถ่ายรูปแล้วยิ้ม
