The ligands were docked against the

The ligands were docked against the selected targets by using MVD 6.0. The scoring function used was MolDock Score (GRID) with a grid resolution of 0.30Å that gives a 4-5times enhancement by speeding up precalculating potential-energy values on an evenly spaced cubic grid. Tri-linear interpolation between the relevant grid points were considered for evaluating the energy potential. Ligand evaluation for each pose was performed by considering internal electrostatic interactions, internal hydrogen bonds and sp2-sp2 torsions into count for dihedral angles. The search algorithm
used was MolDock SE (Simplex Evolution) with 50 runs for a maximum of 1500 iterations and a population size of 50. The
poses were built incrementally by the pose generator from their rigid root point for the initial population size (=50) which tests a number of different torsions angles (either sp2-sp2, sp2-sp3 or sp3-sp3), rotations and translations, evaluation of the affected part of the molecule and chooses the value which results in the lowest energy contribution. The energy threshold was kept 100 for pose generation with a value of 10 as minimum, 30 for maximum and 10 for quick tries. A combined global/local search by the algorithm is done for a maximum of 300 steps and a Neighbor distance factor
of 0.1as the point of the initial simplex for random selection of individuals in the population [32]. Clustering of the poses were done by the Tabu clustering technique of MVD with an RMSD threshold of 2.00Å and an extra energy penalty of 100.00 which was performed by considering the intrinsic ligand symmetries.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Ligands ถูกย้ายจากเป้าหมายที่เลือกโดย MVD 6.0 ฟังก์ชันให้คะแนนใช้ได้ MolDock คะแนน (ตาราง) ด้วยความละเอียดของกริดของ 0.30Å ที่ให้ปรับ 4 5times เร่ง precalculating ค่าพลังงานศักย์ในตารางลูกบาศก์มีลที่เท่า ๆ กัน แทรกแทรงตรีเชิงเส้นระหว่างเส้นที่เกี่ยวข้องได้ถือการประเมินพลังงานที่มีศักยภาพ ลิแกนด์ละก่อให้เกิดการประเมินที่ดำเนินการ โดยพิจารณาโต้ตอบงานภายใน พันธบัตรไฮโดรเจนภายใน และ torsions sp2 sp2 เป็นจำนวนสำหรับมุม dihedral อัลกอริทึมการค้นหาใช้ได้ MolDock SE (Simplex วิวัฒนาการ) กับรัน 50 สูงสุด 1500 ซ้ำและประชากรขนาด 50 ที่โพสท่าได้สร้างขึ้น โดยเครื่องกำเนิดก่อให้เกิดจุดแข็งรากของประชากรเริ่มต้นขนาด (= 50) ซึ่งทดสอบมุมต่าง ๆ torsions (sp2-sp2, sp2 sp3 หรือ sp3-sp3), หมุนเวียน และการ แปล การประเมินส่วนของโมเลกุลได้รับผลกระทบจำนวน และเลือกค่ามีผลกำไรผันแปรพลังงานต่ำ แบบเพิ่มหน่วย ขีดจำกัดของพลังงานถูกเก็บไว้ 100 ก่อให้เกิดการสร้างมีค่า 10 เป็นอย่างน้อย 30 สูงสุด และ 10 สำหรับพยายามด่วน รวมส่วนกลาง/ท้องถิ่นค้นหา ด้วยอัลกอริทึมจะกระทำได้สูงสุด 300 ตอนและตัวห่างจากเพื่อนบ้านของ 0.1as จุดของ simplex เริ่มต้นสำหรับการเลือกสุ่มบุคคลจากประชากร [32] คลัสเตอร์ของการโพสท่าทำ โดยทาบูเทคนิคของ MVD กับขีดจำกัดของ 2.00Å RMSD เป็นโทษมีพลังงานพิเศษของ 100.00 ซึ่งทำ โดยการพิจารณา symmetries ลิแกนด์ intrinsic คลัสเตอร์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

