The main objectives of this thesis

The main objectives of this thesis are the study of emerging viral pathogens of interest in food safety, by assessing their prevalence and environmental dissemination, and the characterization of the microbiological risk associated with the presence of pathogenic viruses in sewage reuse and consumption of bivalve molluscs. Thus, we studied the presence of hepatitis E virus (HEV), hepatitis A (HAV), norovirus (NoV), new polyomaviruses (KIPyV, WUPyV and MCPyV) and human adenovirus (HAdV) as an indicator of fecal contamination. The samples analyzed were raw sewage, reclaimed water (secondary and tertiary), river water and bivalve molluscs. Furthermore, it has sought to improve the methodology for concentration of viral particles from sewage, as well as provide information about the viral removal efficiency through sewage depuration treatments and shellfish production companies. Finally, a mathematical model has been established for a quantitative microbial risk assessment. Thus, the conclusions of these studies are described below. The HEV prevalence observed in sewage demonstrate that HEV is circulating among the Spanish population and that sewage is a source of infection. Moreover, the sporadic presence of HEV genotype 1 confirms the wide distribution of different genotypes. Regarding the pattern of HAV excretion, no significant differences emerged when comparing sewage from two adjacent areas with different vaccination programs and equivalent levels of sanitation; hence, it is presumed that the drastic reduction observed during lately is mainly due to improvements in healthcare. New polyomaviruses have been detected in sewage and river water, indicating their potential involvement in the fecal-oral route through contaminated water and representing the first description of cancer-associated virus in sewage and river. On the other hand, sewage treatment plants significantly reduce the presence of high-resistance fecal contamination indicators and three new methods to concentrate virus particles from sewage have been developed. Also, it has reaffirmed the presence of NoV GGII and HAV in samples that meet the European regulations through the detection of bivalve molluscs collected at market and samples linked to a hepatitis A outbreak, respectively. The efficiency of three treatments for bivalve molluscs depuration