genome equivalents (G) (Cooper and

genome equivalents (G) (Cooper and Helmstetter, 1968). This
calculation is shown in red in Figure 7 for three select times
in the division cycle (0, 10, and 15 min). Again based on the
idea that the replication rate is constant during C, this calculation
is most easily visualized by recording the extent of chromosomal
replication based on time rather than distance, and
then dividing the sum of the times by C (40 min in this case)
as shown. The average chromosomal DNA content in an exponentially
growing culture can be determined with the equation:
G = τ/Cln2
h
2
(C+D)/τ − 2
D/τ i
, where τ equals doubling time.
The preceding shows an example of a simple method to sketch
the division cycle of cells growing at any rate. Slower growing
cells are easier to draw due to less overlap of I + C + D
sequences, and more rapidly growing cells are more complex due
to increased overlap but are still easy to do if you follow the rule
of just drawing the I + C + D sequences without overthinking
the issue. Simply change the values for I, C, and D, and follow the
instructions in the preceding paragraphs. Should a difficulty be
encountered, additional examples of this procedure can be found
in Helmstetter (1996). It can be entertaining to consider cells with
odd values for I, C, and D and then determine how they must
behave.
A few additional points need to be made. The idea of overlapping
I + C + D sequences for duplication appears to apply
to many bacteria that divide by binary fission, but the durations
of each step can vary considerably with temperature and
culture conditions (e.g., Helmstetter et al., 1992, and references
therein). For many E. coli strains, the values for C and D are
roughly 40 and 20 min growing with doubling times between
about 20 and 80 min at 37◦C. Under these circumstances it is
only necessary to measure τ to determine the chromosome replication
pattern since τ equals I, and C and D are constants. On
the other hand, in some strains C and D can be quite different,
usually longer. During slow growth, one and sometimes
two gaps in DNA synthesis appear in the cycle. When τ is
between C and C + D min in duration, a gap exists at the end
of the cycle during part or all of D. When τ is longer than
C + D min, a gap also exists at the start of the cycle, designated
the B period. But again, all of this can be seen by simply
drawing the sequences as shown here with the appropriate values
for the parameters. This analysis disregards dispersions in
the values for the parameters in individual cells in a culture,
but the purpose of the preceding was merely to display what
happens in a single, average cell without regard to population
variability.
My hope is that anyone who would like to run some experiments
on synchronously dividing bacteria will try the procedure
described here and see how simple yet useful the baby machine
can be. I also hope the handy method for visualizing chromosome
replication during the cell cycle will be found useful.
Acknowledgments
I wish to thank Valerie LeBleu for preparation of the video of the
baby machine procedure and for her advice on the technology

