ช็อกโกแลตค้นพบมาตั้งแต่สองพันปีที่แล้ว หลังสมัยพระนางคลีโอพัตราแห่งอียิปต์ เป็นผลผลิตที่ได้จากเมล็ดของต้นคาเคา (cacao) ในป่าร้อนชื้นของทวีปอเมริกา จัดอยู่ในตระกูล Theobroma cacao แปลว่า "อาหารแห่งทวยเทพ"
ชนกลุ่มแรกที่รู้จักทำช็อกโกแลตเป็นอารยธรรมโบราณที่อยู่ในเม็กซิโก และอเมริกากลาง ชนกลุ่มนี้ได้แก่ชาวมายา และชาวแอซเทค แห่งอารยธรรมเมโสอเมริกา คนเหล่านี้เอาเมล็ดคาเคามาบดแล้วผสมกับเครื่องปรุงหลายชนิดเพื่อทำเป็นเครื่องดื่มที่มีรสขมเฝื่อน นอกจากใช้ประกอบอาหารแล้วช็อกโกแลตยังเกี่ยวข้องกับวิถีชีวิตเชิงศาสนาและสังคมด้วย
ชาวมายา (ค.ศ. 250-900) เป็นชนชาติแรกที่มีหลักฐานชัดเจนว่าได้ค้นพบความลับของต้นคาเคา โดยพวกเขาได้นำต้นคาเคามาจากป่าฝนและปลูกไว้ที่สวนหลังบ้าน พอออกฝักก็เก็บเอาเมล็ดมาหมักบ้าง คั่วบ้าง และยังบดเป็นเนื้อเหนียว อยากชงเป็นเครื่องดื่มก็เอามาผสมน้ำ โรยพริกไทยกับแป้งข้าวโพด ก็จะได้เครื่องดื่มช็อกโกแลตรสซาบซ่ามีฟองฟ่อง