ABOUT THE RCSB PROTEIN DATA
BANK (PDB)
The RCSB PDB is an information portal for researchers
and students interested in structural biology. At its
center is the PDB archive – the sole international
repository for 3-dimensional structure data of biological
macromolecules. The RCSB PDB integrates a variety of
production-level data and software resources, and shares
research results and software. The RCSB PDB is dedicated
to fostering new scientific advances by providing accurate,
consistent, and well-annotated 3-D structure data that is
delivered in a timely and efficient way to a wide audience.
The contents of the PDB archive contain the structural
coordinates and related information about proteins, nucleic
acids, and protein-nucleic acid complexes. These structures
hold significant promise for the pharmaceutical and
biotechnology industries in the search for new drugs, and
in researcher's efforts to understand the mystery of human
disease. The understanding of what a structure looks
like aids in understanding how it functions.
Operated by
two members
of the RCSB
Rutgers, The State University of New Jersey
Department of Chemistry and Chemical Biology
610 Taylor Road
Piscataway, NJ 08854-8087
San Diego Supercomputer Center &
Skaggs School of Pharmacy
University of California, San Diego
9500 Gilman Drive, Mailcode 0743
La Jolla, CA 92093-0743
The RCSB PDB
is a member
of the
In citing the PDB please refer to:
H.M. Berman, J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T.N.
Bhat, H. Weissig, I.N. Shindyalov, P.E. Bourne (2000): The
Protein Data Bank. Nucleic Acids Research 28, pp. 235-242.
H.M. Berman, K. Henrick, H. Nakamura (2003): Announcing the
worldwide Protein Data Bank. Nature Structural Biology 10 (12), p. 980
F.C. Bernstein, T.F. Koetzle, G.J. Williams, E.E. Meyer Jr, M.D. Brice,
J.R. Rodgers, O. Kennard, T. Shimanouchi, M. Tasumi (1977):
The Protein Data Bank: a computer-based archival file for
macromolecular structures. J. Mol. Biol. 112, p. 535.
The RCSB PDB is supported by funds from the National
Science Foundation, the National Institute of General
Medical Sciences, the Office of Science, Department of Energy,
the National Library of Medicine, the National Cancer Institute,
the National Center for Research Resources, the
National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering,
and the National Institute of Neurological Disorders and Stroke.
Statement of Support
Mustard
Family Protein
tRNA
Translocating Protein
Green
Fluorescent
Protein
Common
Cold Virus
Prion
RCSB PDB Partners
PDB-broch-new.qxp 8/22/06 9:52 AM Page 1
DATA DEPOSITION
Data from X-ray crystallographic, NMR and cryo-electron
microscopic experiments are deposited by scientists from all
over the world.
Annotators at the RCSB then work with these data to make
sure they are represented in the PDB archive in the best
possible way. They run a series of checks, make corrections,
and correspond with the depositors in an effort to make the
data public as quickly and accurately as possible.
The RCSB also develops and releases software to improve
the process of deposition and annotation.
DATA QUERY AND
REPORTING
Visitors to the RCSB PDB website
can perform simple and complex
queries on the structures in the PDB
archive and explore more than 800
curated web pages.
Whether searching for individual or
multiple structures, users have a variety of
options for searching and viewing structures.
Each individual entry has a page that provides
summary information, static and interactive images of the
molecule, and links to other sources.
A variety of reports can be created for a group of
structures resulting from any query. Options to refine the
query or create tabular reports from the search results are
also available. A PDB or mmCIF format file for any structure
can be downloaded as plain text or in one of several
compressed formats from the PDB web site. Files may
also be downloaded from the PDB FTP server.
PDB entries can be downloaded from the RCSB PDB website
or by ftp in mmCIF, PDB, and PDBML/XML formats.
Molecule of the Month
The Molecule of the Month series creates a detailed portrait
of an important biological molecule found in the PDB
archive. Using distinctive illustrations and
generalized descriptions, each installment
describes the structure and function of the
molecule and relates it to human health
and welfare for students of all ages.
Structural Genomics
Worldwide structural genomics efforts are
focused on quickly determining a large
number of novel protein structures identified by
genomics. As the PDB is the repository for all of
these structures, the RCSB PDB is actively involved
in developing informatics, tools, and and resources for
these data.
