Identification of Conserved miRNAs

Identification of Conserved miRNAs in Roots of Oncidium Orchid Colonized or Mock-treated by P. indica For identification of conserved miRNAs, those with 20 to 24 nt were aligned with all known mature miRNAs from plants in the miRBase 19.0 Databank (E value=1). Sequences with more than 4 nt differences were removed. Afterward, 2,789 from 17,036,953 unique sequences from both libraries showed homology to 86 miRNA families distributed in 41 species (Table S2). They are mainly found in Cucumis melo, Malus domestica, Saccharum ssp., and Brachypodium distachyon (Figure S2). Furthermore, it is well known, that miRNA* strands bound to Ago1 typically generate miRNAs starting with uridine, while Ago2-bound miRNA* usually starts with cytidine [53]. In our two libraries, most conserved miRNAs started with ‘‘U’’ (Figure S3), indicating that the miRNAs in Oncidium roots are mainly regulated by Ago1. The vast majority and most abundantly conserved miRNAs were present in both libraries, and the number of miRNAs detectable only in one of the two libraries was low (Table S2). 1605 miRNAs belonging to 62 families were detected in both libraries. 1083 miRNAs belonging to 56 families were detected only in the library from P. indica-colonized roots. 101 miRNAs belonging to 31 families were detected only in the library from control roots. The miRNAs specifically detected in the library from P. indicacolonized roots were mir158a (t0035494; 41 reads), mir166l (t0039545; 36 reads) and mir528 (t0043631; 33 reads). The read number of those miRNAs specifically expressed in P. indicacolonized roots suggests that their accumulation is low (Table S2).
Thus, miRNAs specifically expressed in the library of P. indicacolonized roots are difficult to detect and may not have significant impact on conserved miRNAs analysis. These results are similar to those reported from the plant pathogenic fungus Sclerotinia sclerotiorum [54], in which the number of low expressed conserved and specific miRNAs was also low. Furthermore, the number of conserved miRNAs in the control library was much lower than that in the library derived from P. indica–colonized roots. They were miRNA 397 (CK0328724; 6 reads), miRNA 171 (CK0347435; 6 reads) and miRNA 169 (CK0450655; 5 reads). On the other hand, the number of reads of conserved miRNA families commonly occurring in both libraries showed significant differences between the two libraries. For example, the most abundant family mir528 generated 21287.27 TPM (times per million) in the P. indica-colonized library and only 3587.79 TPM in the control library. The top 20 miRNA families, including miR156 and miR528, were all significantly up-regulated in the P. indicacolonized library (Table 2). In contrast, a few miRNA families such as miR169, miR396, miR319, mir160, and mir5648 were down-regulated in the P. indica-colonized library, when compared to the control library (Table 2).
Identification of Novel miRNAs in Roots of 6 P. indica–

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รหัสของ Conserved miRNAs ในรากของ Oncidium ออร์คิด Colonized หรือจำลองรักษา โดย indica P. สำหรับรหัสของ miRNAs เมืองเก่า ที่ 20 ถึง 24 nt ได้สอดคล้องกับทั้งรู้จักผู้ใหญ่ miRNAs จากพืชในการ miRBase 19.0 Databank (ค่า E = 1) ลำดับ มีความแตกต่างของ nt มากกว่า 4 ถูกเอาออก หลังจากนั้น 2,789 จาก 17,036,953 ลำดับที่ไม่ซ้ำกันจากไลบรารีทั้งสองพบว่า homology 86 เที่ยวครอบครัวกระจายสายพันธุ์ 41 (ตาราง S2) ส่วนใหญ่พบใน Cucumis melo, Malus domestica, ssp.