Sequences from each of the 23 spider monkey samples were aligned with one another and with homologous sequences of Lagothrix, Alouatta, Cebus, and Callicebus using the program Muscle v3.6
with the program default parameters (number of iterations = 16,maximum memory allocated =30,000,000 MB). We trimmed our initial alignment to a concatenated alignment of only the three
coding regions (NAD5, NAD6, cytochrome B), excluding flanking sequence and excising the terminal codons of NAD6, which overlap with those of NAD5. We used the software MEGA 6.0 to estimate
the mean pairwise genetic distance (calculated as base pair substitutions per site using a Maximum Composite Likelihood model) among the taxa included in the final alignment (Tamura and Nei,1993; Tamura et al., 2004; Tamura et al., 2013).
ลำดับจากแต่ละตัวอย่างลิงแมงมุม 23 ได้สอดคล้องกัน และ มีลำดับ homologous Lagothrix, Alouatta, Cebus และ Callicebus ใช้เล่นกล้ามเนื้อโปรแกรมด้วยพารามิเตอร์การเริ่มต้นโปรแกรม (หมายเลขซ้ำ = 16 ปันส่วนหน่วยความจำสูงสุด = 30,000,000 MB) เราตัดตำแหน่งของเราเริ่มต้นการจัดตำแหน่งสามต่อลำดับรหัสภูมิภาค (NAD5, NAD6, cytochrome B), รวม flanking และ excising codons เทอร์มินัลของ NAD6 ซึ่งทับซ้อนกับ NAD5 เราใช้ซอฟต์แวร์ร็อค 6.0 ในการประเมินหมายความว่าแพร์ไวส์ (คำนวณเป็นฐานคู่แทนต่อไซต์ใช้แบบผสมโอกาสสูง) ระยะทางพันธุกรรมระหว่าง taxa ที่รวมอยู่ในการจัดตำแหน่งสุดท้าย (Tamura และ Nei, 1993 Al. Tamura ร้อยเอ็ด 2004 Tamura et al., 2013)
การแปล กรุณารอสักครู่..
ลำดับจากแต่ละ 23 ตัวอย่างแมงมุมลิงถูกจัดชิดกับคนอื่นและวนเวียนอยู่กับความคล้ายคลึงกันของ Lagothrix, Alouatta, Cebus และ Callicebus ใช้โปรแกรมกล้ามเนื้อ v3.6
กับพารามิเตอร์เริ่มต้นโปรแกรม (จำนวนซ้ำ = 16 หน่วยความจำสูงสุดจัดสรร = 30,000,000 บาท) เราตัดการจัดตำแหน่งของเราเริ่มต้นการจัดตำแหน่งที่ตัดแบ่งเพียงสามภูมิภาคเข้ารหัส (NAD5, NAD6, cytochrome B) ไม่รวมขนาบลำดับและ excising codons ขั้ว NAD6 ซึ่งทับซ้อนกับผู้ NAD5
เราใช้ซอฟแวร์ MEGA 6.0
ในการประมาณการค่าเฉลี่ยระยะทางพันธุกรรมคู่(ผลการแทนฐานคู่ต่อเว็บไซต์โดยใช้แบบจำลองภาวะน่าจะเป็นคอมโพสิตสูงสุด) ในหมู่แท็กซ่าที่รวมอยู่ในการจัดตำแหน่งสุดท้าย (ทามูระและ Nei 1993; ทามูระ et al, 2004. ทามูระ et al., 2013)
การแปล กรุณารอสักครู่..
ลำดับจำนวน 23 ตัวอย่างแมงมุมลิง ชิดกันและความคล้ายคลึงกับลำดับของ lagothrix alouatta cebus , , , และ callicebus โดยใช้กล้ามเนื้อโปรแกรม v3.6
กับโปรแกรมเริ่มต้นพารามิเตอร์ ( จํานวนซ้ำ = 16 , หน่วยความจำสูงสุดจัดสรร = 30000000 MB ) เราตัดการเริ่มต้นของเรากับมาจัดเพียง 3
รหัสภูมิภาค ( nad5 nad6 , ,- B ) ยกเว้น flanking ลำดับและตัดปลายของ nad6 ซิส ซึ่งทับซ้อนกับบรรดา nad5 . เราใช้ซอฟต์แวร์ที่เมกาประมาณ 6.0
หมายถึงคู่ระยะทางพันธุกรรม ( คำนวณเป็นฐานคู่แทนต่อเว็บไซต์ โดยใช้รูปแบบของความเป็นไปได้สูงสุดประกอบ ) และรวมอยู่ในตำแหน่งสุดท้าย ( ทามูระ กับ เนย , 1993 ; ทามูระ et al . , 2004 ; ทามูระ et al . ,2013 )
การแปล กรุณารอสักครู่..