The sequence similarity for tuf gen

The sequence similarity for tuf genes among type strains in
A. aceti and A. pasteurianus group was 83.8e98.0% and 86.3e98.4%,
respectively, which was significantly lower than that of 16S rRNA
gene. The topology of the tuf trees showed most members in A. aceti
and A. pasteurianus group could be clearly distinguished (Fig. 1),
except for Acetobacter lovaniensis and Acetobacter fabarum. At present,
several molecular targets such as heat shock protein 70
(HSP70), heat shock protein 60 (HSP60), RNA polymerase b-subunit
(rpoB), alcohol dehydrogenase gene (adhA) and 16Se23S rRNA
gene internal transcribed spacer have been exploited for classifying
AAB strains [16,17], and showed more discriminative than that of
16S rRNA gene. In the present study, we found that the phylogenetic
information in the tuf gene was comparable with that of other
targets for distinguishing the AAB. All tuf gene sequences in this
study were submitted to GenBank (accession number: KC505665e
KC505728). This accumulated sequence data could be used to
design species-specific PCR primers, which are useful for direct
identification of particular microbial species [18]. From multiple
alignments of the tuf sequence data of all Acetobacter species, the
nucleotide sequences with sufficient variation were identified and
used to design the species-specific primer pair (Table 1). The
genomic DNAs from each of the Acetobacter reference strains were
used as a template and then amplified with these specific primer
pairs, and the species-specific bands were only observed for A. aceti.
In addition, two isolates of A. aceti were recovered from vinegar
samples, which were identified based on the 16S rRNA gene and tuf
gene sequencing.
Annealing temperature may influence PCR specificity [19], and
lower annealing temperature and additional PCR amplification
cycles may lead to non-specific PCR products. In the present study,
we found that the most appropriate annealing temperature for the
specific primer pair designed was 67 C, with 25 cycles of PCR
amplification. The DNA fingerprint methods for differentiation of
the Acetobacter species and strains using PCR-RFLP, RAPD and AFLP

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เฉพาะลำดับสำหรับยีน tuf ระหว่างสายพันธุ์ชนิดในA. aceti และ A. กลุ่ม pasteurianus เป็น 83.8e98.0% และ 86.3e98.4%ตามลำดับ ที่ได้ต่ำกว่าที่ของ 16S rRNAยีน โครงสร้างของต้น tuf พบว่าสมาชิกส่วนใหญ่ใน A. acetiและกลุ่ม A. pasteurianus อาจจะแตกต่างอย่างชัดเจน (Fig. 1),ยกเว้น Acetobacter lovaniensis และ Acetobacter fabarum ในปัจจุบันโปรตีน 70 โช๊คหลายเป้าหมายโมเลกุลเช่นความร้อน(HSP70), ความร้อนช็อกโปรตีน 60 (HSP60), อาร์เอ็นเอพอลิเมอเรสบีย่อย(rpoB), แอลกอฮอล์ dehydrogenase ยีน (adhA) และ 16Se23S rRNAยีนภายในทับเป็นตัวเว้นวรรคจะได้ใช้ประโยชน์สำหรับการจัดประเภทAab โดยสายพันธุ์ [16,17], และแสดงให้เห็น discriminative มากขึ้นกว่าที่ยีน 16S rRNA ในการศึกษาปัจจุบัน เราพบว่าที่ phylogeneticข้อมูลในยีน tuf ถูกเปรียบเทียบกับที่อื่น ๆเป้าหมายสำหรับการแยกแยะ aab โดย ลำดับยีน tuf ทั้งหมดนี้ส่งมาที่ GenBank ศึกษา (ทะเบียนหมายเลข: KC505665eKC505728) สามารถใช้ข้อมูลนี้ลำดับที่สะสมออกแบบ species-specific PCR ไพรเมอร์ ซึ่งมีประโยชน์ในทางตรงการระบุชนิดจุลินทรีย์เฉพาะ [18] จากหลายจัดแนวของ tuf ลำดับข้อมูลทั้งหมด Acetobacter พันธุ์ การระบุลำดับของนิวคลีโอไทด์ มีการเปลี่ยนแปลงเพียงพอ และใช้ในการออกแบบพื้น species-specific คู่ (ตาราง 1) ที่genomic DNAs จากแต่ละสายพันธุ์อ้างอิง Acetobacter ได้ใช้เป็นแม่แบบ และจากนั้น ขยายกับพื้นเหล่านี้เฉพาะเฉพาะคู่ และวง species-specific ถูกสังเกตใน A. acetiนอกจากนี้ สองแยกของ A. aceti ได้กู้จากน้ำส้มสายชูตัวอย่าง การระบุยีน 16S rRNA และ tufลำดับยีนอุณหภูมิการอบเหนียวอาจมีอิทธิพลต่อ specificity PCR [19], และต่ำกว่าอุณหภูมิหลอมและ PCR ขยายเพิ่มเติมรอบอาจทำให้ผลิตภัณฑ์ไม่ใช่เฉพาะ PCR ในการศึกษาปัจจุบันเราพบว่าอุณหภูมิหลอมที่เหมาะสมที่สุดสำหรับการคู่รองพื้นเฉพาะที่ออกแบบมาเป็น 67 C กับ 25 รอบของ PCRขยาย วิธีการสร้างความแตกต่างของลายนิ้วมือดีเอ็นเอAcetobacter สปีชีส์และสายพันธุ์ที่ใช้ PCR-RFLP อาร์เอพีดี และ AFLP

