Additional information about ESTs c

Additional information about ESTs can be found in:
Boguski MS, Lowe TM, Tolstoshev CM. 1993. dbEST--database for "expressed sequence tags." Nat Genet 4(4):332-333.

Most EST projects develop large numbers of sequences. These are commonly submitted to GenBank and dbEST as batches of dozens to thousands of entries, with a great deal of redundancy in the citation, submitter and library information. To improve the efficiency of the submission process for this type of data, we have designed a special streamlined submission process and data format.

dbEST also includes sequences that are longer than the traditional ESTs, or are produced as single sequences or in small batches. Among these sequences are products of differential display experiments and RACE experiments. The thing that these sequences have in common with traditional ESTs, regardless of length, quality, or quantity, is that there is little information that can be annotated in the record.

If a sequence is later characterized and annotated with biological features such as a coding region, 5'UTR, or 3'UTR, it should be submitted through the regular GenBank submissions procedure (via BankIt or Sequin), even if part of the sequence is already in dbEST.

dbEST is reserved for single-pass reads. Assembled sequences should not be submitted to dbEST. GenBank will accept assembled EST submissions for the TSA (Transcriptome Shotgun Assembly) division. Please contact [e-mail] for more information about submitting EST assemblies. The individual reads which make up the assembly should be submitted to dbEST, the Trace archive or the Short Read Archive (SRA) prior to the submission of the assemblies. For additional information about submitting to Trace or SRA please see Trace web site.

NOTE: Beginning in 2009 Sequences derived from "next generation" sequencing platforms, including Roche 454, Illumina, Applied Biosystems SOLiD, and Helicos Biosciences HeliScope, should be submitted to the Short Read Archive (SRA) (For information contact [e-mail].)

