Previous efforts towards high-throu

Previous efforts towards high-throughput sequencing
of museum specimens have been limited to either
relatively few taxa (Bi et al., 2012, 2013) or to small
numbers of loci (Schindel et al., 2011; Guschanski
et al., 2013). However, some recent studies have
applied shotgun sequencing to assemble the genomes
of collection-based specimens of mammals, insects,
fungi and plant species, although coverage has
tended to be low (Rowe et al., 2011; Staats et al.,
2013).
One application of high-throughput sequencing
that appears to be especially promising for working
with museum collections is so-called ‘target sequence
capture’. Here, a set of focal genes are ‘pulled-down’
from a larger pool of DNA fragments through the
use of sequence-specific baits. Because baits manufactured
from a single taxon have been shown to
recover loci across related taxa (Mason et al., 2011;
Enk et al., 2014), this method is potentially very useful
for phylogenomic studies (Mason et al., 2011; Enk
et al., 2014). Moreover, the bait sequences themselves
are short, and so this approach is also wellsuited
to fragmented DNA (Mason et al., 2011; Tin,
Economo & Mikheyev, 2014) of the sort that is often
isolated from specimens in collections.
Although a relatively new method, several studies
have applied target sequence capture to study samples
held in collections. Templeton et al. (2013) used
baits to recover the mitogenomes from 2500-year-old
human archaeological remains, and other studies
have also reported successfully capturing and
sequencing mitochondrial genes of other species held
in collections (Hebert et al., 2003; Mason et al., 2011;
Sawyer et al., 2012; Paijmans et al., 2013). Compared
to nuclear DNA, mitochondrial DNA is less
prone to deterioration during preservation and, as a
result of its high copy number, is more readily recovered
from limited material (Mason et al., 2011;
Guschanski et al., 2013). Nonetheless, mitochondrial
DNA also displays several characteristics that may
limit its use for evolutionary inference, such as its
maternal mode of inheritance, lack of recombination,
and the frequent phylogenetic discordance seen
between mitochondrial and nuclear gene trees