แกนด์ถูกเชื่อมต่อกับเป้าหมายที่เลือกโดยใช้ MVD 6.0 ฟังก์ชั่นที่ใช้เกณฑ์การให้คะแนนเป็นคะแนน MolDock (GRID) ที่มีความละเอียดตารางของ0.30Åที่ช่วยให้การเพิ่มประสิทธิภาพ 4-5times โดยการเร่งการ precalculating ค่าพลังงานที่มีศักยภาพในตารางลูกบาศก์เว้นระยะเท่ากัน แก้ไข Tri-เชิงเส้นตรงระหว่างจุดกริดที่เกี่ยวข้องได้รับการพิจารณาสำหรับการประเมินศักยภาพพลังงาน การประเมินผลแกนด์สำหรับแต่ละท่าได้ดำเนินการโดยพิจารณาปฏิสัมพันธ์ไฟฟ้าสถิตภายในพันธะไฮโดรเจนภายในและ torsions sp2-SP2 เข้าไปนับมุม dihedral อัลกอริทึมการค้นหาใช้เป็น MolDock SE (Simplex Evolution) 50 วิ่งได้สูงสุด 1,500 ซ้ำและขนาดประชากร 50 โพสท่าที่ถูกสร้างขึ้นแบบค่อยเป็นค่อยไปโดยกำเนิดก่อให้เกิดจากจุดแข็งของพวกเขารากขนาดประชากรครั้งแรก (= 50) ซึ่งการทดสอบจำนวนมุม torsions ที่แตกต่างกัน (ทั้ง sp2-sp2, sp2-SP3 หรือ sp3-SP3), การหมุนและการแปลและการประเมินผลในส่วนที่ได้รับผลกระทบของโมเลกุลและเลือกที่คุ้มค่าซึ่งจะส่งผลในการสนับสนุนการใช้พลังงานต่ำสุด เกณฑ์พลังงานถูกเก็บไว้ 100 รุ่นที่ก่อให้เกิดมีค่า 10 เป็นอย่างน้อย 30 สูงสุดและ 10 สำหรับพยายามอย่างรวดเร็ว รวมกันทั่วโลก / การค้นหาในท้องถิ่นโดยขั้นตอนวิธีการที่จะทำได้สูงสุด 300 ขั้นตอนและเป็นปัจจัยระยะเพื่อนบ้านของ0.1as จุดเริมเริ่มต้นสำหรับการเลือกสุ่มของบุคคลในประชากร [32] การจัดกลุ่มของการโพสท่าที่ถูกทำโดยใช้เทคนิคการจัดกลุ่มห้ามของ MVD กับเกณฑ์ของ RMSD 2.00Åและโทษพลังงานพิเศษ 100.00 ซึ่งดำเนินการโดยพิจารณา symmetries แกนด์ที่แท้จริง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ส่วนลิแกนด์ถูกเทียบกับเป้าหมายที่เลือก โดยการแบ่งตัวของเซลล์มะเร็งจาก ฟังก์ชันที่ใช้เกณฑ์การให้คะแนนเป็นคะแนน moldock ( Grid ) กับตารางที่ให้ความละเอียดของ 0.30 กริพเพนเสริม 4-5times โดยเร่ง precalculating ค่าพลังงานที่มีศักยภาพในการเว้นระยะเท่ากันลบตาราง สามเส้นระหว่างจุดตารางที่เกี่ยวข้อง การพิจารณาเพื่อประเมินศักยภาพพลังงานระบบการประเมินแต่ละท่าทำโดยพิจารณาปฏิสัมพันธ์ไฟฟ้าสถิตภายใน พันธะไฮโดรเจนภายในและ sp2-sp2 torsions เข้าไปนับ dihedral มุม ค้นหา
ใช้ moldock เซ ( วิวัฒนาการเริม ) กับ 50 วิ่งได้สูงสุด 1 , 500 รอบ และขนาดประชากร 50
ท่านสร้างแบบเพิ่มหน่วย โดยก่อให้เกิดไฟฟ้าจากของแข็งรากจุดสำหรับประชากรเริ่มต้นขนาด ( 50 ) ซึ่งทดสอบตัวเลขของมุมที่แตกต่างกัน torsions ( sp2-sp2 sp2-sp3 , หรือ sp3-sp3 ) , หมุนและการแปล การประเมินผลที่ได้รับผลกระทบส่วนหนึ่งของโมเลกุลและเลือกค่าซึ่งผลลัพธ์ในการสนับสนุนพลังงานที่ถูกที่สุดธรณีประตูพลังงานที่ถูกเก็บไว้ 100 โพสรุ่นมีมูลค่าขั้นต่ำ 10 , 30 และรวดเร็วสูงสุด 10 ครั้ง ค้นหาสากล / ท้องถิ่นรวม โดยเป็นกลไกทำให้สูงสุดขั้นตอน 300 และปัจจัยระยะทางของเพื่อนบ้าน
ของ 0.1as จุดของการเริ่มต้นของการสุ่มเลือกของบุคคลในประชากร [ 32 ]การจัดกลุ่มของท่า ทำโดยเทคนิคของการแบ่งตัวของเซลล์มะเร็งเช่นการจัดกลุ่มที่มี rmsd ธรณี 2.00 กริพเพนและพลังงานพิเศษของการลงโทษผู้ซึ่งกระทำโดยพิจารณาสมมาตร ) ที่แท้จริง