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เทียบเท่ากลุ่ม (G) (คูเปอร์และ Helmstetter, 1968) นี้การคำนวณจะแสดงเป็นสีแดงในรูปที่ 7 สำหรับสามเลือกเวลาในการแบ่งรอบที่ (0, 10 และ 15 นาที) อีกครั้ง ตามคิดว่า เป็นการคงอัตราการจำลองแบบระหว่าง C การคำนวณนี้คือแสดงเป็นภาพได้ โดยการบันทึกขอบเขตของโครโมโซมการจำลองแบบอิงเวลามากกว่าระยะ และจากนั้น หารผลรวมของเวลา ด้วย C (40 นาทีในกรณีนี้)ดังแสดงในภาพ เนื้อหาดีเอ็นเอของโครโมโซมโดยเฉลี่ยในการชี้แจงเติบโตวัฒนธรรมสามารถกำหนดได้ ด้วยสมการ:G = τ/Cln2ชม2(C + D) / Τ− 2D/τ ฉันที่τเท่ากับเวลาที่เพิ่มขึ้นเท่านั้นก่อนหน้าแสดงตัวอย่างของวิธีการง่าย ๆ เพื่อร่างวงจรส่วนของเซลล์ที่เติบโตในอัตราใด เติบโตช้าเซลล์จะง่ายต่อการวาดเนื่องจากทับซ้อนน้อยของฉัน + C + Dลำดับ และอื่น ๆ เซลล์การเจริญเติบโตอย่างรวดเร็วมีความซับซ้อนมากเนื่องจากเพิ่มขึ้นทับซ้อนแต่มีการทำอย่างไรถ้าคุณทำตามกฎเพียงวาด I + C + D ลำดับ โดย overthinkingปัญหา เพียงเปลี่ยนค่าสำหรับฉัน C และ D และทำตามคำแนะนำข้างต้น ควรมีความยากลำบากพบ เพิ่มเติมตัวอย่างของขั้นตอนนี้สามารถพบได้ใน Helmstetter (1996) มันสามารถสนุกสนานพิจารณาเซลล์ด้วยคี่ค่าสำหรับฉัน C และ D และจากนั้น ตรวจสอบว่าพวกเขาต้องทำงานเพิ่มเติมบางประเด็นที่ต้องทำ ความคิดในการซ้อนทับกันผม + C + D ลำดับสำหรับทำสำเนาปรากฏขึ้นเพื่อ ใช้กับแบคทีเรียจำนวนมากที่แบ่ง โดยฟิชชันไบนารี แต่ระยะเวลาของแต่ละขั้นตอนอาจแตกต่างกันอย่างมากกับอุณหภูมิ และวัฒนธรรมเงื่อนไข (เช่น Helmstetter et al. 1992 และการอ้างอิงในนั้น) สำหรับสายพันธุ์ของ E. coli หลาย ค่าของ C และ D เป็นประมาณ 20 และ 40 นาทีกับเสแสร้งครั้งระหว่างการเจริญเติบโตประมาณ 20 และ 80 นาทีที่ 37◦C ภายใต้สถานการณ์เหล่านี้เท่าที่จำเป็นในการวัดเพื่อตรวจสอบการจำลองแบบโครโมโซมτรูปแบบตั้งแต่τมีค่าเท่ากับฉัน และ C และ D เป็นค่าคงที่ บนอีก ในบางสายพันธุ์ C และ D จะค่อนข้างแตกต่างกันยาวกว่าปกติ ในระหว่างการเจริญเติบโตช้า หนึ่ง และบางครั้งสองช่องว่างในการสังเคราะห์ดีเอ็นเอปรากฏในวงจร เมื่อτเป็นระหว่าง C และ C + D นาทีในระยะเวลา ช่องว่างที่มีอยู่ในตอนท้ายของวงจรระหว่างส่วนหนึ่งหรือทั้งหมดของ D. เมื่อτมีความยาวมากกว่าC + D นาที ช่องว่างยังอยู่ในช่วงเริ่มต้นของวงจร เขตระยะ B แต่อีกครั้ง ทั้งหมดนี้สามารถดูได้โดยเพียงแค่ลำดับที่วาดตามที่แสดงที่นี่ ด้วยค่าเหมาะสมสำหรับพารามิเตอร์นี้ การวิเคราะห์นี้ละเว้น dispersions ในค่าสำหรับพารามิเตอร์ในแต่ละเซลล์ในวัฒนธรรมแต่วัตถุประสงค์ของก่อนหน้าเป็นเพียงการ แสดงอะไรเกิดขึ้นในเซลล์เดี่ยว เฉลี่ยโดยไม่คำนึงถึงประชากรความแปรปรวนดิฉันหวังว่าทุกคนที่ต้องการรันการทดลองบางอย่างพร้อมแบ่งแบคทีเรียจะพยายามขั้นตอนอธิบายไว้ที่นี่ และดูวิธีที่เรียบง่าย แต่มีประโยชน์เด็กเครื่องได้ ยังหวังว่าวิธีการมีประโยชน์สำหรับการแสดงโครโมโซมการจำลองแบบในระหว่างรอบเซลล์จะพบว่ามีประโยชน์Acknowledgmentsผมขอขอบคุณ Valerie LeBleu สำหรับเตรียมวิดีโอของการเด็กเครื่องขั้นตอนและคำแนะนำของเธอบนเทคโนโลยี

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เทียบเท่าจีโนม (g) (คูเปอร์และ Helmstetter, 1968) นี้
คำนวณจะแสดงเป็นสีแดงในรูปที่ 7 สำหรับสามครั้งเลือก
ในวงจรส่วนที่ (0, 10, และ 15 นาที) ตามอีกครั้งใน
ความคิดที่ว่าอัตราการจำลองแบบคงที่ในช่วง C, การคำนวณนี้
เป็นส่วนใหญ่มองเห็นได้อย่างง่ายดายโดยการบันทึกขอบเขตของโครโมโซม
จำลองแบบขึ้นอยู่กับเวลามากกว่าระยะทางและ
แล้วหารผลรวมของครั้งโดย C (40 นาทีในกรณีนี้ )
ตามที่ปรากฏ เนื้อหาของโครโมโซมดีเอ็นเอเฉลี่ยในชี้แจง
วัฒนธรรมการเจริญเติบโตสามารถกำหนดด้วยสมการ:
g = τ / Cln2
H
2
(C + D) / τ - 2
D / τฉัน
. ที่τเท่ากับเวลาสองเท่า
ก่อนหน้านี้แสดงให้เห็นตัวอย่างของ วิธีง่ายๆในการวาด
วงจรการแบ่งตัวของเซลล์เติบโตในอัตราใด ๆ ช้าลงการเจริญเติบโตของ
เซลล์จะง่ายต่อการวาดเนื่องจากการทับซ้อนกันน้อยของฉัน + C + D
ลำดับและเซลล์ที่เติบโตขึ้นอย่างรวดเร็วมีความซับซ้อนมากขึ้นเนื่องจาก
การทับซ้อนกันเพิ่มขึ้น แต่ยังคงง่ายที่จะทำถ้าคุณทำตามกฎ
ของเพียงแค่การวาดผม + C + ลำดับ D โดยไม่ต้อง overthinking
ปัญหา เพียงแค่เปลี่ยนค่าสำหรับฉัน, C, และ D และปฏิบัติตาม
คำแนะนำในวรรคก่อน ควรยากจะ
พบตัวอย่างเพิ่มเติมของขั้นตอนนี้สามารถพบได้
ใน Helmstetter (1996) ก็สามารถที่จะให้ความบันเทิงที่จะต้องพิจารณาเซลล์ที่มี
ค่าที่แปลกสำหรับผม, C และ D และแล้วกำหนดวิธีการที่พวกเขาจะต้อง
ปฏิบัติตน.
