The cellulose bound fraction was se

The cellulose bound fraction was separated by SDS-PAGE (MiniProtean II, Bio-
Rad). The polypeptides were separated into fractions by cutting the sample lane into
18 pieces according to apparent molecular weight (S1–S18). The polypeptides were
then digested with trypsin for LC/MS/MS analysis (Ettan Spot Handling Workstation
User Manual 18-1153-55 Edition AC, GE Healthcare Biosciences, Uppsala, Sweden).
The tryptic peptides were resuspended with 0.1% formic acid and analyzed on a
Finnigan LTQ Linear Ion Trap Mass Spectrometer (Thermo Electron, San Jose, CA).
The peptide mixtures were injected and loaded on a peptide trap cartridge (ZORBAX
300SB-C18 column, Agilent, Palo Alto, CA). The peptides were separated in a reversephase
C18 column, 0.18mm×100mm, 5m particle size (Thermo Electron). The
mobile phases used were A (water), and B (acetonitrile) containing 0.1% formic acid.
The flow rate was maintained at 100l/min. The phase B gradient was started at 7%,
followed by a linear gradient to 60% in 30 min, 65–80% in 5min and held for 5min,
and finally a linear gradient decrease to 7% in 2min. Peptide ions were detected in
a survey scan from 400amu to 1600amu followed by one data dependent MS/MS
scan (isolation width 3 amu, 25% CID energy, dynamic exclusion for 180 s). AllMS/MS
spectra were searched using BioworkTM 3.3 software (Sequest algorithm) against the
NCBI-nr database using the following criteria: enzyme trypsin; static modification of
cysteine (+57.05130 Da); and differential modification of methionine (+15.99940).
The search results were filtered by cross-correlation versus charge state (+1≥1.5,
+2≥2.0, +3≥2.5) and protein probability (p < 1.00E−3).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เป็นแยกเศษผูกเซลลูโลส โดย SDS-เพ (MiniProtean II ไบโอ-Rad) สายใยถูกแยกออกเป็นเศษส่วน โดยตัดเลนอย่างเป็น18 ชิ้นตามน้ำหนักโมเลกุลชัดเจน (S1 – S18) สายใยถูกแล้ว ถูกย่อย ด้วย trypsin LC/MS/MS วิเคราะห์ (Ettan จุดการจัดการเวิร์กสเตชันผู้ใช้คู่มือ 18-1153-55 รุ่น AC, GE สุขภาพออก อุปซาลา สวีเดน)เปปไทด์ tryptic resuspended กับกรดฟอร์มิก 0.1% และวิเคราะห์ในการFinnigan LTQ ดักไอออนเชิงมวลสเปกโตรมิเตอร์ (เทอร์โมอิเล็กตรอน San Jose, CA)ผสมเปปไทด์ถูกฉีด และโหลดบนตลับหมึกกับดักเปปไทด์ (ZORBAX300SB C18 คอลัมน์ Agilent พาโลอัลโต CA) แยกตัวเปปไทด์ในการ reversephaseคอลัมน์ C18, 0.18 มม. × 100 มม. 5 เมตรขนาดอนุภาค (ให้อิเล็กตรอน) การ(น้ำ), และ B (acetonitrile) 0.1% กรดฟอร์มิกที่ประกอบด้วยระยะเคลื่อนที่ใช้ได้อัตราการไหลถูกเก็บรักษาไว้ที่ 100 ลิตร/นาที การไล่ระดับสีระยะ B เริ่มต้นที่ 7%ตาม ด้วยการไล่ระดับสีเชิงเส้นเป็น 60% ใน 30 นาที 65 – 80% ใน 5 นาที และรอ 5 นาทีและในที่สุดก็ ตรวจพบเชิงเส้นไล่ระดับลดลงไป 7% 2 นาทีเปปไทด์ไอออนในการสแกนแบบสำรวจจากการ์เดี้ยน 400 เพื่อการ์เดี้ยน 1600 ตาม ด้วยข้อมูลหนึ่งขึ้นกับ MS/MSสแกน (แยกกว้าง 3 การ์เดี้ยน CID พลังงาน 25% ยกเว้นแบบไดนามิกสำหรับ 180 s) AllMS/MSค้นสเปกตรัมโดยใช้ซอฟต์แวร์ BioworkTM 3.3 (อัลกอริทึม Sequest) กับการฐานข้อมูล NCBI ยางพาราโดยใช้เกณฑ์ต่อไปนี้: เอนไซม์ทริปซิน ปรับเปลี่ยนคงcysteine (+57.05130 Da); และปรับเปลี่ยนความแตกต่างของเมไทโอนีน (+15.99940)กรองผลการค้นหา โดยใช้สหสัมพันธ์ข้ามเมื่อเทียบกับค่าสถานะ (+ 1≥1.5+ 2≥2.0 + 3≥2.5) และโปรตีนน่าเป็น (p < 1.00E−3)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เซลลูโลสผูกพันส่วนถูกแยกออกโดยวิธี SDS-PAGE (MiniProtean ครั้งที่สอง Bio-
ราด) polypeptides ถูกแยกออกเป็นเศษส่วนโดยการตัดช่องทางที่กลุ่มตัวอย่างออกเป็น
18 ชิ้นตามน้ำหนักโมเลกุล (S1-S18) polypeptides ถูก
ย่อยแล้วกับ trypsin สำหรับ LC / MS / MS วิเคราะห์ (Ettan จุดการจัดการเวิร์คสเตชั่
คู่มือการใช้งาน 18-1153-55 รุ่น AC, GE Healthcare ชีววิทยาศาสตร์, Uppsala, สวีเดน).
