For all subsequent β-diversity anal

For all subsequent β-diversity analyses, an OTU table without singletons was used to account for noise in the data (e.g., Reeder and Knight 2009). Differences among habitats within the fungal sub-community were examined with a non-metric multidimensional scaling (NMDS) ordination plot based on the Cao distance (Cao et al. 1997), which accounts for variable sampling intensity. Ellipses correspond to the standard deviation around the habitat group centroids. Stress values below 0.1 can be considered as a very good fit. We additionally tested for significance when separating habitats (excluding Reed) and POM type and using a PERMANOVA (1000 permutations) on the distance matrices. The robustness of the results were evaluated by comparing them with a presence/absence transformed OTU matrix using Jaccard distances, as well as with a classified taxonomy abundance table generated with SILVA NGS (see below) using Cao distance. Both additional analyses resulted in similar outcomes (Suppl. material 6).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สำหรับการวิเคราะห์ความหลากหลายตามมาβทั้งหมด มีตาราง OTU singletons ถูกใช้สำหรับเสียงในข้อมูล (เช่น Reeder และอัศวิน 2552) แตกต่างระหว่างแหล่งที่อยู่อาศัยภายในชุมชนย่อยเชื้อราถูกตรวจสอบ ด้วยการปลอดวัดหลายมิติมาตราส่วน (NMDS) พล็อตบวชตามเการะยะ (Cao et al. 1997), บัญชีใดสำหรับความเข้มของตัวแปรสุ่มตัวอย่าง จุดไข่ปลาตรงกับส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐานรอบ centroids ของกลุ่มที่อยู่อาศัย ความเครียดค่าต่ำกว่า 0.1 ถือได้ว่าเป็นแบบที่ดีมาก เรานอกจากนี้ทดสอบสำหรับความสำคัญเมื่อแยกแหล่งที่อยู่อาศัย (จำนวนกก และป้อมชนิดและการใช้เครื่อง PERMANOVA (1000 วิธีเรียงสับเปลี่ยน) บนเมทริกซ์ระยะ เสถียรภาพของผลถูกประเมิน โดยการเปรียบเทียบ กับเมทริกซ์ OTU มี/ไม่มีเปลี่ยนแปลงโดยใช้ระยะทาง Jaccard เช่น เดียว กับตารางความอุดมสมบูรณ์ระบบภาษีจัดสร้างกับ NGS SILVA (ดูด้านล่าง) โดยใช้ระยะทาง Cao วิเคราะห์เพิ่มเติมทั้งสองส่งผลให้ผลที่คล้าย (อุปทานวัสดุ 6)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สำหรับทุกที่ตามมาβ-หลากหลายวิเคราะห์ตาราง OTU โดยไม่ต้อง singletons ได้ถูกใช้ในการบัญชีสำหรับเสียงในข้อมูล (เช่นรีดเดอร์และอัศวิน 2009) ความแตกต่างระหว่างที่อยู่อาศัยภายในเชื้อราย่อยชุมชนมีการตรวจสอบด้วยไม่ใช่ตัวชี้วัดการปรับหลายมิติ (NMDS) พล็อตบวชขึ้นอยู่กับระยะทางเฉา (Cao et al. 1997) ซึ่งคิดเป็นสัดส่วนเข้มสุ่มตัวอย่างตัวแปร จุดสอดคล้องกับค่าเบี่ยงเบนมาตรฐานรอบ centroids กลุ่มที่อยู่อาศัย ค่าความเครียดด้านล่าง 0.1 ถือได้ว่าเป็นแบบที่ดีมาก เรายังผ่านการทดสอบการอย่างมีนัยสำคัญเมื่อแยกที่อยู่อาศัย (ไม่รวม Reed) และประเภท POM และการใช้ PERMANOVA (1000 พีชคณิต) ในการฝึกอบรมทางไกล ทนทานของผลที่ได้รับการประเมินโดยเปรียบเทียบกับเมทริกซ์มี / ไม่มีเปลี่ยน OTU ใช้ระยะทาง Jaccard เช่นเดียวกับตารางอนุกรมวิธานอุดมสมบูรณ์จัดสร้างขึ้นด้วย SILVA NGS (ดูด้านล่าง) โดยใช้ระยะทางเฉา ทั้งการวิเคราะห์เพิ่มเติมส่งผลให้ผลลัพธ์ที่คล้ายคลึงกัน (Suppl. วัสดุ 6)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สำหรับทุกคนที่ตามมาบีตา - ความหลากหลายของการวิเคราะห์การ otu โต๊ะโดยไม่ singletons ใช้บัญชีสำหรับเสียงในข้อมูล ( เช่น รีเดอร์ และอัศวิน 2009 ) ความแตกต่างระหว่างที่อยู่อาศัยภายในชุมชนย่อยทดสอบกับเชื้อราไม่เมตริก multidimensional scaling ( nmds ) พล็อตการอุปสมบทตามระยะทาง โจโฉ ( Cao et al . 1997 ) ซึ่งบัญชีสำหรับความเข้มของตัวแปรการวิจัย วงรีสอดคล้องกับส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐานรอบกลุ่มที่อยู่อาศัยจุดเซนทรอยด์ ความเครียดค่าต่ำกว่า 0.1 เป็นพอดีกับที่ดีมาก เรายังทดสอบความสำคัญเมื่อแยกที่อยู่อาศัย ( ยกเว้นรีด ) และประเภทของป้อมและใช้ permanova ( 1000 กฎการสลับที่ ) ระยะทางที่เมทริกซ์ เสถียรภาพของผลประเมินโดยการเปรียบเทียบกับการมี / ไม่มีเปลี่ยน otu เมทริกซ์โดยใช้ Jaccard ระยะทาง ตลอดจนการจัดอนุกรมวิธานความอุดมสมบูรณ์กับตารางที่สร้างขึ้นด้วย ซิลวาเทค ( ดูด้านล่าง ) ใช้กาว ระยะทาง วิเคราะห์ผลในผลที่คล้ายกันทั้งเพิ่มเติม ( suppl . วัสดุ 6 )