AbstractA genome-wide association s

Abstract
A genome-wide association study using the Illumina 50K BeadChip included 38,745 SNP on 29 BTA analyzed on 751 animals, including 33 purebreds and 718 crossbred cattle. Genotypes and 6 production traits: birth weight (BWT), weaning weight (WWT), ADG, DMI, midtest metabolic BW (MMWT), and residual feed intake (RFI), were used to estimate effects of individual SNP on the traits. At the genome-wide level false discovery rate (FDR < 10%), 41 and 5 SNP were found significantly associated with BWT and WWT, respectively. Thirty-three of them were located on BTA6. At a less stringent significance level (P < 0.001), 277 and 27 SNP were in association with single traits and multiple traits, respectively. Seventy-three SNP on BTA6 and were mostly associated with BW-related traits, and heavily located around 30 to 50Mb. Markers that significantly affected multiple traits appeared to impact them in same direction. In terms of the size of SNP effect, the significant SNP (P < 0.001) explained between 0.26 and 8.06% of the phenotypic variation in the traits. Pairs of traits with low genetic correlation, such as ADG vs. RFI or DMI vs. BWT, appeared to be controlled by 2 groups of SNP; 1 of them affected the traits in same direction, the other worked in opposite direction. This study provides useful information to further assist the identification of chromosome regions and subsequently genes affecting growth and feed efficiency traits in beef cattle.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

นามธรรม
สมาคมการศึกษาจีโนมทั้งใช้ beadchip 50k Illumina รวม 38,745 SNP เมื่อวันที่ 29 BTA วิเคราะห์ 751 สัตว์, 33 รวมทั้ง purebreds และ 718 วัวลูกผสม ยีนและ 6 ลักษณะการผลิต: น้ำหนักแรกเกิด (BWT) น้ำหนักหย่านม (WWT) ADG, DMI, midtest การเผาผลาญ BW (mmwt) และปริมาณอาหารที่กินเหลือ (RFI) ถูกนำมาใช้ในการประเมินผลกระทบของแต่ละบุคคล SNP กับลักษณะที่จีโนมทั้งอัตราการค้นพบระดับเท็จ (FDR% <10), 41 และ 5 SNP พบว่ามีความสัมพันธ์กับ BWT และ WWT ตามลำดับ สามสิบสามของพวกเขาตั้งอยู่บน bta6 ที่ระดับนัยสำคัญที่เข้มงวดน้อยกว่า (p <0.001), 277 และ 27 SNP อยู่ในสมาคมที่มีลักษณะเดียวและหลายลักษณะตามลำดับเจ็ดสิบสามคน SNP เมื่อ bta6 และส่วนใหญ่ที่เกี่ยวข้องกับลักษณะ BW-ที่เกี่ยวข้องและตั้งอยู่อย่างหนักในรอบ 30 ถึง 50 Mb เครื่องหมายที่ได้รับผลกระทบอย่างมีนัยสำคัญหลายลักษณะที่ดูเหมือนจะส่งผลกระทบต่อพวกเขาไปในทิศทางเดียวกัน ในแง่ของขนาดของผลกระทบ SNP, SNP อย่างมีนัยสำคัญ (p <0.001) อธิบายระหว่าง 0.26 และ 8.06% ของการเปลี่ยนแปลงฟีโนไทป์ในลักษณะคู่ของลักษณะที่มีความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมต่ำเช่น ADG กับ RFI หรือ DMI กับ BWT ดูเหมือนจะถูกควบคุมโดย 2 กลุ่ม SNP; 1 ของพวกเขาได้รับผลกระทบลักษณะไปในทิศทางเดียวกันอื่น ๆ ที่ทำงานอยู่ในทิศทางที่ตรงข้าม การศึกษานี้ให้ข้อมูลที่เป็นประโยชน์ต่อการให้ความช่วยเหลือประชาชนในภูมิภาคโครโมโซมและยีนก็มีผลกระทบต่อการเจริญเติบโตและลักษณะประสิทธิภาพการใช้อาหารในโคเนื้อ.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

