The present study is focused on the

The present study is focused on the development of a cultivation-independent molecular approach for specific detection of bioluminescent bacteria within microbial communities by direct amplification of luxA gene from environmental DNA

A new set of primers ,specifically targeting free-living bioluminescent bacteria , was designed on the base of luxA sequences available from the public database

Meso - and bathypelagic seawater samples were collected from two stations in TyrrhenianSea at the depths of 500 and 2750 m.

The same seawater samples also were used to isolate bioluminescent bacteria that were further subjected to luxA and 16S rRNA gene sequencing

PCR products obtained by amplification with designed primers were cloned , and the phylogenetic affiliation of 40 clones was determined.

All of them were clustered into three groups , only distantly related to the Photobacterium phosphoreum and Photobacterium kishitanii clades

The half of all clones formed a tight monophyletic clade , while the rest of clones were organized in ‘‘compartment’’
-specific , meso- and bathypelagic ecotypes

No matches with luxA gene sequences off our bioluminescent strains , isolated from the same seawater samples ,were observed

These findings indicate that the PCR-based approach developed in present manuscript , allowed us to detect the novel,‘‘yet to be cultivated’’ lineages of bioluminescent bacteria, which are likely specific for distinct warm bathypelagic realms of Mediterranean Sea

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การศึกษาจะมุ่งเน้นการพัฒนาวิธีการเพาะปลูกอิสระโมเลกุลสำหรับการตรวจหาแบคทีเรียเรืองในชุมชนจุลินทรีย์เฉพาะ โดยตรงขยายยีน luxA จากสิ่งแวดล้อมดีเอ็นเอชุดใหม่ของไพรเมอร์ แบคทีเรียเรือง free-living การกำหนดเป้าหมายโดยเฉพาะถูกออกแบบบนฐานของ luxA ลำดับจากฐานข้อมูลสาธารณะเมโส - และตัวอย่างน้ำทะเล bathypelagic ได้รวบรวมจากสองสถานีใน TyrrhenianSea ที่ระดับความลึก 500 และ 2750 เมตรตัวอย่างน้ำทะเลเดียวกันยังถูกนำมาใช้แยกแบคทีเรียเรืองที่เพิ่มเติมถูก luxA และ 16S rRNA ยีนลำดับผลิตภัณฑ์ PCR ได้ โดยขยายด้วยไพรเมอร์ที่ออกแบบมาถูกโคลน และกำหนดความเชื่อมโยงผลของโคลนที่ 40พวกเขาทั้งหมดมีคลัสเตอร์เป็นสามกลุ่ม เพียงสอดไม่ Photobacterium phosphoreum และ Photobacterium kishitanii cladesครึ่งของทั้งหมดโคลน clade monophyletic แน่น เกิดขึ้นในขณะที่ส่วนเหลือของโคลนที่จัดใน ''เก็บ ''-เฉพาะ เมโส - และ bathypelagic ecotypesไม่ตรงกับลำดับยีน luxA ปิดของเราสายพันธุ์เรือง แยกต่างหากจากตัวอย่างน้ำทะเลเดียวกัน ถูกตั้งข้อสังเกตค้นพบเหล่านี้บ่งชี้ว่า วิธี PCR พื้นฐานพัฒนาในฉบับปัจจุบัน ให้เราตรวจหานวนิยาย เชื้อชาติ ''ยังจะปลูก '' ของแบคทีเรียเรือง ซึ่งมีแนวโน้มที่เฉพาะสำหรับระดับอาณาจักร bathypelagic