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

พยายามก่อนหน้านี้ที่มีต่อการจัดลำดับสูง throughput
ของพิพิธภัณฑ์ตัวอย่างได้ถูก จำกัด ให้ทั้ง
ค่อนข้างน้อยแท็กซ่า (BI, et al, 2012 2013.) หรือขนาดเล็ก
จำนวนตำแหน่ง (Schindel et al, 2011;. Guschanski
. et al, 2013) แต่บางการศึกษาที่ผ่านมาได้
นำไปใช้ลำดับปืนลูกซองในการประกอบจีโนม
ของตัวอย่างคอลเลกชันที่ใช้ในการเลี้ยงลูกด้วยนมแมลง
เชื้อราและพันธุ์พืชแม้ว่าความคุ้มครองได้
มีแนวโน้มที่จะอยู่ในระดับต่ำ (Rowe et al, 2011;.. Staats, et al,
2013) .
หนึ่งในการประยุกต์ใช้ลำดับสูง throughput
ที่ดูเหมือนจะมีแนวโน้มโดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับการทำงาน
กับคอลเลกชันพิพิธภัณฑ์ที่เรียกว่า 'เป้าหมายลำดับ
การจับภาพ' นี่เป็นชุดของยีนที่มีโฟกัส 'ดึงลง'
จากสระว่ายน้ำขนาดใหญ่ของดีเอ็นเอผ่าน
การใช้งานของเหยื่อลำดับที่เฉพาะเจาะจง เพราะเหยื่อที่ผลิต
จากแท็กซอนเดียวได้รับการแสดงที่จะ
กู้คืนตำแหน่งทั่วแท็กซ่าที่เกี่ยวข้องกัน (Mason et al, 2011;.
. ENK et al, 2014) วิธีนี้อาจเป็นประโยชน์อย่างมาก
สำหรับการศึกษา phylogenomic (Mason et al, 2011;. ENK
et al., 2014) นอกจากนี้เหยื่อลำดับตัวเอง
เป็นระยะสั้นและอื่น ๆ วิธีการนี้ยัง wellsuited
ดีเอ็นเอแยกส่วน (Mason et al, 2011;. ดีบุก
Economo & Mikheyev 2014) ของการจัดเรียงที่มักจะ
. ที่แยกได้จากตัวอย่างในคอลเลกชัน
แม้ว่าค่อนข้าง วิธีการใหม่ในการศึกษาหลาย
ได้นำมาใช้จับภาพเป้าหมายลำดับเพื่อศึกษาตัวอย่าง
ที่จัดขึ้นในคอลเลกชัน Templeton, et al (2013) ที่ใช้
เหยื่อในการกู้คืน mitogenomes จาก 2,500 ปี
ซากโบราณสถานของมนุษย์และการศึกษาอื่น ๆ
นอกจากนี้ยังมีรายงานการประสบความสำเร็จในการจับและ
การเรียงลำดับยีนยลของสายพันธุ์อื่น ๆ ที่จัดขึ้น
ในคอลเลกชัน (เบิร์ต et al, 2003;.. เมสัน, et al, ปี 2011
เลื่อย et al, 2012;.. Paijmans et al, 2013) เมื่อเทียบ
ดีเอ็นเอนิวเคลียร์ยลดีเอ็นเอน้อย
แนวโน้มที่จะเกิดการเสื่อมสภาพในระหว่างการเก็บรักษาและการเป็น
ผลมาจากจำนวนสำเนาสูงมีการกู้คืนมากขึ้นอย่างรวดเร็ว
จากวัสดุ จำกัด (Mason et al, 2011;.
. Guschanski et al, 2013) อย่างไรก็ตามยล
ดีเอ็นเอยังมีการแสดงหลายลักษณะที่อาจ
จำกัด การใช้งานสำหรับการอนุมานวิวัฒนาการเช่นของ
โหมดมารดาของมรดกขาดการรวมตัวกันอีก,
และความบาดหมางกันบ่อย phylogenetic เห็น
ระหว่างต้นไม้ยีนยลและนิวเคลียร์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ก่อนหน้านี้ความพยายามในการช่วยตัวอย่างของพิพิธภัณฑ์ได้ถูก จำกัด ให้ทั้งค่อนข้างน้อยและ ( บี et al . , 2012 , 2013 ) หรือขนาดเล็กตัวเลข loci ( schindel et al . , 2011 ; guschanskiet al . , 2013 ) อย่างไรก็ตาม การศึกษาล่าสุดมีลำดับการประกอบจีโนมใช้ปืนลูกซองการเก็บตัวอย่างจากสัตว์ แมลงเชื้อราและชนิดของพืช แต่ความคุ้มครองได้มีแนวโน้มที่จะต่ำ ( Rowe et al . , 2011 ; สตาตส์ et al . ,2013 )โปรแกรมประยุกต์หนึ่งของการช่วยที่ปรากฏเป็นแนวโน้มงานกับคอลเลกชันที่พิพิธภัณฑ์ที่เรียกว่า " เป้าหมายลำดับจับ " ที่นี่ชุดโฟกัสยีน " " ดึงลงจากสระว่ายน้ำขนาดใหญ่ของชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่ผ่านใช้เหยื่อที่เฉพาะเจาะจงตามลำดับ เพราะเหยื่อที่ผลิตจากชนิดเดียวที่ได้แสดงการกู้คืนสถานะข้ามที่เกี่ยวข้องและ ( เมสัน et al . , 2011 ;ENK et al . , 2014 ) วิธีนี้อาจมีประโยชน์มากสำหรับ phylogenomic Studies ( เมสัน et al . , 2011 ; ENKet al . , 2010 ) นอกจากนี้ เหยื่อดับตัวเองสั้น และวิธีการนี้ยัง wellsuitedเพื่อแยกส่วน DNA ( เมสัน et al . , 2011 ; ดีบุกeconomo & mikheyev 2557 ) ของการจัดเรียงที่มักจะเป็นที่แยกได้จากตัวอย่างในคอลเลกชันถึงแม้ว่าวิธีการที่ค่อนข้างใหม่ การศึกษาหลาย ๆมีเป้าหมายเพื่อศึกษาตัวอย่างที่ใช้จับลำดับที่จัดขึ้นในคอลเลกชัน Templeton et al . ( 1 ) ใช้เหยื่อเพื่อกู้คืน mitogenomes จาก 2 , 500 ปียังคงเป็นแหล่งโบราณคดีของมนุษย์และการศึกษาอื่น ๆยังได้รายงานประสบความสำเร็จในการจับ และการจัดลำดับของยีนชนิดอื่น ๆจัดขึ้นในคอลเลกชัน ( Hebert et al . , 2003 ; เมสัน et al . , 2011 ;ซอว์เยอร์ et al . , 2012 ; paijmans et al . , 2013 ) เปรียบเทียบนิวเคลียร์ดีเอ็นเอ ดีเอ็นเอจะน้อยลงมักจะเสื่อมในการเก็บรักษา และ เป็นผลของจำนวนสำเนาสูงของมันเป็นมากขึ้นพร้อมหายจากจำกัดวัสดุ ( เมสัน et al . , 2011 ;guschanski et al . , 2013 ) อย่างไรก็ตาม อุตสาหกรรมดีเอ็นเอยังแสดงลักษณะต่าง ๆ ที่อาจจำกัดการใช้สำหรับการอนุมานเชิงวิวัฒนาการ เช่นโหมดของมารดาขาด recombination มรดกและบ่อยครั้ง ซึ่งความแตกแยก เห็นระหว่างอุตสาหกรรมและนิวเคลียร์ของต้นไม้