GoldScore fitness function is the o

GoldScore fitness function is the original GOLD scoring function and it is selected by default. It is made up of four components: protein-ligand hydrogen bond energy and van der Waals energy, ligand internal van der Waals energy and ligand torsional strain energy. Optionally fifth component ligand intra-molecular hydrogen bond energy may be added. Empirical parameters used in fitness function such as hydrogen bond energies, atom radii and polarizations, hydrogen bond directionalities etc. are taken from a parameter file.

Goldscore function uses bond strengths in the fitness function, which is of form
,
where Shb_ext is the protein-ligand hydrogen bonding score, and Shb_int the internal hydrogen bonding of the ligand. Usually, the best result is obtained by letting the internal hydrogen bonding tend to zero. Svdw_ext and Svdw_int are the scores arising from weak Van der Waals forces.

Goldscore has a mechanism for placing the ligand in the binding site, which is based on fitting points. The program adds hydrogen-bonding fitting points to the protein and ligand. Then it maps acceptor points on the ligand on donor points in the protein and vice versa. Additionally, it generates hydrophobic fitting points in the protein cavity onto which ligand CH groups are mapped. The fitness function in GoldScore is optimized for the prediction of binding positions rather than binding affinities.

The actual search algorithm is a genetic algorithm optimizing several parameters of which one is the fitting point score described above. Other parameters are dihedrals of ligand rotable bonds, ligand ring geometries, and dihedrals of protein OH and NH3+ groups. It is obvious, that all the variables arise from the multiplicity of possible conformations the molecules can be stretched into.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

GoldScore ฟิตฟังก์ชันเป็นฟังก์ชันให้คะแนนทองเดิม และถูกเลือก โดยค่าเริ่มต้น มันขึ้นเป็นสี่ส่วนประกอบ: โปรตีนลิแกนด์พันธะไฮโดรเจนพลังงาน และพลังงาน van der Waals, van der Waals ลิแกนด์ภายในพลังงาน และพลังงานต้องใช้ torsional ลิแกนด์ สามารถเพิ่มอีกห้าส่วนลิแกนด์พันธะไฮโดรเจนภายในโมเลกุลพลังงาน รวมพารามิเตอร์ที่ใช้ในฟังก์ชันการออกกำลังกายเช่นพันธะไฮโดรเจนพลังงาน รัศมีอะตอม และ polarizations, directionalities พันธะไฮโดรเจนฯลฯ นำมาจากไฟล์พารามิเตอร์ฟังก์ชัน Goldscore ใช้จุดแข็งของพันธะในฟังก์ชันฟิต ซึ่งเป็นแบบฟอร์ม ,ที่ Shb_ext เป็นลิแกนด์โปรตีนไฮโดรเจนยึดคะแนน และ Shb_int งานไฮโดรเจนภายในของลิแกนด์ มักจะ ว่าจะได้รับ โดยให้ยึดไฮโดรเจนภายในมักจะเป็นศูนย์ Svdw_ext และ Svdw_int ได้คะแนนที่เกิดจากการอ่อนแอ Van der Waals กองGoldscore มีกลไกในการวางลิแกนด์ในไซต์รวม ซึ่งขึ้นอยู่กับจุดที่เหมาะสม โปรแกรมเพิ่มไฮโดรเจนยึดกระชับจุดโปรตีนและลิแกนด์ แล้ว ก็แผนที่จุด acceptor ในลิแกนด์คะแนนผู้บริจาค ในโปรตีน และในทางกลับกัน นอกจากนี้ มันสร้างจุดเหมาะสม hydrophobic ในช่องโปรตีนกลุ่มถูกแมปไปที่ลิแกนด์ CH การทำงานออกกำลังกายใน GoldScore สุดสำหรับทำนายของผูกตำแหน่ง มากกว่าที่ผูก affinitiesอัลกอริทึมค้นหาแท้จริงอยู่ที่พันธุกรรมอัลกอริทึมในการปรับพารามิเตอร์หลายอย่างที่หนึ่งคือกระชับจุดคะแนนข้าง พารามิเตอร์อื่น ๆ มี dihedrals ของลิแกนด์ rotable พันธบัตร ลิแกนด์วงแหวนรูปทรง เรขาคณิต และ dihedrals ของโปรตีน OH และ NH3 + กลุ่ม ชัดเจน ตัวแปรทั้งหมดที่เกิดขึ้นจากมากมายหลายหลากของ conformations ได้ที่โมเลกุลสามารถยืดออกไปได้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ฟังก์ชั่นการออกกำลังกาย GoldScore เป็นฟังก์ชั่นการให้คะแนน GOLD เดิมและมันจะถูกเลือกโดยค่าเริ่มต้น มันถูกสร้างขึ้นจากสี่องค์ประกอบโปรตีนแกนด์พลังงานพันธะไฮโดรเจนและแวนเดอร์วาลส์พลังงานรถตู้ภายในแกนด์เดอร์วาลส์พลังงานและพลังงานความเครียดแกนด์บิด แกนด์องค์ประกอบที่ห้าเลือกภายในโมเลกุลพลังงานพันธะไฮโดรเจนอาจจะเพิ่ม พารามิเตอร์เชิงประจักษ์ที่ใช้ในการทำงานการออกกำลังกายเช่นพันธะไฮโดรเจนรัศมีอะตอมและ polarizations, พันธะไฮโดรเจน directionalities ฯลฯ ที่นำมาจากแฟ้มพารามิเตอร์. ฟังก์ชั่น Goldscore ใช้จุดแข็งของพันธบัตรในฟังก์ชั่นการออกกำลังกายซึ่งเป็นรูปแบบ, ที่ Shb_ext เป็นโปรตีน แกนด์คะแนนพันธะไฮโดรเจนและ Shb_int พันธะไฮโดรเจนภายในของแกนด์ โดยปกติแล้วผลที่ดีที่สุดจะได้รับโดยการให้พันธะไฮโดรเจนภายในมีแนวโน้มที่จะเป็นศูนย์ Svdw_ext และ Svdw_int เป็นคะแนนที่เกิดขึ้นจากกองกำลังของ Van der Waals อ่อนแอ. Goldscore มีกลไกสำหรับการวางแกนด์ในเว็บไซต์ที่มีผลผูกพันซึ่งจะขึ้นอยู่ในจุดที่เหมาะสม โปรแกรมเพิ่มจุดที่เหมาะสมพันธะไฮโดรเจนกับโปรตีนและลิแกนด์ จากนั้นก็จะยอมรับแผนที่จุดบนแกนด์ในจุดบริจาคในโปรตีนและในทางกลับกัน นอกจากนี้จะสร้างจุดที่เหมาะสมไม่ชอบน้ำในโพรงโปรตีนบนซึ่งแกนด์กลุ่ม CH ถูกแมป ฟังก์ชั่นการออกกำลังกายใน GoldScore เหมาะสำหรับการคาดการณ์ของตำแหน่งผูกพันมากกว่าผูกพันชอบพอ. วิธีการค้นหาที่เกิดขึ้นจริงเป็นขั้นตอนวิธีการเพิ่มประสิทธิภาพทางพันธุกรรมหลายพารามิเตอร์ที่หนึ่งเป็นคะแนนจุดที่เหมาะสมที่อธิบายข้างต้น พารามิเตอร์อื่น ๆ ที่มี dihedrals แกนด์พันธบัตร rotable รูปทรงแหวนแกนด์และ dihedrals ของโปรตีน OH และ NH3 + กลุ่ม จะเห็นได้ชัดว่าตัวแปรทั้งหมดเกิดขึ้นจากหลายหลากของ conformations โมเลกุลที่เป็นไปได้สามารถยืดออกเป็น