was found limited at reducing the presence of HAdV. In addition, a significant correlation between the identification of positive bivalve shellfish samples for HAdV and NoV GGII has been described, showing high sensitivity and specificity. Finally, using dose-response models we have mathematically modeled the risk of NoV infection and disease associated with raw oyster consumption.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วัตถุประสงค์หลักของวิทยานิพนธ์นี้เป็นการศึกษาโรคไวรัสเกิดใหม่น่าสนใจในความปลอดภัยของอาหาร โดยประเมินความชุกและเผยแพร่ด้านสิ่งแวดล้อม และจำแนกความเสี่ยงทางจุลชีววิทยาที่เกี่ยวข้องกับสถานะของไวรัส pathogenic ในนำน้ำเสียและปริมาณของมอลลัสกา bivalve ดังนั้น เราเรียนของไวรัสตับอักเสบอี (HEV), ตับอักเสบเอ (HAV) norovirus (พฤศจิกายน), ใหม่ polyomaviruses (KIPyV, WUPyV และ MCPyV) และ adenovirus มนุษย์ (HAdV) เป็นตัวบ่งชี้การปนเปื้อน fecal ตัวอย่างที่วิเคราะห์ได้น้ำดิบ น้ำคืน (รอง และระดับมหาวิทยาลัย), แม่น้ำ และมอลลัสกา bivalve นอกจากนี้ มันได้พยายามที่จะปรับปรุงวิธีการความเข้มข้นของอนุภาคไวรัสจากสิ่งโสโครก ตลอดจนให้ข้อมูลเกี่ยวกับประสิทธิภาพการกำจัดไวรัสผ่านการบำบัดน้ำเสีย depuration และบริษัทผู้ผลิตหอย ในที่สุด แบบจำลองทางคณิตศาสตร์มีการสร้างสำหรับการประเมินความเสี่ยงจุลินทรีย์เชิงปริมาณ ดังนั้น บทสรุปของการศึกษานี้จะอธิบายไว้ด้านล่าง ชุก HEV พบในน้ำเสียแสดงว่า HEV หมุนเวียนระหว่างสเปนที่ประชากรและน้ำเสียเป็นแหล่งของการติดเชื้อ นอกจากนี้ ก็มีลักษณะทางพันธุกรรม HEV 1 ยืนยันการกระจายที่กว้างของแตกต่างกัน เกี่ยวกับรูปแบบของการขับถ่าย HAV ไม่แตกต่างกันเกิดเมื่อเปรียบเทียบสิ่งโสโครกจากสองพื้นที่ที่ติดกับโปรแกรมวัคซีนต่าง ๆ และสุขาภิบาล เทียบเท่าระดับ ดังนั้น มันจะ presumed ว่า ลดรุนแรงสังเกตในช่วงเมื่อเร็ว ๆ นี้เป็นส่วนใหญ่เนื่องจากการปรับปรุงในการดูแลสุขภาพ Polyomaviruses ใหม่มีการตรวจพบในน้ำเสียแม่น้ำ บ่งชี้ของมีส่วนร่วมอาจเกิดขึ้นในเส้นทาง fecal ปากผ่านน้ำที่ปนเปื้อน และเป็นตัวแทนคำอธิบายแรกเกี่ยวข้องกับโรคมะเร็งไวรัสในน้ำเสียและน้ำ บนมืออื่น ๆ โรงบำบัดน้ำเสียลดอย่างมีนัยสำคัญของตัวชี้วัดความต้านทานสูง fecal ปน และได้รับการพัฒนาวิธีการใหม่ที่สามสมาธิอนุภาคไวรัสจากน้ำเสีย ยัง โอของ NoV GGII และ HAV ในตัวอย่างที่ตรงกับกฎระเบียบยุโรปผ่านการตรวจสอบของมอลลัสกา bivalve ที่ตลาดและตัวอย่างการรวบรวม เชื่อมโยงกับการโรคระบาด ตามลำดับ ประสิทธิภาพของมอลลัสกา bivalve depuration รักษาสามพบจำกัดที่ลดลงของ HAdV นอกจากนี้ ความสัมพันธ์อย่างมีนัยสำคัญระหว่างรหัสของตัวอย่างหอย bivalve บวกสำหรับ HAdV และ NoV GGII ได้ถูกอธิบาย แสดงความไวสูงและ specificity สุดท้าย ใช้แบบจำลองการตอบสนองต่อยาที่เรา mathematically ได้สร้างแบบจำลองความเสี่ยงของการติดเชื้อ NoV และโรคที่เกี่ยวข้องกับการบริโภคหอยนางรมดิบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

