Steered molecular dynamics (SMD) si

Steered molecular dynamics (SMD) simulations, or force probe simulations, apply forces to a protein in order to manipulate its structure by pulling it along desired degrees of freedom. These experiments can be used to reveal structural changes in a protein at the atomic level. SMD is often used to simulate events such as mechanical unfolding or stretching.[40]

There are two typical protocols of SMD: one in which pulling velocity is held constant and one in which applied force is constant. Typically, part of the studied system (e.g. an atom in a protein) is restrained by a harmonic potential. Forces are then applied to specific atoms at either a constant velocity or a constant force. Umbrella sampling is used to move the system along the desired reaction coordinate by varying, for example, the forces, distances, and angles manipulated in the simulation. Through umbrella sampling, all of the system's configurations—both high-energy and low-energy—are adequately sampled. Then, each configuration's change in free energy can be calculated as the potential of mean force.[41] A popular method of computing PMF is through the weighted histogram analysis method (WHAM), which analyzes a series of umbrella sampling simulations

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

นำแบบจำลองโมเลกุล dynamics (SMD) หรือโพรบจำลองบังคับ ใช้กองกำลังกับโปรตีนเพื่อจัดการกับโครงสร้าง โดยการดึงไปตามองศาที่ต้องการความเป็นอิสระ การทดลองนี้ใช้เพื่อแสดงการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างโปรตีนในระดับอะตอม มักจะมีใช้ไฟเพื่อจำลองเหตุการณ์เช่นแฉกล หรือยืด [40]มีสองโปรโตคอลทั่วไปของ SMD: หนึ่งที่ดึงความเร็วจัดขึ้นคงและเป็นหนึ่งในแรงที่ไม่คง โดยปกติ เป็นส่วนหนึ่งของระบบการศึกษา (เช่นอะตอมในโปรตีน) ถูกยับยั้ง โดยศักยภาพฮาร์โมนิก กองกำลังที่มีใช้แล้วกับอะตอมเฉพาะที่ความเร็วคงหรือแรงคง ใช้ร่มสุ่มตัวอย่างการย้ายระบบไปตามปฏิกิริยาที่ต้องการ โดยแตกต่างกัน เช่น กองกำลัง ระยะทาง และมุมที่จัดการในการจำลอง ผ่านการสุ่มตัวอย่าง การกำหนดค่าของระบบทั้งหมดร่ม — ทั้งพลังงานสูง และ พลังงานต่ำ — เป็นตัวอย่างเพียงพอ แล้ว เปลี่ยนแปลงการกำหนดค่าแต่ละพลังงานฟรีสามารถคำนวณเป็นศักยภาพของแรงหมายถึง [41]นิยมวิธีคำนวณ PMF เป็นผ่านวิธีวิเคราะห์กราฟถ่วงน้ำหนัก (WHAM), ซึ่งชุดของจำลองร่มสุ่มตัวอย่าง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

นำการเปลี่ยนแปลงโมเลกุล (SMD) การจำลองหรือบังคับจำลองการสอบสวนใช้กองกำลังกับโปรตีนในการที่จะจัดการกับโครงสร้างของมันโดยการดึงมันไปพร้อมองศาที่ต้องการของเสรีภาพ การทดลองเหล่านี้สามารถนำมาใช้เพื่อแสดงให้เห็นถึงการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างโปรตีนในระดับอะตอม SMD มักจะถูกใช้ในการจำลองเหตุการณ์เช่นวิศวกรรมแฉหรือยืด [40]. มีสองโปรโตคอลตามแบบฉบับของ SMD: หนึ่งที่ดึงความเร็วจะจัดขึ้นอย่างต่อเนื่องและหนึ่งในสิ่งที่นำมาใช้มีผลบังคับใช้เป็นค่าคงที่ โดยปกติแล้วส่วนหนึ่งของระบบการศึกษา (เช่นอะตอมในโปรตีน) จะถูกยับยั้งโดยศักยภาพฮาร์โมนิ กองกำลังถูกนำมาใช้แล้วอะตอมที่เฉพาะเจาะจงอย่างใดอย่างหนึ่งที่ความเร็วคงที่หรือแรงอย่างต่อเนื่อง การสุ่มตัวอย่างร่มจะใช้ในการย้ายระบบพร้อมปฏิกิริยาที่ต้องการการประสานงานที่แตกต่างกันโดยยกตัวอย่างเช่นกองกำลังระยะห่างและมุมจัดการในการจำลอง ผ่านการสุ่มตัวอย่างร่มทั้งหมดของการกำหนดค่าทั้งระบบพลังงานสูงและต่ำพลังงานเป็นตัวอย่างอย่างเพียงพอ จากนั้นเปลี่ยนไปในแต่ละการกำหนดค่าของพลังงานฟรีสามารถคำนวณเป็นศักยภาพของแรงเฉลี่ย. [41] วิธีที่นิยมของคอมพิวเตอร์ PMF คือผ่านการวิเคราะห์ histogram ถ่วงน้ำหนักวิธี (ตี) ซึ่งวิเคราะห์ชุดของการจำลองร่มสุ่มตัวอย่าง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ชี้ทางพลศาสตร์โมเลกุล ( SMD ) จำลอง , จำลองหรือบังคับเครื่องใช้บังคับกับโปรตีนเพื่อการจัดการกับโครงสร้างโดยดึงตามองศาที่ต้องการเสรีภาพ การทดลองเหล่านี้สามารถใช้เพื่อแสดงการเปลี่ยนแปลงเชิงโครงสร้างของโปรตีนในระดับอะตอม SMD มักจะใช้เพื่อจำลองเหตุการณ์ เช่น เครื่องจักรกล แฉ หรือยืด [ 40 ]มีอยู่สองโปรโตคอลโดยทั่วไปของ SMD ซึ่งหนึ่งในการดึงความเร็วจะจัดขึ้นอย่างต่อเนื่องและหนึ่งในที่บังคับใช้จะคงที่ โดยทั่วไปแล้ว ส่วนหนึ่งของการศึกษาระบบ ( เช่นอะตอมในโปรตีน ) ถูกยับยั้งโดยศักยภาพฮาร์มอนิ กําลังจะใช้กับอะตอมที่เฉพาะเจาะจงที่ให้ความเร็วคงที่ หรือแรงคงที่ ร่มการสุ่มตัวอย่างที่ใช้เข้าระบบตามต้องการประสานงานโดยปฏิกิริยาแตกต่างกัน เช่น แรง ระยะทางและมุมที่ใช้ในการจำลอง ผ่านร่มการสุ่มตัวอย่างทั้งหมดของระบบการกำหนดค่าสูงและพลังงานต่ำอย่างเพียงพอ ทั้งการเก็บข้อมูล แล้วการปรับแต่งค่าของแต่ละการเปลี่ยนแปลงพลังงานอิสระสามารถคำนวณตามศักยภาพหมายถึงแรง [ 41 ] เป็นวิธีที่นิยมใช้ในระบบคอมพิวเตอร์ผ่านการวิเคราะห์กราฟถ่วงน้ำหนักวิธีการ ( แวม ) ซึ่งวิเคราะห์ชุดของร่มจำลองการสุ่มตัวอย่าง