อุ่นของทะเลเมดิเตอร์เรเนียน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การศึกษาครั้งนี้มุ่งเน้นไปที่การพัฒนาของการเพาะปลูกอิสระวิธีโมเลกุลสำหรับการตรวจสอบที่เฉพาะเจาะจงของแบคทีเรียเรืองแสงภายในชุมชนจุลินทรีย์โดยใช้เครื่องขยายเสียงโดยตรงของ Luxa ยีนจากดีเอ็นเอสิ่งแวดล้อมชุดใหม่ของไพรเมอร์โดยเฉพาะการกำหนดเป้าหมายฟรีที่อาศัยอยู่แบคทีเรียเรืองแสงได้รับการออกแบบใน ฐานของ Luxa ลำดับใช้ได้จากฐานข้อมูลสาธารณะMeso -. และตัวอย่างน้ำทะเล bathypelagic ถูกเก็บรวบรวมจากสองสถานีใน TyrrhenianSea ที่ระดับความลึก 500 และ 2,750 เมตรตัวอย่างน้ำทะเลเดียวกันยังถูกนำมาใช้เพื่อแยกเชื้อแบคทีเรียเรืองแสงที่ถูกยัดเยียดต่อไป Luxa และ 16S rRNA ยีนลำดับผลิตภัณฑ์พีซีอาร์ที่ได้รับจากการขยายด้วยไพรเมอร์ได้รับการออกแบบถูกโคลนและความร่วมมือ phylogenetic 40 โคลนถูกกำหนด. พวกเขาทั้งหมดถูกคลัสเตอร์เป็นสามกลุ่มเท่านั้นที่ห่างไกลที่เกี่ยวข้องกับเรียม Photobacterium และ Photobacterium kishitanii clades ครึ่งของโคลนทั้งหมด รูปแบบที่มี clade ไฟย์เลติแน่นในขณะที่ส่วนที่เหลือของโคลนที่ถูกจัดอยู่ใน '' ช่อง '' -specific, meso- และ bathypelagic พันธุ์ไม่มีข้อมูลที่ตรงกันกับ Luxa ลำดับยีนเรืองแสงออกสายพันธุ์ของเราที่แยกได้จากตัวอย่างน้ำทะเลเดียวกันถูกตั้งข้อสังเกตการค้นพบเหล่านี้บ่งชี้ ว่าวิธี PCR-based การพัฒนาในปัจจุบันต้นฉบับให้เราสามารถตรวจสอบนวนิยาย '' ยังไม่ได้รับการปลูกฝัง '' lineages ของแบคทีเรียเรืองแสงซึ่งมีแนวโน้มที่เฉพาะเจาะจงสำหรับการที่แตกต่างกันอาณาจักร bathypelagic อบอุ่นของทะเลเมดิเตอร์เรเนียน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การศึกษาครั้งนี้มุ่งเน้นการพัฒนาวิธีการปลูกอิสระโมเลกุลเฉพาะการตรวจหาไบโอลูมิเนสเซนต์แบคทีเรียภายในชุมชนโดยจุลินทรีย์ขยายโดยตรงของยีนดีเอ็นเอ luxa จากสิ่งแวดล้อมชุดใหม่ของไพรเมอร์เจาะจงเป้าหมายแบคทีเรียอิสระไบโอลูมิเนสเซนต์ ถูกออกแบบบนฐานของลำดับ luxa ที่มีอยู่จากฐานข้อมูลสาธารณะเมโส - และตัวอย่างน้ำทะเล bathypelagic เก็บจากสถานีใน tyrrheniansea ที่ระดับความลึก 500 และ 750 เมตรตัวอย่างน้ำทะเลเดียวกันยังถูกใช้เพื่อแยกไบโอลูมิเนสเซนต์แบคทีเรียที่ถูกเพิ่มเติมภายใต้ luxa ลำดับเบส 16S rRNA ยีนและผลิตภัณฑ์ที่ได้จากการเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอด้วยไพรเมอร์ที่ออกแบบถูกโคลนและความสัมพันธ์ phylogenetic 40 โคลนถูกกำหนดไว้ทั้งหมดของพวกเขามีการจัดกลุ่มออกเป็น 3 กลุ่ม แต่ส่วนลึกที่เกี่ยวข้องกับ phosphoreum โฟโตแบคทีเรียม และ kishitanii clades โฟโตแบคทีเรียมครึ่งหนึ่งของทั้งหมดที่มีรูปแบบที่แน่น monophyletic clade , ในขณะที่ส่วนที่เหลือของโคลนถูกจัดใน "compartment " " "- โดยเฉพาะ - และ bathypelagic ชุดเมโสไม่ตรงกับ luxa ยีน ลำดับจากสายพันธุ์ไบโอลูมิเนสเซนต์ของเราที่แยกได้จากตัวอย่าง พบว่ามีน้ำทะเลเหมือนกันจากผลการวิจัยแสดงให้เห็นว่า วิธีการที่ใช้ในปัจจุบันโดยพัฒนาในต้นฉบับ ให้เราตรวจสอบ นวนิยาย ""yet เกิดจาก " " พันธุ์ของแบคทีเรียไบโอลูมิเนสเซนต์ ซึ่งมีแนวโน้มที่เฉพาะเจาะจงแตกต่างกันอบอุ่น bathypelagic อาณาจักรของทะเลเมดิเตอร์เรเนียน