Performing genetic tests on cancer

Performing genetic tests on cancer tumors without comparing the results with patients' normal tissue could lead to inaccurate diagnoses and poor treatment decisions in nearly half of all patients under certain circumstances. This unexpected conclusion comes from a study of more than 800 people published in the April 15 Science Translational Medicine and underscores how complicated the genetic testing of tumors is becoming as well as how careful clinicians must be in interpreting the results. Currently, most genetic pathology tests are performed on tumor samples only and do not include comparisons with DNA taken from normal tissue.

In the early days of genetic testing of cancerous growths—less than a decade ago—physicians searched for just a handful of mutations that were virtually guaranteed to be important in tumor development. If the tumor contained one of these so-called hotspot mutations, such as a change in the 12th or 13th letter (codon) in the DNA of the K-Ras gene, you were pretty safe in basing any decisions about treatment on that result.

As the technology used for genetic testing improves (the latest approaches are collectively referred to as "next-generation sequencing") and the costs decline, however, more and more genetic alterations are being considered "actionable" because they occur in a potentially cancer-causing gene. But these mutations could also be misleading because they may reflect normal random variation. Under these circumstances, the genetic change does nothing to interfere with the usual activity of the gene and therefore does not lead to malignant growth. Such false positives could fool unsuspecting doctors and their patients into choosing certain chemotherapy drugs—with all their attendant side effects—that won't have an effect on the tumor.

>>> What's New in Cancer Research?

Researchers at Johns Hopkins University School of Medicine and the Personal Genome Diagnostics testing company looked at genetic test results from 815 patients who suffered from 15 different kinds of cancer—including colorectal, breast and pancreatic tumors. As a matter of longstanding routine, Hopkins clinicians ask for genetic results from both a patient's tumor as well as his or her normal tissue when performing next-generation sequencing. "When we analyzed our first cancer genomes about a decade ago, that's how those studies were done," says Victor Velculescu, a co-director of the Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center at Hopkins and a co-founder of Personal Genome Diagnostics. Although it was scientifically reasonable to conduct genetic tests only of tumor tissue when looking for hotspot mutations in those early days, Hopkins researchers ordered up genetic tests of normal tissue as well as a kind of double-check that they were on the right path. They continued the practice even as they started doing next-generation sequencing.

Most clinical genetic testing services, however, continued following the tumor-only procedures once they started adding next-generation sequencing to their repertoire. Velculescu suspected that following such a tumor-only process while expanding the number of genes that are tested was a mistake and decided to use the Hopkins data to see if his hunch was correct.

>>> Mutation Order in Tumor Genes Affects Cancer Outcome

Velculescu and colleagues looked for alterations in 111 genes that are widely believed to be potentially involved in the development of cancers from the 815 patients. They found more than 100,000 different changes in those 111 genes from the patients' tumors, with an average of just over 4.3 mutations in each person's cancer (some people had as many as 29 distinct mutations in their tumors). Then they looked at a subset of patients to see how often the changes in tumor genes occurred in the patients' normal tissue as well—an indication (although not proof positive) that the mutation was a normal variation and not a disease-causing one.

The result "was perhaps the greatest surprise of the study," Velculescu said in a telebriefing. "If you look at these genes that are likely to be important for therapy, these so-called actionable genes, you find out about a third of these variants were false positives." In other words, these particular mutations were found in both the malignant and the normal tissue, increasing the likelihood that they had nothing to do with what was driving the cancer growth in the first place; they were actually just "passenger" genes, if you will, along for the ride.

Because most cancer patients in the study had more than one such "false positive" mutation, nearly half of the group could have received incorrect information about their treatment options and future prospects had their doctors depended on genetic test results from the tumor samples only. (Because the Hopkins patients had genetic results from both tumor and healthy tissue they did not fall prey to such a problem.) "This sort of analysis and this comparison is very

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การทดสอบทางพันธุกรรมในเนื้องอกมะเร็งโดยไม่ต้องเปรียบเทียบผลกับเนื้อเยื่อปกติของผู้ป่วยอาจนำไปสู่การวินิจฉัยที่ไม่ถูกต้องและการตัดสินใจการรักษาที่ไม่ดีในเกือบครึ่งหนึ่งของผู้ป่วยทั้งหมดภายใต้สถานการณ์บางอย่าง ข้อสรุปที่ไม่คาดคิดนี้มาจากการศึกษามากกว่า 800 คนที่ตีพิมพ์ใน 15 เมษายนวิทยาศาสตร์การแพทย์ translational และขีดวิธีการที่ซับซ้อนการทดสอบทางพันธุกรรมของเนื้องอกจะกลายเป็นเช่นเดียวกับวิธีแพทย์จะต้องระมัดระวังในการแปลผล ปัจจุบันส่วนใหญ่การทดสอบพยาธิสภาพทางพันธุกรรมที่มีการดำเนินการกับตัวอย่างเนื้องอกเท่านั้นและไม่รวมถึงการเปรียบเทียบกับดีเอ็นเอที่นำมาจากเนื้อเยื่อปกติ

