Subproject 4: Transmission of Salmo

Subproject 4: Transmission of Salmonella across borders in Southeast Asia
The specific objective of this activity is to investigate the transmission of Salmonella across borders in Southeast Asia as well as strengthening the laboratories capacity for diagnosis of Salmonellosis and other food-borne diseases of concern.
Action plan 1: evaluating the regional validity of known molecular epidemiological methods such as high-throughput multiple-locus sequence typing (hiMLST), multiple-locus variable number of tandem repeat analysis (MLVA), pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), and antibiotic resistance typing.
Human clinical isolates (approximately 75 isolates) will be collected from various study units along East West Corridor over 6-month period. Cloacal swabs from poultry farms and hand swabs from farm animal caretakers along the Corridor (approximately 75 swabs from each) will be collected for Salmonella isolation. Obtained isolates (approximately 200-300) will be preliminary characterized by serotyping and standard disk method for antibiotic resistance pattern. Molecular methods namely MLVA, PFGE, hiMLSTamplicon sequencing, and antibiotic gene sequencing will be performed. Sequencing data will be analyzed using EDGE-Pro. PFGE and MLVA data analyses will be performed via Bionumerics (Applied Maths via Food Safety Laboratory, Cornell University).
Action plan 2: comparisons of isolates from patients, poultry, and animal caretakers over time periods. Patterns of genetic change over time and geographic distance will be examined with a focus on accumulation or loss of resistance genes.
The distribution of subtype results (PFGE, MLST and MLVA) among obtained isolates will be determined. The statistical significance of differences in subtype proportions for different sample sources will be evaluated using Fisher’s exact tests. The results will also show whether the serotypes frequently associated with human illness are equally prevalent among animals and animal caretakers from different geographic areas. Phylogenetic analyses (including maximum likelihood and neighbor joining phylogenies) will be performed using PAUP. The data will provide critical information on the distribution and possible transmission of (MDR) Salmonella serotypes.
This project is expected to achieve the following outputs and outcomes:

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

โครงการย่อยที่ 4: ส่งสายข้ามพรมแดนในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้วัตถุประสงค์เฉพาะของกิจกรรมนี้คือการ ตรวจสอบการส่งระดับข้ามพรมแดนในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้รวมทั้งเพิ่มกำลังการผลิตที่ห้องปฏิบัติการการวินิจฉัยของ Salmonellosis และโรคอื่น ๆ อาหารโดยเชื่อว่าความกังวลแผนการดำเนินการ 1: ประเมินตั้งแต่ภูมิภาครู้จักวิธีความโมเลกุลเช่นอัตราความเร็วสูงหลายโลกัสโพลลำดับพิมพ์ (hiMLST), โลกัสโพลหลายหมายเลขตัวแปรของตัวตามกันไปทำซ้ำวิเคราะห์ (MLVA), electrophoresis ฟิลด์สูงเจ (PFGE), และพิมพ์ต้านทานยาปฏิชีวนะ มนุษย์ทางคลินิกแยก (ประมาณ 75 แยก) จะรวบรวมจากหน่วยการศึกษาต่าง ๆ ตามแนวตะวันออกตะวันตกภายในระยะเวลา 6 เดือน Swabs หยอดทวารร่วมจากฟาร์มสัตว์ปีกและมือ swabs จากฟาร์มสัตว์ caretakers ตามทาง (ประมาณ 75 swabs จาก) จะถูกรวบรวมสำหรับแยกสาย (ประมาณ 200-300) แยกได้รับจะได้เบื้องต้นโดยวิธีดิสก์ serotyping และมาตรฐานสำหรับรูปแบบการต้านทานยาปฏิชีวนะ วิธีโมเลกุลได้แก่ MLVA, PFGE, hiMLSTamplicon ลำดับ ลำดับยีนยาปฏิชีวนะ และจะดำเนินการ ข้อมูลลำดับเบสจะวิเคราะห์ได้โดยใช้ขอบ Pro จะดำเนินการวิเคราะห์ข้อมูล PFGE และ MLVA ผ่าน Bionumerics (ใช้คณิตศาสตร์ผ่านห้องปฏิบัติการด้านความปลอดภัยอาหาร วิทยาลัยคอร์เนล) แผนดำเนินการ 2: การเปรียบเทียบแยก จากผู้ป่วย สัตว์ปีก สัตว์ caretakers ผ่านรอบระยะเวลา รูปแบบของการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมช่วงเวลาและระยะทางทางภูมิศาสตร์จะถูกตรวจสอบ โดยมุ่งเน้นสะสมหรือขาดทุนของยีนต้านทาน การกระจายของผลย่อย (PFGE, MLST และ MLVA) ระหว่างแยกที่ได้รับจะถูกกำหนด นัยสำคัญทางสถิติของความแตกต่างในสัดส่วนชนิดย่อยของแหล่งตัวอย่างที่แตกต่างกันจะถูกประเมินโดยใช้การทดสอบที่แน่นอนของ Fisher ผลลัพธ์จะแสดงว่า serotypes มักสัมพันธ์กับโรคมนุษย์จะเท่า ๆ กันแพร่หลายในหมู่สัตว์และสัตว์ caretakers จากพื้นที่ทางภูมิศาสตร์ที่แตกต่างกันด้วย วิเคราะห์ phylogenetic (รวมถึงความเป็นไปได้สูงสุดและใกล้เคียงเข้าร่วม phylogenies) จะทำได้โดยใช้ PAUP ข้อมูลจะให้ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับแจกจ่ายและได้ส่ง serotypes ซัล (MDR) โครงการนี้คาดว่าจะให้แสดงผลต่อไปนี้และผลที่ได้:

