The maximum-likelihood coalescent a

The maximum-likelihood coalescent approach, as
implemented in the program FLUCTUATE v.1.4 available
at http://evolution.genetics.washington.edu/lamarc/fluctuate.
html, was used to estimate population growth rate
and effective size. FLUCTUATE utilizes a model of a single
population that has been expanding (or declining)
exponentially and provides estimates of the parameters
Q and g. Q is defined as 4n1l where n1 is the ‘current’
effective population size, l is the neutral mutation rate
per site; g is the exponential growth rate of the population
and is positive if the population is expanding and
negative if the population is declining. We used Watterson’s
(1975) segregating sites estimate to obtain the
initial estimate of Q for each run, and a transition/
transversion ratio of eight based on estimates from
MODELTEST 3.06 (Posada and Crandall 1998). One hundred
short chains (1,000 steps per chain with a sampling
increment of 100) followed by 10 long chains (500,000
steps per chain with a sampling increment of 500) were
employed to ensure convergence of the Markov Chain
Monte Carlo. Estimates of time (in generations) since a
‘population’ differed from the current effective size were
determined by using the formula ts=(ln(nt/n1))/(gl),
where n1 and nt are the effective population sizes at
present (n1) and t generations (nt) ago, respectively.
Estimates of l employed were 1.0 and 1.5% per MY and
were based on molecular-clock calibrations of the
mitochondrial COI (1.2%/MY
1) and NADH-2 and
ATPase-6 (1.3%/MY
1) genes developed for several
geminate species pairs of fishes (Bermingham et al.
1997).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิธีการ coalescent สูงสุดน่าเป็น เป็นดำเนินการใน v.1.4 FLUCTUATE โปรแกรมพร้อมใช้งานที่ http://evolution.genetics.washington.edu/lamarc/fluctuateใช้ html การประเมินอัตราการเติบโตของประชากรและมีประสิทธิภาพขนาด FLUCTUATE ใช้รุ่นเดียวประชากรที่ถูกขยาย (หรือลดลง)ชี้แจง และให้ค่าประมาณพารามิเตอร์G. Q และ Q ถูกกำหนดเป็น 4n1l ที่ n1 เป็น 'ปัจจุบัน'ขนาดประชากรที่มีประสิทธิภาพ อัตราผ่ากลางคือ lต่อไซต์ g คือ อัตราเรขาคณิตของประชากรและเป็นบวกถ้าขยายประชากร และลบถ้าประชากรจะลดลง เราใช้ของโจ้(1975) เอ็กซ์ปอร์ตไซต์ประเมินเพื่อขอรับการประเมินของ Q สำหรับแต่ละการเรียกใช้ และการเปลี่ยนแปลง /อัตราส่วน transversion แปดจากการประมาณการณ์จากMODELTEST 3.06 (ท่องและ Crandall 1998) หนึ่งร้อยห่วงโซ่สั้น (1,000 ขั้นต่อโซ่กับตัวอย่างเพิ่ม 100) ตาม ด้วยโซ่ยาว 10 (500,000มีตอนต่อโซ่ด้วยการสุ่มตัวอย่างเพิ่มขึ้น 500)ลูกจ้างการบรรจบกันของห่วงโซ่มาร์คอฟMonte Carlo ประมาณเวลา (คน) ตั้งแต่การ'ประชากร' แตกต่างจากขนาดมีประสิทธิภาพปัจจุบันได้กำหนด โดยใช้ ts=(ln(nt/n1))/(gl) สูตรที่ n1 และ nt มีขนาดประชากรผลที่ปัจจุบัน (n1) และรุ่น t (nt) แล้ว ตามลำดับประเมินของ l ใช้ได้ 1.0 และ 1.5% ต่อ MY และตามสมการโมเลกุลนาฬิกาของการยล COI (1.2%/MY 1) และ NADH 2 และพัฒนาหลายยีน ATPase-6 (1.3%/MY 1)geminate คู่สายพันธุ์ของปลา (Bermingham et alปี 1997)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

วิธี Coalescent โอกาสสูงสุดในขณะที่
การดำเนินการในโปรแกรมมีความผันผวน v.1.4 ใช้ได้
ที่ http://evolution.genetics.washington.edu/lamarc/fluctuate.