ในวันแรกของการทดสอบทางพันธุกรรมของมะเร็งเจริญเติบโตน้อยกว่าหนึ่งทศวรรษที่ผ่านมา-แพทย์ค้นหาเพียงหยิบของการกลายพันธุ์ที่ได้รับการรับประกันจวนจะมีความสำคัญในการพัฒนาเป็นเนื้องอก ถ้าเนื้องอกที่มีหนึ่งในเหล่านี้เรียกว่าการกลายพันธุ์ฮอตสปอตเช่นการเปลี่ยนแปลงในตัวอักษร 12 หรือ 13 (codon) ใน DNA ของยีน K-Ras คุณมีความปลอดภัยสวยใน basing การตัดสินใจใด ๆ เกี่ยวกับการรักษาผลว่า

เป็นเทคโนโลยีที่ใช้สำหรับการทดสอบทางพันธุกรรมช่วยเพิ่ม (วิธีการล่าสุดที่รวมเรียกว่า "รุ่นต่อไปลำดับ") และค่าใช้จ่ายที่ลดลงอย่างไรก็ตามการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมมากขึ้นและมากขึ้นจะได้รับการพิจารณา "ฟ้องร้อง" เพราะพวกเขาเกิดขึ้นในมะเร็งที่อาจเกิดขึ้น ก่อให้เกิดการถ่ายทอดทางพันธุกรรม แต่การกลายพันธุ์เหล่านี้ยังอาจจะทำให้เข้าใจผิดเพราะพวกเขาอาจจะสะท้อนให้เห็นถึงรูปแบบการสุ่มปกติ ภายใต้สถานการณ์เช่นนี้การเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมที่ไม่ทำอะไรเลยเข้าไปยุ่งเกี่ยวกับกิจกรรมตามปกติของยีนและดังนั้นจึงไม่นำไปสู่การเจริญเติบโตของมะเร็ง บวกเท็จดังกล่าวอาจหลอกแพทย์และผู้ป่วยที่ไว้วางใจของพวกเขาในการเลือกยาเสพติดกับการรักษาด้วยเคมีบำบัดบางอย่างของพวกเขาทั้งหมดผลกระทบที่ด้านผู้เข้าร่วมประชุมจะไม่ได้มีผลกระทบต่อการเกิดเนื้องอก

>>> มีอะไรใหม่ในการวิจัยโรคมะเร็ง?

นักวิจัยที่ Johns Hopkins University School of Medicine และส่วนบุคคลการวินิจฉัยของจีโนมทดสอบ บริษัท มองไปที่ผลการทดสอบทางพันธุกรรมจากผู้ป่วย 815 คนที่ได้รับความเดือดร้อนจาก 15 ชนิดที่แตกต่างกันของโรคมะเร็งลำไส้ใหญ่และทวารหนักรวมทั้งเต้านมและเนื้องอกในตับอ่อน เป็นเรื่องของชีวิตประจำยาวนานแพทย์ฮอปกินส์ขอผลทางพันธุกรรมจากเนื้องอกทั้งของผู้ป่วยเช่นเดียวกับเนื้อเยื่อของเขาหรือเธอปกติเมื่อดำเนินการลำดับรุ่นต่อไป "เมื่อเราวิเคราะห์จีโนมของโรคมะเร็งครั้งแรกของเราเกี่ยวกับทศวรรษที่ผ่านมาว่าเป็นวิธีการศึกษาที่ได้ทำ" วิกเตอร์ Velculescu ผู้ร่วมอำนวยการศูนย์มะเร็งซิดนีย์คิมเมลที่ครอบคลุมฮอปกินส์และผู้ร่วมก่อตั้งของจีโนมส่วนบุคคลกล่าวว่าการวินิจฉัย แม้ว่ามันจะเป็นทางวิทยาศาสตร์ที่เหมาะสมเพื่อดำเนินการทดสอบทางพันธุกรรมเฉพาะของเนื้อเยื่อเนื้องอกเมื่อมองหาการกลายพันธุ์ฮอตสปอตในวันแรกที่นักวิจัยฮอปกินส์ได้รับคำสั่งถึงการทดสอบทางพันธุกรรมของเนื้อเยื่อปกติเช่นเดียวกับชนิดของการตรวจสอบอีกครั้งว่าพวกเขาอยู่บนเส้นทางที่ถูกต้อง พวกเขายังคงปฏิบัติแม้ในขณะที่พวกเขาเริ่มทำลำดับรุ่นต่อไป

