Subproject 4: Transmission of Salmonella across borders in Southeast Asia
The specific objective of this activity is to investigate the transmission of Salmonella across borders in Southeast Asia as well as strengthening the laboratories capacity for diagnosis of Salmonellosis and other food-borne diseases of concern.
Action plan 1: evaluating the regional validity of known molecular epidemiological methods such as high-throughput multiple-locus sequence typing (hiMLST), multiple-locus variable number of tandem repeat analysis (MLVA), pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), and antibiotic resistance typing.
Human clinical isolates (approximately 75 isolates) will be collected from various study units along East West Corridor over 6-month period. Cloacal swabs from poultry farms and hand swabs from farm animal caretakers along the Corridor (approximately 75 swabs from each) will be collected for Salmonella isolation. Obtained isolates (approximately 200-300) will be preliminary characterized by serotyping and standard disk method for antibiotic resistance pattern. Molecular methods namely MLVA, PFGE, hiMLSTamplicon sequencing, and antibiotic gene sequencing will be performed. Sequencing data will be analyzed using EDGE-Pro. PFGE and MLVA data analyses will be performed via Bionumerics (Applied Maths via Food Safety Laboratory, Cornell University).
Action plan 2: comparisons of isolates from patients, poultry, and animal caretakers over time periods. Patterns of genetic change over time and geographic distance will be examined with a focus on accumulation or loss of resistance genes.
The distribution of subtype results (PFGE, MLST and MLVA) among obtained isolates will be determined. The statistical significance of differences in subtype proportions for different sample sources will be evaluated using Fisher’s exact tests. The results will also show whether the serotypes frequently associated with human illness are equally prevalent among animals and animal caretakers from different geographic areas. Phylogenetic analyses (including maximum likelihood and neighbor joining phylogenies) will be performed using PAUP. The data will provide critical information on the distribution and possible transmission of (MDR) Salmonella serotypes.
This project is expected to achieve the following outputs and outcomes:
โครงการย่อยที่ 4: ส่งสายข้ามพรมแดนในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้วัตถุประสงค์เฉพาะของกิจกรรมนี้คือการ ตรวจสอบการส่งระดับข้ามพรมแดนในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้รวมทั้งเพิ่มกำลังการผลิตที่ห้องปฏิบัติการการวินิจฉัยของ Salmonellosis และโรคอื่น ๆ อาหารโดยเชื่อว่าความกังวลแผนการดำเนินการ 1: ประเมินตั้งแต่ภูมิภาครู้จักวิธีความโมเลกุลเช่นอัตราความเร็วสูงหลายโลกัสโพลลำดับพิมพ์ (hiMLST), โลกัสโพลหลายหมายเลขตัวแปรของตัวตามกันไปทำซ้ำวิเคราะห์ (MLVA), electrophoresis ฟิลด์สูงเจ (PFGE), และพิมพ์ต้านทานยาปฏิชีวนะ มนุษย์ทางคลินิกแยก (ประมาณ 75 แยก) จะรวบรวมจากหน่วยการศึกษาต่าง ๆ ตามแนวตะวันออกตะวันตกภายในระยะเวลา 6 เดือน Swabs หยอดทวารร่วมจากฟาร์มสัตว์ปีกและมือ swabs จากฟาร์มสัตว์ caretakers ตามทาง (ประมาณ 75 swabs จาก) จะถูกรวบรวมสำหรับแยกสาย (ประมาณ 200-300) แยกได้รับจะได้เบื้องต้นโดยวิธีดิสก์ serotyping และมาตรฐานสำหรับรูปแบบการต้านทานยาปฏิชีวนะ วิธีโมเลกุลได้แก่ MLVA, PFGE, hiMLSTamplicon ลำดับ ลำดับยีนยาปฏิชีวนะ และจะดำเนินการ ข้อมูลลำดับเบสจะวิเคราะห์ได้โดยใช้ขอบ Pro จะดำเนินการวิเคราะห์ข้อมูล PFGE และ MLVA ผ่าน Bionumerics (ใช้คณิตศาสตร์ผ่านห้องปฏิบัติการด้านความปลอดภัยอาหาร วิทยาลัยคอร์เนล) แผนดำเนินการ 2: การเปรียบเทียบแยก จากผู้ป่วย สัตว์ปีก สัตว์ caretakers ผ่านรอบระยะเวลา รูปแบบของการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมช่วงเวลาและระยะทางทางภูมิศาสตร์จะถูกตรวจสอบ โดยมุ่งเน้นสะสมหรือขาดทุนของยีนต้านทาน การกระจายของผลย่อย (PFGE, MLST และ MLVA) ระหว่างแยกที่ได้รับจะถูกกำหนด นัยสำคัญทางสถิติของความแตกต่างในสัดส่วนชนิดย่อยของแหล่งตัวอย่างที่แตกต่างกันจะถูกประเมินโดยใช้การทดสอบที่แน่นอนของ Fisher ผลลัพธ์จะแสดงว่า serotypes มักสัมพันธ์กับโรคมนุษย์จะเท่า ๆ กันแพร่หลายในหมู่สัตว์และสัตว์ caretakers จากพื้นที่ทางภูมิศาสตร์ที่แตกต่างกันด้วย วิเคราะห์ phylogenetic (รวมถึงความเป็นไปได้สูงสุดและใกล้เคียงเข้าร่วม phylogenies) จะทำได้โดยใช้ PAUP ข้อมูลจะให้ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับแจกจ่ายและได้ส่ง serotypes ซัล (MDR) โครงการนี้คาดว่าจะให้แสดงผลต่อไปนี้และผลที่ได้:
การแปล กรุณารอสักครู่..