กำแพงแสน และ Brachypodium distachyon (รูป S2) นอกจากนี้ มันเป็นที่รู้จัก ที่เที่ยว * เส้นที่ผูกไว้กับ Ago1 มักจะสร้าง miRNAs ที่เริ่มต้น ด้วย uridine ในขณะที่ผูก Ago2 เที่ยว * มักจะเริ่มต้น ด้วย cytidine [53] ในไลบรารีสองเรา สุดนำ miRNAs เริ่มต้น ด้วย '' U'' (รูป S3), ระบุว่า miRNAs ใน Oncidium รากส่วนใหญ่ควบคุม โดย Ago1 ใหญ่และ miRNAs นำมากที่สุดอยู่ในไลบรารีทั้งสอง และจำนวนของ miRNAs ที่ตรวจพบได้เฉพาะในไลบรารีสองอย่างใดอย่างหนึ่งต่ำ (ตาราง S2) ตรวจพบ 1605 miRNAs อยู่ 62 ครอบครัวในไลบรารีทั้งสอง 1083 miRNAs ที่อยู่ 56 ครอบครัวพบเฉพาะในไลบรารีจากราก P. indica colonized 101 miRNAs เป็นของครอบครัว 31 พบเฉพาะในไลบรารีจากรากควบคุม MiRNAs ตรวจพบเฉพาะในไลบรารีจากราก P. indicacolonized มี mir158a (t0035494 อ่าน 41), mir166l (t0039545 อ่าน 36) และ mir528 (t0043631; 33 อ่าน) MiRNAs เหล่านั้นโดยเฉพาะแสดงราก P. indicacolonized จำนวนอ่านแนะนำของสะสมต่ำ (ตาราง S2)Thus, miRNAs specifically expressed in the library of P. indicacolonized roots are difficult to detect and may not have significant impact on conserved miRNAs analysis. These results are similar to those reported from the plant pathogenic fungus Sclerotinia sclerotiorum [54], in which the number of low expressed conserved and specific miRNAs was also low. Furthermore, the number of conserved miRNAs in the control library was much lower than that in the library derived from P. indica–colonized roots. They were miRNA 397 (CK0328724; 6 reads), miRNA 171 (CK0347435; 6 reads) and miRNA 169 (CK0450655; 5 reads). On the other hand, the number of reads of conserved miRNA families commonly occurring in both libraries showed significant differences between the two libraries. For example, the most abundant family mir528 generated 21287.27 TPM (times per million) in the P. indica-colonized library and only 3587.79 TPM in the control library. The top 20 miRNA families, including miR156 and miR528, were all significantly up-regulated in the P. indicacolonized library (Table 2). In contrast, a few miRNA families such as miR169, miR396, miR319, mir160, and mir5648 were down-regulated in the P. indica-colonized library, when compared to the control library (Table 2).Identification of Novel miRNAs in Roots of 6 P. indica–

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บัตรประจำตัวของอนุรักษ์ miRNAs ในรากของกล้วยไม้ Oncidium อาณานิคมหรือจำลองได้รับการรักษาโดยพี indica สำหรับบัตรประจำตัวของ miRNAs อนุรักษ์ผู้ที่มี 20-24 NT ถูกจัดชิดกับทุก miRNAs ผู้ใหญ่ที่รู้จักจากพืชใน miRBase 19.0 Databank (E คุ้มค่า = 1) . ลำดับที่มีมากกว่า 4 ความแตกต่าง NT ถูกถอดออก หลังจากนั้นจาก 2,789 17,036,953 ลำดับไม่ซ้ำกันจากห้องสมุดทั้งแสดงให้เห็นคล้ายคลึงกันถึง 86 ครอบครัว miRNA กระจายอยู่ใน 41 สายพันธุ์ (ตารางที่ S2) พวกเขาพบว่าส่วนใหญ่อยู่ใน Cucumis Melo, Malus domestica, Saccharum เอสเอส. และ Brachypodium distachyon (รูปที่ S2) นอกจากนี้ยังเป็นที่รู้จักกันดีว่า miRNA * เส้นผูกไว้กับ Ago1 มักจะสร้าง miRNAs เริ่มต้นด้วย uridine ขณะ Ago2 ผูกพัน miRNA * มักจะเริ่มต้นด้วยการ cytidine [53] ในสองห้องสมุดของเรา miRNAs อนุรักษ์ส่วนใหญ่เริ่มต้นด้วย '' U '' (รูปที่ S3) แสดงให้เห็นว่าอยู่ในราก miRNAs Oncidium จะถูกควบคุมโดยส่วนใหญ่ Ago1 ส่วนใหญ่และส่วนใหญ่พรืด miRNAs อนุรักษ์อยู่ในปัจจุบันทั้งในห้องสมุดและจำนวนของ miRNAs ตรวจพบเพียงหนึ่งในสองห้องสมุดต่ำ (ตารางที่ S2) 1605 miRNAs ที่อยู่ใน 62 ครอบครัวที่ถูกตรวจพบในห้องสมุดทั้ง 1083 miRNAs ที่อยู่ 56 ครอบครัวได้รับการตรวจพบในห้องสมุดจากพีราก indica-อาณานิคม 101 miRNAs ที่อยู่ 31 ครอบครัวได้รับการตรวจพบในห้องสมุดจากรากควบคุม miRNAs ที่ตรวจพบเฉพาะในห้องสมุดจากพี indicacolonized ราก mir158a (t0035494 41 อ่าน) mir166l (t0039545 36 อ่าน) และ mir528 (t0043631 33 อ่าน) จำนวนการอ่านของ miRNAs ที่แสดงเฉพาะในพี indicacolonized รากแสดงให้เห็นว่าการสะสมของพวกเขาอยู่ในระดับต่ำ (ตารางที่ S2).
