Phylogeny. In addition to the uniqu

Phylogeny. In addition to the unique chytrid fungus, our taxon sampling
consisted of three B. dendrobatidis strains and 27 species representing
a broad evolutionary range of Chytridiomycota. In addition, Rozella allomycis
and two Blastocladiomycota (Allomyces arbuscula and Catenaria
anguillulae) were used as outgroup taxa. Alignment was done with ClustalX
2.0.10 (24), and ambiguously aligned fragments were excluded for further
analysis, resulting in a 1,513-bp reliably aligned data matrix. Maximum
parsimony (MP) and maximum likelihood (ML) analyses were performed
using PAUP* 4.0b10 (25). Heuristic MP searches were executed in 10,000
replicates, with all characters unordered and equally weighted, and using
tree bisection reconnection (TBR) branch swapping. The strict consensus tree
of 81 equally most parsimonious trees (tree length = 1,471) supported the
(B. dendrobatidis, B. salamandrivorans) sister relationship and received an MP
bootstrap support of 100. Bayesian and likelihood analyses were performed with
the GTR + G + I model of DNA substitution. For the likelihood analyses, heuristic
searches were performed with substitution rates, γ-shape parameter, and proportion
of invariable sites estimated from neighbor joining trees. These
parameters were reestimated from the best ML tree found thus far, and the tree
was submitted to additional rounds of TBR swapping; this procedure was repeated
several times. These maximum likelihood analyses resulted in a single
best tree [−ln L = 9,562.04266; pinvar = 0.301311; shape parameter α = 0.60887].
ML bootstrapping was done in 1,000 replicates with fixed parameters.
Bayesian analyses were done with MrBayes 3.1.2 (26). Two runs of four
Markov chain Monte Carlo (MCMC) chains each were executed in parallel for
5,000,000 generations, with a sampling interval of 500 generations and a burnin
corresponding to the first 1,000,000 generations. Posterior probabilities for
clades were obtained by combining the post–burn-in trees from parallel runs in
a single consensus tree. Convergence of the parallel runs was confirmed by split
frequency SDs (

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Phylogeny นอกจากเห็ดรา chytrid ไม่ซ้ำ สุ่ม taxon ของเราประกอบด้วยสาม dendrobatidis เกิดสายพันธุ์และพันธุ์ 27 แทนความกว้างวิวัฒนาการช่วงของ Chytridiomycota นอกจากนี้ Rozella allomycisและสอง Blastocladiomycota (Allomyces arbuscula และ Catenariaanguillulae) ถูกใช้เป็น outgroup taxa จัดทำ โดย ClustalX2.0.10 (24), และบางส่วนของ ambiguously จัดตำแหน่งถูกแยกออกสำหรับเพิ่มเติมการวิเคราะห์ ในเมทริกซ์ 1,513 bp