Sequences which should not be included in EST submissions include the following: mitochondrial sequences, rRNA, viral sequences, vector sequences. Vector and linker regions should be removed from EST sequences before submission.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับ ESTs สามารถพบได้ใน: Boguski MS, Lowe TM, Tolstoshev CM. 1993 dbEST - ฐานข้อมูล "แสดงลำดับแท็ก" Nat Genet 4 (4): 332-333โครงการ EST ส่วนใหญ่พัฒนาลำดับจำนวนมาก เหล่านี้เป็นประจำส่ง GenBank และ dbEST เป็นชุดของหลายสิบหลายพันคนของรายการ อินทร์ความซ้ำซ้อนในข้อมูลอ้างอิง ห้องสมุด และผู้ เพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพของกระบวนการส่งข้อมูลชนิดนี้ เราได้ออกแบบพิเศษประสิทธิภาพส่งกระบวนการและข้อมูลรูปแบบนอกจากนี้ dbEST ยังมีลำดับที่ยาวกว่า ESTs ดั้งเดิม หรือมีผลิต เป็นลำดับเดียว หรือ เป็นชุดขนาดเล็ก ในลำดับนี้เป็นผลิตภัณฑ์ทดลองแสดงส่วนที่แตกต่างและทดลองการแข่งขัน สิ่งที่ลำดับเหล่านี้มี in common with ESTs ดั้งเดิม ความยาว คุณภาพ หรือ ปริมาณ นั่นคือมีข้อมูลเล็ก ๆ น้อย ๆ ที่สามารถใส่คำอธิบายประกอบในเรกคอร์ดถ้าลำดับหลังลักษณะ และใส่คำอธิบายประกอบกับลักษณะทางชีวภาพเช่นภูมิภาครหัส 5' UTR หรือ 3' UTR มันควรส่งผ่านขั้นตอนการส่ง GenBank ปกติ (ผ่าน BankIt หรือเลื่อมสี), แม้ว่าส่วนหนึ่งของลำดับที่มีอยู่ใน dbESTdbEST สงวนไว้สำหรับอ่านรอบเดียว ไม่ควรส่งลำดับประกอบกับ dbEST GenBank จะยอมส่ง EST ประกอบหาร TSA (Transcriptome ปืนประกอบ) กรุณาติดต่อ [e-mail] เพื่อขอข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับแอสเซมบลี EST ส่ง ควรส่งการอ่านแต่ละที่สร้างแอสเซมบลี dbEST ติดตามการเก็บถาวร หรือการย่ออ่านเก็บ (สระ) ก่อนส่งแอสเซมบลี สำหรับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับการส่งการสืบค้นกลับสระโปรดดูติดตามเว็บไซต์หมายเหตุ: เริ่มต้นในปี 2552 ลำดับที่มาจาก "รุ่นต่อไป" แพลตฟอร์ม Roche 454, Illumina แข็ง Biosystems ใช้ และ Helicos เวลาออก HeliScope ลำดับเบสควรส่งไปสั้น ๆ อ่านเก็บ (สระ) (สำหรับข้อมูลติดต่อ [e-mail])ลำดับซึ่งควรอยู่ในการส่ง EST รวมต่อไปนี้: mitochondrial ลำดับ rRNA ลำดับไวรัส เวกเตอร์ลำดับ เวกเตอร์และตัวเชื่อมโยงข้อมูลควรถูกเอาออกจาก EST ลำดับก่อนส่ง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับ ESTs สามารถพบได้ใน:
Boguski MS โลว์ TM, Tolstoshev CM 1993 dbEST - ฐานข้อมูลสำหรับ "แท็กแสดงลำดับ." ชัยนาทจำพวกที่ 4 (4):. 332-333 ส่วนใหญ่โครงการ EST พัฒนาจำนวนมากของลำดับ เหล่านี้จะถูกส่งปกติจะ GenBank และ dbEST เป็นกระบวนการของหลายสิบหลายพันรายการที่มีการจัดการที่ดีของความซ้ำซ้อนในการอ้างอิง, ผู้ส่งข้อมูลและห้องสมุด เพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพของกระบวนการการส่งสำหรับประเภทของข้อมูลที่เราได้รับการออกแบบขั้นตอนการส่งคล่องตัวพิเศษและรูปแบบข้อมูล. dbEST ยังรวมถึงลำดับที่มีความยาวกว่า ESTs แบบดั้งเดิมหรือมีการผลิตเป็นลำดับเดียวหรือใน batches ขนาดเล็ก ท่ามกลางลำดับเหล่านี้เป็นผลิตภัณฑ์ของการทดลองการแสดงผลที่แตกต่างกันและการทดลองการแข่งขัน สิ่งที่ลำดับเหล่านี้มีเหมือนกันกับ ESTs แบบดั้งเดิมโดยไม่คำนึงถึงระยะเวลาที่มีคุณภาพหรือปริมาณที่เป็นว่ามีข้อมูลเล็ก ๆ น้อย ๆ ที่สามารถข้อเขียนในการบันทึก. ถ้าลำดับเป็นลักษณะในภายหลังและข้อเขียนที่มีคุณสมบัติทางชีวภาพเช่นการเข้ารหัส ภูมิภาค 5'UTR หรือ 3'UTR ก็ควรจะส่งผ่านขั้นตอนการส่ง GenBank ปกติ (ผ่าน Bankit หรือเลื่อม) แม้ว่าส่วนหนึ่งของลำดับที่มีอยู่แล้วใน dbEST. dbEST สงวนไว้สำหรับการส่งผ่านเดียวอ่าน ลำดับประกอบไม่ควรที่จะส่งไปยัง dbEST GenBank จะยอมรับประกอบการส่ง EST สำหรับ TSA (ยีนปืนลูกซองสภา) ส่วน กรุณาติดต่อ [e-mail] สำหรับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับการส่งประกอบ EST อ่านของแต่ละบุคคลที่ทำขึ้นการชุมนุมควรจะส่งไปยัง dbEST ที่เก็บหรือติดตามอ่านสั้น Archive (SRA) ก่อนที่จะมีการส่งของการประกอบการ สำหรับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับการส่งการติดตามหรือ SRA โปรดดูที่เว็บไซต์ติดตาม. หมายเหตุ: การเริ่มต้นในปี 2009 ลำดับมาจาก "รุ่นต่อไป" แพลตฟอร์มลำดับรวมทั้ง Roche 454, Illumina, Applied Biosystems ของแข็งและ Helicos ชีววิทยาศาสตร์ HeliScope ควรจะส่งไปยัง สั้นอ่าน Archive (SRA) (. สำหรับ [e-mail] ติดต่อสอบถามข้อมูล) ลำดับซึ่งไม่ควรจะรวมอยู่ในการส่ง EST มีดังนี้ลำดับยล rRNA ลำดับไวรัสลำดับเวกเตอร์ ภูมิภาคเวกเตอร์ลิงเกอร์และควรจะถูกลบออกจากลำดับ EST ก่อนส่ง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับฐานข้อมูลที่สามารถพบได้ใน :
boguski MS , Lowe TM , tolstoshev cm 1993 dbest -- ฐานข้อมูลสำหรับ " แสดงลำดับแท็ก . " แนทพันธุศาสตร์ 4 ( 4 ) : 332-333

