The enviMass workflow (version 1.0)

The enviMass workflow (version 1.0) [15] was applied to process the peak lists. For the two batches of experiments with river Roter Main sediment – for which a blank-control experiment was available – the peak lists of the incubations that contained pharmaceuticals and the corresponding blank-control at the same sampling time were simultaneously imported into enviMass and the blank subtraction routine was applied (tolerance windows:m/z: ±5 m Da; RT: ±0.05 min). Peaks with an at least four time shigher intensity compared to the blank-control were retained to keep the initially spiked pharmaceuticals for further processing.For the experiment with river Gründlach sediment, the blank sub-traction step was omitted due to the lack of a blank experiment.Subsequently, the parent pharmaceuticals and internal standards were filtered using m/z ratios, isotopic patterns, and RT. Finally,peaks with mass differences equal to 13C and Cl isotopologueions and RT within a window of ±0.05 min were assigned to distinguish the components with monoisotopic mass. Only those with an observed 13C isotope peak were consequently retained in the list of “unknowns” for further processing.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ลำดับ enviMass (รุ่น 1.0) [15] ถูกใช้ในการประมวลผลรายการสูงสุด สำหรับชุดสองทดลองด้วยตะกอนแม่น้ำหลัก Roter – สำหรับการ ทดลองควบคุมว่างมี – รายการสูงสุดของ incubations ที่อยู่ยาและว่างตรงกันควบคุมเวลาการสุ่มตัวอย่างเดียวกัน ได้พร้อมกันนำเข้า enviMass และใช้ขั้นตอนการลบเปล่า (เผื่อ windows: m / m ± 5 z: ดา RT: ± 0.05 min) ยอดเขาที่ มีความเข้ม shigher เวลาน้อย 4 การเปรียบเทียบกับตัวควบคุมว่างถูกสะสมเพื่อให้ยาถูกแทงเริ่มประมวลผลต่อไปในการทดลองกับน้ำตะกอน Gründlach ขั้นตอนย่อยลากเปล่าถูกละเว้นขาดทดลองเปล่าในเวลาต่อมา ยาหลักและมาตรฐานภายในถูกกรองโดยใช้อัตราส่วน m/z รูปแบบ isotopic และ RT. สุดท้าย ยอดเขาที่ มีความแตกต่างโดยรวมเท่ากับ 13C และ Cl isotopologueions และ RT ภายในหน้าต่าง± 0.05 min ได้ให้แยกส่วนประกอบ ด้วย monoisotopic โดยรวม ดังนั้นเฉพาะผู้ที่ มีการสังเกต 13C ไอโซโทปสูงถูกเก็บไว้ในรายการ "unknowns" ประมวลผลต่อไป

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

enviMass เวิร์กโฟลว์ (รุ่น 1.0) [15] ถูกนำมาใช้ในการประมวลผลรายการสูงสุด สำหรับสองกระบวนการของการทดลองกับตะกอนแม่น้ำ Roter หลัก - ที่ว่างเปล่าการทดลองการควบคุมที่มีอยู่ - รายการจุดสูงสุดของฟักตัวของเชื้อที่มียาและการควบคุมว่างเปล่าสอดคล้องในเวลาเดียวกันตัวอย่างการถูกนำเข้ามาพร้อมกันเป็น enviMass และว่างเปล่า การลบตามปกติท​​ี่ใช้ (Windows อดทน: m / Z: ± 5 เมตรดา; RT: ± 0.05 นาที) ยอดเขาที่มีความรุนแรง shigher เวลาอย่างน้อยสี่เมื่อเทียบกับการควบคุมว่างเปล่าถูกเก็บไว้เพื่อให้ยาได้ถูกแทงแรกเพิ่มเติม processing.For ทดสอบกับแม่น้ำGründlachตะกอนขั้นตอนย่อยฉุดว่างเปล่าถูกตัดออกเนื่องจากการขาดความว่างเปล่า experiment.Subsequently ยาแม่และมาตรฐานภายในถูกกรองโดยใช้ M / Z อัตราส่วนของไอโซโทปรูปแบบและ RT สุดท้ายยอดเขามีความแตกต่างมวลเท่ากับ 13C และ isotopologueions Cl และ RT ภายในหน้าต่างของ± 0.05 นาทีได้รับมอบหมายให้แยกชิ้นส่วนที่มีมวล monoisotopic เฉพาะผู้ที่มียอดการสังเกตไอโซโทป 13C ถูกเก็บไว้จึงอยู่ในรายการของ "ราชวงศ์" สำหรับการประมวลผลต่อไป

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การ envimass เวิร์กโฟลว์ ( รุ่น 1.0 ) [ 15 ] ใช้เป็นขั้นตอนสูงสุดของรายการสำหรับชุดที่สองของการทดลองกับโรเตอร์หลักและแม่น้ำตะกอนซึ่งการทดลองการควบคุมเปล่ามี–ยอดรายชื่อ incubations ที่มียาและที่เปล่าควบคุมจำนวนเวลาเดียวกันได้พร้อมกันที่นำเข้า envimass และขั้นตอนการลบช่องว่างถูกประยุกต์ ( ความอดทน Windows : M / Z : ± 5 ดา ; RT : ± 0.05 min )ยอดเขาที่มีอย่างน้อยสี่ครั้ง shigher ความรุนแรงเมื่อเทียบกับการควบคุมเปล่าถูกเก็บไว้เพื่อให้เริ่มจากยาสำหรับการประมวลผลต่อไป สำหรับการทดลองกับแม่น้ำ Gr ü ndlach ดินเปล่าซบฉุดขั้นตอนถูกตัดออกเนื่องจากขาดการทดลองว่างเปล่า ต่อมาผู้ปกครอง ) และมาตรฐานภายในกรอง โดยใช้อัตราส่วน M / Z ,รูปแบบไอโซโทป และ RT . ในที่สุด ยอดเขาที่มีมวลต่างกันเท่ากับ 13C และ CL และ isotopologueions RT ภายในหน้าต่างของ± 0.05 มินได้รับแยกแยะองค์ประกอบ monoisotopic มวล เฉพาะผู้ที่มียอดเป็นไอโซโทปพบ 13C จึงยังคงอยู่ในรายชื่อ " ไม่รู้ " สำหรับการประมวลผลต่อไป