คลินิกบริการส่วนใหญ่การทดสอบทางพันธุกรรม แต่ยังคงทำตามขั้นตอนเนื้องอกเท่านั้นเมื่อพวกเขาเริ่มต้นการเพิ่มลำดับรุ่นต่อไปที่จะละครของพวกเขา Velculescu สงสัยว่าต่อไปนี้เช่นกระบวนการเนื้องอกเท่านั้นขณะที่การขยายจำนวนของยีนที่ได้รับการทดสอบเป็นความผิดพลาดและตัดสินใจที่จะใช้ข้อมูลที่ฮอปกินส์เพื่อดูว่าลางสังหรณ์ของเขาได้ถูกต้อง

>>> การกลายพันธุ์ในยีนสั่งซื้อเนื้องอกมะเร็งมีผลต่อผล

Velculescu และเพื่อนร่วมงานมองหาการเปลี่ยนแปลงใน 111 ยีนที่เชื่อกันอย่างกว้างขวางจะมีส่วนร่วมที่อาจเกิดขึ้นในการพัฒนาของการเกิดโรคมะเร็งจากผู้ป่วย 815 พวกเขาพบว่ามากกว่า 100,000 เปลี่ยนแปลงที่แตกต่างกันในบรรดา 111 ยีนจากเนื้องอกในผู้ป่วยที่มีค่าเฉลี่ยเพียง 4.3 การกลายพันธุ์ในมะเร็งของแต่ละคน (บางคนมีมากที่สุดเท่าที่ 29 กลายพันธุ์ที่แตกต่างกันในเนื้องอกของพวกเขา) แล้วพวกเขาก็มองไปที่กลุ่มย่อยของผู้ป่วยเพื่อดูว่ามักจะมีการเปลี่ยนแปลงในยีนเนื้องอกที่เกิดขึ้นในเนื้อเยื่อปกติของผู้ป่วยเป็นอย่างดีข้อบ่งชี้ (แม้ว่าจะไม่หลักฐานในเชิงบวก) ที่กลายพันธุ์เป็นรูปแบบปกติและไม่ก่อให้เกิดโรคหนึ่ง

ผลที่ตามมา "อาจจะเป็นที่น่าแปลกใจที่ยิ่งใหญ่ที่สุดของการศึกษา" Velculescu กล่าวใน telebriefing "ถ้าคุณมองไปที่ยีนเหล่านี้ที่มีแนวโน้มที่จะมีความสำคัญสำหรับการรักษาเหล่านี้เรียกว่ายีนดำเนินการที่คุณหาข้อมูลเกี่ยวกับหนึ่งในสามของสายพันธุ์เหล่านี้เป็นผลบวกปลอม." ในคำอื่น ๆ เหล่านี้โดยเฉพาะการกลายพันธุ์ที่พบในทั้งมะเร็งและเนื้อเยื่อปกติเพิ่มโอกาสที่พวกเขาไม่ได้มีอะไรจะทำอย่างไรกับสิ่งที่ได้รับการผลักดันการเจริญเติบโตของมะเร็งในสถานที่แรก; พวกเขาเป็นจริงเพียงแค่ "ผู้โดยสาร" ยีนถ้าคุณจะพร้อมสำหรับการนั่ง

เพราะผู้ป่วยโรคมะเร็งมากที่สุดในการศึกษามีมากกว่าหนึ่งเช่น "บวกปลอม" กลายพันธุ์เกือบครึ่งหนึ่งของกลุ่มที่จะได้รับข้อมูลที่ไม่ถูกต้องเกี่ยวกับการเลือกในการรักษาของพวกเขาและแนวโน้มในอนาคตได้แพทย์ของพวกเขาขึ้นอยู่กับผลการทดสอบทางพันธุกรรมจากตัวอย่างเนื้องอกเท่านั้น (เพราะผู้ป่วยฮอปกินส์ที่มีผลทางพันธุกรรมจากทั้งเนื้องอกและมีสุขภาพดีเนื้อเยื่อพวกเขาไม่ได้ตกเป็นเหยื่อของปัญหาดังกล่าว.) "การเรียงลำดับของการวิเคราะห์นี้และการเปรียบเทียบนี้เป็นอย่างมาก