ดังนั้น miRNAs แสดงเฉพาะในห้องสมุดของพี indicacolonized รากเป็นเรื่องยากที่จะตรวจสอบและอาจจะไม่ได้มีผลกระทบอย่างมีนัยสำคัญในการอนุรักษ์ miRNAs การวิเคราะห์ ผลลัพธ์เหล่านี้มีความคล้ายคลึงกับรายงานจาก sclerotiorum พืชที่ทำให้เกิดโรคเชื้อรา Sclerotinia [54] ซึ่งในจำนวน miRNAs อนุรักษ์และเฉพาะเจาะจงแสดงต่ำก็ยังต่ำ นอกจากนี้จำนวน miRNAs อนุรักษ์ในห้องสมุดควบคุมได้มากต่ำกว่าในห้องสมุดที่ได้มาจากรากพี indica อาณานิคม พวกเขา miRNA 397 (CK0328724 6 อ่าน) miRNA 171 (CK0347435 6 อ่าน) และ miRNA 169 (CK0450655 5 อ่าน) บนมืออื่น ๆ จำนวนอ่านของครอบครัว miRNA อนุรักษ์ทั่วไปที่เกิดขึ้นในห้องสมุดทั้งแสดงให้เห็นความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญระหว่างสองห้องสมุด ยกตัวอย่างเช่น mir528 ครอบครัวที่มีมากที่สุดที่สร้าง 21,287.27 TPM (ครั้งต่อล้านบาท) ในห้องสมุด indica อาณานิคมพีและมีเพียง 3,587.79 TPM ในห้องสมุดควบคุม Top 20 ครอบครัว miRNA รวมทั้ง miR156 และ miR528, ทุกอย่างมีนัยสำคัญขึ้นควบคุมในพี indicacolonized ห้องสมุด (ตารางที่ 2) ในทางตรงกันข้ามไม่กี่ครอบครัว miRNA เช่น miR169, miR396, miR319, mir160 และ mir5648 ถูกควบคุมลงในห้องสมุด indica อาณานิคมพีเมื่อเทียบกับห้องสมุดควบคุม (ตารางที่ 2).
