อันตรายอย่างยิ่งต่อเครื่องบินที่กำลังทำการบินอยู่ในอากาศทั้งในขณะบินอยู่ในเส้นทางบิน หรือขณะบินขึ้น-ลงสนามบิน เพราะในพายุฟ้าคะนองมีสภาวะอากาศที่เลวร้ายที่สุด มีลมกระโชกรุนแรง มีกระแสอากาศพัดขึ้น-ลงรุนแรงทำให้เครื่องบินที่บินผ่านเข้าไป หรือบินอยู่ใกล้เคียงได้รับความปั่นป่วน กระเทือน รู้สึกถูกกระแทก ทำให้ความสูงของเครื่องบินเปลี่ยนแปลงบ่อยครั้งที่นักบินไม่สามารถรักษาระดับบินไว้ได้