ส่วนใหญ่โครงการพัฒนาและตัวเลขขนาดใหญ่ของลำดับ เหล่านี้มักเป็นและเป็นชุดของ dbest ขนาดหลายสิบหลายพันรายการ ที่มีการจัดการที่ดีของความซ้ำซ้อนในการส่งข้อมูลและห้องสมุดเพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพของกระบวนการส่งข้อมูลประเภทนี้ เราได้ออกแบบพิเศษมีประสิทธิภาพส่งกระบวนการและรูปแบบข้อมูล

dbest รวมถึงลำดับที่ยาวกว่าเดิมฐานข้อมูล หรือผลิตเป็นลำดับเดียวหรือใน batches ขนาดเล็ก ของอนุกรมนี้เป็นผลิตภัณฑ์ของการทดลองความแตกต่างแสดงการทดลองและการแข่งขันที่ลำดับเหล่านี้มีเหมือนกันกับฐานข้อมูลแบบดั้งเดิม โดยไม่คำนึงถึงความยาว คุณภาพ หรือปริมาณ คือมีข้อมูลเล็ก ๆน้อย ๆที่สามารถแสดงในบันทึก

ถ้าเป็นลำดับภายหลังลักษณะและบันทึกย่อที่มีคุณสมบัติทางชีวภาพ เช่น รหัสภูมิภาค 5'utr หรือ 3'utr , , ,มันควรจะยื่นผ่านปกติขนาดส่งขั้นตอน ( ผ่าน bankit หรือเลื่อม ) แม้ว่าส่วนหนึ่งของลำดับอยู่ใน dbest

dbest สงวนไว้สำหรับผ่านเดียวอ่าน ลำดับประกอบ ไม่ควรส่ง dbest . ขนาดจะรับประกอบและส่งผลให้ TSA ( ประกอบปืนลูกซองทราน ริปโตม ) กอง กรุณาติดต่อ [e-mail] .สำหรับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับการส่ง gov และประกอบ บุคคลซึ่งให้อ่านประกอบ จะต้องส่ง dbest ร่องรอยการจัดเก็บหรือจัดเก็บอ่านสั้น ( SRA ) ก่อนที่จะส่งของประกอบ สำหรับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับการติดตามร่องรอยหรือสนามโปรดดูเว็บไซต์ หมายเหตุ

:จุดเริ่มต้นในปี 2552 ลำดับมาจาก " คนรุ่นใหม่ " แพลตฟอร์มดังกล่าว รวมถึง โรช 454 , Illumina ประยุกต์ Biosystems แข็ง และ helicos BIOSCIENCES heliscope ควรจะส่งไปเก็บอ่านสั้น ( SRA ) ( สำหรับข้อมูลที่ติดต่อที่สนาม @ ncbi . nlm nih gov . . . )

ลำดับซึ่งไม่ควรรวมอยู่ใน และ ส่ง รวมถึงต่อไปนี้ : rRNA ลำดับไมโตคอนเดรีย , ,ไวรัสลำดับ ลำดับเวกเตอร์ เวกเตอร์และโปรแกรมเชื่อมโยงภูมิภาคควรจะลบออกจาก EST ลำดับก่อนส่ง .