เปปไทด์ทริปซิ resuspended กับกรดฟอร์มิ 0.1% และวิเคราะห์ ใน
กับดักฟินนิกัน LTQ เชิงเส้นไอออนมวล Spectrometer (เทอร์โมอิเลคตรอน, San Jose, CA).
ผสมเปปไทด์ถูกฉีดและโหลดบนตลับดักเปปไทด์ (ZORBAX
คอลัมน์ 300SB-C18, Agilent, พาโลอัลโต) เปปไทด์ที่ถูกแยกออกใน reversephase
C18 คอลัมน์ 0.18mm × 100 มม 5? Size M อนุภาค (เทอร์โมอิเลคตรอน)
ขั้นตอนการใช้โทรศัพท์มือถือเป็น (น้ำ) และ B (acetonitrile) ที่มีกรดฟอร์มิ 0.1%.
อัตราการไหลที่ได้รับการเก็บรักษาไว้ที่ 100 ลิตร / นาที ลาดเฟส B เริ่มต้นที่ 7%
ตามมาด้วยการไล่ระดับสีเชิงเส้นถึง 60% ใน 30 นาที, 65-80% ใน 5 นาทีและจัดขึ้นเป็นเวลา 5 นาที,
และในที่สุดก็ลดลงลาดเชิงเส้น 7% ใน 2 นาที ไอออนเปปไทด์ถูกตรวจพบใน
การสแกนจากการสำรวจ 400amu เพื่อ 1600amu ตามด้วยหนึ่งขึ้นอยู่กับข้อมูล MS / MS
Scan (แยกกว้าง 3 Amu 25% พลังงาน CID ยกเว้นแบบไดนามิกสำหรับ 180 s) AllMS / MS
สเปกตรัมถูกค้นหาโดยใช้ BioworkTM 3.3 ซอฟแวร์ (อัลกอริทึม Sequest) กับ
ฐานข้อมูล NCBI NR-โดยใช้เกณฑ์ต่อไปนี้: trypsin เอนไซม์; การปรับเปลี่ยนคงที่ของ
cysteine ​​(57.05130 ดา); และการปรับเปลี่ยนค่าของ methionine (15.99940).
ผลการค้นหาถูกกรองโดยข้ามความสัมพันธ์เมื่อเทียบกับค่าใช้จ่ายของรัฐ (+ 1≥1.5,
+ 2≥2.0 + 3≥2.5) และน่าจะเป็นโปรตีน (p <1.00E-3)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เซลลูโลสจำกัดส่วนแยกถูก ( miniprotean ไบโอ - 2ราด ) ส่วนโปรตีนออกเป็นเศษส่วน โดยการตัดเลนในตัวอย่าง18 ชิ้นตามน้ำหนักโมเลกุลปรากฏ ( S1 ) s18 ) ส่วนโปรตีนคือแล้วตัดด้วยเอนไซม์เพื่อการวิเคราะห์ LC / MS / MS ( ettan จุดการจัดการเวิร์กสเตชันคู่มือผู้ใช้ 18-1153-55 รุ่น AC , GE Healthcare ชีววิทยาศาสตร์ อุปซอลา , สวีเดน )มีเปปไทด์อาหารถูก resuspended กับ 0.1% กรดและวิเคราะห์ในฟินนิกัน ltq เส้นไอออนกับดักแมสสเปกโตรมิเตอร์ ( Thermo อิเล็กตรอน , San Jose , CA )เปปไทด์ผสมและฉีดไว้ในตลับ ( zorbax กับดัก เปปไทด์300sb-c18 คอลัมน์ , Agilent , พาโลอัลโต , แคลิฟอร์เนีย ) การแยกจากกันใน reversephase เปปไทด์คอลัมน์ c18 0.18mm × 100 มม. , 5M ขนาดอนุภาค ( อิเล็กตรอนร้อน ) ที่ขั้นตอนการใช้บริการ ( น้ำ ) และ B ( ไน ) ที่ประกอบด้วย 0.1% กรด .อัตราการไหลไว้ที่ 100L / นาที ระยะ B ไล่ระดับเริ่มต้นที่ 7 บาทตามลาดเชิงเส้น 60 % ใน 30 นาที 65 – 80% ใน 5 นาที 5 นาที และขึ้น ,และในที่สุดการเชิงเส้นลดลง 7% ใน 2min . เปปไทด์ไอออนถูกตรวจพบในการสำรวจการสแกนจาก 400amu 1600amu ตามด้วยหนึ่งขึ้นอยู่กับข้อมูล MS / MSสแกน ( การแยกกว้าง 3 อามุ 25% CID พลังงาน ยกเว้นแบบไดนามิกสำหรับ 180 วินาที ) allms / MSสเปกตรัมถูกตรวจค้นโดยใช้ซอฟต์แวร์ bioworktm 3.3 ( อัลกอริทึม sequest ) กับฐานข้อมูล ncbi ยางธรรมชาติโดยใช้เกณฑ์ต่อไปนี้ : เอนไซม์ทริปซิน ; คงดัดแปลงซิสเทอีน ( + 57.05130 ดา ) และการปรับความแตกต่างของเมทไธโอนีน ( + 15.99940 )ผลการค้นหาถูกกรองโดย cross-correlation เมื่อเทียบกับค่าใช้จ่ายของรัฐ ( + 1 ≥ 1.5 ,+ 2 + 3 ≥≥ 2.0 , 2.5 ) และความน่าจะเป็นโปรตีน ( P < 1.00e − 3 )