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ฟังก์ชันฟิตเนส goldscore คือต้นฉบับทองคะแนนฟังก์ชันและมันถูกเลือกโดยค่าเริ่มต้น มันถูกสร้างขึ้นจากสี่ส่วนประกอบ : โปรตีนลิแกนด์พันธะพลังงานไฮโดรเจนและพลังงานภายในระบบแวนเดอวาลส์ , แวนเดอวาลส์พลังงาน และระบบพลังงานความเครียดการบิด . 5 ) เลือกองค์ประกอบภายในโมเลกุล พันธะไฮโดรเจน พลังงาน อาจจะเพิ่มตัวแปรที่ใช้ในฟิตเนส ฟังก์ชั่น เช่น พันธะไฮโดรเจน รัศมี อะตอมและพลังงาน polarizations ไฮโดรเจนบอนด์ directionalities ฯลฯ ถ่ายจากแฟ้มพารามิเตอร์

goldscore ฟังก์ชันใช้จุดแข็งสายสัมพันธ์ในฟังก์ชันฟิตเนส ซึ่งเป็นรูปแบบ

ที่ shb_ext เป็นโปรตีนลิแกนด์พันธะไฮโดรเจนคะแนน และ shb_int พันธะไฮโดรเจนของภายใน ลิแกนด์ . โดยปกติผลที่ดีที่สุดได้ให้พันธะไฮโดรเจนภายในมีแนวโน้มที่จะเป็นศูนย์ และ svdw_ext svdw_int เป็นคะแนนที่เกิดจากจุดอ่อนแรงแวนเดอร์วาลส์

goldscore มีกลไกสำหรับการวางระบบในการเชื่อมโยงไซต์ ซึ่งตามจุดที่เหมาะสม โปรแกรมเพิ่มจุดเชื่อมกับโปรตีนและระบบไฮโดรเจนแล้วแผนที่มันจุดพระนาสิกบนลิแกนด์ในจุดของผู้บริจาคในโปรตีน และในทางกลับกัน นอกจากนี้ จะสร้างจุดที่เหมาะสม ) ในโพรงบนโปรตีนซึ่งลิแกนด์ Ch กลุ่มแมป . ฟิตเนสในการทำงาน goldscore เหมาะสำหรับการทำนายตำแหน่งผูกพัน มากกว่าผูกพัน affinities .

ขั้นตอนวิธีการค้นหาที่เกิดขึ้นจริงเป็นขั้นตอนการปรับพารามิเตอร์ต่างๆซึ่งเป็นจุดที่เหมาะสม คะแนนที่อธิบายข้างต้น พารามิเตอร์อื่น ๆ dihedrals ของลิแกนด์ rotable พันธบัตร , รูปแบบแหวนลิแกนด์และ dihedrals โปรตีนโอและกลุ่ม nh3 . จะเห็นได้ว่าตัวแปรทั้งหมดเกิดขึ้นจากความหลากหลายของโครงสร้างที่เป็นไปได้โมเลกุลสามารถยืดใน