Maize putative WRKY transcription f

Maize putative WRKY transcription factor sequences, 202 in total, were obtained from the Plant Transcription Factor Database v3.0 [30]. In order to determine which of these many putative WRKY TFs to examine in this study, the sequences obtained from the database were then searched using the National Center for Biotechnology Information (NCBI) Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) in the Maize Oligonucleotide Microarray Project database (http://www.maizearray.org). After identifying the annotated WRKY transcription factors available on the 58k array
(v.1.0), we examined the results of a previously performed microarray study by Luo et al. [26] in which the expression profiles in kernels of maize lines Eyl25 (Resistant) and Eyl31 (Susceptible) upon infection with A. flavus in kernel screening assay (KSA) conditions described by Brown et al. [31]. Maize WRKY TFs showing significant up- or down-regulation by A. flavus infection were selected for examination in the present study (Table S1). In addition, PTZm631 (NM_001196138.1), which was found to be significantly induced in response to A. flavus inoculation in immature kernel tissues of the susceptible commercial hybrid N83-N5 (Syngenta, Basel, Switzerland) by Han et al. [32] was also included in the present study. The identities of these above selected putative WRKY accessions were then determined using BLASTx of the available cDNA sequences of the genes and were numbered according to their close homologs in maize, rice, or wheat (Table 1).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ข้าวโพด putative WRKY transcription ปัจจัยลำดับ 202 รวม ได้รับจาก v3.0 พืช Transcription คูณฐานข้อมูล [30] เพื่อกำหนดที่ TFs WRKY putative เหล่านี้ในการตรวจสอบในการศึกษานี้ ลำดับที่ได้รับจากฐานข้อมูลได้แล้วค้นหาโดยใช้ศูนย์แห่งชาติสำหรับข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพ (NCBI) พื้นฐานท้องถิ่นตำแหน่งค้นหาเครื่องมือ (ระเบิด) ในฐานข้อมูลโครงการ Microarray Oligonucleotide ข้าวโพด (ส่วน http://www.maizearray.org) หลังจากระบุแบบอ WRKY transcription ปัจจัยว่างบนแถว k 58(v.1.0), เราตรวจสอบผลการศึกษาก่อนหน้านี้ทำ microarray โดย Luo et al. [26] ซึ่งนิพจน์โปรไฟล์ในเมล็ดข้าวโพดบรรทัด Eyl25 (ทนต่อ) และ Eyl31 (Susceptible) ตามด้วย A. flavus ในเคอร์เนลเงื่อนไขทดสอบ (KSA) อธิบายโดยน้ำตาลร้อยเอ็ด al. [31] การตรวจคัดกรองการติดเชื้อ ข้าวโพดเลี้ยงสัตว์ WRKY TFs แสดงสำคัญขึ้น - หรือลงระเบียบจากการติดเชื้อ A. flavus ได้เลือกตรวจสอบในการศึกษาปัจจุบัน (ตาราง S1) นอกจากนี้ PTZm631 (NM_001196138.1), ซึ่งพบได้อย่างมีนัยสำคัญเกิดใน inoculation A. flavus ในเคอร์เนล immature เนื้อเยื่อไวต่อผสมพาณิชย์ N83-N5 (Syngenta บาเซิล สวิตเซอร์แลนด์) โดย Han et al. [32] ได้ยังรวมอยู่ในการศึกษาปัจจุบัน ลักษณะเฉพาะของเหล่านี้ข้างต้นเลือก putative WRKY accessions