ชี้ไม่กี่เพิ่มเติมจะต้องทำ ความคิดของการทับซ้อนกัน
ฉัน + C + D ลำดับสำหรับการทำสำเนาจะปรากฏขึ้นเพื่อนำไปใช้
กับแบคทีเรียจำนวนมากที่หารด้วยสองเซลล์ แต่ระยะเวลา
ของแต่ละขั้นตอนจะแตกต่างกันมากกับอุณหภูมิและ
สภาพวัฒนธรรม (เช่น Helmstetter et al., 1992 และการอ้างอิง
ในนั้น) สำหรับหลาย ๆ คน E. coli สายพันธุ์ค่าสำหรับ C และ D มี
ประมาณ 40 และ 20 นาทีกับการเจริญเติบโตเป็นสองเท่าครั้งระหว่าง
ประมาณ 20 และ 80 นาทีที่37◦C ภายใต้สถานการณ์เหล่านี้เป็น
สิ่งที่จำเป็นเท่านั้นที่จะวัดτเพื่อตรวจสอบการจำลองโครโมโซม
รูปแบบตั้งแต่τเท่ากับผมและ C และ D มีค่าคงที่ บน
มืออื่น ๆ ที่ในบางสายพันธุ์ C และ D จะแตกต่างกันมาก
มักจะได้อีกต่อไป ในช่วงการเจริญเติบโตช้าหนึ่งและบางครั้ง
สองช่องว่างในการสังเคราะห์ดีเอ็นเอปรากฏในวงจร เมื่อτคือ
ระหว่าง C และ C + D นาทีในระยะเวลาช่องว่างที่มีอยู่ในตอนท้าย
ของวงจรในส่วนหรือทั้งหมดของ D. เมื่อτมีความยาวมากกว่า
C + D นาที, ช่องว่างยังอยู่ในช่วงเริ่มต้นของวงจรที่ กำหนด
ระยะเวลาข แต่อีกครั้งทั้งหมดนี้สามารถมองเห็นได้โดยเพียงแค่
การวาดภาพลำดับที่แสดงที่นี่ด้วยค่าที่เหมาะสม
สำหรับพารามิเตอร์ การวิเคราะห์นี้สภาพแวดล้อมกระจายใน
ค่าสำหรับพารามิเตอร์ในแต่ละเซลล์ในวัฒนธรรมที่
แต่วัตถุประสงค์ของการก่อนหน้านี้เป็นเพียงที่จะแสดงสิ่งที่
เกิดขึ้นในครั้งเดียวเซลล์เฉลี่ยโดยไม่คำนึงถึงประชากร
แปรปรวน.
ฉันหวังว่าทุกคนที่อยากจะ เรียกใช้การทดสอบบางอย่าง
เกี่ยวกับการหารพร้อมแบคทีเรียจะพยายามขั้นตอน
อธิบายไว้ที่นี่และดูวิธีการที่เรียบง่ายและมีประโยชน์เครื่องทารก
สามารถ ฉันยังหวังว่าวิธีการที่มีประโยชน์สำหรับการแสดงผลโครโมโซม
จำลองแบบในช่วงวัฏจักรของเซลล์จะพบว่ามีประโยชน์.
