ปัญหาหนึ่งในการทำให้เกิดผลระบบ ERP คือ
การที่องค์กรไม่ยอมปรับเปลี่ยนกระบวนการบริหาร
แบบเดิมๆ โดยเฉพาะองค์กรใหญ่ๆ ที่มีวัฒนธรรมดั้งเดิมที่เป็นอุปสรรคปัญหาการเปลี่ยนแปลงขององค์กรMcAdum & Galloway (2005) ได้ทำการศึกษาองค์กรขนาดใหญ่ พบว่า การขาดการปรับปรุงกระบวนการบริหาร เป็นปัญหาใหญ่ในการนำระบบ ERP มาใช้ในองค์กร