ได้แล้วกำหนดใช้ BLASTx ลำดับว่าง cDNA ของยีน และได้กำหนดหมายเลขตามของ homologs ปิด ในข้าวโพด ข้าว ข้าวสาลี (ตาราง 1)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ข้าวโพดสมมุติ WRKY ลำดับถอดความปัจจัย 202 ทั้งหมดที่ได้รับจากปัจจัยถอดความโรงงานฐานข้อมูล v3.0 [30] เพื่อที่จะตรวจสอบว่าของเหล่านี้หลายสมมุติ TFS WRKY ในการตรวจสอบในการศึกษาครั้งนี้ลำดับที่ได้จากฐานข้อมูลจากนั้นก็ค้นหาโดยใช้ศูนย์แห่งชาติสำหรับข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพ (NCBI) จัดท้องถิ่นพื้นฐานเครื่องมือค้นหา (ระเบิด) ในข้าวโพด Oligonucleotide โครงการ Microarray ฐานข้อมูล (http://www.maizearray.org) หลังจากระบุปัจจัยถอดความ WRKY ข้อเขียนที่มีอยู่บนอาร์เรย์ 58K
(v.1.0) เราตรวจสอบผลการศึกษา microarray ดำเนินการก่อนหน้านี้โดยลูเอตอัล [26] ซึ่งในการแสดงออกในรูปแบบของเส้นเมล็ดข้าวโพด Eyl25 (ทน) และ Eyl31 (อ่อนแอ) เมื่อติดเชื้อ A. flavus ในการทดสอบการตรวจคัดกรองเคอร์เนล (KSA) เงื่อนไขการอธิบายโดยบราวน์, et al [31] ข้าวโพด WRKY TFS แสดงอย่างมีนัยสำคัญขึ้นหรือลงโดยการควบคุมการติดเชื้อ A. flavus ได้รับเลือกสำหรับการตรวจสอบในการศึกษาในปัจจุบัน (ตาราง S1) นอกจากนี้ PTZm631 (NM_001196138.1) ซึ่งพบว่ามีการเหนี่ยวนำให้เกิดมีนัยสำคัญในการตอบสนองต่อการฉีดวัคซีน A. flavus ในเนื้อเยื่อเคอร์เนลที่ยังไม่บรรลุนิติภาวะของไฮบริดในเชิงพาณิชย์ไวต่อ N83-N5 (ซินเจนทา, บาเซิลวิตเซอร์แลนด์) โดยฮัน et al, [32] ก็รวมอยู่ในการศึกษาในปัจจุบัน ตัวตนของเหล่านี้เลือกข้างต้นสาย WRKY สมมุติถูกกำหนดแล้วใช้ BLASTx ลำดับของยีนที่มีอยู่ของยีนและหมายเลขตาม homologs ใกล้ชิดในข้าวโพดข้าวหรือข้าวสาลี (ตารางที่ 1)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ข้าวโพด ซึ่ง wrky ถอดความปัจจัยลำดับ 202 ทั้งหมด ได้มาจากพืช ถอดความปัจจัยฐานข้อมูล v3.0 [ 30 ] เพื่อที่จะตรวจสอบว่าเหล่านี้หลาย wrky TFS ซึ่งศึกษาในการศึกษานี้อนุกรมที่ได้จากฐานข้อมูลแล้วค้นหาโดยใช้ศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ ( ncbi ) เครื่องมือค้นหาการปรับพื้นฐานท้องถิ่น ( ระเบิด ) ในข้าวโพด ซึ่ง microarray โครงการฐานข้อมูล ( http : / / www.maizearray . org ) หลังจากการบันทึกย่อ wrky ถอดความปัจจัยที่มีอยู่ใน 58k เรย์
( v.1.0 )เราได้ตรวจสอบผลของการศึกษาก่อนหน้านี้ดำเนินการโดย microarray หลัว et al . [ 26 ] ซึ่งในการแสดงออกโปรไฟล์ในเมล็ดของข้าวโพดสายพันธุ์ eyl25 ( ทน ) และ eyl31 ( เสี่ยง ) เมื่อมีการติดเชื้อ A . flavus ในเมล็ดข้าวคัดกรอง assay ( KSA ) ตามเงื่อนไขที่กำหนดไว้ โดย บราวน์ และคณะ [ 31 ] ข้าวโพด wrky TFS แสดงสำคัญขึ้น - หรือ down-regulation โดยการติดเชื้อของเชื้อรา สุ่มตรวจในการศึกษา ( ตาราง S1 ) นอกจากนี้ ptzm631 ( nm_001196138.1 ) ซึ่งพบในการตอบสนองต่อการกระตุ้น A . flavus ในเมล็ดข้าวอ่อนเนื้อเยื่อของไวเชิงพาณิชย์ ( ไฮบริด n83-n5 สต์ , Basel , Switzerland ) โดย Han et al . [ 32 ] ก็รวมอยู่ในการศึกษาปัจจุบันตัวตน ของเหล่านี้ข้างต้นเลือกการแสดงออก รวม wrky แล้วการพิจารณา blastx ของใช้ลำดับ cDNA ของยีนและนับตามโฮโมลอกส์ปิดของพวกเขาใน ข้าวโพด ข้าวหรือข้าวสาลี ( ตารางที่ 1 )