Bacterial genomic DNA extraction wa

Bacterial genomic DNA extraction was routinely performed
using the DNeasy Blood and Tissue Kit (Qiagen, Germantown, MD)
procedure (Binet and Maurelli, 2009), eluting in 100 ml TE buffer, in
about 15e20 min. Three additional DNA extraction methods were
chosen for their simplicity and potential application for high-
throughput analyses (preferably one tube, one buffer, and few
manipulation steps). The five-minute boiling method in 500 ml PBS
currently used in the FDA import and domestic produce method-
ologies for Shigella (Warren et al., 2009) was compared to two
commercial, heat-based methods. For the PrepMan Ultra (Applied
Biosystems, Foster City, CA), the sample pellet was resuspended in
100 ml of PrepMan solution and heated at 100 C for 10 min. For
the InstaGene Matrix (Bio-Rad, Hercules, CA.), the sample pellet
was resuspended in 200 ml of the commercial chelex-based solu-
tion and heated at 56 C for 20 min and then at 100 C for 10 min.
In these three methods, the DNA was cooled then centrifuged for
1 min at 16,000
g to eliminate cell debris. The PrepMan Ultra
samples were also diluted 1:10 in sterile water, as recommended
by the manufacturer, to help reduce potential inhibitory effects in
the PCR.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ทำแบคทีเรีย genomic DNA สกัดเป็นประจำใช้ DNeasy เลือดและเนื้อเยื่อชุด (Qiagen, Germantown, MD)ขั้นตอน (Binet และ Maurelli, 2009), eluting ในบัฟเฟอร์ TE 100 ml ในเกี่ยวกับ 15e20 นาที มีวิธีการสกัดดีเอ็นเอเพิ่มเติมสามสำหรับสมัครความเรียบง่ายและมีศักยภาพสูงสำหรับประมวลวิเคราะห์ (หนึ่งเด่นกว่าหลอด บัฟเฟอร์หนึ่ง และน้อยจัดการขั้นตอนต่อไป) วิธีการ five นาทีเดือดใน PBS ขนาด 500 มล.ปัจจุบันใช้ในองค์การอาหารและยานำเข้าและผลิตในประเทศวิธี-ologies สำหรับ Shigella (วอร์เรน et al., 2009) ได้เปรียบเทียบกับสองวิธีค้า ใช้ความร้อน สำหรับ PrepMan Ultra (ใช้Biosystems ฟอสเตอร์ซิตี้ CA), เม็ดอย่างมี resuspended ใน100 ml ของ PrepMan และความร้อนที่ 100 C สำหรับ 10 นาทีสำหรับInstaGene เมตริกซ์ (ไบ-Rad เฮอร์คิวลิส CA.), เม็ดตัวอย่างมี resuspended ในการค้าตาม chelex solu-200 มลสเตรชัน และเร่าร้อน ที่ 56 C สำหรับ 20 นาที แล้ว ที่ C 100 สำหรับ 10 นาทีในวิธีการทั้งสาม ดีเอ็นเอได้ระบายความร้อนด้วย แล้ว centrifuged สำหรับ1 นาทีที่ 16000 g เพื่อกำจัดเศษเซลล์ อัลตร้า PrepManตัวอย่างก็ยังแตกออก 1:10 ใส่น้ำ แนะนำโดยผู้ผลิต ช่วยลดลักษณะพิเศษของลิปกลอสไขมีศักยภาพในPCR