Online databases provide a centralized resource for collecting and
providing information about the progression of a target from
protein production through structure solution for the structural
genomics efforts.
Outreach and Education
The RCSB PDB has a diverse user
community of depositors, data
users, students, teachers, and
the general public. Through
exhibits, publications, and
an active help desk, we
gain feedback for further
development of the RCSB
PDB while providing
materials that promote a
broader understanding
and scientific literacy of
structural biology.
The quarterly newsletter
offers news, tutorials, interviews
with the PDB community, and
descriptions of how the resource is
used in the classroom.
A number of tools are available online for finding and
visualizing proteins, making connections with the related
information found in journals, and performing keyword
queries that can locate specific proteins.
wwPDB
The PDB archive is maintained by the members of the
worldwide PDB (wwPDB) – the RCSB PDB, EBI-MSD,
PDBj, and the BMRB. Data deposited to the archive
is processed using agreed-upon standards for full
validation of the data. These data are forwarded
to the RCSB PDB for release into the archive.
wwPDB members also maintain websites
that provide different views to the data.
wwPDB members collaborate on
projects to ensure the uniformity of the
PDB archive. The PDB Exchange
Dictionary consolidates content from a
variety of dictionaries and includes
extensions to describe NMR, cryo-EM,
and protein production data. PDB data
processing, exchange, annotation, and database
m
เกี่ยวกับโปรตีนข้อมูลธนาคาร ( PDB )
rcsb PDB เป็นพอร์ทัลข้อมูลสำหรับนักวิจัยและนักศึกษาที่สนใจใน
ชีววิทยาโครงสร้าง ที่ศูนย์กลาง
เป็น PDB ถาวร–ข้อมูลระหว่างประเทศ
เพียงผู้เดียว 3 มิติโครงสร้างข้อมูลของโมเลกุลทางชีวภาพ
การ rcsb PDB บูรณาการความหลากหลายของระดับการผลิตและซอฟต์แวร์
ข้อมูลทรัพยากร และหุ้น
ผลงานวิจัยและซอฟต์แวร์การ rcsb PDB จะทุ่มเทเพื่อการสร้างความก้าวหน้าทางวิทยาศาสตร์ใหม่
ให้ถูกต้อง สอดคล้อง และดีบันทึกย่อแบบโครงสร้างข้อมูลที่
ส่งในวิธีมีประสิทธิภาพ และทันเวลาแก่ผู้ชม
เนื้อหาของ PDB ถาวรประกอบด้วยพิกัดโครงสร้าง
และข้อมูลที่เกี่ยวข้องเกี่ยวกับโปรตีนกรดนิวคลีอิกและโปรตีนกรดนิวคลีอิก
กรด กรดไขมัน . โครงสร้างเหล่านี้
ถือสัญญาที่สำคัญสำหรับอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและ
เทคโนโลยีชีวภาพในการค้นหายาใหม่ และในความพยายามของนักวิจัย
เข้าใจความลึกลับของโรคในมนุษย์
ความเข้าใจของสิ่งที่เป็นโครงสร้างลักษณะ
เหมือนเอดส์ในความเข้าใจว่ามันหน้าที่ ดำเนินการโดยสองสมาชิก
ของ rcsb รัท , มหาวิทยาลัยแห่งรัฐ New Jersey ของแผนกเคมีและเคมีชีววิทยา
แล้วเทย์เลอร์ถนน
Piscataway , NJ 08854-8087
ซานดิเอโกศูนย์ซูเปอร์คอมพิวเตอร์ของมหาวิทยาลัยโรงเรียนเภสัช Skaggs &
ของ California , San Diego
9500 Gilman ขับรถ mailcode 0743
La Jolla , CA 92093-0743
rcsb PDB เป็นสมาชิกของ
ในอ้าง PDB โปรดไปที่ :
( Berman , J Westbrook , Z . ฟง จี. ที. เอ็น. ภัตกิลีแลนด์
, H weissig p.m . shindyalov , พละ , บอร์น ( 2000 ) :
ธนาคารข้อมูลโปรตีน .กรดนิวคลีอิกวิจัย 28 , pp . 235-242 .