ขอบคุณ
ผมขอขอบคุณ Valerie LEBLEU สำหรับการเตรียมการของวิดีโอของ
ขั้นตอนเครื่องทารกและคำแนะนำของเธอกับเทคโนโลยี

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

จีโนมเทียบเท่า ( G ) ( คูเปอร์และ Helmstetter , 1968 ) นี้การคำนวณจะแสดงในสีแดงในรูปที่ 7 สามเลือกครั้งในรอบดิวิชั่น ( 0 , 10 , 15 นาที ) อีกครั้งขึ้นอยู่กับการคิดที่อัตราคงที่ในระหว่างการคำนวณ Cได้ง่ายที่สุด โดยบันทึกภาพ ขนาดของโครโมโซมคำตอบขึ้นอยู่กับระยะทางและเวลามากกว่า ,แล้วหารผลรวมของเวลาโดย C ( 40 นาที ) ในกรณีนี้ตามรูป เนื้อหาจากโครโมโซมเฉลี่ยในการชี้แจงปลูกวัฒนธรรมสามารถกำหนดด้วยสมการ :g = τ / cln2H2( C + D ) / τ− 2D / τฉันที่τเท่ากับสองเท่าของเวลาก่อนหน้านี้แสดงให้เห็นตัวอย่างของวิธีการที่ง่ายในการวาดส่วนวงจรของเซลล์เติบโตในอัตราใด เติบโตช้าลงเซลล์จะง่ายต่อการวาดเนื่องจากน้อยทับซ้อนกันของชั้น + C + Dลําดับ , และเติบโตอย่างรวดเร็วเซลล์จะซับซ้อนมากขึ้น เนื่องจากเพิ่มทับซ้อนกัน แต่ยังทำง่ายถ้าคุณทำตามกฎแค่วาด I + C + D ) โดยไม่ overthinkingปัญหา เพียงแค่เปลี่ยนค่าสำหรับฉัน C และ D และตามคําแนะนําในย่อหน้าก่อนหน้านี้ . ควรมีความยากเป็นพบตัวอย่างเพิ่มเติมของขั้นตอนนี้สามารถพบใน Helmstetter ( 1996 ) มันสามารถนั่งพิจารณาเซลล์กับคี่ค่าสำหรับฉัน C และ D แล้วกำหนดวิธีการที่พวกเขาต้องทำตัวดีๆ นะจุดเพิ่มเติมบางอย่างต้องทำ ความคิดที่ซ้อนทับกันผม + C + D ) จะใช้สำหรับการทำซ้ำมีแบคทีเรียที่แยกจากถึงเงิน แต่ระยะเวลาของแต่ละขั้นตอนจะแตกต่างกันมากกับอุณหภูมิเงื่อนไขวัฒนธรรม ( เช่น Helmstetter et al . , 1992 และการอ้างอิงในนั้น ) หลาย E . coli สายพันธุ์ , ค่าของ C และ D เป็นประมาณ 40 และ 20 นาที 2 ครั้งระหว่างการเติบโตด้วย20 และ 80 นาทีที่ 37 ◦ C ภายใต้สถานการณ์เหล่านี้มันคือแต่ต้องวัดτเพื่อศึกษาโครโมโซมซ้ำรูปแบบตั้งแต่τเท่ากับผม และ C และ D เป็นค่าคงที่ บนมืออื่น ๆ ในบางสายพันธุ์ C และ D จะแตกต่างกันค่อนข้างปกติอีกต่อไป ในระหว่างการเจริญเติบโตช้า และบางครั้งสองช่องว่างในการสังเคราะห์ดีเอ็นเอปรากฏในรอบ เมื่อτคือระหว่าง C และ C + D มินในระยะเวลา ช่องว่างที่มีอยู่ในตอนท้ายจากวงจรในส่วนหรือทั้งหมดของ d เมื่อτยาวกว่าC + D มิน ช่องว่างยังอยู่ในช่วงเริ่มต้นของรอบเขตบี ระยะเวลา แต่อีก ทั้งหมดนี้สามารถเห็นได้โดยง่ายภาพวาดลำดับที่แสดงที่นี่ด้วยค่าเหมาะสมสำหรับพารามิเตอร์ การวิเคราะห์นี้จะไม่สนใจการกระจายในค่าสำหรับพารามิเตอร์ในเซลล์แต่ละเซลล์ในวัฒนธรรมแต่จุดประสงค์ของที่ผ่านมาเป็นเพียงการแสดงอะไรเกิดขึ้นในเซลล์เดียว เฉลี่ยโดยไม่เกี่ยวข้องกับประชากรความผันแปรความหวังของฉันคือว่าใครที่อยากทำการทดลองบางอย่างบน synchronously แบ่งแบคทีเรียจะลองขั้นตอนที่อธิบายไว้ที่นี่ และดูเรียบง่าย แต่มีประโยชน์เครื่องที่รักสามารถ ผมก็หวังว่าวิธีที่สะดวกสำหรับการสร้างภาพที่ซ้ำในช่วงวัฏจักรเซลล์จะพบว่ามีประโยชน์กิตติกรรมประกาศฉันต้องการที่จะขอบคุณเรา lebleu สำหรับการเตรียมวิดีโอของเด็กเครื่องขั้นตอนและคำแนะนำของเธอบนเทคโนโลยี