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การสกัดดีเอ็นเอจีโนมแบคทีเรียได้ดำเนินการเป็นประจำโดยใช้ DNeasy เลือดและเนื้อเยื่อ Kit (Qiagen ทาวน์, MD) ขั้นตอน (Binet และ Maurelli 2009), eluting ใน 100 มล. บัฟเฟอร์ TE ในเกี่ยวกับ15e20 นาที สามวิธีการสกัดดีเอ็นเอเพิ่มเติมเลือกสำหรับความเรียบง่ายและการประยุกต์ใช้ที่มีศักยภาพสำหรับสูงของพวกเขาวิเคราะห์ผ่าน(โดยเฉพาะอย่างหนึ่งหลอดหนึ่งบัฟเฟอร์และเพียงไม่กี่ขั้นตอนการจัดการ) ไฟได้นาทีวิธีการต้มใน 500 มลพีบีเอสที่ใช้ในปัจจุบันในการนำเข้าFDA และ method- ผลิตในประเทศologies สำหรับ Shigella (วอร์เรน et al., 2009) เมื่อเทียบกับสองเชิงพาณิชย์วิธีการที่ใช้ความร้อน สำหรับอัลตร้า PrepMan (Applied Biosystems, ฟอสเตอร์ซิตี, แคลิฟอร์เนีย) เม็ดตัวอย่างถูก resuspended ใน100 มล. ของการแก้ปัญหา PrepMan และให้ความร้อนที่ 100 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 10 นาที สำหรับInstaGene เมทริกซ์ (Bio-Rad, เฮอร์คิวลิสโก), ​​เม็ดตัวอย่างถูกresuspended ใน 200 มล. ของการค้า chelex ตามโซลูชันการและให้ความร้อนที่56 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 20 นาทีแล้วที่ 100 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 10 นาที . ในทั้งสามวิธีดีเอ็นเอที่ถูกระบายความร้อนหมุนเหวี่ยงแล้ว1 นาทีที่ 16,000? g เพื่อกำจัดเศษเซลล์ อัลตร้า PrepMan ตัวอย่างนอกจากนี้ยังได้ปรับลด 01:10 ในน้ำหมันตามคำแนะนำโดยผู้ผลิตเพื่อช่วยลดผลกระทบที่อาจเกิดขึ้นในการยับยั้งวิธีPCR

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การสกัดดีเอ็นเอจากแบคทีเรียตรวจการใช้เลือดและชุด
dneasy เนื้อเยื่อ ( QIAGEN Germantown , MD )
( บิเนต์ maurelli ขั้นตอนและ 2009 ) , hexane 100 มิลลิลิตร TE บัฟเฟอร์ใน
เกี่ยวกับ 15e20 นาทีสามเพิ่มเติมวิธีการสกัดดีเอ็นเอถูก
เลือกง่ายและโปรแกรมที่มีศักยภาพสูง - วิเคราะห์
อัตราความเร็ว ( โดยเฉพาะหนึ่งหลอดหนึ่งบัฟเฟอร์และขั้นตอนการจัดการไม่กี่
)จึงได้นาทีเดือด ) 500 มล. PBS
ปัจจุบันใช้ในองค์การอาหารและยานำเข้าและในประเทศผลิตวิธี -
ologies สำหรับชิเกลลา ( วอร์เรน et al . , 2009 ) เทียบกับสอง
พาณิชย์ , ความร้อนตามวิธี สำหรับ prepman Ultra ( ประยุกต์
Biosystems ฟอสเตอร์ ซิตี้ , แคลิฟอร์เนีย ) , ตัวอย่าง ในการผลิต resuspended
100 มิลลิลิตรของสารละลาย prepman และความร้อนที่ 100  C 10 นาทีสำหรับ
instagene ( ไบโอเมตริกซ์ RAD ,เฮอร์คิวลิส , CA . ) ตัวอย่างเม็ด
คือ resuspended ใน 200 ml ของ chelex เชิงพาณิชย์ที่อยู่ซูลู -
tion และให้ความร้อนที่ 56  C เป็นเวลา 20 นาทีและจากนั้นที่ 100  C 10 นาที
ในวิธีการเหล่านี้สาม ดีเอ็นเอ จะระบายความร้อนแล้วไฟฟ้าสำหรับ
1 นาทีที่ 16 , 000
G เพื่อขจัดเศษ เซลล์ การ prepman อัลตร้า
ตัวอย่างยังเจือจาง 1 : 10 ในน้ำหมัน , แนะนํา
โดยผู้ผลิตเพื่อช่วยลดผลการยับยั้งในศักยภาพ
PCR