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แสดงการทดสอบทางพันธุกรรมมะเร็งเนื้องอก โดยเปรียบเทียบผลลัพธ์กับผู้ป่วยเนื้อเยื่อปกติ อาจนำไปสู่การวินิจฉัยไม่ถูกต้อง และการตัดสินใจการรักษาที่ไม่ดีในเกือบครึ่งหนึ่งของผู้ป่วยภายใต้สถานการณ์บางอย่าง สรุปที่ไม่คาดคิดนี้มาจากการศึกษามากกว่า 800 คน ที่ตีพิมพ์ใน 15 เมษายนวิทยาศาสตร์ยาแปลส่วนที่ซับซ้อนโดยการทดสอบทางพันธุกรรมของมะเร็งเป็นเช่นเดียวกับวิธีการแพทย์ระวังจะต้องในการตีความผลลัพธ์ ขณะนี้การทดสอบทางพันธุกรรมมากที่สุดโรคจะแสดงในตัวอย่างเนื้องอกเท่านั้น และไม่รวมเปรียบเทียบกับดีเอ็นเอที่นำมาจากเนื้อเยื่อปกติในวันแรกของการทดสอบทางพันธุกรรมของมะเร็งเจริญน้อยกว่าทศวรรษที่ผ่านมาแพทย์ค้นหาเพียงหยิบของการกลายพันธุ์ที่จวนรับประกันเป็นสิ่งสำคัญในการพัฒนาเนื้องอก ถ้าเนื้องอกมีหนึ่งของเหล่านี้เรียกว่า hotspot การกลายพันธุ์ เช่น การเปลี่ยนแปลงในตัว 12 หรือ 13 ( codon ) ในดีเอ็นเอของยีนตามลำดับ คุณสวยปลอดภัยใน basing การตัดสินใจใด ๆเกี่ยวกับการรักษาผลที่เป็นเทคโนโลยีที่ใช้สำหรับการทดสอบทางพันธุกรรมเพิ่ม ( วิธีล่าสุดจะรวมเรียกว่า " ลำดับ " ( ) และต้นทุนที่ลดลง อย่างไรก็ตาม เพิ่มเติม และเพิ่มเติมการดัดแปลงทางพันธุกรรมจะถูกถือว่าเป็น " เรา " เพราะมันเกิดขึ้นในที่อาจก่อให้เกิดโรคมะเร็งยีน แต่การกลายพันธุ์เหล่านี้ยังอาจจะเข้าใจผิด เพราะพวกเขาอาจจะสะท้อนให้เห็นถึงการเปลี่ยนแปลงแบบสุ่มปกติ ภายใต้สถานการณ์เหล่านี้ , การเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมที่ไม่ต้องเข้าไปยุ่งกับกิจกรรมปกติของยีนและดังนั้นจึงไม่ได้นำไปสู่การเจริญเติบโตของมะเร็ง . บวกเท็จ หลอกลวง เช่น แพทย์และผู้ป่วยของพวกเขาในการเลือกยาเคมีบำบัดบางกับทั้งหมดของพวกเขา ผู้ดูแล ผลข้างเคียงที่ไม่มีผลกระทบต่อเนื้องอก> > > มีอะไรใหม่ในการวิจัยโรคมะเร็ง ?นักวิจัยของโรงเรียนแพทย์มหาวิทยาลัยจอนส์ฮอปกินส์และการวินิจฉัยจีโนมส่วนบุคคลบริษัททดสอบดูผลการทดสอบทางพันธุกรรมจาก 815 ผู้ป่วยที่ทุกข์ทรมานจาก 15 ชนิดที่แตกต่างกันของโรคมะเร็งรวมทั้งลำไส้ใหญ่ , เต้านมและมะเร็งตับอ่อน เป็นเรื่องของพวกเขาตามปกติ ฮอปกินส์ ( ขอผลจากพันธุกรรมของผู้ป่วยเนื้องอกรวมทั้งของเขาหรือเธอเนื้อเยื่อปกติ เมื่อแสดงลำดับการทำงาน . " เมื่อเราวิเคราะห์จีโนมมะเร็งครั้งแรกของเราเกี่ยวกับทศวรรษที่ผ่านมาที่ศึกษานั้น แล้วกล่าวว่า " วิคเตอร์ velculescu CO , ผู้อำนวยการของซิดนีย์ Kimmel