ได้จัดตำแหน่งข้อมูล มากที่สุดทำ parsimony (MP) และการวิเคราะห์ความเป็นไปได้สูงสุด (มล)ใช้ PAUP * 4.0b10 (25) ได้ดำเนินการค้นหา MP แล้ว 10000เหมือนกับ กับทุกตัวอักษรปกติ และถ่วงน้ำหนักเท่า ๆ กัน และใช้แผนภูมิ bisection เชื่อมต่ออีก (TBR) สาขาเปลี่ยน แผนภูมิช่วยเข้มงวด81 parsimonious สุดเท่าต้นไม้ (ต้นไม้ยาว = 1,471) ได้รับการสนับสนุน(Dendrobatidis เกิด เกิด salamandrivorans) น้องสาวความสัมพันธ์ และได้รับ MP มีสนับสนุนการเริ่มต้นระบบของ 100 ดำเนินการวิเคราะห์ทฤษฎีและความเป็นไปได้ด้วยGTR + G + I รูปแบบของดีเอ็นเอแทน การวิเคราะห์ความเป็นไปได้ แล้วดำเนินการค้นหา กับอัตราทดแทน พารามิเตอร์γ-รูปร่าง สัดส่วนของอเมริกาปรากฏที่ประเมินจากเพื่อนบ้านเข้าร่วมต้น เหล่านี้พารามิเตอร์ถูก reestimated จากต้นไม้ ML สุดพบฉะนี้ และต้นไม้ส่งไปรอบเพิ่มเติม TBR เปลี่ยน มีการทำซ้ำขั้นตอนนี้หลายครั้ง วิเคราะห์ความเป็นไปได้สูงสุดเหล่านี้ส่งผลให้ในครั้งเดียวสุดทรี [−ln L = 9,562.04266; pinvar = 0.301311 รูปร่างพารามิเตอร์α = 0.60887]ML bootstrapping ภายในเหมือนกับ 1000 กับพารามิเตอร์ที่ถาวรวิเคราะห์ทฤษฎีถูกทำกับ MrBayes 3.1.2 (26) รันสองสี่Markov โซ่มอน Carlo (MCMC) โซ่แต่ละที่ได้ดำเนินควบคู่กันสำหรับรุ่น 5000000 ช่วงสุ่มตัวอย่างของรุ่น 500 และเป็น burninที่สอดคล้องกับรุ่น 1000000 คนแรก กิจกรรมหลังการclades ได้รับ โดยรวมลง – เขียนในต้นไม้จากการทำงานแบบขนานในต้นไม้มติเดียว บรรจบกันของการทำงานแบบขนานได้รับการยืนยัน โดยแบ่งความถี่ SDs (< 0.01) และปัจจัยการลดมาตราส่วนอาจเกิดขึ้น (ระหว่าง 1.0)สำหรับพารามิเตอร์แบบจำลองทั้งหมด

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เชื้อชาติ นอกเหนือจากเชื้อรา chytrid ที่ไม่ซ้ำกัน, การเก็บตัวอย่างแท็กซอนของเรา
ประกอบด้วยสามสายพันธุ์ dendrobatidis และ 27 สปีชีส์ที่เป็นตัวแทนของ
ช่วงวิวัฒนาการในวงกว้างของ Chytridiomycota นอกจากนี้ Rozella allomycis
และสอง Blastocladiomycota (arbuscula Allomyces และ catenaria
anguillulae) ถูกนำมาใช้เป็น outgroup แท็กซ่า การจัดทำด้วย ClustalX
2.0.10 (24), และเศษชิดเลศนัยได้รับการยกเว้นต่อการ
วิเคราะห์ผลในเมทริกซ์ข้อมูล 1,513-bp ชิดได้อย่างน่าเชื่อถือ สูงสุด
ประหยัด (MP) และความน่าจะเป็นสูงสุด (ML) ได้ดำเนินการวิเคราะห์
โดยใช้ PAUP * 4.0b10 (25) ค้นหา Heuristic MP ได้รับการดำเนินการใน 10,000
ซ้ำกับตัวละครทั้งหมดที่เรียงลำดับและน้ำหนักอย่างเท่าเทียมกันและการใช้
ต้นไม้แยกเป็นสองส่วนเชื่อมต่อ (TBR) การแลกเปลี่ยนสาขา ต้นไม้ฉันทามติที่เข้มงวด
จาก 81 ต้นไม้อย่างเท่าเทียมกันประหยัดมากที่สุด (ความยาวต้นไม้ = 1,471) สนับสนุน
(บี dendrobatidis บี salamandrivorans) ความสัมพันธ์กับน้องสาวและได้รับ MP
สนับสนุนบูต 100 คชกรรมและความเป็นไปได้ดำเนินการวิเคราะห์ที่มี
GTR + G + รูปแบบของดีเอ็นเอของฉันแทน สำหรับโอกาสในการวิเคราะห์แก้ปัญหา
การค้นหาได้ดำเนินการที่มีอัตราการทดแทนพารามิเตอร์γรูปร่างและสัดส่วน
ของเว็บไซต์คงประมาณการจากต้นไม้เพื่อนบ้านเข้าร่วม เหล่านี้
