A phylogenetic and metagenomic stud

A phylogenetic and metagenomic study of elephant feces samples (derived from a three-weeks-old and a six-years-old
Asian elephant) was conducted in order to describe the microbiota inhabiting this large land-living animal. The microbial
diversity was examined via 16S rRNA gene analysis. We generated more than 44,000 GS-FLX+454 reads for each animal. For the baby elephant, 380 operational taxonomic units (OTUs) were identified at 97% sequence identity level; in the six-years old animal, close to 3,000 OTUs were identified, suggesting high microbial diversity in the older animal. In both animals most OTUs belonged to Bacteroidetes and Firmicutes. Additionally, for the baby elephant a high number of Proteobacteria was detected. A metagenomic sequencing approach using Illumina technology resulted in the generation of 1.1 Gbp assembled DNA in contigs with a maximum size of 0.6 Mbp. A KEGG pathway analysis suggested high metabolic diversity
regarding the use of polymers and aromatic and non-aromatic compounds. In line with the high phylogenetic diversity, a
surprising and not previously described biodiversity of glycoside hydrolase (GH) genes was found. Enzymes of 84 GH
families were detected. Polysaccharide utilization loci (PULs), which are found in Bacteroidetes, were highly abundant in the
dataset; some of these comprised cellulase genes. Furthermore the highest coverage for GH5 and GH9 family enzymes was
detected for Bacteroidetes, suggesting that bacteria of this phylum are mainly responsible for the degradation of cellulose
in the Asian elephant. Altogether, this study delivers insight into the biomass conversion by one of the largest plant-fed and
land-living animals.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การศึกษา phylogenetic และ metagenomic ช้างอุจจาระตัวอย่าง (มาจากสามสัปดาห์เก่าและการหกปีช้างเอเชีย) ดำเนินเพื่ออธิบายจุลินทรีย์ที่อาศัยอยู่นี้สัตว์อาศัยอยู่แผ่นดินใหญ่ การจุลินทรีย์ความหลากหลายถูกตรวจสอบผ่านทาง 16S rRNA ยีนวิเคราะห์ เราสร้างมากกว่า 44,000 GS-FLX + 454 อ่านสำหรับสัตว์แต่ละ สำหรับลูกช้าง หน่วยอนุกรมวิธานงาน 380 (OTUs) ระบุระดับ 97% ลำดับรหัสประจำตัว ในสัตว์ปีเก่า ใกล้ 3,000 OTUs ระบุ สูงจุลินทรีย์หลากหลายในสัตว์เก่าแนะนำ ในสัตว์ทั้ง ใหญ่ OTUs เป็น Bacteroidetes และ Firmicutes นอกจากนี้ สำหรับลูกช้าง จำนวนสูง Proteobacteria ตรวจพบ วิธีการจัดลำดับ metagenomic ใช้เทคโนโลยีส่งผลให้รุ่น 1.1 Gbp Illumina ประกอบดีเอ็นเอใน contigs ด้วยขนาดสูงสุดของ 0.6 Mbp การวิเคราะห์เส้นทาง KEGG แนะนำหลากหลายเผาผลาญอาหารสูงเกี่ยวกับการใช้โพลิเมอร์และสารหอม และไม่หอม สอดคล้องกับความหลากหลาย phylogenetic สูง การพบความหลากหลายทางชีวภาพที่น่าแปลกใจ และไม่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ของยีน glycoside hydrolase (GH) เอนไซม์ของ 84 GHตรวจพบครอบครัว Polysaccharide ใช้ loci (PULs), ซึ่งพบใน Bacteroidetes สูงมากในการชุดข้อมูล บางส่วนของเหล่านี้ประกอบด้วยยีนส์ cellulase นอกจากนี้ยัง มีความคุ้มครองสูงสุดสำหรับเอนไซม์ครอบครัว GH5 และ GH9พบสำหรับ Bacteroidetes แนะนำที่ แบคทีเรียของไฟลัมนี้รับผิดชอบส่วนใหญ่ของการย่อยสลายเซลลูโลสในช้างเอเชีย ทั้งหมด การศึกษานี้ให้เข้าใจการแปลงชีวมวลโดยที่โรงงานอาหาร และที่ดินชีวิตสัตว์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การศึกษาวิวัฒนาการและ Metagenomic ตัวอย่างอุจจาระช้าง (มาจากสามสัปดาห์เก่าและหกปีเก่า