บัตรประจำตัวของนวนิยาย miRNAs อยู่ในรากของ 6 พีบ่งชี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การรักษา mirnas ในรากของกล้วยไม้สกุลออนซิเดียมเมืองขึ้นหรือจำลองการรักษาโดยหน้าจากการ mirnas อนุรักษ์ที่ 20 ถึง 24 NT ชิดกับผู้ใหญ่ที่รู้จักทั้งหมด mirnas จากพืชใน mirbase 19.0 databank ( E มูลค่า = 1 ) ลำดับมากกว่า 4 ขณะนี้ความแตกต่างถูกถอดออก หลังจากนั้น 2789 จาก 17036953 ลำดับเฉพาะทั้งจากห้องสมุด พบตัว 86 mirna ครอบครัวกระจายใน 41 ชนิด ( ตาราง S1 ) ส่วนใหญ่จะพบในแคนแคน malus domestica , ดำ , อ้อย , brachypodium ssp . และ distachyon ( รูป S2 ) นอกจากนี้ยังเป็นที่รู้จักกันดี นั่น mirna * เส้นผูก ago1 มักจะสร้าง mirnas เริ่มต้นกับยูริดีน ในขณะที่ ago2 ผูกพัน mirna * มักจะเริ่มต้นด้วยไม่รู้จักหยุด [ 53 ] 2 ห้องสมุดของเรามากที่สุด เพื่อ mirnas เริ่มต้นด้วย ' u ' ' ตัวเลข ( S3 ) ที่ระบุว่า mirnas ในรากซิเดียมส่วนใหญ่จะควบคุมโดย ago1 . ส่วนใหญ่ที่กว้างใหญ่และอุดมสมบูรณ์ที่สุดเพื่อ mirnas อยู่ทั้งห้องสมุดและจำนวนของ mirnas ได้เพียงหนึ่งสองห้องสมุดต่ำ ( ตาราง S1 ) ค.ศ. mirnas เป็นของ 62 ครอบครัว พบว่า ทั้งห้องสมุด ใน mirnas เป็นของ 56 ครอบครัวถูกตรวจพบเฉพาะในห้องสมุดจากหน้า 3 ประเภทราก 101 mirnas เป็นของ 31 ครอบครัวถูกตรวจพบเฉพาะในรากห้องสมุดจากการควบคุม การ mirnas เฉพาะตรวจพบในห้องสมุด จากหน้า indicacolonized รากเป็น mir158a ( t0035494 ; 41 อ่าน ) , mir166l ( t0039545 ; 36 อ่าน ) และ mir528 ( t0043631 ; 33 อ่าน ) อ่านจำนวนผู้ mirnas เฉพาะที่แสดงในหน้า indicacolonized ราก ชี้ให้เห็นว่า การสะสมของพวกเขาคือต่ำ ( ตาราง S1 )ดังนั้น mirnas เฉพาะแสดงในห้องสมุดของหน้า indicacolonized รากจะตรวจสอบยาก และอาจไม่มีผลกระทบอย่างมีนัยสำคัญต่อเพื่อการวิเคราะห์ mirnas . ผลลัพธ์เหล่านี้จะคล้ายกับผู้ที่รายงานจากโรคเชื้อรา พืช sclerotinia sclerotiorum [ 54 ] ซึ่งในจํานวนต่ำแสดงการอนุรักษ์และเฉพาะ mirnas ยังต่ำ นอกจากนี้ จำนวน mirnas อนุรักษ์ในห้องสมุดควบคุมต่ำกว่าที่ในห้องสมุดที่ได้มาจากหน้า 3 –ประเภทราก พวกเขา mirna 397 ( อ่าน ck0328724 ; 6 ) , mirna 171 ( ck0347435 ; 6 อ่าน ) และ mirna 169 ( ck0450655 ; 5 คนอ่าน ) บนมืออื่น ๆ , จำนวนอ่าน mirna อนุรักษ์ทั่วไปที่เกิดขึ้นในครอบครัว ทั้งห้องสมุด พบความแตกต่างระหว่างสองห้องสมุด ตัวอย่างเช่น mir528 ครอบครัวชุกชุมมากที่สุดที่สร้างขึ้น 21287.27 TPM ( ครั้งต่อล้าน ) ในหน้าจากอาณานิคมและ TPM ใน 3587.79 ห้องสมุดเฉพาะห้องสมุดควบคุม ด้านบน 20 mirna และครอบครัว รวมถึง mir156 mir528 ได้ทั้งหมดอย่างคาหน้า indicacolonized ห้องสมุด ( ตารางที่ 2 ) ในทางตรงกันข้าม ไม่กี่ mirna ครอบครัว เช่น mir169 mir396 mir319 mir160 , , , , และ mir5648 ลงมาควบคุมในหน้าจากอาณานิคมห้องสมุด , เมื่อเทียบกับห้องสมุดควบคุม ( ตารางที่ 2 )การจำแนกชนิดของนวนิยาย mirnas ในรากของ 3 – 6 โมงเย็น