ครอบคลุมศูนย์มะเร็งที่ฮอปกินส์และเป็นผู้ร่วมก่อตั้งของจีโนมส่วนบุคคล วิเคราะห์ข้อมูล ถึงแม้ว่ามันเป็นเพียงเหมาะสมเพื่อทดสอบทางพันธุกรรมในเนื้อเยื่อมะเร็งเมื่อมองหา hotspot การกลายพันธุ์ ในวันแรกนั้น Hopkins นักวิจัยสั่งขึ้นการทดสอบทางพันธุกรรมของเนื้อเยื่อปกติเช่นกันเป็นชนิดของการตรวจสอบว่าพวกเขาอยู่บนเส้นทางที่ถูกต้อง พวกเขายังปฏิบัติแม้ในขณะที่พวกเขาเริ่มทำลำดับรุ่นต่อไปการทดสอบทางพันธุกรรมมากที่สุดบริการ อย่างไรก็ตาม ยังคงติดตามเนื้องอกขั้นตอนเท่านั้นเมื่อพวกเขาเริ่มเพิ่มการจัดลำดับรุ่นต่อไปกับเพลงของพวกเขา velculescu สงสัยว่าต่อไปนี้เช่นเนื้องอกเพียงกระบวนการในขณะที่การขยายจำนวนของยีนที่ทดสอบถูกผิด และตัดสินใจที่จะใช้ข้อมูลเพื่อดูว่าลางสังหรณ์ของเขา ฮอปกินส์ ได้ถูกต้อง> > > การกลายพันธุ์ในยีนที่มีผลต่อมะเร็ง เนื้องอก เพื่อผลvelculescu และเพื่อนร่วมงานมองสำหรับการดัดแปลงใน 111 ยีนที่เชื่อกันอย่างกว้างขวางสามารถมีส่วนร่วมในการพัฒนาของมะเร็งจาก 815 คน พวกเขาพบว่ามากกว่า 100000 แตกต่างการเปลี่ยนแปลงเหล่านั้น 111 ยีนจากเนื้องอก ผู้ป่วยมีอายุเฉลี่ยเพียงกว่า 4.3 การกลายพันธุ์ในของแต่ละคน มะเร็ง ( บางคนมีการกลายพันธุ์ที่แตกต่างกันมากเท่าที่ 29 ในเนื้องอกของพวกเขา ) จากนั้นก็มองที่บางส่วนของผู้ป่วยเพื่อดูว่ามักจะเปลี่ยนแปลงในยีนของผู้ป่วยเนื้องอกที่เกิดขึ้นในเนื้อเยื่อปกติรวมทั้งข้อบ่งชี้ ( แม้ว่าจะไม่ได้พิสูจน์ ) ที่มีการกลายพันธุ์เป็นรูปแบบปกติ และไม่เป็นโรค สาเหตุหนึ่งผล " คืออาจจะประหลาดใจมากที่สุดของการศึกษา " velculescu กล่าวใน telebriefing ” ถ้าคุณดูที่ยีนเหล่านี้มีแนวโน้มที่จะสำคัญสำหรับการรักษาเหล่านี้เรียกว่า device ยีน คุณรู้เรื่องที่สามของสายพันธุ์เหล่านี้บวกเท็จ . " ในคำอื่น ๆที่พบในเรื่องเหล่านี้โดยเฉพาะ ทั้งมะเร็งและเซลล์ปกติ การเพิ่มโอกาสที่พวกเขาไม่เกี่ยวกับอะไร ทำให้การเจริญเติบโตของมะเร็งในสถานที่แรกที่พวกเขาเพิ่ง " ผู้โดยสาร " ยีน ถ้าคุณจะนั่งไปด้วยเนื่องจากผู้ป่วยมะเร็งส่วนใหญ่ในการศึกษามีมากกว่าหนึ่งเช่น " การกลายพันธุ์บวกเท็จ " เกือบครึ่งหนึ่งของกลุ่มอาจได้รับข้อมูลที่ไม่ถูกต้องเกี่ยวกับตัวเลือกการรักษาของพวกเขา และอนาคตมีแพทย์ของพวกเขาขึ้นอยู่กับผลการทดสอบทางพันธุกรรมจากก้อนตัวอย่างเท่านั้น ( เพราะ Hopkins ผู้ป่วยมีผลทางพันธุกรรมจากทั้งเนื้องอกและเนื้อเยื่อแข็งแรง พวกเขาไม่ตกเหยื่อเพื่อปัญหา ) " ประเภทของการวิเคราะห์และ compar นี้