2.6. Molecular identification and phylogenetic analysis
The amplification of DNA fragments was done by modified method of Iwamoto et al. (2002).
Fungal spores were centrifuged at 13,000 ×g for 5 min and 1 μl of supernatantwas used as template for amplification
along with (give expansion) ITS5 primer pair (O'Donnell, 1992; White et al., 1990). The PCR conditions were as follows: initial denaturation at 95 °C for 15 min; followed by 45 cycles of denaturation at 94 °C for 20 s, annealing at 55 °C for 1 min, extension at 72 °C for 50 s; and final extension at 72 °C for 10 min. The DNA sequences from both strands
were read on an ABI PRISM377DNA sequencer. The homology of the sequences was analyzed using BLAST algorithm (http://www.ncbi.nlm.
nih.gov) and was aligned with reference taxa along with their GenBank
accession numbers using ClustalW implemented in MEGA5 software
(Tamura et al., 2011).
2.6. Molecular identification and phylogenetic analysisThe amplification of DNA fragments was done by modified method of Iwamoto et al. (2002). Fungal spores were centrifuged at 13,000 ×g for 5 min and 1 μl of supernatantwas used as template for amplificationalong with (give expansion) ITS5 primer pair (O'Donnell, 1992; White et al., 1990). The PCR conditions were as follows: initial denaturation at 95 °C for 15 min; followed by 45 cycles of denaturation at 94 °C for 20 s, annealing at 55 °C for 1 min, extension at 72 °C for 50 s; and final extension at 72 °C for 10 min. The DNA sequences from both strandswere read on an ABI PRISM377DNA sequencer. The homology of the sequences was analyzed using BLAST algorithm (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) and was aligned with reference taxa along with their GenBankaccession numbers using ClustalW implemented in MEGA5 software(Tamura et al., 2011).
การแปล กรุณารอสักครู่..

2.6 บัตรประจำตัวโมเลกุลและการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการการขยายของดีเอ็นเอที่ได้รับการทำโดยวิธีการแก้ไขของ Iwamoto et al,
. (2002)
สปอร์เชื้อราถูกหมุนเหวี่ยงที่ 13,000 ×กรัมเป็นเวลา 5 นาทีและ 1 ไมโครลิตรของ supernatantwas
ใช้เป็นแม่แบบสำหรับการขยายพร้อมกับ(ให้การขยายตัว) คู่ไพรเมอร์ ITS5 (ดอนเนลล์ 1992; สีขาว, et al, 1990). เงื่อนไข PCR มีดังนี้ denaturation เริ่มต้นที่ 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 15 นาที; ตามด้วย 45 รอบของการสูญเสียสภาพธรรมชาติที่ 94 ° C เป็นเวลา 20 วินาที, การอบที่ 55 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาทีส่วนขยายที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 50; และการขยายสุดท้ายที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 10 นาที ลำดับดีเอ็นเอจากเส้นทั้งสองถูกอ่านในซีเควน ABI PRISM377DNA
ที่คล้ายคลึงกันของลำดับได้รับการวิเคราะห์โดยใช้วิธีระเบิด (http:. //www.ncbi.nlm
nih.gov) และสอดคล้องกับแท็กซ่าอ้างอิงของพวกเขาพร้อมกับ GenBank
หมายเลขภาคยานุวัติใช้ ClustalW ดำเนินการในซอฟต์แวร์ MEGA5
(ทามูระ et al, 2011. )
การแปล กรุณารอสักครู่..
