เริ่มสร้างเมื่อวันที่ 9 สิงหาคม ค.ศ.1173 สร้างเสร็จเมื่อปี 1350 ใช้เวลาสร้างประมาณ 175 ปี แต่การก่อสร้างหยุดชะงักเมื่อสร้างไปได้ถึงชั้น 3 เนื่องจากพื้นใต้ดินเป็นพื้นดินที่นิ่ม ทำให้ยุบตัว ต่อมาในปี ค.ศ.1272 โดย Giovanni di Simone สร้างให้เอนกลับไปอีกด้านหนึ่งเพื่อให้สมดุล แต่การก่อสร้างในครั้งนี้ ก็ต้องหยุดชะงักลงอีกครั้งเนื่องจากเกิดสงคราม ต่อมาก็มีการสร้างหอต่อขึ้นอีกและสร้างเสร็จ 7 ชั้น ในปี ค.ศ.1319 แต่หอระฆังถูกสร้างเสร็จในปี ค.ศ.1372 โดยใช้เวลาสร้างทั้งหมด 177 ปี
หลังจากนั้น ในปี ค.ศ. 1990-2001 หอเอนปีซาได้รับการปรับปรุงฐานให้แข็งแรงยิ่งขึ้น เพื่อป้องกันไม่ให้หอล้มลงมา