html ที่ถูกนำมาใช้ในการประมาณการอัตราการเติบโตของประชากร
และขนาดที่มีประสิทธิภาพ มีความผันผวนใช้รูปแบบของเดี่ยว
ประชากรที่ได้รับการขยายตัว (หรือลดลง)
ชี้แจงและให้ประมาณการของพารามิเตอร์
Q และ g Q ถูกกำหนดให้เป็น 4n1l ที่ N1 คือ 'ปัจจุบัน'
ขนาดของประชากรที่มีประสิทธิภาพ, L เป็นอัตราการกลายพันธุ์ที่เป็นกลาง
ต่อเว็บไซต์; G เป็นอัตราการเจริญเติบโตของประชากร
และเป็นบวกถ้าประชากรที่ขยายตัวและ
เชิงลบหากประชากรจะลดลง เราใช้ Watterson ของ
(1975) เว็บไซต์แยกประเมินจะได้รับ
ประมาณในเบื้องต้นของ Q สำหรับการทำงานในแต่ละและการเปลี่ยนแปลง /
อัตราส่วน transversion แปดอยู่บนพื้นฐานของการประมาณการจาก
MODELTEST 3.06 (Posada และแครนดอล 1998) หนึ่งร้อย
โซ่สั้น ๆ (1,000 ขั้นตอนต่อห่วงโซ่ที่มีการสุ่มตัวอย่าง
เพิ่มขึ้นจาก 100) ตามด้วย 10 โซ่ยาว (500,000
ขั้นตอนต่อห่วงโซ่ที่มีการเพิ่มการสุ่มตัวอย่าง 500) ได้รับการ
จ้างงานเพื่อให้แน่ใจว่าการบรรจบกันของมาร์คอฟเชน
มอนติคาร์โล ประมาณการของเวลา (ชั่ว) เนื่องจาก
ประชากร 'แตกต่างจากขนาดที่มีประสิทธิภาพในปัจจุบันถูก
กำหนดโดยใช้ TS สูตร = (LN (NT / N1)) / (GL)
ที่ N1 และ NT เป็นประชากรที่มีประสิทธิภาพขนาดที่
ปัจจุบัน (N1) และคนรุ่น T (NT) ที่ผ่านมาตามลำดับ.
ประเมิน L ลูกจ้างเป็น 1.0 และ 1.5% ต่อฉันและ
อยู่บนพื้นฐานของการสอบเทียบโมเลกุลนาฬิกาของ
ยล COI (1.2% /? MY 1) และ NADH-2 และ
ATPase -6 (1.3% / My? 1) ยีนที่พัฒนาขึ้นสำหรับหลาย
ชนิด geminate คู่ของปลา (เบอร์มิงแฮม et al.
1997)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สูงสุดโอกาสรวมตัวเข้าหา ,ใช้ในโปรแกรม v.1.4 ที่มีอยู่จำกัดที่ http://evolution.genetics.washington.edu/lamarc/fluctuate .HTML ถูกใช้ในการประมาณการอัตราการเติบโตของประชากรและมีประสิทธิภาพขนาด ผันผวน ใช้แบบเดี่ยวจำนวนประชากรที่ได้รับการขยาย ( หรือปฏิเสธ )ชี้แจงและให้ประมาณการของพารามิเตอร์Q . Q หมายถึง 4n1l ที่ N1 เป็น " ปัจจุบัน "ที่มีประสิทธิภาพขนาดของประชากร , L คืออัตราการกลายพันธุ์ที่เป็นกลางต่อเว็บไซต์ ; g เป็นทวีคูณอัตราการเติบโตของประชากรและเป็นบวก ถ้าประชากรมีการขยายและลบถ้าประชากรลดลง เราใช้ของ Watterson( 1975 ) แยกเว็บไซต์ประมาณ ที่จะได้รับประมาณการครั้งแรกของ Q สำหรับแต่ละและเปลี่ยน / วิ่งtransversion อัตราส่วนแปดตามประมาณการจากmodeltest 3.06 ( โป และ Crandall 1998 ) หนึ่งร้อยโซ่สั้น ( 1000 ขั้นตอนต่อโซ่กับการสุ่มตัวอย่างเพิ่ม 100 ) ตามด้วย 10 โซ่ยาว ( 500000ขั้นตอนการต่อโซ่ด้วย ( เพิ่ม 500 ) ได้แก่ที่ใช้เพื่อให้แน่ใจว่า การบรรจบกันของห่วงโซ่มาร์คอฟมอนติคาร์โล ประมาณการของเวลา ( ในรุ่น ) ตั้งแต่" " แตกต่างจากขนาดประชากรที่มีประสิทธิภาพปัจจุบันคือกำหนดโดยการใช้สูตร = ( ใน TS ( NT / 1 ) ) / ( GL )ที่ 1 และ NT เป็นขนาดประชากรที่มีศักยภาพที่ปัจจุบัน ( N1 ) และรุ่น ( NT ) ที่ผ่านมา ตามลำดับก่อนหน้านี้ผมใช้ 1.0 และ 1.5 % ต่อและตามนาฬิกาโมเลกุลสอบเทียบของตัดผม ( 1 ) my1 ) และ nadh-2 และatpase-6 ( 1.3 ) my1 ) ยีนที่พัฒนาสำหรับหลาย ๆเป็นฝาแฝดชนิดคู่ของปลา ( bermingham et al .1997 )