Pairwise genetic distances for COI

Pairwise genetic distances for COI and 16S were calculated in Geneious
(Biomatters Ltd). For 16S distances were calculated on the alignment
after trimming with Gblocks. The best-fitting model of evolution for
each gene was found using JModelTest 2.1.4 For all genes the GTRþI þGmodelwas
considered the best fit according to the Akaike Information Criterion,
but due to statistical concerns regarding the coestimation of the gamma and invariant-site parameters (discussed in the RAxML manual; theGTRþG model was chosen instead.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Pairwise คำนวณระยะทางพันธุกรรมสำหรับ COI และ 16S ใน Geneious(Biomatters Ltd) สำหรับ 16S มีคำนวณระยะทางในการจัดตำแหน่งหลังจากตัดแต่งด้วย Gblocks รุ่น fitting ที่ดีที่สุดของวิวัฒนาการสำหรับพบยีนแต่ละยีนทั้งหมด GTRþI þGmodelwas ใช้ JModelTest 2.1.4ถือว่าพอดีตามเกณฑ์ข้อมูล Akaikeแต่เนื่อง จากความกังวลทางสถิติเกี่ยวกับ coestimation พารามิเตอร์แกมมาและบล็อกเว็บไซต์ (กล่าวถึงในคู่มือ RAxML รุ่น theGTRþG ได้รับเลือกแทน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ระยะทางพันธุกรรม pairwise สำหรับ COI และ 16S ถูกคำนวณใน Geneious
(Biomatters จำกัด ) สำหรับระยะทาง 16S ถูกคำนวณในการจัดตำแหน่ง
หลังจากที่ตัดกับ Gblocks รุ่น Fi ระบบ best- ของวิวัฒนาการสำหรับ
แต่ละยีนพบการใช้ 2.1.4 JModelTest ยีนทั้งหมดGTRþIþGmodelwas
ถือว่า Fi T ที่ดีที่สุดตามที่ Akaike ข้อมูลบรรทัดฐาน
แต่เนื่องจากความกังวลเกี่ยวกับสถิติของ coestimation แกมมาและแปรเปลี่ยนสถานที่พารามิเตอร์ (ที่กล่าวไว้ในคู่มือ RAxML นั้นรุ่นtheGTRþGได้รับเลือกแทน