4 K . Berman , เฮนริก เอช นากามูระ ( 2003 ) : ประกาศ
ทั่วโลกธนาคารข้อมูลโปรตีน . โครงสร้างธรรมชาติชีววิทยา 10 ( 12 ) , หน้า 1266
สโมสรฟุตบอล Bernstein , t.f. เคิร์ทเซล g.j. , วิลเลี่ยม อีอี เมเยอร์ เจอาร์ - Brice
เจอาร์ , ร็อดเจอร์ส , O . เคนนาร์ด ต. shimanouchi M tasumi ( 1977 ) :
ธนาคารข้อมูลโปรตีน : ไฟล์ : คอมพิวเตอร์สำหรับ
โครงสร้าง macromolecular . เจ. โมลวท บ วท . 112 , หน้า 535 .
rcsb PDB ได้รับการสนับสนุนโดยทุนจากมูลนิธิวิทยาศาสตร์แห่งชาติ
, สถาบันแห่งชาติของวิทยาศาสตร์การแพทย์ทั่วไป
, สำนักวิทยาศาสตร์ กรมพลังงาน
ห้องสมุดการแพทย์แห่งชาติ , สถาบันมะเร็งแห่งชาติ ,
ศูนย์วิจัยทรัพยากรแห่งชาติ ,
สถาบันการถ่ายภาพชีวการแพทย์และว
,และสถาบันแห่งชาติของ neurological disorders และโรคหลอดเลือดสมอง งบสนับสนุน
การเมารถมัสตาร์ดครอบครัวโปรตีนโปรตีนเรืองแสงสีเขียว translocating
ปกติโปรตีนไวรัสเย็นผิดปกติ
rcsb PDB ค้า
pdb-broch-new.qxp 8 / 22 / 06 9:52 เป็นหน้า 1
ข้อมูลสะสมข้อมูลจากทาง NMR และรังสีเอกซ์ , แช่แข็ง กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน
การทดลองจะฝากโดยนักวิทยาศาสตร์จากทั่วโลก
.annotators ที่ rcsb แล้วทำงานกับข้อมูลเหล่านี้เพื่อให้แน่ใจว่าพวกเขาจะแสดงใน
PDB ถาวรที่ดีที่สุดในทางที่เป็นไปได้ พวกเขาใช้ชุดตรวจสอบ ให้แก้ไข
และสอดคล้องกับผู้ฝากเงินในความพยายามที่จะทำให้
ข้อมูลสาธารณะเป็นอย่างรวดเร็วและแม่นยำที่สุด
rcsb ยังได้พัฒนาและเผยแพร่ซอฟต์แวร์การปรับปรุงกระบวนการของการบันทึกย่อและ
.
สอบถามข้อมูลและรายงานผู้เข้าชมไปยังเว็บไซต์ rcsb PDB
สามารถดำเนินการได้ง่ายและซับซ้อน
สอบถามในโครงสร้างใน PDB
เก็บและสำรวจมากกว่า 800
curated หน้าเว็บ ค้นหาบุคคลหรือ
ไม่ว่าโครงสร้างหลายผู้ใช้มีความหลากหลายของตัวเลือกสำหรับการค้นหาและการดูโครงสร้าง
.
แต่ละรายการ แต่ละคนมีหน้า ที่ให้บริการข้อมูลแบบคงที่และแบบ
สรุปภาพของ
โมเลกุล และการเชื่อมโยงไปยังแหล่งข้อมูลอื่น ๆ .
หลากหลายของรายงานที่สามารถสร้างขึ้นสำหรับกลุ่ม
โครงสร้างที่เกิดจากแบบสอบถามใด ๆ ตัวเลือกเพื่อปรับแต่งการ
สอบถามหรือสร้างตารางรายงานจากผลลัพธ์การค้นหา
ยังใช้ได้ เป็นเส้นใยหรือรูปแบบไฟล์ mmcif สำหรับโครงสร้าง
สามารถดาวน์โหลดเป็นข้อความธรรมดาหรือหนึ่งในหลายรูปแบบจากเว็บไซต์
อัด GAS . ไฟล์อาจ
ยังสามารถดาวน์โหลดได้จาก PDB PDB เซิร์ฟเวอร์ FTP
รายการที่สามารถดาวน์โหลดได้จากเว็บไซต์ rcsb PDB
หรือ FTP ใน mmcif PDB , และรูปแบบ pdbml / XML .