ช้างเอเชีย) ได้ดำเนินการในการสั่งซื้อเพื่ออธิบาย microbiota ที่อาศัยอยู่ในนี้สัตว์บกที่อยู่อาศัยขนาดใหญ่ จุลินทรีย์
หลากหลายถูกตรวจสอบที่ผ่านการวิเคราะห์ยีน 16S rRNA เราสร้างมากกว่า 44,000 GS-FLX + 454 อ่านสำหรับสัตว์แต่ละ สำหรับลูกช้าง 380 หน่วยอนุกรมวิธานการดำเนินงาน (Otus) ที่ถูกระบุในระดับลำดับบัตร 97%; ในสัตว์อายุหกปีใกล้กับ 3,000 Otus ถูกระบุชี้ให้เห็นความหลากหลายของจุลินทรีย์สูงในสัตว์ที่มีอายุมากกว่า ในสัตว์ทั้งสองมากที่สุด Otus เป็น Bacteroidetes และ Firmicutes นอกจากนี้สำหรับลูกช้างจำนวนมาก Proteobacteria ถูกตรวจพบ วิธีการจัดลำดับ Metagenomic ใช้เทคโนโลยี Illumina ผลในรุ่น 1.1 GBP ประกอบดีเอ็นเอใน contigs ที่มีขนาดสูงสุด 0.6 Mbp การวิเคราะห์ทางเดิน KEGG ปัญหาความหลากหลายของการเผาผลาญสูง
เกี่ยวกับการใช้โพลิเมอร์และสารประกอบอะโรมาติกและไม่หอม ในบรรทัดที่มีความหลากหลายทางสายวิวัฒนาการสูง
ที่น่าแปลกใจและไม่ก่อนหน้านี้อธิบายความหลากหลายทางชีวภาพของ glycoside hydrolase (GH) ยีนก็พบว่า เอนไซม์ 84 GH
ครอบครัวถูกตรวจพบ การใช้ Polysaccharide ตำแหน่ง (Puls) ซึ่งจะพบใน Bacteroidetes พบชุกชุมสูงใน
ชุดข้อมูลที่; บางส่วนของเหล่ายีนเซลลูเลสประกอบด้วย นอกจากนี้ความคุ้มครองสูงสุด GH5 และ GH9 เอนไซม์ครอบครัวได้รับการ
ตรวจพบ Bacteroidetes บอกว่าเชื้อแบคทีเรียของประเภทนี้ส่วนใหญ่จะเป็นผู้รับผิดชอบในการย่อยสลายของเซลลูโลส
ในช้างเอเชีย พรึบการศึกษานี้ให้ข้อมูลเชิงลึกในการแปลงพลังงานชีวมวลโดยหนึ่งที่ใหญ่ที่สุดของพืชอาหารและ
ที่ดินที่อยู่อาศัยสัตว์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เป็นวิวัฒนาการและการศึกษาเมตาจีโนมิคของขี้ช้างตัวอย่าง ( ได้มาจากสามสัปดาห์ และ 6 ปีช้าง ) มีวัตถุประสงค์เพื่ออธิบายไมโครไบโ ้าอาศัยอยู่ในแผ่นดินนี้ ห้องนั่งเล่นขนาดใหญ่สัตว์ จุลินทรีย์ความหลากหลายคือตรวจสอบผ่านการวิเคราะห์ยีน 16S rRNA . เราสร้างมากกว่า 44 , 000 gs-flx + 454 คนอ่านแต่ละสัตว์ สำหรับช้างเด็ก หน่วยอนุกรมวิธาน 380 ปฏิบัติการ ( ใน ) ที่ถูกระบุว่าอยู่ที่ 97 ลำดับฐานะระดับ ใน 6 ปี สัตว์ใกล้ 3000 ในระบุว่า ความหลากหลายของจุลินทรีย์สูงในแก่สัตว์ ทั้งในสัตว์และในที่สุดเป็นของ bacteroidetes Firmicutes . นอกจากนี้ สำหรับช้างจำนวนสูงของโพรทีโอแบคทีเรียที่ตรวจพบ . เป็นวิธีการที่ใช้เทคโนโลยี Illumina ลำดับเมตาจีโนมิค ( รุ่น 1.1 GBP ประกอบดีเอ็นเอสูงที่มีขนาดสูงสุด 0.6 stop . มีการวิเคราะห์ชี้ให้เห็นความหลากหลายการเผาผลาญอาหารสูง KEGG เป็นต้น .เกี่ยวกับการใช้พอลิเมอร์และสารหอมและไม่หอม ในบรรทัดที่มีความหลากหลายสูงไม่น่าแปลกใจที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้และความหลากหลายทางชีวภาพของไกลโคไซด์ไฮโดรเลส ( GH ) ยีนที่ถูกพบ เอนไซม์ของ 84 GHครอบครัวถูกตรวจพบ การใช้ประโยชน์ของโพลีแซคคาไรด์ ( พลัส ) ซึ่งพบใน bacteroidetes มีชุกชุมใน ,ข้อมูล บางส่วนของเหล่านี้ประกอบด้วย cellulase ยีน นอกจากนี้ ความคุ้มครองสูงสุดสำหรับ gh5 และเอนไซม์ gh9 คือครอบครัวตรวจพบแบคทีเรีย bacteroidetes บอกว่าไฟลั่มนี้เป็นส่วนใหญ่รับผิดชอบสำหรับการย่อยสลายเซลลูโลสในช้างเอเซีย ทั้งหมด การศึกษานี้ให้ข้อมูลเชิงลึกในการแปลงชีวมวลโดยหนึ่งที่ใหญ่ที่สุดของพืชอาหารและที่ดิน สัตว์มีชีวิต