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โครงการย่อยที่ 4: ส่งของเชื้อ Salmonella
ข้ามพรมแดนในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้. โดยมีวัตถุประสงค์ที่เฉพาะเจาะจงของกิจกรรมนี้คือการตรวจสอบการส่งของเชื้อ Salmonella ข้ามพรมแดนในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้เช่นเดียวกับการเสริมสร้างขีดความสามารถในห้องปฏิบัติการสำหรับการวินิจฉัยโรค Salmonellosis และโรคที่เกิดจากอาหารอื่น ๆ
ของความกังวลการดำเนินการแผน 1: การประเมินความถูกต้องในระดับภูมิภาคของวิธีการทางระบาดวิทยาโมเลกุลรู้จักกันดีเช่นสูง throughput หลายสถานที่พิมพ์ลำดับ (hiMLST) หลายสถานที่จำนวนตัวแปรของการวิเคราะห์ควบคู่ซ้ำ (MLVA) ข่าวคราวสนามชีพจร (PFGE) และยาปฏิชีวนะ พิมพ์ต้านทาน.
ไอโซเลทคลินิกมนุษย์ (ประมาณ 75 สายพันธุ์) จะถูกเก็บรวบรวมจากหน่วยงานการศึกษาที่แตกต่างกันไปตามทางเดินตะวันออกตะวันตกในช่วงระยะเวลา 6 เดือน swabs cloacal จากฟาร์มสัตว์ปีกและ swabs มือจากฟาร์มดูแลสัตว์ตามทางเดิน (ประมาณ 75 swabs จากกัน) จะเก็บไว้สำหรับการแยกเชื้อ Salmonella สายพันธุ์ที่ได้รับ (ประมาณ 200-300) เบื้องต้นจะโดดเด่นด้วย serotyping และวิธีดิสก์มาตรฐานสำหรับรูปแบบความต้านทานยาปฏิชีวนะ วิธีการคือโมเลกุล MLVA, PFGE ลำดับ hiMLSTamplicon และลำดับยีนยาปฏิชีวนะที่จะดำเนินการ ข้อมูลลำดับจะได้รับการวิเคราะห์โดยใช้ EDGE-Pro PFGE MLVA และการวิเคราะห์ข้อมูลที่จะได้รับการดำเนินการผ่านทาง Bionumerics (ประยุกต์คณิตศาสตร์ผ่านทางห้องปฏิบัติการความปลอดภัยด้านอาหาร, Cornell University).
แผนปฏิบัติการที่ 2: เปรียบเทียบของเชื้อจากผู้ป่วย, สัตว์ปีก, และผู้ดูแลสัตว์ช่วงเวลา รูปแบบของการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมในช่วงเวลาและระยะทางภูมิศาสตร์จะถูกตรวจสอบที่มีความสำคัญต่อการสะสมหรือการสูญเสียของยีนต้านทาน.
การกระจายตัวของผลย่อย (PFGE, MLST และ MLVA) ในหมู่สายพันธุ์ที่ได้รับจะถูกกำหนด นัยสำคัญทางสถิติของความแตกต่างในสัดส่วนที่ย่อยสำหรับแหล่งที่มาที่แตกต่างกันตัวอย่างจะได้รับการประเมินโดยใช้การทดสอบที่แน่นอนของฟิชเชอร์ ผลจะแสดงไม่ว่าจะเป็นสายพันธุ์ที่พบบ่อยที่เกี่ยวข้องกับความเจ็บป่วยของมนุษย์เป็นที่แพร่หลายอย่างเท่าเทียมกันระหว่างสัตว์และดูแลสัตว์จากพื้นที่ทางภูมิศาสตร์ที่แตกต่างกัน การวิเคราะห์วิวัฒนาการ (รวมถึงความน่าจะเป็นสูงสุดและเพื่อนบ้านมาร่วมงานกับ phylogenies) จะดำเนินการโดยใช้ PAUP . ข้อมูลจะให้ข้อมูลที่สำคัญในการจัดจำหน่ายและการส่งผ่านเป็นไปได้ของ (MDR) สายพันธุ์เชื้อ Salmonella
โครงการนี้คาดว่าจะบรรลุผลดังต่อไปนี้และผล:

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โครงการย่อยที่ 4 : การส่งผ่านเชื้อ ข้ามพรมแดนในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้
วัตถุประสงค์เฉพาะของกิจกรรมนี้คือเพื่อศึกษาการถ่ายทอดเชื้อ Salmonella ข้ามพรมแดนในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ตลอดจนการเสริมสร้างศักยภาพห้องปฏิบัติการเพื่อวินิจฉัยการเกิดโรคซัลโมเนลโลซีสและอาหารอื่น ๆที่เกี่ยวข้อง แผนปฏิบัติการที่ 1 :
การประเมินความถูกต้องของวิธีอณูระบาดวิทยาระดับภูมิภาคเป็นที่รู้จัก เช่น ช่วยลำดับการพิมพ์หลายความเชื่อหลายความเชื่อ ( himlst ) ตัวแปรจำนวนการวิเคราะห์ซ้ำกันไป ( mlva ) , พัลฟิลด์ gel electrophoresis ( PFGE ) และความต้านทานยาปฏิชีวนะพิมพ์
คลินิกมนุษย์สายพันธุ์ ( ประมาณ 75 isolates จะถูกรวบรวมจากหน่วยต่างๆ ศึกษาแนวตะวันออกตะวันตก ทางเดินช่วง 6 เดือน . cloacal swabs จากฟาร์มสัตว์ปีกและมือจากจากฟาร์มสัตว์ผู้ดูแลตามทางเดิน ( ประมาณ 75 swabs จากแต่ละครั้ง ) จะถูกเก็บรวบรวมสำหรับการแยกเชื้อ Salmonella .ได้รับเชื้อ ( ประมาณ 200-300 ) จะเป็นลักษณะโดยการสำรวจเบื้องต้นและวิธีมาตรฐานสำหรับดิสก์รูปแบบความต้านทานยาปฏิชีวนะ วิธี คือ mlva sequencing himlstamplicon PFGE โมเลกุลและยีนของยาปฏิชีวนะจะถูกดำเนินการ ลำดับข้อมูลจะถูกวิเคราะห์โดยใช้ขอบ Proและวิเคราะห์ข้อมูล mlva PFGE จะดำเนินการผ่านทาง bionumerics ( คณิตศาสตร์ประยุกต์ทางห้องปฏิบัติการ , ตู้อาหารมหาวิทยาลัยคอร์เนลล์ )
แผนปฏิบัติการ 2 : การเปรียบเทียบที่แยกได้จากผู้ป่วยและผู้ดูแลสัตว์ , สัตว์ปีก , ช่วงเวลา . รูปแบบของการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมในช่วงเวลาและระยะห่างทางภูมิศาสตร์จะถูกตรวจสอบโดยมุ่งเน้นการสะสมหรือการสูญเสียของยีนต้านทาน
การกระจายของผลชนิดย่อย ( PFGE mlst , และได้รับ mlva ) ของเชื้อจะถูกกำหนด ความสำคัญของความแตกต่างในทางสถิติทั้งสัดส่วนสำหรับตัวอย่างแหล่งที่แตกต่างกันจะถูกประเมินโดยใช้ปลาแน่นอนทดสอบผลลัพธ์จะพบว่าภูมิบ่อย ที่เกี่ยวข้องกับการเจ็บป่วยของมนุษย์เป็นที่แพร่หลายกันในหมู่ผู้ดูแลสัตว์และสัตว์จากพื้นที่ทางภูมิศาสตร์ที่แตกต่างกัน วิเคราะห์ต่างๆ ( รวมถึงความเป็นไปได้สูงสุดและเพื่อนบ้านร่วม phylogenies ) จะดำเนินการโดยใช้ยาจก .ข้อมูลจะให้ข้อมูลสำคัญในการกระจาย และการส่งข้อมูลเป็นไปได้ของ ( 2547 ) Salmonella ฟิก
โครงการนี้คาดว่าจะบรรลุตามผลผลิตและผลลัพธ์ :