AbstractWhile the natural niches of

Abstract
While the natural niches of the soil bacterium Pseudomonas putida are unlikely to include significant amounts of free glycerol as a growth substrate, this bacterium is genetically equipped with the functions required for its metabolism. We have resorted to deep sequencing of the transcripts in glycerol-grown P. putida KT2440 cells to gain an insight into the biochemical and regulatory components involved in the shift between customary C sources (e.g. glucose or succinate) to the polyol. Transcriptomic results were contrasted with key enzymatic activities under the same culture conditions. Cognate expression profiles revealed that genes encoding enzymes of the Entner-Doudoroff route and other catabolic pathways, e.g. the gluconate and 2-ketogluconate loops, were significantly downregulated on glycerol. Yet, the compound simultaneously elicited a gluconeogenic response that indicated an efficient channelling of C skeletons back to biomass build-up through the glyoxylate shunt rather than energization of the cells through downwards pathways, i.e. tricarboxylic acid cycle and oxidative phosphorylation. The simultaneous glycolytic and gluconeogenic metabolic regimes on glycerol, paradoxical as they seem, make sense from an ecological point of view by favouring prevalence versus exploration. This metabolic situation was accompanied by a considerably low expression of stress markers as compared with other C sources.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อในขณะที่ซอกธรรมชาติของดินแบคทีเรีย Pseudomonas putida ไม่น่าจะรวมปริมาณที่สำคัญของฟรีกลีเซอรอลเป็นพื้นผิวการเจริญเติบโต แบคทีเรียนี้มาพร้อมกับฟังก์ชั่นที่จำเป็นสำหรับการเผาผลาญทางพันธุกรรม เรามี resorted เพื่อลำดับลึกของบันทึกในกลีเซอรอลโต P. putida KT2440 เซลล์จะได้รับความเข้าใจในส่วนประกอบทางชีวเคมี และกฎระเบียบเกี่ยวข้องในการเปลี่ยนระหว่างประเพณี C แหล่ง (เช่นกลูโคสหรือ succinate) การโพลิออ Transcriptomic ผลลัพธ์ก็ต่างกับกิจกรรมเอนไซม์หลักภายใต้เงื่อนไขเดียวกันวัฒนธรรม ส่วนกำหนดค่าของนิพจน์ก็เผยว่า ยีนเอนไซม์ของกระบวนการผลิต Entner-Doudoroff และทางเดินที่มีการวินิจฉัยอื่น ๆ ที่การเข้ารหัส เช่น gluconate และ 2 ketogluconate ลูป ถูก downregulated ในกลีเซอรอลอย่างมีนัยสำคัญ ยัง สารประกอบเกิดการตอบสนอง gluconeogenic ที่ระบุมีประสิทธิภาพผ่านช่องว่างโครงกระดูก C กลับไปสะสมในชีวมวลผ่าน glyoxylate shunt มากกว่าที่เป็น energization ของเซลล์ผ่านลงทางเดิน เช่นวัฏจักรกรด tricarboxylic และฟฟอสโฟรี พร้อมกัน ตัวพร้อมกัน gluconeogenic และ glycolytic เผาผลาญระบอบในกลีเซอรอล ขัดแย้ง เพราะ ให้ความรู้สึกจากจุดของมุมมองที่ระบบนิเวศ โดยยินยอมชุกเมื่อเทียบกับการสำรวจ สถานการณ์นี้เผาผลาญพร้อมกับนิพจน์ที่ต่ำมากของเครื่องหมายของความเครียดเมื่อเทียบกับแหล่งอื่น ๆ C

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อ
ในขณะที่ซอกตามธรรมชาติของเชื้อแบคทีเรีย Pseudomonas putida ดินไม่น่าจะรวมถึงเงินที่สำคัญของกลีเซอรอลฟรีเป็นสารตั้งต้นการเจริญเติบโตแบคทีเรียนี้เป็นอุปกรณ์ที่ทางพันธุกรรมกับการทำงานที่จำเป็นสำหรับการเผาผลาญอาหารของมัน เรามี resorted การจัดลำดับของยีนที่ลึกในกลีเซอรอลที่ปลูกเซลล์ P. putida KT2440 ที่จะได้รับความเข้าใจในส่วนประกอบทางชีวเคมีและกฎระเบียบที่เกี่ยวข้องในการเปลี่ยนแปลงระหว่างแหล่ง C จารีตประเพณี (เช่นกลูโคสหรือ succinate) ไปที่โพลีออล ผลการ transcriptomic ถูกเปรียบเทียบกับกิจกรรมของเอนไซม์ที่สำคัญภายใต้เงื่อนไขวัฒนธรรมเดียวกัน การแสดงออกของสายเลือดเปิดเผยว่ายีนเอนไซม์เส้นทาง Entner-Doudoroff และทางเดิน catabolic อื่น ๆ เช่นกลูโคเนตและ 2 ketogluconate ลูปถูก downregulated อย่างมีนัยสำคัญในกลีเซอรอล แต่สารประกอบพร้อมกันออกมาตอบสนอง gluconeogenic ที่แสดงให้เห็นถึงเจ้าอารมณ์ที่มีประสิทธิภาพของโครงกระดูก C กลับไปชีวมวลสร้างขึ้นผ่านการปัด glyoxylate มากกว่า energization ของเซลล์ผ่านทางเดินลงเช่น tricarboxylic วงจรกรดและ oxidative phosphorylation พร้อมกัน glycolytic และ gluconeogenic ระบอบการเผาผลาญในกลีเซอรอลขัดแย้งขณะที่พวกเขาดูเหมือนจะทำให้ความรู้สึกจากมุมมองของนิเวศวิทยาโดยนิยมชุกเมื่อเทียบกับการสำรวจ นี้สถานการณ์การเผาผลาญอาหารที่มาพร้อมกับการแสดงออกที่ต่ำมากของเครื่องหมายความเครียดเมื่อเทียบกับแหล่งอื่น ๆ C