วัตถุประสงค์หลักของงานวิจัยนี้มีการศึกษาของเชื้อโรคไวรัสที่เกิดขึ้นใหม่ที่น่าสนใจในความปลอดภัยของอาหารโดยการประเมินความชุกของพวกเขาและการเผยแพร่สิ่งแวดล้อมและลักษณะของความเสี่ยงทางจุลชีววิทยาที่เกี่ยวข้องกับการปรากฏตัวของไวรัสที่ทำให้เกิดโรคในการนำน้ำเสียและการบริโภคของหอยสองฝา ดังนั้นเราจึงศึกษาการปรากฏตัวของไวรัสตับอักเสบอี (HEV) ไวรัสตับอักเสบ A (HAV) เชื้อ norovirus (พ.ย. ) polyomaviruses ใหม่ (KIPyV, WUPyV และ MCPyV) และ adenovirus มนุษย์ (HAdV) เป็นตัวบ่งชี้การปนเปื้อนอุจจาระ กลุ่มตัวอย่างที่วิเคราะห์ได้เน่าน้ำยึด (มัธยมศึกษาและอุดมศึกษา) น้ำในแม่น้ำและหอยสองฝา นอกจากนี้ยังมีความพยายามที่จะปรับปรุงวิธีการที่ความเข้มข้นของอนุภาคไวรัสจากน้ำเสียเช่นเดียวกับการให้ข้อมูลเกี่ยวกับประสิทธิภาพในการกำจัดไวรัสผ่านการรักษาน้ำเสีย depuration และ บริษัท ผลิตหอย สุดท้ายแบบจำลองทางคณิตศาสตร์ที่ได้รับการจัดตั้งขึ้นเพื่อการประเมินความเสี่ยงเชิงปริมาณของจุลินทรีย์ ดังนั้นข้อสรุปของการศึกษาเหล่านี้อธิบายไว้ด้านล่าง ความชุก HEV สังเกตในน้ำเสียแสดงให้เห็นว่า HEV หมุนเวียนในหมู่ประชากรสเปนและน้ำเสียที่เป็นแหล่งที่มาของการติดเชื้อ นอกจากนี้ยังมีการแสดงตนเป็นระยะ ๆ ของจีโนไทป์ HEV 1 ยืนยันการกระจายกว้างของยีนที่แตกต่างกัน เกี่ยวกับรูปแบบของการขับถ่าย HAV ที่ไม่แตกต่างกันโผล่ออกมาเมื่อเปรียบเทียบกับน้ำเสียจากสองพื้นที่ที่อยู่ติดกับโปรแกรมการฉีดวัคซีนที่แตกต่างกันและระดับเทียบเท่าการสุขาภิบาล; จึงสันนิษฐานว่าลดลงอย่างมากในช่วงที่สังเกตเมื่อเร็ว ๆ นี้เป็นส่วนใหญ่เนื่องจากการปรับปรุงในการดูแลสุขภาพ polyomaviruses ใหม่ได้รับการตรวจพบในน้ำเสียและน้ำในแม่น้ำแสดงให้เห็นการมีส่วนร่วมที่มีศักยภาพของพวกเขาในเส้นทางอุจจาระช่องปากผ่านน้ำที่ปนเปื้อนและเป็นตัวแทนคำอธิบายแรกของไวรัสโรคมะเร็งที่เกี่ยวข้องในการบำบัดน้ำเสียและแม่น้ำ บนมืออื่น ๆ , โรงบำบัดน้ำเสียอย่างมีนัยสำคัญลดการปรากฏตัวของความต้านทานสูงตัวชี้วัดการปนเปื้อนอุจจาระและสามวิธีการใหม่ที่จะมีสมาธิอนุภาคไวรัสจากน้ำเสียได้รับการพัฒนา นอกจากนี้ก็มีการยืนยันการปรากฏตัวของ พ.ย. GGII และ HAV ในตัวอย่างที่ตรงตามกฎระเบียบของยุโรปผ่านการตรวจสอบของหอยสองฝาที่เก็บรวบรวมที่ตลาดและตัวอย่างที่เชื่อมโยงกับการระบาดของโรคไวรัสตับอักเสบ A, ตามลำดับ ประสิทธิภาพของการรักษาสำหรับสามหอยสองฝา depuration ถูกพบที่ จำกัด ในการลดการปรากฏตัวของ HAdV นอกจากนี้ยังมีความสัมพันธ์ที่สำคัญระหว่างบัตรประจำตัวของบวกตัวอย่างหอยหอยสำหรับ HAdV พ.ย. GGII และได้รับการอธิบายการแสดงความไวและความจำเพาะสูง ในที่สุดโดยใช้แบบจำลองปริมาณการตอบสนองเราได้สร้างแบบจำลองทางคณิตศาสตร์ที่มีความเสี่ยงของการติดเชื้อและโรค พ.ย. เกี่ยวข้องกับการบริโภคหอยนางรมดิบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

