PCR products were gel-purified usin

PCR products were gel-purified using the Qiaquick gel purification kit (Quiagen, Hilgen, Germany). Library quantification was done by fluorometry using the Quant-iT picoGreen dsDNA Assay Kit (Invitrogen, USA). An equal volume of each amplicon was mixed to prepare amplicon pools, and then sequenced in a two-region 454 run on a GS PicoTiterPlate using a Roche/454 GS Junior pyrosequencing system (Roche, 454 Life Sciences, Branford, CT, USA)., UK). RDA was used to test which of the environmental factors explain the majority of the variation in the bacterial/archaeal community composition (Monte Carlo permutation test, 1000 permutations) and show relationship between major bacterial families and environmental factors. The BIOENV analysis was applied to determine the correlation between the environmental factors and bacterial/archaeal communities with the application of a Spearman’s correlation coefficient.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ผลิตภัณฑ์ PCR ได้เจบริสุทธิ์โดยใช้การ Qiaquick เจลฟอกชุด (Quiagen, Hilgen เยอรมนี) นับไลบรารีถูกกระทำ โดย fluorometry โดยใช้ dsDNA picoGreen Quant มันเป็นชุดทดสอบ (Invitrogen สหรัฐอเมริกา) ปริมาตรการเท่ากันของ amplicon แต่ละผสมเพื่อจัดเตรียมสระว่ายน้ำ amplicon และจากนั้น เรียงลำดับในการรัน 454 สองภูมิภาคบน PicoTiterPlate GS ที่ใช้ระบบ pyrosequencing โร/454 GS จูเนียร์ (Roche, 454 วิทยาศาสตร์สุขภาพ Branford, CT สหรัฐอเมริกา) สหราชอาณาจักร) RDA ใช้ในการทดสอบซึ่งปัจจัยสิ่งแวดล้อมส่วนใหญ่ของการเปลี่ยนแปลงในส่วนประกอบ แบคทีเรีย/archaeal ชุมชน (ทดสอบ Carlo มอนเรียงสับเปลี่ยน สับ 1000) อธิบาย และแสดงความสัมพันธ์ระหว่างครอบครัวสำคัญแบคทีเรียและปัจจัยแวดล้อม วิเคราะห์ BIOENV ถูกใช้เพื่อกำหนดความสัมพันธ์ระหว่างปัจจัยสิ่งแวดล้อมและชุมชน แบคทีเรีย/archaeal ด้วยสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์แบบ Spearman

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ผลิตภัณฑ์ PCR เป็นเจลบริสุทธิ์โดยใช้เจลฟอกชุด Qiaquick (Quiagen, Hilgen, เยอรมนี) ปริมาณห้องสมุดทำโดย fluorometry ใช้ picoGreen ควอนท์-iT dsDNA Assay Kit (Invitrogen, สหรัฐอเมริกา) ปริมาณที่เท่ากันของแต่ละ amplicon ผสมเพื่อเตรียมความพร้อมสระว่ายน้ำ amplicon และติดใจแล้วในสองภูมิภาค 454 วิ่งบน GS PicoTiterPlate ใช้ Roche / 454 GS Junio​​r ระบบ pyrosequencing (โรช 454 วิทยาศาสตร์เพื่อชีวิต, ฟอร์ด, CT, USA) สหราชอาณาจักร) RDA ถูกใช้ในการทดสอบซึ่งในปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมอธิบายส่วนใหญ่ของการเปลี่ยนแปลงในองค์ประกอบชุมชนแบคทีเรีย / archaeal (ทดสอบการเปลี่ยนแปลง Monte Carlo 1000 พีชคณิต) และแสดงความสัมพันธ์ระหว่างครอบครัวของเชื้อแบคทีเรียที่สำคัญและปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อม การวิเคราะห์ BIOENV ถูกนำมาใช้ในการกำหนดความสัมพันธ์ระหว่างปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมและชุมชนแบคทีเรีย / archaeal ด้วยการประยุกต์ใช้ค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์สเปียร์แมนของ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ผลิตภัณฑ์ PCR เป็นเจลบริสุทธิ์ ใช้ qiaquick เจลฟอก Kit ( quiagen hilgen , เยอรมนี ) ปริมาณห้องสมุดโดย fluorometry ใช้จํานวนมัน picogreen dsdna 3 ชุด ( Invitrogen , USA ) ปริมาณเท่ากันของแต่ละและผสมเพื่อเตรียมความพร้อมและสระแล้วลำดับในการเรียกใช้สองภูมิภาค 454 ใน GS picotiterplate ใช้โรช / 454 GS จูเนียร์ไพโรซีเควนซิงระบบ ( โรช ชีวิต 454 วิทยาศาสตร์ แบรนฟอร์ด , CT , สหรัฐอเมริกา ) , UK ) ควรใช้วิธีการทดสอบของปัจจัยสิ่งแวดล้อมที่อธิบายส่วนใหญ่ของการเปลี่ยนแปลงในแบคทีเรีย / องค์ประกอบชุมชน archaeal ( ทดสอบการเปลี่ยนแปลงที่มอนติคาร์โล1 ) แสดงความสัมพันธ์ระหว่างครอบครัวและพีชคณิตของสาขาและปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อม การวิเคราะห์ bioenv มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมและชุมชน archaeal แบคทีเรีย / กับการประยุกต์ใช้ของ Spearman correlation coefficient