พารามิเตอร์ถูก reestimated จากต้นไม้ ML ที่ดีที่สุดพบป่านนี้และต้นไม้
ถูกส่งไปยังรอบเพิ่มเติม TBR แลกเปลี่ยน; ขั้นตอนนี้ซ้ำ
หลายครั้ง เหล่านี้ควรจะเป็นสูงสุดวิเคราะห์ผลในครั้งเดียว
ต้นไม้ที่ดีที่สุด [-ln L = 9,562.04266; pinvar = 0.301311; αพารามิเตอร์รูปร่าง = 0.60887]
ML ร่วมมือเสร็จใน 1,000 ซ้ำกับพารามิเตอร์คงที่
การวิเคราะห์แบบเบย์ได้ทำกับ MrBayes 3.1.2 (26) ทั้งสองวิ่งในสี่ของ
มาร์คอฟเชน Monte Carlo (MCMC) โซ่แต่ละถูกประหารชีวิตในแบบขนานสำหรับ
5,000,000 รุ่นที่มีช่วงเวลาการสุ่มตัวอย่าง 500 รุ่นและ Burnin
สอดคล้องกับ 1,000,000 รุ่นแรก ความน่าจะเป็นหลังสำหรับ
clades ที่ได้รับโดยการรวมเผาในโพสต์จากต้นไม้วิ่งขนานใน
ต้นไม้มติเดียว การบรรจบกันของการทำงานแบบขนานได้รับการยืนยันโดยแยก
SDs ความถี่ (<0.01) และศักยภาพของปัจจัยการลดขนาด (ประมาณ 1.0)
สำหรับพารามิเตอร์ทุกรุ่น

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ระบบเชื้อชาติ . นอกจากเชื้อราไคทริดเป็นเอกลักษณ์ชนิดตัวอย่าง
ประกอบด้วย 3 พ. dendrobatidis สายพันธุ์ 27 ชนิดแทน
ช่วงวิวัฒนาการของไคตริโ ายโคตา . นอกจากนี้ rozella allomycis
2 blastocladiomycota ( allomyces arbuscula และ catenaria
anguillulae ) ถูกใช้เป็นกลุ่มซ่า . จัดเสร็จแล้ว clustalx
2.0.10 ( 24 )และสอดคล้องการชิ้นส่วนถูกแยกออกเพื่อการวิเคราะห์ต่อไป
เป็นผลใน 1513 BP ได้ชิดเมทริกซ์ข้อมูล ความตระหนี่สูงสุด
( MP ) และความน่าจะเป็นสูงสุด ( ML ) และการใช้ 4.0b10 ยาจก *
( 25 ) ค้นหา MP ฮิวริสติกถูกประหารชีวิตใน 10 , 000
ซ้ำกับทุกตัวอักษรเรียงลําดับและเท่าๆ กัน น้ำหนัก และการต่อสัญญาณ bisection
ต้นไม้ ( TBR ) การเปลี่ยนสาขาเข้มงวดกับต้นไม้
81 เท่าต้นไม้ตระหนี่ที่สุด ( ความยาวต้นไม้ = 1471 ) รองรับ
( B . dendrobatidis พ. salamandrivorans ) พี่สาวความสัมพันธ์และได้รับ MP
บูทสนับสนุน 100 คชกรรมการวิเคราะห์จำนวนและความน่าจะเป็นด้วย
G ผมใช้ GTR รูปแบบดีเอ็นเอ สำหรับโอกาสการวิเคราะห์ , การค้นหาสำหรับ
แสดงด้วยอัตราการγ - พารามิเตอร์ รูปร่าง และสัดส่วนของค่าใช้จ่ายคงที่
เว็บไซต์เพื่อนบ้านร่วมปลูกต้นไม้ พารามิเตอร์เหล่านี้
ถูก reestimated จากต้นไม้น้ำที่ดีที่สุดที่พบป่านนี้และต้นไม้
ถูกส่งไปยังเพิ่มรอบของการเปลี่ยน TBR กระบวนการนี้ซ้ำ
หลายครั้ง เหล่านี้น่าจะเป็นสูงสุดการวิเคราะห์ผลในเดียว
ที่ดีที่สุดต้นไม้ [ −ใน 9562.04266 pinvar 0.301311 L = = ; ;รูปร่างαพารามิเตอร์ = 0.60887 ] .
ml Bootstrapping ได้ 1000 ซ้ำกับการแก้ไขพารามิเตอร์ .
การวิเคราะห์คชกรรมเสร็จ mrbayes 3.1.2 ( 26 ) สองวิ่งสี่
Markov Monte Carlo ( MCMC ) โซ่แต่ละคนถูกประหารชีวิตในแบบขนานสำหรับ
5000000 รุ่น ด้วยการสุ่มตัวอย่างช่วง 500 รุ่น Burnin
และสอดคล้องกับ 1000000 รุ่นแรกน่าจะเป็นหลัง
clades ได้โดยการโพสต์และเผาต้นไม้จากคู่ขนานใน
ต้นไม้มติเดียว การลู่เข้าของคู่ขนานที่ได้รับการยืนยันโดยความถี่แยก
SDS ( < 0.01 ) และศักยภาพระดับลดปัจจัย ( ประมาณ 1.0 )
พารามิเตอร์สำหรับแบบจำลองทั้งหมด