นามธรรม
SNP 38,745 บน BTA 29 วิเคราะห์ในสัตว์ 751, 33 purebreds และวัว 718 ผลิตรวมการศึกษาทั้งกลุ่มสมาคมที่ใช้ BeadChip Illumina 50K ศึกษาจีโนไทป์และ 6 ผลิตลักษณะ: เกิดน้ำหนัก (BWT), น้ำหนัก weaning (WWT), ADG, DMI, midtest เผาผลาญ BW (MMWT), และส่วนที่เหลือจากอาหารบริโภค (RFI), ใช้ในการประเมินผลของ SNP แต่ละลักษณะ อัตราจีโนมไวด์ดิสคัฟเวอรี่ปลอมระดับ (FDR < 10%), 41 และ 5 SNP พบมากเกี่ยวข้องกับ BWT WWT ตามลำดับ สามสิบสามของพวกเขามีอยู่ BTA6 ที่ระดับนัยสำคัญเข้มข้นน้อย (P < 0.001), 277 และ 27 SNP ได้ในลักษณะเดียวกับลักษณะหลาย ตามลำดับ เจ็ดสาม SNP บน BTA6 ได้ส่วนใหญ่เกี่ยวข้องกับลักษณะที่เกี่ยวข้องกับ BW และหนักอยู่ประมาณ 30-50 Mb. เครื่องหมายที่มีลักษณะหลายปรากฏให้ ส่งผลกระทบในทิศทางเดียวกัน ในแง่ของขนาดของ SNP ผล SNP อย่างมีนัยสำคัญ (P < 0.001) อธิบายระหว่าง 0.26 และ 8.06% ของไทป์ในลักษณะการ คู่ของลักษณะมีความสัมพันธ์ต่ำทางพันธุกรรมของ เช่น ADG เทียบกับ RFI หรือ DMI เทียบกับ BWT ปรากฏการควบคุมกลุ่ม 2 ของ SNP ลักษณะทิศทางเดียวกันได้รับผลกระทบ 1 ของพวกเขา อื่น ๆ ที่ทำงานในทิศทางตรงกันข้าม การศึกษานี้ช่วยให้ข้อมูลที่เป็นประโยชน์เพื่อช่วยระบุภูมิภาคโครโมโซมและต่อยีนที่มีผลต่อการเจริญเติบโต และอาหารลักษณะประสิทธิภาพในเนื้อวัว

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

นามธรรม
ซึ่งจะช่วยให้การศึกษายีน - หลากหลายการเชื่อมโยงการใช้ illumina 50 K beadchip 38,745 รวมถึงค่าอะไหล่ในวันที่ 29 BTA วิเคราะห์ใน 751 สัตว์รวมถึง 33 purebreds และ 718 ฝูงสัตว์ crossbred คุณสมบัติ 6 การผลิตและ genotypes เกิดน้ำหนัก( bwt )สำหรับทารกน้ำหนัก( wwt ) adg , DMI midtest กว้างขวาง BW ( mmwt )และอาหารการ บริโภค ส่วนที่เหลือ( RFI )ได้ถูกนำมาใช้ในการประเมินผลของค่าอะไหล่ในลักษณะในอัตรายีน - หลากหลายระดับความผิดพลาดการค้นพบ( FDR < 10% ) 41 และ 5 ค่าอะไหล่ก็พบว่ามีนัยสำคัญที่เกี่ยวข้องกับ bwt และ wwt ตามลำดับ สามสิบสามของเขานั้นก็ตั้งอยู่บน BTA 6 ในระดับความสำคัญน้อยกว่าความเข้มงวดที่( P < 0.001 ถึง) 277 และ 27 ค่าอะไหล่ในการเชื่อมโยงกับคุณสมบัติเดียวและคุณสมบัติต่างๆตามลำดับเจ็ดสิบ - สามค่าอะไหล่ใน BTA 6 และส่วนใหญ่จะเป็นที่เกี่ยวข้องกับลักษณะเฉพาะ BW - ที่เกี่ยวข้องและตั้งอยู่โดยรอบ 30 ถึง 50 MB ประกบสองตัวที่มีผลกระทบต่อคุณสมบัติหลายคนก็ปรากฏตัวในการส่งผลกระทบต่อพวกเขาในทิศทางเดียวกัน ในด้านของขนาดของผลอย่างมีนัยสำคัญค่าอะไหล่ค่าอะไหล่( P < 0.001 ถึง)ที่จะอธิบายระหว่างเท่ากับ 0.26 เท่าและ 8.06% ของการเปลี่ยนแปลง phenotypic ในลักษณะคู่ของคุณสมบัติมีความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมต่ำเช่น adg เมื่อเทียบกับ RFI หรือ DMI เมื่อเทียบกับ bwt ปรากฏยังสามารถควบคุมการทำงานโดย 2 กลุ่มของค่าอะไหล่ 1 ของเขาได้รับผลกระทบลักษณะในทิศทางเดียวกันอื่นที่ทำงานในทิศทางตรงข้ามกับ การศึกษานี้จะให้ข้อมูลที่เป็นประโยชน์ในการให้ความช่วยเหลือแก่การระบุตัวตนของแต่ละ ภูมิภาค โครโมโซมยีนและ ภายหลัง มีผลกระทบต่อการขยายตัวและให้อาหารสัตว์ลักษณะความมี ประสิทธิภาพ ในสัตว์เนื้อ.
เพิ่มเติม