หลักฐานทางโบราณคดีและโบราณชีววิทยาบ่งบอกว่ามีมนุษย์โฮโมเซเปียนส์ เคยอาศัยอยู่ในเกาะปาลาวันตั้งแต่ประมาณ 50,000 ปีก่อน ชนเผ่าที่พูดภาษาในตระกูลออสโตรนีเซียได้เข้ามาตั้งรกรากในฟิลิปปินส์ และจัดตั้งเส้นทางเครือข่ายการค้ากับเอเชียอาคเนย์ส่วนที่เหลือทั้งหมดตั้งแต่ 5,000 ปีก่อนคริสตกาล
เฟอร์ดินันด์ มาเจลลันมาถึงหมู่เกาะฟิลิปปินส์ในปี ค.ศ. 1521 (พ.ศ. 2064) มีเกล โลเปซ เด เลกัสปี มาถึงฟิลิปปินส์ในปี ค.ศ. 1565 (พ.ศ. 2108) และตั้งชุมชนชาวสเปนขึ้น ซึ่งนำไปสู่การตั้งอาณานิคมในเวลาต่อมา
หลังจากนั้น นักบวชศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิกได้แปรศาสนาของชาวเกาะทั้งหมดให้หันมานับถือศาสนาคริสต์ ในช่วง 300 ปีนับจากนั้น กองทัพสเปนได้ต่อสู้กับเหตุการณ์กบฎต่าง ๆ มากมาย ทั้งจากชนพื้นเมืองและจากชาติอื่นที่พยายามเข้ามาครอบครองอาณานิคม