SNP predictions were generated usin

SNP predictions were generated using a combination of SSAHA2 (Ning et al. 2001) to map the reads, Samtools (Li et al. 2009) to generate the variant predictions, and in-house Perl scripts to further filter the results. SNP-dense regions (more than three SNPs in a 7-bp window) were excluded, as were SNPs within 100 bp of contig edges. SNPs with consensus quality and base quality scores > = 40, mapping quality scores > = 25, coverage > = 10 reads, and less than twice the median coverage of the chromosome were retained. Finally, SNPs in the bin contigs of L. infantum, L. mexicana, and L. braziliensis were excluded due to uncertainty of median read coverage for these regions.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การคาดการณ์ SNP ถูกสร้างขึ้นโดยใช้การรวมกันของ SSAHA2 (Ning et al. 2001) เพื่อแมปการอ่าน, Samtools (Li et al. 2009) เพื่อสร้างการคาดการณ์ตัวแปร และสคริปต์ Perl ภายในองค์กรเพื่อกรองผลลัพธ์เพิ่มเติม ไม่รวมภูมิภาค SNP-หนาแน่น (SNP มากกว่าสามรายการในหน้าต่าง 7-bp) เช่นเดียวกับ SNP ภายใน 100 bp ของขอบ contig SNP ที่มีคุณภาพฉันทามติและคะแนนคุณภาพพื้นฐาน > = 40, คะแนนคุณภาพการทำแผนที่ > = 25, ความครอบคลุม > = 10 การอ่าน และน้อยกว่าสองเท่าของความครอบคลุมค่ามัธยฐานของโครโมโซมยังคงอยู่ ในที่สุด SNPs ใน bin contigs ของ L. infantum, L. mexicana และ L. Brazilianiensis ถูกแยกออก เนื่องจากความไม่แน่นอนของความครอบคลุมการอ่านค่ามัธยฐานสำหรับภูมิภาคเหล่านี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การคาดการณ์ SNP ถูกสร้างขึ้นโดยใช้การรวมกันของ SSAHA2 (Ning et al. 2001) เพื่อทำแผนที่การอ่านและ Samtools (Li et al. 2009) เพื่อสร้างการคาดการณ์ตัวแปรและสคริปต์ Perl ภายในเพื่อกรองผลลัพธ์ต่อไป พื้นที่ที่หนาแน่นของ SNP (มากกว่าสาม SNP ในหน้าต่าง 7-bp) ได้รับการยกเว้นและ SNP ภายใน 100bp ของขอบของกลุ่มที่ทับซ้อนกัน เก็บค่า SNP ที่มีคะแนนมวลที่สม่ำเสมอและมวลพื้นฐาน > = 40, คะแนนมวลการวาดภาพ > = 25, ความคุ้มครอง > = 10 และค่าความครอบคลุมของโครโมโซมน้อยกว่าสองเท่า ในที่สุด SNPs ในกลุ่มที่ทับซ้อนกันของ Lactobacterium ทารก, Lactobacterium เม็กซิกันและ Lactobacterium Brazilia ได้รับการยกเว้นเนื่องจากความไม่แน่นอนของความครอบคลุมการอ่านค่ามัธยฐานในพื้นที่เหล่านี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การทํานายSNPถูกสร้างขึ้นโดยใช้การรวมกันของSSAHA 2 ( Ning et al.,2001 )เพื่อวาดการอ่านการทํานายการกลายพันธุ์โดยSamtools ( lee et al.,2009 )และการกรองผลลัพธ์ของสคริปต์Perlภายใน พื้นที่หนาแน่นของSNP (มากกว่า3 SNPในหน้าต่าง7 bp )จะถูกยกเว้นเช่นเดียวกับSNPภายใน100 bpที่ทับซ้อนกัน มวลความสอดคล้องและคะแนนคุณภาพพื้นฐาน> = 40,คะแนนคุณภาพการวาดภาพ> = 25,ความครอบคลุม> = 10การอ่านและน้อยกว่าสองเท่าของความครอบคลุมของค่าเฉลี่ยของโครโมโซม ในที่สุดSNPsในกลุ่มทับซ้อนกันของleishmaniasisทารกleishmaniasisในเม็กซิโกและleishmaniasisในบราซิลได้รับการยกเว้นเนื่องจากความครอบคลุมของการอ่านค่าเฉลี่ยในพื้นที่เหล่านี้ไม่แน่นอน