IntroductionY box binding protein 1

Introduction
Y box binding protein 1 (YBX1) belongs to the YBX family of transcription factors that contain an ancient and evolutionarily conserved cold shock domain (CSD). The name “cold shock” originates from E. coli, which, when exposed to the stress of cold temperature, increases the expression of around 13 proteins containing the CSD by 2–10 folds. This helps the cell survive in low temperature. 1 This observation found in bacteria is similar to the role of YBX1 in eukaryotic cell's response to stress, indicating the existence of not only structural, but also functional conservation over a wide evolutionary span in the YBX family.

The name ‘YBX’ was coined due to the ability of the YBX protein family to bind the Y box sequence on DNA, defined as 5′-CTGATTGG-3′. The YBX family of proteins has high sequence homology across different species. There are three members of the YBX family: YBX1, YBX2 and YBX3. As shown in Fig. 1, all members have structural commonalities as follows: an N-terminal alanine (A)- and proline (P)-rich domain (A/P domain), a central CSD and a C-terminal domain (CTD) consisting of alternating base/acid amino acid repeats. The A/P domain is thought to be important for the transcriptional activity of YBX1 and has also been shown to interact with tumor suppressor p53 to mediate p53-dependent transcription.

The crystal structure of the human YBX1 CSD domain is known to be comprised of a five-stranded anti-parallel-barrel structure with a long flexible loop and has 40% homology with its bacterial counterpart.3 CSD has ribonucleoprotein particle 1 (RNP1) and RNP2 recognition sites, that mediate the site-specific interaction of YBX1 with DNA and RNA. On the other hand, CTD also mediates non-specific interactions with nucleic acids, especially with single-stranded DNA. Additionally, CTD consists of a nuclear localization signal and a cytoplasmic retention site. These two sites regulate YBX proteins shuttling between nucleus and cytoplasm.

As described above, YBX1, 2, and 3 are the three family members that belong to the human YBX family. Different YBX family members are encoded by different genes and are localized on distinct chromosomes. For instance, human YBX1 is encoded by the ybx1 gene present on chromosome 1p34.2, while YBX2 is encoded by the ybx2 gene and is present on chromosome 17p13.1. On the other hand, YBX3 is encoded by the ybx3 gene, which is present on chromosome 12p13.1. Although YBX1, 2, and 3 share structural similarity, they do not share similar functions.

Human YBX1 is generally expressed in adult somatic cells and is involved in the transcription of important genes that participate in tumor development.4 This will be discussed in the next section in detail. On the other hand, human YBX2 is expressed mainly in germ cells and is mainly involved in the maintenance of stability and/or translation of germ cell mRNAs. Human YBX3 is expressed during the embryonic stage of development, but is absent in adult cells. YBX3 has been shown to be a repressor of some growth factor promoters, such as the GM-CSF promoter.5 Overall, YBX1, 2, and 3 have important functions in almost all stages of the cell life cycle and have important DNA- and RNA-binding related functions.