วัตถุประสงค์หลักของวิทยานิพนธ์นี้คือ การศึกษาการเกิดไวรัสเชื้อโรคของความสนใจในความปลอดภัยอาหาร โดยประเมินความชุกและการเผยแพร่ของสภาพแวดล้อมและลักษณะของความเสี่ยงที่เกี่ยวข้องกับการปรากฏตัวของจุลินทรีย์ที่ก่อโรคไวรัสในการนำสิ่งปฏิกูลและการบริโภคที่มีหอย . เราจึงศึกษาการปรากฏตัวของไวรัสตับอักเสบ อี ( ปลูก )ตับอักเสบเอ ( HAV ) , รายการ ( พ.ย. ) polyomaviruses ใหม่ ( kipyv wupyv , และ mcpyv ) และอะดีโนไวรัสมนุษย์ ( hadv ) เป็นตัวบ่งชี้การปนเปื้อนของอุจจาระ . ตัวอย่างวิเคราะห์เป็นสิ่งปฏิกูลดิบ , น้ำ reclaimed ( มัธยมและอุดมศึกษา ) และน้ำที่มีหอย . นอกจากนี้ ได้มีการพยายามที่จะปรับปรุงการใช้ความเข้มข้นของอนุภาคไวรัสจากน้ําทิ้งตลอดจนให้ข้อมูลเกี่ยวกับประสิทธิภาพในการกำจัดไวรัสผ่านท่อระบายน้ำ depuration วิทยา และหอยที่บริษัทผลิต ในที่สุด แบบจำลองทางคณิตศาสตร์ได้ถูกสร้างขึ้นเพื่อการประเมินความเสี่ยงจุลินทรีย์เชิงปริมาณ ดังนั้น บทสรุปของการศึกษาเหล่านี้จะอธิบายด้านล่างความชุกที่พบในน้ำเสียที่ปลูกให้ปลูกจะหมุนเวียนในหมู่ประชากรสเปน และใช้เป็นแหล่งของการติดเชื้อ ซึ่งมีระยะปลูกของไทป์ 1 ยืนยันการกระจายกว้างของพันธุ์ที่แตกต่างกัน เกี่ยวกับรูปแบบ hav การขับถ่าย ,ไม่มีความแตกต่างเกิดขึ้นเมื่อเปรียบเทียบสิ่งปฏิกูลจากสองพื้นที่ใกล้เคียงกับโปรแกรมวัคซีนที่แตกต่างกันและระดับเทียบเท่าสุขาภิบาล ; ดังนั้นจึงสันนิษฐานว่า การลดลงที่รุนแรงพบว่าในช่วงนี้เป็นส่วนใหญ่เนื่องจากการปรับปรุงในการดูแลสุขภาพ polyomaviruses ใหม่ได้รับการตรวจพบในน้ำเสียและน้ำที่แม่น้ำแสดงศักยภาพของพวกเขามีส่วนร่วมในเส้นทางน้ำที่ปนเปื้อนอุจจาระผ่านช่องปากและแสดงรายละเอียดแรกของโรคมะเร็งที่เกี่ยวข้องไวรัสในสิ่งปฏิกูล และแม่น้ำ บนมืออื่น ๆ , พืชการบำบัดน้ำเสียลดการปรากฏตัวของความต้านทานสูง ) และตัวชี้วัดการสามวิธีการใหม่เพื่อมุ่งอนุภาคไวรัสจากสิ่งปฏิกูล ได้รับการพัฒนา นอกจากนี้ได้ยืนยันตน พ.ย. ggii และ HAV ในตัวอย่างที่เป็นไปตามกฎระเบียบของยุโรป ผ่านการรวบรวมที่มีหอยที่ตลาดและตัวอย่างที่เชื่อมโยงกับการระบาดของโรคไวรัสตับอักเสบ ตามลำดับ ประสิทธิภาพของการรักษาที่มีสามหอย depuration พบ จำกัด ในการลดการปรากฏตัวของ hadv . นอกจากนี้ความสัมพันธ์อย่างมีนัยสำคัญระหว่างตัวของตัวอย่างที่มีหอยบวกและได้รับการอธิบาย ggii hadv เพื่อแสดงความไวและความจำเพาะสูง . สุดท้ายใช้แบบความคิดเห็นที่เรามีจําลองทางคณิตศาสตร์เพื่อความเสี่ยงของการติดเชื้อและโรคที่เกี่ยวข้องกับการบริโภคหอยนางรมดิบ