Structure determination. The progra

Structure determination. The program PHASER (18) was used for molecular
replacement, with the structure of unliganded PAN as a search model (Protein
Data Bank [PDB] accession no. 3EBJ) (23). Refinement was carried out with
Refmac5 (19) and PHENIX (1). An initial positional and B-factor refinement of
the molecular replacement solution led to an Rfree (4) value below 32%. The
bound metal ions and NMPs were built under the guidance of Fo-Fc difference
maps. Two peaks near Glu119 were clearly attributable to two catalytic metal
ions when the metal used in the crystallization buffer was manganese.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การกำหนดโครงสร้าง PHASER โปรแกรม (18) ที่ใช้สำหรับโมเลกุล
ทดแทนกับโครงสร้างของ PAN unliganded เป็นแบบจำลองการค้นหา (โปรตีน
ข้อมูลธนาคาร [PDB] ภาคยานุวัติไม่มี. 3EBJ) (23) การปรับแต่งได้ดำเนินการกับ
Refmac5 (19) และ PHENIX (1) ตำแหน่งและเริ่มต้นการปรับแต่ง B-ปัจจัยของ
การแก้ปัญหาการเปลี่ยนโมเลกุลนำไปสู่การ Rfree (4) ค่าต่ำกว่า 32%
ไอออนโลหะผูกพันและ NMPs ถูกสร้างขึ้นภายใต้การแนะนำของ Fo-Fc แตกต่าง
แผนที่ สองยอดเขาใกล้ Glu119 ได้อย่างชัดเจนส่วนที่สองเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาโลหะ
ไอออนเมื่อโลหะที่ใช้ในบัฟเฟอร์ตกผลึกเป็นแมงกานีส

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การกำหนดโครงสร้าง โปรแกรมรุ่น ( 18 ) ถูกใช้เพื่อแทนที่ด้วยโครงสร้างของโมเลกุล
unliganded แพนเป็นรูปแบบการค้นหา ( โปรตีน
ธนาคาร [ ข้อมูล ] การไม่ 3ebj PDB ) ( 23 ) การกระทำด้วย
refmac5 ( 19 ) และฟีนิกซ์ ( 1 ) การเริ่มต้นและการปรับแต่งตำแหน่ง b-factor
โซลูชั่นเปลี่ยนโมเลกุลนำไปสู่ rfree ( 4 ) มีค่าต่ำกว่า 30 %
จำกัดโลหะไอออน และ nmps ถูกสร้างขึ้นภายใต้คำแนะนำของ สำหรับ FC ความแตกต่าง
แผนที่ สองยอดใกล้ glu119 ได้อย่างชัดเจนจากสองไอออนโลหะ
โลหะเมื่อโลหะใช้ในการบัฟเฟอร์แมงกานีส