โมเลกุลโมเลกุลของเดือนของเดือน ชุดสร้างรายละเอียดของโมเลกุลทางชีวภาพที่สำคัญภาพ
ที่พบในเส้นใยที่เก็บ การใช้ภาพประกอบที่โดดเด่นและกราฟรายละเอียดแต่ละงวด
,อธิบายโครงสร้างและหน้าที่ของโมเลกุลและเกี่ยวข้องกับมัน
สุขภาพและสวัสดิการสำหรับนักเรียนทุกเพศทุกวัย ในโครงสร้างโครงสร้างพันธุกรรมทั่วโลก
เน้นความพยายามได้อย่างรวดเร็วกำหนดเป็นจำนวนมาก
นวนิยายโปรตีนโครงสร้างพันธุกรรมระบุ
. เป็น PDB เป็นกรุทั้งหมด
โครงสร้างเหล่านี้ rcsb PDB มีส่วนร่วม
ในการพัฒนาสารสนเทศ เครื่องมือ และทรัพยากรสำหรับ
ฐานข้อมูลออนไลน์ให้ข้อมูลเหล่านี้ รวมศูนย์ทรัพยากรสำหรับการรวบรวมและ
ให้ข้อมูลเกี่ยวกับความก้าวหน้าของเป้าหมายจาก
การผลิตโปรตีนผ่านโซลูชั่นโครงสร้างสำหรับโครงสร้าง
ความพยายามในการขยายงานและการศึกษา .
rcsb PDB มีชุมชนผู้ใช้ที่หลากหลายของผู้ฝากเงิน ผู้ใช้ข้อมูล
นักเรียน ครู และประชาชนทั่วไป ผ่านนิทรรศการสิ่งพิมพ์และ
, , โต๊ะช่วยงานเรา
ติชมได้ เพื่อการพัฒนาต่อไปของ rcsb
PDB ในขณะที่ให้
ถูกวัสดุที่ส่งเสริมความเข้าใจและความรู้ของวิทยาศาสตร์
ชีววิทยาโครงสร้าง .
จดหมายข่าวรายไตรมาสเสนอข่าว , tutorials , สัมภาษณ์
กับชุมชน PDB , และ อธิบายว่าทรัพยากรที่ใช้ในชั้นเรียน
.จำนวนของเครื่องมือที่พร้อมใช้งานแบบออนไลน์สำหรับการค้นหาและการสร้างการเชื่อมต่อกับโปรตีน
,
ที่เกี่ยวข้องข้อมูลที่พบในวารสาร และการแสดงต่างๆ ที่สามารถหาโปรตีนเฉพาะคำหลัก
.
wwpdb PDB เก็บรักษาไว้ โดยสมาชิกของ
PDB ทั่วโลก ( wwpdb และ rcsb เส้นใย ebi-msd
pdbj , และ bmrb . ข้อมูลฝากไปเก็บ
การประมวลผลโดยใช้ตกลงมาตรฐานสำหรับการตรวจสอบเต็มรูปแบบ
ของข้อมูล ข้อมูลเหล่านี้จะถูกส่งต่อไปยัง rcsb
PDB เพื่อปล่อยลงในเก็บถาวร สมาชิก wwpdb ยังรักษาเว็บไซต์
ที่ให้มุมมองที่แตกต่างกันไป ข้อมูลสมาชิก ประสานงานในโครงการ wwpdb
ให้ความสม่ำเสมอของเส้นใยที่เก็บถาวร พจนานุกรมรวบรวมเนื้อหาจาก PDB ตรา
ความหลากหลายของพจนานุกรมและรวมถึง
นามสกุลอธิบาย NMR , เครโอเอ็ม
และข้อมูลการผลิตโปรตีน การประมวลผลข้อมูล
PDB , แลกเปลี่ยน , บันทึกย่อและฐานข้อมูล
M
การแปล กรุณารอสักครู่..
