Whole genome single nucleotide poly

Whole genome single nucleotide polymorphism associations with feed intake and feed efficiency in beef cattle
Feed intake and efficiency are economically important traits because feed is the greatest variable cost in beef production. Feed efficiency can be measured as residual feed intake (RFI), which is the difference between actual DMI of an animal and the expected DMI based on its BW and growth rate. Feed conversion ratio (FCR) is the inverse of gross feed efficiency and is the ratio of DMI to ADG. A total of 2,633 SNP across the 29 bovine autosomes were analyzed in 464 steers sired by Angus, Charolais, or Alberta Hybrid bulls for associations with RFI. A total of 150 SNP were associated with RFI at P < 0.05 of which 23 were significant at P < 0.01. Nine of the SNP pairs show high linkage disequilibrium (r2 > 0.80), so only 1 of the SNP pairs was used in further multiple-marker analyses. Two methods were used to create a panel of SNP that were maximally informative for RFI based on the data. In the first method, 141 unique SNP were combined in a single multivariate model and a backward elimination model was used to drop SNP until all SNP left in the model were significant at P < 0.05. The SNP had greater effects when combined in the multivariate model than when tested individually. In the second method, the estimates from the 141 SNP were used to create a sequential molecular breeding value (MBV) according to the compound covariate prediction (CCP) procedure. The sequential MBV was built by adding the estimated effects one at a time, but only keeping SNP effects in the sequential MBV if the test statistic and the proportion of variance explained were improved. Predictabilities of the 2 methods were compared by regressing RFI on a final MBV created from SNP that remained in each analytical model. The MBV from the compound covariate prediction model produced an of 0.497, whereas the multivariate model MBV had a decreased of 0.416. The significant SNP were also tested for associations with DMI and FCR. The SNP showed different combinations of associations with the 4 traits, including some that were only associated with RFI. About 9.5% of the SNP from the 2 models were within 5 cM of previously identified RFI QTL and pinpoint areas to further explore for positional candidate genes. In conclusion, this study has identified a panel of SNP with significant effects on RFI that need to be validated in an independent population and provides continued progress toward selecting markers for use in marker-assisted selection for feed efficiency in beef cattle.