2.1. Influenza A virus datasets and

2.1. Influenza A virus datasets and sequence alignment

To define EIV-specific lineage group among AIV lineages, we performed the phylogenetic analysis using a subset of genomic segments corresponding to Xu et al. (2011) datasets, which were recently used in a comprehensive analysis of the NP segment for the study of host lineages, and more recent datasets including canine and equine influenza virus (CIV and EIV) and animal influenza viruses isolated from South Korea. The viral sequences were downloaded from the NIAID IRD (influenza research database) through the website http://www.fludb.org (Squires et al., 2012). Duplicates, laboratory strains, sequences with too many missing nucleotides, and a singleton with insertion or deletion were manually inspected and removed after MAFFT v.7.0 (Katoh and Standley, 2013) alignment implemented at http://mafft.cbrc.jp/alignment/server using the FFT-NS-2 strategy and default parameters. The final dataset consisted of 696 sequences for each segment and then utilized in primer design and phylogenetic studies to investigate the lineage patterns. The host composition was the follows: human (254), swine (157), equine (74), canine (32), feline (2), and avian (177) (for sequence information, see Appendix Fig. 1).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.1. ไข้หวัดใหญ่ไวรัสข้อมูลและลำดับการจัดตำแหน่งการกำหนดกลุ่มคนเชื้อสาย EIV เฉพาะในหมู่ชาติ AIV เราทำการวิเคราะห์ phylogenetic ใช้ชุดย่อยของส่วนการที่สอดคล้องกับซู et al. (2011) ซึ่งเมื่อเร็ว ๆ นี้ใช้ในการวิเคราะห์ที่ครอบคลุมของเซ็กเมนต์ NP สำหรับการศึกษาของชาติโฮสต์ ข้อมูลและชุดข้อมูลล่าสุดรวมทั้งไวรัสไข้หวัดสุนัข และม้า (CIV และ EIV) และไวรัสไข้หวัดใหญ่สัตว์แยกจากเกาหลีใต้ The viral sequences were downloaded from the NIAID IRD (influenza research database) through the website http://www.fludb.org (Squires et al., 2012). ซ้ำ สายพันธุ์ห้องปฏิบัติการ ลำดับกับนิวคลีโอไทด์ขาดหายไปมากเกินไป และแบบ มีการแทรกหรือการลบด้วยตนเองการตรวจสอบ และออกหลัง MAFFT v.7.0 (Katoh และ Standley, 2013) นำมาใช้ใน http://mafft.cbrc.jp/alignment/server โดยใช้ FFT-NS-2 กลยุทธ์และค่าเริ่มต้นพารามิเตอร์การจัดตำแหน่ง ในชุดสุดท้ายของลำดับ 696 สำหรับแต่ละเซ็กเมนต์แล้ว ใช้ในการออกแบบไพรเมอร์และศึกษา phylogenetic เพื่อตรวจสอบรูปแบบเชื้อสาย องค์ประกอบของโฮสต์ได้ดังนี้การ: มนุษย์ (254), หมู (157), ม้า (74), สุนัข (32), แมว (2), และนก (177) (ลำดับข้อมูล ดูภาคผนวกรูปที่ 1)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.1 ไข้หวัดใหญ่ชุดข้อมูลไวรัสและการลำดับการจัดเรียงการกำหนดกลุ่มเชื้อสาย EIV เฉพาะในหมู่ AIV lineages เราดำเนินการ phylogenetic วิเคราะห์โดยใช้กลุ่มย่อยของกลุ่มจีโนมที่สอดคล้องกับ Xu et al, (2011) ชุดข้อมูลซึ่งถูกนำมาใช้ในเร็ว ๆ นี้การวิเคราะห์ที่ครอบคลุมของส่วน NP สำหรับการศึกษาของ lineages โฮสต์และชุดข้อมูลเมื่อเร็ว ๆ นี้รวมทั้งสุนัขและไวรัสไข้หวัดใหญ่ม้า (CIV และ EIV) และไวรัสไข้หวัดใหญ่ที่แยกได้จากสัตว์เกาหลีใต้ ลำดับไวรัสถูกดาวน์โหลดจาก NIAID IRD (ฐานข้อมูลการวิจัยไข้หวัดใหญ่) ผ่านทางเว็บไซต์ http://www.fludb.org (สไควร์ et al., 2012) ซ้ำสายพันธุ์ห้องปฏิบัติการลำดับนิวคลีโอที่ขาดหายไปมีจำนวนมากเกินไปและเดี่ยวมีการแทรกหรือลบได้รับการตรวจสอบด้วยตนเองและลบออกหลังจาก MAFFT v.7.0 (Katoh และ Standley, 2013) การจัดตำแหน่งดำเนินการที่ http://mafft.cbrc.jp/alignment / เซิร์ฟเวอร์โดยใช้ FFT-NS-2 กลยุทธ์และการเริ่มต้นพารามิเตอร์ ชุดข้อมูลสุดท้ายประกอบด้วย 696 ลำดับสำหรับแต่ละส่วนแล้วนำมาใช้ในการออกแบบไพรเมอร์และการศึกษาสายวิวัฒนาการในการตรวจสอบรูปแบบเชื้อสาย องค์ประกอบโฮสต์เป็นดังนี้ (. สำหรับข้อมูลลำดับดูภาคผนวกรูปที่ 1) ของมนุษย์ (254), หมู (157), ม้า (74) สุนัข (32) แมว (2) และนก (177)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.1 . ไวรัสไข้หวัดใหญ่ข้อมูลและลำดับการการกำหนด eiv เฉพาะเชื้อสายกลุ่ม aiv เมื่อเราทำการวิเคราะห์ ซึ่งใช้เป็นเซตย่อยของจีโนมของส่วนที่สอดคล้องกันเพื่อ Xu et al . ( 2011 ) ข้อมูลที่ใช้เมื่อเร็ว ๆ นี้ในการวิเคราะห์ที่ครอบคลุมของส่วน NP เพื่อการศึกษาเมื่อโฮสต์และข้อมูลล่าสุด รวมถึงสุนัขและม้าไวรัสไข้หวัดใหญ่ ( วิชาวัฒนธรรม และ eiv ) และไวรัสไข้หวัดใหญ่ของสัตว์ที่แยกจากเกาหลีใต้ ลำดับของไวรัสถูกดาวน์โหลดจาก IRD แห่งชาติ ( ฐานข้อมูลวิจัยไข้หวัดใหญ่ ) ผ่านเว็บไซต์ http://www.fludb.org ( ควเรส et al . , 2012 ) กัน สายพันธุ์ที่ห้องปฏิบัติการ ลำดับนิวคลีโอไทด์มีมากเกินไปที่ขาดหายไป และมีการแทรกหรือลบเป็น Singleton ด้วยตนเองตรวจสอบและลบหลังจาก mafft v.7.0 ( katoh และล่าง , 2013 ) แนวปฏิบัติที่ http://mafft.cbrc.jp/alignment/server ใช้กลยุทธ์ fft-ns-2 และเริ่มต้นพารามิเตอร์ ข้อมูลสุดท้าย จำนวน 696 ลำดับสำหรับแต่ละกลุ่ม และใช้ในการออกแบบไพรเมอร์ ซึ่งศึกษาและสืบวงศ์ตระกูลรูปแบบ โฮสต์องค์ประกอบเป็นดังนี้ : มนุษย์ ( 254 ) , สุกร ( 157 ) , ม้า ( 74 ) , สุนัข ( 32 ) , แมว ( 2 ) , และนก ( 177 ) ( ข้อมูลลำดับดูภาคผนวกรูปที่ 1 )