Clean kitsMartin Laurence, the foun

Clean kits

Martin Laurence, the founder of Montreal-based ShipShaw Labs, which develops bioinformatics tools, said that sequencing studies would greatly benefit from kits that are free of any microbial DNA. “That would simplify studies a lot,” said Laurence, who reported with colleagues earlier this year the presence of bacterial DNA in human genome sequencing reads.

In an e-mail to The Scientist, Qiagen spokesperson Przemek Jedrysik pointed out that the QIAamp DNA Stool Mini Kit, one of the four Walker tested, “was not designed to be DNA-free or to be used in low-biomass applications.” However, he added, Qiagen recognizes that certain analyses require cleaner reagents and the company has been developing products with ultra clean product (UCP) spin columns. “It has been confirmed by independent laboratories that the new UCP kits have a significantly lower background and thus meet requirements for high sensitivity analyses.”

It’s not just researchers and kit manufacturers with the responsibility of managing contamination issues, but peer reviewers as well, said Laurence. “Going forward, this article should make the peer-review process more strict for articles that find novel bugs and associate them with human disease.” In particular, that means ensuring studies include the appropriate controls. “Many, many studies have used these DNA extraction kits,” he said. “I’m very surprised that it took so long” for someone to report on the contamination.

S.J. Salter et al., “Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses,” BMC Biology, 12:87, 2014.

Tags

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ชุดทำความสะอาดมาร์ตินลอเรนซ์ มอนทรีออลโดย ShipShaw Labs ซึ่งพัฒนาเครื่องมือ bioinformatics ผู้ก่อตั้งกล่าวว่า การศึกษาลำดับจะได้ประโยชน์มากจากชุดที่ฟรีเอ็นจุลินทรีย์ใด ๆ "ที่จะทำการศึกษามาก กล่าวว่า ลอเรนซ์ ที่รายงานกับผู้ร่วมงานต้นปีนี้ของดีเอ็นเอจากแบคทีเรียในอ่านลำดับมมนุษย์ในอีเมล์ไปที่นักวิทยาศาสตร์ โฆษก Qiagen Przemek Jedrysik ชี้ออกที่ QIAamp ดีเอ็นเอเก้าอี้มินิชุด วอล์คเกอร์สี่หนึ่ง ทดสอบ "ไม่ได้ออกแบบให้ ฟรี ดีเอ็นเอ หรือจะใช้ในการใช้งานชีวมวลต่ำ" อย่างไรก็ตาม เขาเพิ่ม Qiagen รู้จักว่า วิเคราะห์บางอย่างต้องทำความสะอาด reagents และบริษัทได้พัฒนาผลิตภัณฑ์ที่ มีผลิตภัณฑ์ทำความสะอาดเป็นพิเศษ (UCP) คอลัมน์หมุน "ก็ได้รับการยืนยัน โดยห้องปฏิบัติการอิสระชุด UCP ใหม่มีพื้นต่ำ และตอบสนองความต้องการวิเคราะห์ความไวสูงจึง"ไม่ใช่เพียงนักวิจัยและผู้ผลิตชุดให้รับผิดชอบของการจัดการปัญหาการปนเปื้อน แต่เพื่อนทานด้วย ว่า ลอเรนซ์ "ก้าวไปข้างหน้า บทความนี้ควรทำให้กระบวนการเพื่อนทบทวนเข้มงวดมากสำหรับบทความที่ค้นหาข้อบกพร่องนวนิยาย และเชื่อมโยงกับโรคมนุษย์" โดยเฉพาะ ที่หมายถึง การศึกษาแน่ใจว่ามีการควบคุมที่เหมาะสม "การศึกษามากมาย จำนวนมากใช้ชุดสกัดดีเอ็นเอเหล่านี้ เขากล่าวว่า "ฉันแปลกใจมากว่า มันเอานาน" คนรายงานการปนเปื้อนAl. ร้อยเอ็ด Salter S.J. "รีเอเจนต์และห้องปฏิบัติการปนเปื้อนสามารถถึงส่งผลกระทบต่อ microbiome ตามลำดับวิเคราะห์ BMC ชีววิทยา 12:87, 2014แท็ก

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ทำความสะอาดชุด

มาร์ติน ลอว์เรนซ์ ผู้ก่อตั้งของมอนทรีออลตาม shipshaw Labs ซึ่งพัฒนาเครื่องมือรสน กล่าวว่า การศึกษาจะได้รับประโยชน์อย่างมากจากชุดที่ฟรีใด ๆของดีเอ็นเอ " ที่จะลดความซับซ้อนของการศึกษามาก " กล่าวว่า ลอเรนซ์ที่รายงานก่อนหน้านี้ในปีนี้กับเพื่อนร่วมงานที่มีดีเอ็นเอของแบคทีเรียในลำดับจีโนมมนุษย์

คนอ่านในอีเมล์ให้นักวิทยาศาสตร์ QIAGEN โฆษก przemek jedrysik รึเปล่าชี้ให้เห็นว่า qiaamp ดีเอ็นเออุจจาระขนาดเล็กชุด , หนึ่งในสี่ของวอล์คเกอร์ทดสอบ " ถูกออกแบบมาเพื่อให้ดีเอ็นเอฟรี หรือจะใช้ในงานจำนวนน้อย อย่างไรก็ตาม เขาเพิ่ม , เพิ่มการวิเคราะห์สารเคมีบางอย่างต้องรู้จักว่า สะอาด และ บริษัท พัฒนาผลิตภัณฑ์กับผลิตภัณฑ์ทำความสะอาดอัลตร้า ( ucp ) คอลัมน์หมุน" มันได้รับการยืนยันโดยห้องปฏิบัติการอิสระที่ ucp ชุดใหม่มีพื้นหลังที่ลดลงและดังนั้นจึงตอบสนองความต้องการในการวิเคราะห์ความไวสูง "

ไม่ใช่แค่ชุดนักวิจัยและผู้ผลิตที่มีความรับผิดชอบในการจัดการปัญหาการปนเปื้อน แต่เพื่อนทานด้วย พูด ลอเรนซ์ . " ต่อไปบทความนี้จะทำให้กระบวนการตรวจสอบที่เข้มงวดมากขึ้นสำหรับบทความที่พบข้อบกพร่องใหม่และเชื่อมโยงกับโรคในมนุษย์ " โดยเฉพาะหมายถึงมั่นใจการศึกษารวมถึงการควบคุมที่เหมาะสม " หลาย การศึกษาหลายได้ใช้ชุดสกัดดีเอ็นเอเหล่านี้ " เขากล่าว " ฉันประหลาดใจมากที่ใช้เวลานาน " มีรายงานการปนเปื้อน

ตูเกลือ et al . ," สารเคมีที่ปนเปื้อนและห้องปฏิบัติการสามารถวิพากษ์ผลกระทบจากการวิเคราะห์ลำดับไมโครไบโ " BMC ชีววิทยา 12:87 2014

,