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ทั้งกลุ่มเดียวนิวคลีโอไทด์โพลีมอร์ฟิซึมความสัมพันธ์กับอาหารบริโภค และอาหารประสิทธิภาพในเนื้อวัวตัวและมีประสิทธิภาพเป็นลักษณะสำคัญทางเศรษฐกิจเนื่องจากข้อมูล ต้นทุนผันแปรมากที่สุดในการผลิตเนื้อ สามารถวัดประสิทธิภาพการใช้อาหารเป็นส่วนที่เหลือจากอาหารบริโภค (RFI), ซึ่งเป็นผลต่างระหว่าง DMI จริงของสัตว์และ DMI คาดไว้ตามอัตราของ BW และเจริญเติบโต อัตราส่วนการแปลงอาหาร (FCR) เป็นค่าผกผันของรวมอาหารอย่างมีประสิทธิภาพ และเป็นอัตราส่วนของ DMI เพื่อ ADG ผลรวมของ SNP 2,633 ใน autosomes วัว 29 ถูกวิเคราะห์สำเร็จ 464 sired โดยวัว Angus, Charolais หรือไฮบ ริอัลเบอร์ตาในความสัมพันธ์กับ RFI จำนวน 150 SNP ถูกเชื่อมโยงกับ RFI ที่ P < ที่ 23 ได้อย่างมีนัยสำคัญที่ P 0.05 < 0.01 9 คู่ SNP แสดงความเชื่อมโยงสูง disequilibrium (r2 > 0.80), ดังนั้น 1 เดียวของคู่ SNP ถูกใช้ในอีกหลายเครื่องวิเคราะห์ วิธีการสองวิธีที่ใช้ในการสร้างแผงของ SNP ที่ maximally ข้อมูลสำหรับ RFI ตามข้อมูล วิธีการแรก SNP 141 เฉพาะถูกรวมในรูปแบบตัวแปรพหุเดียว และแบบย้อนหลังตัดออกใช้ปล่อย SNP จนกว่าทั้งหมด SNP ซ้ายในรูปแบบได้อย่างมีนัยสำคัญที่ P < 0.05 SNP มากกว่าผลรวมในรูปแบบตัวแปรพหุกว่าเมื่อผ่านทดสอบแต่ละรายการได้ ในวิธีการที่สอง ประเมินจาก 141 SNP ถูกใช้ในการสร้างค่าพันธุ์ลำดับโมเลกุล (MBV) ตามขั้นตอนผสม covariate ทำนาย (CCP) MBV ลำดับถูกสร้างขึ้น โดยการเพิ่มลักษณะพิเศษประมาณหนึ่งครั้ง แต่เพียงรักษาผล SNP ใน MBV ตามลำดับถ้าสถิติทดสอบและสัดส่วนของความแปรปรวนที่อธิบายได้ดีขึ้น Predictabilities วิธี 2 ถูกเปรียบเทียบ โดยลให้ RFI ใน MBV ขั้นสุดท้ายที่สร้างจาก SNP ที่ยังคงเหลืออยู่ในแต่ละรูปแบบวิเคราะห์ MBV จากแบบจำลองทำนาย covariate ผสมผลิตเป็นของ 0.497 ในขณะที่รูปแบบตัวแปรพหุ MBV มีการลดลงของ 0.416 SNP สำคัญยังถูกทดสอบสำหรับความสัมพันธ์กับ DMI และ FCR SNP แสดงให้เห็นว่าชุดของความสัมพันธ์กับลักษณะ 4 รวมถึงบางที่เท่านั้นเกี่ยวข้องกับ RFI ประมาณ 9.5% ของ SNP จากรุ่น 2 ได้ภายใน 5 ซมของ QTL RFI ระบุก่อนหน้านี้ และสำรวจ pinpoint พื้นที่เพิ่มเติมสำหรับผู้สมัครตำแหน่งยีน เบียดเบียน การศึกษานี้ได้ระบุว่าแผงของ SNP กับ RFI ที่จำเป็นต้องตรวจสอบในประชากรเป็นอิสระผลสำคัญ และแสดงความก้าวหน้าต่อไปเลือกเครื่องหมายสำหรับใช้ในเครื่องหมายช่วยการประสิทธิภาพการใช้อาหารในเนื้อวัว

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ทั้งจีโนมสมาคม polymorphism
เดี่ยวเบื่อหน่ายกับปริมาณอาหารที่กินและประสิทธิภาพการใช้อาหารในการเลี้ยงโคเนื้อฟีดไอดีและมีประสิทธิภาพเป็นลักษณะสำคัญทางเศรษฐกิจเพราะอาหารเป็นต้นทุนผันแปรที่ยิ่งใหญ่ที่สุดในการผลิตเนื้อวัว ประสิทธิภาพการใช้อาหารที่สามารถวัดเป็นปริมาณอาหารที่กินเหลือ (RFI) ซึ่งเป็นความแตกต่างระหว่าง DMI ที่เกิดขึ้นจริงของสัตว์และคาดว่า DMI ขึ้นอยู่กับน้ำหนักและอัตราการเจริญเติบโตของมัน ฟีดอัตราการแปลงสภาพ (FCR) เป็นผกผันของประสิทธิภาพการใช้อาหารขั้นต้นและเป็นอัตราส่วนของ DMI จะ ADG รวมของ 2633 SNP ทั่ว 29 autosomes วัวถูกนำมาวิเคราะห์ในการนำพา 464 พันธุ์แองกัส, Charolais หรืออัลเบอร์ต้าไฮบริดบูลส์สำหรับสมาคมกับ RFI รวม 150 SNP ถูกเกี่ยวข้องกับ RFI ที่ P <0.05 ที่ 23 อย่างมีนัยสำคัญที่ P <0.01 เก้าคู่ SNP แสดงสมดุลเชื่อมโยงสูง (r2> 0.80) ดังนั้นเพียง 1 คู่ SNP ถูกนำมาใช้ในการวิเคราะห์หลายเครื่องหมายต่อไป วิธีการสองถูกนำมาใช้ในการสร้างแผงของ SNP ที่ถูกที่สุดข้อมูลสำหรับ RFI บนพื้นฐานของข้อมูลที่ ในวิธีการแรกที่ 141 ที่ไม่ซ้ำกัน SNP ถูกรวมกันในรูปแบบหลายตัวแปรเดียวและรูปแบบการกำจัดย้อนกลับถูกใช้ในการวาง SNP จนกว่า SNP ทั้งหมดที่เหลืออยู่ในรูปแบบที่มีนัยสำคัญที่ P <0.05 SNP มีผลมากขึ้นเมื่อรวมกันในรูปแบบหลายตัวแปรกว่าเมื่อทดสอบเป็นรายบุคคล ในวิธีที่สองประมาณการจาก 141 SNP ถูกนำมาใช้ในการสร้างมูลค่าพันธุ์โมเลกุลลำดับ (MBV) ตามสารประกอบทำนายตัวแปรร่วม (CCP) ขั้นตอน ลำดับ MBV ถูกสร้างขึ้นโดยการเพิ่มผลกระทบที่คาดว่าในช่วงเวลาหนึ่ง แต่เพียงการรักษาผลกระทบ SNP ในลำดับ MBV ถ้าสถิติทดสอบและสัดส่วนของการอธิบายความแปรปรวนได้รับการปรับปรุง predictabilities ของ 2 วิธีเปรียบเทียบโดยถอย RFI บน MBV สุดท้ายที่สร้างขึ้นจาก SNP ที่ยังคงอยู่ในแต่ละรุ่นการวิเคราะห์ MBV จากสารประกอบแบบจำลองทำนายตัวแปรร่วมผลิตของ 0.497 ในขณะที่รูปแบบหลายตัวแปร MBV ได้ลดลงจาก 0.416 อย่างมีนัยสำคัญ SNP ได้มีการทดสอบสำหรับการสมาคมกับ DMI และ FCR SNP แสดงให้เห็นว่าการรวมกันของสมาคมที่มี 4 ลักษณะรวมทั้งบางส่วนที่มีความสัมพันธ์เฉพาะกับ RFI เกี่ยวกับ 9.5% ของ SNP จาก 2 รุ่นภายใน 5 เซนติเมตรระบุก่อนหน้านี้ RFI QTL และระบุพื้นที่เพื่อสำรวจยีนตำแหน่ง โดยสรุปการศึกษาครั้งนี้มีการระบุแผงของ SNP ที่มีผลกระทบอย่างมีนัยสำคัญใน RFI ที่จะต้องมีการตรวจสอบในประชากรที่เป็นอิสระและให้ความคืบหน้าอย่างต่อเนื่องต่อการเลือกเครื่องหมายสำหรับการใช้งานในการเลือกเครื่องหมายช่วยให้มีประสิทธิภาพอาหารในการเลี้ยงโคเนื้อ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ทั้งจีโนมเดี่ยวเบส ) สมาคมกับปริมาณอาหารที่กินและประสิทธิภาพในโค
เนื้อปริมาณอาหารที่กินและประสิทธิภาพในลักษณะที่สำคัญทางเศรษฐกิจ เพราะอาหาร คือตัวแปรต้นทุนมากที่สุดในการผลิตเนื้อ ประสิทธิภาพการใช้อาหารที่สามารถวัดได้ เช่น ปริมาณอาหารที่กินเหลือ ( RFI )ซึ่งเป็นความแตกต่างระหว่าง DMI ที่แท้จริงของสัตว์ และคาดว่าจะดีขึ้น น้ำหนักตัว และอัตราการเจริญเติบโต อัตราส่วนการแปลงอาหาร ( FCR ) คือฟังก์ชันผกผันของประสิทธิภาพของอาหารทั้งหมด และอัตราส่วนของ DMI เพื่อ ADG . รวม 2633 SNP ใน 29 วัว autosomes วิเคราะห์ก็มีเคารพแองกัส , ชา , หรือ Alberta ไฮบริดบูลส์สำหรับสมาคมกับ RFI .รวม 150 SNP ถูกเชื่อมโยงกับ RFI ที่ P < 0.05 ซึ่ง 23 อย่างมีนัยสำคัญที่ p < 0.01 . เก้าของ SNP คู่แสดงการเชื่อมโยงการเก็บน้ำสูง ( R2 > 0.80 ) ดังนั้นเพียง 1 ของ SNP คู่ใช้เครื่องหมายเพิ่มเติมหลายองค์ประกอบ สองวิธีที่ใช้ในการสร้างแผงของ SNP ที่เป็นข้อมูลสูงสุดสำหรับ RFI บนพื้นฐานของข้อมูล ในวิธีแรก141 SNP เดี่ยวแบบไม่ซ้ำ รวมกันในรูปแบบและรูปแบบการขจัดย้อนกลับใช้ลดลงจนเหลือ SNP SNP ในรูปแบบอย่างมีนัยสำคัญที่ P < 0.05 ที่ได้รับอิทธิพลมากขึ้น SNP เมื่อรวมในรูปแบบหลายตัวแปรกว่า เมื่อทดสอบเป็นรายบุคคล ในวิธีที่สองประมาณการจาก 141 SNP ถูกใช้เพื่อสร้างค่าการผสมพันธุ์แบบโมเลกุล ( MBV ) ตามด้วยตัวแปรพยากรณ์ ( CCP ) ขั้นตอน ที่ถูกสร้างขึ้นโดยการเพิ่ม MBV แบบประเมินผลในเวลาหนึ่ง แต่การรักษา SNP ผลใน MBV ซึ่งถ้าการทดสอบทางสถิติและอัตราส่วนความแปรปรวนของอธิบายขึ้นpredictabilities ของ 2 วิธีการวิเคราะห์เปรียบเทียบด้วยถอย RFI ในขั้นสุดท้าย MBV สร้างจาก SNP ที่ยังคงอยู่ในแต่ละวิเคราะห์แบบ โดย MBV จากสารประกอบร่วมผลิตของ 0.497 แบบจำลองการทำนาย ส่วนรูปแบบหลายตัวแปร MBV ได้ลดลง 0.416 . ที่สำคัญยังได้ทดสอบ SNP และสมาคมกับ DMI ใช้ .ส่วน SNP พบชุดต่างๆของสมาคม มี 4 ลักษณะ รวมทั้งบางส่วนที่เกี่ยวข้องเฉพาะกับ RFI . ประมาณ 9.5% ของ SNP จาก 2 รุ่นคือภายใน 5 ซม. ระบุก่อนหน้านี้ RFI และพื้นที่เพื่อสำรวจความแน่ชัดสำหรับผู้สมัครตำแหน่งยีน สรุปการศึกษานี้ได้ระบุแผงของ SNP ที่มีความสัมพันธ์กับ RFI ที่จะต้องถูกตรวจสอบในประชากรที่เป็นอิสระและมีความก้าวหน้าอย่างต่อเนื่อง เพื่อใช้ในการเลือกเครื่องหมายเครื่องหมายช่วยเลือกเพื่อประสิทธิภาพการใช้อาหารในโคเนื้อ