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เหมือนลำดับยีน TUF ในหมู่สายพันธุ์ชนิดใน
A. Aceti และกลุ่ม A. pasteurianus เป็น 83.8e98.0% และ 86.3e98.4%
ตามลำดับซึ่งมีนัยสำคัญต่ำกว่าของ 16S rRNA
ยีน โครงสร้างของต้น TUF แสดงให้เห็นว่าสมาชิกส่วนใหญ่ในเอ Aceti
และกลุ่ม A. pasteurianus อาจจะแตกต่างอย่างเห็นได้ชัด (รูปที่. 1),
ยกเว้นสำหรับ lovaniensis Acetobacter และ Acetobacter fabarum ปัจจุบัน
เป้าหมายโมเลกุลหลายอย่างเช่นช็อกความร้อนโปรตีน 70
(HSP70) โปรตีนช็อกความร้อน 60 (HSP60), RNA polymerase B-subunit
(rpoB) เครื่องดื่มแอลกอฮอล์ยีน dehydrogenase (Adha) และ 16Se23S rRNA
ยีน spacer ถ่ายทอดภายในได้รับการใช้ประโยชน์เพื่อ การจำแนกประเภท
สายพันธุ์ AAB [16,17] และแสดงให้เห็นมากขึ้นจำแนกกว่าของ
16S rRNA ยีน ในการศึกษาปัจจุบันเราพบว่าสายวิวัฒนาการ
ข้อมูลในยีน TUF เมื่อเปรียบเทียบกับที่อื่น ๆ
เป้าหมายในการแยกความแตกต่าง AAB ทั้งหมดลำดับยีน TUF ใน
การศึกษาถูกส่งไป GenBank (จำนวนภาคยานุวัติ: KC505665e
KC505728) นี้ข้อมูลลำดับสะสมสามารถนำมาใช้ในการ
ออกแบบไพร PCR สายพันธุ์เฉพาะที่เป็นประโยชน์โดยตรง
บัตรประจำตัวของสายพันธุ์จุลินทรีย์โดยเฉพาะอย่างยิ่ง [18] จากหลาย
การจัดแนวของข้อมูลลำดับ TUF ของสายพันธุ์ Acetobacter ทุก
ลำดับเบสเพียงพอกับการเปลี่ยนแปลงที่ถูกระบุและ
ใช้ในการออกแบบคู่ไพรเมอร์สายพันธุ์ที่เฉพาะเจาะจง (ตารางที่ 1)
DNAs จีโนมจากแต่ละสายพันธุ์อ้างอิง Acetobacter ถูก
นำมาใช้เป็นแม่แบบและขยายแล้วด้วยไพรเมอร์เหล่านี้เฉพาะ
คู่และวงดนตรีสายพันธุ์เฉพาะที่ถูกเพียงข้อสังเกตสำหรับ Aceti A. .
นอกจากนี้ทั้งสองสายพันธุ์ของ Aceti A. หายจาก น้ำส้มสายชู
ตัวอย่างซึ่งถูกระบุขึ้นอยู่กับยีน 16S rRNA และ TUF
ลำดับยีน.
อุณหภูมิการหลอมอาจมีอิทธิพลต่อความจำเพาะ PCR [19] และ
อุณหภูมิที่ลดลงและการหลอมเพิ่มเติมขยาย PCR
รอบอาจนำไปสู่ไม่ใช่เฉพาะผลิตภัณฑ์พีซีอาร์ ในการศึกษาปัจจุบัน
เราพบว่าอุณหภูมิการอบที่เหมาะสมที่สุดสำหรับ
คู่ไพรเมอร์โดยเฉพาะการออกแบบมาเป็น 67 C มี 25 รอบของ PCR
ขยาย วิธีการสแกนลายนิ้วมือดีเอ็นเอสำหรับความแตกต่างของ
สายพันธุ์และสายพันธุ์ Acetobacter ใช้ PCR-RFLP, RAPD และ AFLP

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ลำดับยีนชนิดสายพันธุ์ของความเหมือนสำหรับหุ้นในกลุ่ม pasteurianus
. aceti และ A . เป็น 83.8e98.0 % และ 86.3e98.4
% ตามลำดับ ซึ่งลดลงกว่าที่ของ 16S rRNA
ยีน โครงสร้างของต้นไม้โดยมีสมาชิกมากที่สุดในเอใช้
และ A . กลุ่ม pasteurianus อาจจะแตกต่างอย่างชัดเจน ( รูปที่ 1 ) ,
ยกเว้น lovaniensis Acetobacter และ Acetobacter fabarum . ปัจจุบัน
เป้าหมายโมเลกุลต่าง ๆ เช่น ฮีตช็อกโปรตีน 70
( 70 ) , ฮีตช็อกโปรตีน 60 ( hsp60 ) อาร์เอ็นเอพอลิเมอเรส b-subunit
( rpob ) แอลกอฮอล์ดีไฮโดรจีเนสยีน ( adha ) และ 16se23s rRNA ยีนภายในและ spacer ได้

ใช้สำหรับการจำแนกสายพันธุ์อันเป็นแอ็ป [ ] , และมีค่ามากกว่าของ
16S rRNA ยีน ในการศึกษาครั้งนี้เราพบว่าชนิด
ข้อมูลในไฮยีน เทียบได้กับที่ของเป้าหมายอื่น
สำหรับแยก AAB . ทั้งหมดเป็นไฮยีน ลำดับในการศึกษา
ถูกส่งไปยังขนาด ( จำนวน : การเข้า kc505665e
kc505728 ) นี้สะสมลำดับข้อมูลสามารถใช้
ออกแบบเฉพาะ - ขยายพันธุ์ PCR ไพรเมอร์ ซึ่งเป็นประโยชน์ต่อประชาชนโดยตรง ชนิดของจุลินทรีย์โดยเฉพาะ
[ 18 ]
จากหลาย ๆการจัดแนวของบริษัทลำดับข้อมูลชนิด Acetobacter , ลำดับนิวคลีโอไทด์กับความเพียงพอ

ใช้ออกแบบและระบุคู่ไพรเมอร์เผ่าพันธุ์ - เฉพาะ ( ตารางที่ 1 )
จำเพาะจีโนมจาก Acetobacter อ้างอิงของแต่ละสายพันธุ์
ใช้เป็นแม่แบบแล้วของเหล่านี้เฉพาะรองพื้น
คู่และวงเฉพาะ - ขยายพันธุ์ได้เพียงว่า A .
ใช้ .นอกจากนี้ สองสายพันธุ์ของ ใช้ที่พบจากตัวอย่างน้ำส้ม
, ซึ่งมีการระบุตามเบส 16S rRNA ยีนและลำดับยีนโดย
.
อุณหภูมิการอบอ่อนที่อาจมีผลต่อความจำเพาะเชื้อ [ 19 ] ,
ลดอุณหภูมิการอบอ่อนและเพิ่มเทคนิคแบบ
รอบอาจนำไปสู่ผลิตภัณฑ์ PCR ที่ไม่เฉพาะเจาะจง . ในการศึกษา
เราพบว่า อุณหภูมิที่เหมาะสมที่สุดสำหรับการอบ
primer ที่ออกแบบมาเป็นเฉพาะคู่ 67 C 25 รอบของ PCR (
. ดีเอ็นเอลายนิ้วมือวิธีการแยก
Acetobacter ชนิดและสายพันธุ์ใช้ว่าเทคนิค RAPD และ AFLP
,