In this review, we focus on the recent update regarding the role of YBX1 in cancer, especially with respect to its post-translational modifications. For broader knowledge regarding YBX1, please refer to a relevant review elsewhere.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แนะนำโปรตีนรวมกล่อง Y 1 (YBX1) เป็นสมาชิกของครอบครัว YBX ปัจจัยการ transcription ที่ประกอบด้วยโดเมนช็อกเย็นโบราณ และ evolutionarily นำ (CSD) ชื่อ "เย็นช็อค" เกิดจาก E. coli ซึ่ง เมื่อสัมผัสกับความเครียดของอุณหภูมิน้ำเย็น เพิ่มค่าของโปรตีนประมาณ 13 ประกอบด้วย CSD ที่ โดยพับ 2 – 10 นี้ช่วยให้เซลล์ที่อยู่รอดในอุณหภูมิต่ำ 1 สังเกตนี้พบในแบคทีเรียจะคล้ายกับบทบาทของ YBX1 ใน eukaryotic เซลล์ตอบสนองต่อความเครียด การแสดงการดำรงอยู่ของไม่เพียงแต่โครงสร้าง แต่ยังอนุรักษ์ทำงานผ่านระยะกว้างวิวัฒนาการในครอบครัว YBXชื่อ 'YBX' เป็นจังหวะเนื่องจากความสามารถของโปรตีน YBX ผูกลำดับกล่อง Y บนดีเอ็นเอ กำหนดเป็น 5′-CTGATTGG-3′ ครอบครัว YBX ของโปรตีนมี homology ลำดับสูงข้ามสายพันธุ์ต่าง ๆ มีสมาชิกที่สามของครอบครัว YBX: YBX1, YBX2 และ YBX3 มาก Fig. 1 สมาชิกทั้งหมดมี commonalities โครงสร้างดังนี้: การเทอร์มินัล N อะลานีน (A) -และ proline (P) - โดอุดมไปด้วย (A / P โดเมน), CSD กลางและโดเมนเทอร์มินัลซี (CTD) ประกอบด้วยกรดอะมิโนพื้นฐาน/กรดทำซ้ำสลับ โดเมน P เป็นความคิดที่มีความสำคัญสำหรับกิจกรรม transcriptional ของ YBX1 และยังได้รับการแสดงเพื่อโต้ตอบกับ p53 ตัวป้องกันไฟเกินเนื้องอกบรรเทา transcription p53-ขึ้นอยู่กับการโครงสร้างผลึกของมนุษย์ YBX1 CSD โดเมนจะต้องประกอบด้วยโครงสร้างป้องกัน-parallel-บาร์เรลควั่น 5 คล้องยาวยืดหยุ่น และมี 40% homology กับ counterpart.3 ของแบคทีเรีย CSD ได้อนุภาค ribonucleoprotein 1 (RNP1) และ RNP2 รู้เว็บ ไซต์ ที่บรรเทาการโต้ตอบเฉพาะของ YBX1 กับดีเอ็นเอและอาร์เอ็นเอ บนมืออื่น ๆ CTD ยัง mediates โต้ตอบไม่ใช่เฉพาะกับกรดนิวคลีอิก โดยเฉพาะอย่างยิ่งกับดีเอ็นเอเดียวควั่น นอกจากนี้ CTD ประกอบด้วยสัญญาณแปลนิวเคลียร์และไซต์ cytoplasmic รักษา เว็บไซต์เหล่านี้สองควบคุมโปรตีน YBX shuttling ระหว่างนิวเคลียสและไซโทพลาซึมเป็น YBX1, 2 และ 3 ได้ครอบครัวสามที่อยู่ในครอบครัว YBX คน สมาชิกในครอบครัว YBX ต่าง ๆ จะถูกเข้ารหัส โดยยีนแตกต่างกัน และแปลใน chromosomes หมด เช่น YBX1 มนุษย์ถูกเข้ารหัสให้ โดยยีน ybx1 ที่อยู่บนโครโมโซม 1p34.2, YBX2 จะถูกเข้ารหัส โดยยีน ybx2 และอยู่บนโครโมโซม 17p13.1 บนมืออื่น ๆ YBX3 ถูกเข้ารหัส โดยยีน ybx3 ซึ่งอยู่บนโครโมโซม 12p13.1 แม้ว่า YBX1, 2 และ 3 หุ้นคล้ายโครงสร้าง ไม่มีการใช้ฟังก์ชันคล้ายกันร่วมกันYBX1 มนุษย์โดยทั่วไปแสดงเป็นผู้ใหญ่มาติกเซลล์ และมีส่วนร่วมใน transcription ของยีนสำคัญที่มีส่วนร่วมใน development.4 เนื้องอกนี้จะกล่าวถึงในส่วนรายละเอียด บนมืออื่น ๆ YBX2 มนุษย์แสดงส่วนใหญ่ในเซลล์ของจมูก และส่วนใหญ่เกี่ยวข้องในการรักษาความมั่นคงและ/หรือคำแปลของ mRNAs เจิร์มเซลล์ YBX3 มนุษย์แสดงระหว่างระยะที่ตัวอ่อนพัฒนา แต่ไม่มาในผู้ใหญ่เซลล์ YBX3 ได้ถูกแสดงให้ repressor ของก่อบางตัวเจริญเติบโต เช่น promoter.5 กรัม CSF โดยรวม YBX1, 2, 3 มีฟังก์ชั่นที่สำคัญในเกือบทุกขั้นตอนของวงจรชีวิตเซลล์ และมีความสำคัญดีเอ็นเอ และอาร์เอ็นเอผูกสัมพันธ์ฟังก์ชันในบทความนี้ เรามุ่งเน้นในการปรับปรุงเกี่ยวกับบทบาทของ YBX1 ในมะเร็ง โดยเฉพาะอย่างยิ่งกับการปรับเปลี่ยน post-translational สำหรับความรู้ที่กว้างเกี่ยวกับ YBX1 โปรดอ้างถึงความเห็นที่เกี่ยวข้องอื่น ๆ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทนำ
Y กล่องผูกพันโปรตีนที่ 1 (YBX1) เป็นของครอบครัวของ YBX ถอดความปัจจัยที่มีโบราณและป่าสงวนวิวัฒนาการโดเมนช็อตเย็น (CSD) ชื่อ "ช็อตเย็น" มาจากเชื้อ E. coli ซึ่งเมื่อสัมผัสกับความเครียดอุณหภูมิเย็นเพิ่มการแสดงออกของโปรตีนประมาณ 13 มี CSD โดย 2-10 เท่า นี้จะช่วยให้เซลล์อยู่รอดได้ในอุณหภูมิต่ำ 1 ข้อสังเกตนี้พบในแบคทีเรียที่มีลักษณะคล้ายกับบทบาทของ YBX1 ในการตอบสนองของเซลล์ eukaryotic ของความเครียดที่แสดงให้เห็นการดำรงอยู่ของไม่เพียง แต่โครงสร้าง แต่ยังอนุรักษ์การทำงานมากกว่าช่วงวิวัฒนาการกว้างในครอบครัว YBX. ชื่อของ YBX 'ประกาศเกียรติคุณเนื่องจาก ถึงความสามารถของครอบครัวโปรตีน YBX ผูกลำดับกล่อง Y ดีเอ็นเอที่กำหนดไว้ 5'-CTGATTGG-3 ' ครอบครัว YBX ของโปรตีนที่คล้ายคลึงกันมีลำดับสูงในชนิดต่าง ๆ มีสามสมาชิกของครอบครัว YBX คือ YBX1, YBX2 และ YBX3 ดังแสดงในรูป 1, สมาชิกทุกคนมี commonalities โครงสร้างดังนี้อะลานีน N-มินัล (A) - และโพรลีน (P) ที่อุดมไปด้วยโดเมน (A / P โดเมน) ซึ่งเป็น CSD กลางและโดเมน C ขั้ว (CTD) ประกอบด้วยฐานสลับ / ซ้ำกรดอะมิโนกรด A / P โดเมนเป็นความคิดที่มีความสำคัญสำหรับกิจกรรมการถอดรหัสของ YBX1 และยังได้รับการแสดงที่จะมีปฏิสัมพันธ์กับ p53 ต้านมะเร็งที่จะเป็นสื่อกลางในการถอดความ p53 ขึ้นอยู่กับ. โครงสร้างผลึกของโดเมน YBX1 CSD ของมนุษย์เป็นที่รู้จักกันที่จะได้รับประกอบด้วย ห้าควั่นโครงสร้างป้องกันขนานบาร์เรลกับวงที่มีความยืดหยุ่นและมีความยาวคล้ายคลึงกัน 40% กับ counterpart.3 แบคทีเรีย CSD มีอนุภาค ribonucleoprotein 1 (RNP1) และ RNP2 เว็บไซต์ได้รับการยอมรับว่าเป็นสื่อกลางในการโต้ตอบเว็บไซต์ที่เฉพาะเจาะจงของ YBX1 กับ DNA และ อาร์เอ็นเอ ในทางตรงกันข้าม, CTD ยังไกล่เกลี่ยปฏิสัมพันธ์ที่ไม่เฉพาะเจาะจงกับกรดนิวคลีอิกโดยเฉพาะอย่างยิ่งกับดีเอ็นเอเกลียวเดี่ยว นอกจากนี้ CTD ประกอบด้วยสัญญาณการแปลนิวเคลียร์และเว็บไซต์การเก็บรักษานิวเคลียส ทั้งสองเว็บไซต์ควบคุมโปรตีน YBX กลับไปกลับมาระหว่างนิวเคลียสและพลาสซึม. ตามที่อธิบายไว้ข้างต้น YBX1, 2, และ 3 เป็นสามสมาชิกในครอบครัวที่อยู่ในครอบครัวมนุษย์ YBX สมาชิกในครอบครัวที่แตกต่างกัน YBX จะถูกเข้ารหัสโดยยีนที่แตกต่างกันและได้รับการแปลเป็นภาษาท้องถิ่นบนโครโมโซมที่แตกต่างกัน ยกตัวอย่างเช่น YBX1 มนุษย์ถูกเข้ารหัสโดยยีน ybx1 อยู่บนโครโมโซม 1p34.2 ในขณะที่ YBX2 ถูกเข้ารหัสโดยยีน ybx2 และอยู่บนโครโมโซม 17p13.1 บนมืออื่น ๆ , YBX3 ถูกเข้ารหัสโดยยีน ybx3 ซึ่งอยู่บนโครโมโซม 12p13.1 แม้ว่า YBX1, 2, และ 3 ส่วนแบ่งโครงสร้างคล้ายคลึงกันที่พวกเขาไม่ได้ร่วมฟังก์ชั่นที่คล้ายกัน. YBX1 มนุษย์จะแสดงโดยทั่วไปในเซลล์ร่างกายของผู้ใหญ่และมีส่วนร่วมในการถอดรหัสของยีนที่สำคัญที่มีส่วนร่วมในเนื้องอก development.4 นี้จะมีการหารือในครั้งต่อไป ส่วนในรายละเอียด บนมืออื่น ๆ , YBX2 มนุษย์จะแสดงส่วนใหญ่อยู่ในเซลล์สืบพันธุ์และมีส่วนร่วมในการบำรุงรักษาส่วนใหญ่ของความมั่นคงและ / หรือการแปลของเซลล์สืบพันธุ์ mRNAs YBX3 มนุษย์จะแสดงในระหว่างขั้นตอนของการพัฒนาของตัวอ่อน แต่ไม่อยู่ในเซลล์ผู้ใหญ่ YBX3 ได้รับการแสดงที่จะเป็นอดกลั้นของบางส่วนสนับสนุนปัจจัยการเจริญเติบโตเช่น promoter.5 GM-CSF โดยรวม, YBX1, 2, และ 3 มีฟังก์ชั่นที่สำคัญในขั้นตอนเกือบทั้งหมดของวงจรชีวิตของเซลล์และมี DNA- สำคัญและ RNA ฟังก์ชั่นที่เกี่ยวข้องกับ -binding. ในการทบทวนนี้เรามุ่งเน้นไปที่การปรับปรุงล่าสุดเกี่ยวกับบทบาทของ YBX1 ในโรคมะเร็งโดยเฉพาะอย่างยิ่งที่เกี่ยวกับการปรับเปลี่ยนการโพสต์ของการแปล สำหรับความรู้ที่กว้างขึ้นเกี่ยวกับ YBX1 โปรดดูที่การตรวจสอบอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง