Sweet basil (Ocimum basilicum), one

Sweet basil (Ocimum basilicum), one of the most popular cultivated herbs worldwide, displays a number of varieties differing in several characteristics, such as the color of the leaves. The development of a reference transcriptome for sweet basil, and the analysis of differentially expressed genes in acyanic and cyanic cultivars exposed to natural sunlight irradiance, has interest from horticultural and biological point of views. There is still great uncertainty about the significance of anthocyanins in photoprotection, and how green and red morphs may perform when exposed to photo-inhibitory light, a condition plants face on daily and seasonal basis. We sequenced the leaf transcriptome of the green-leaved Tigullio (TIG) and the purple-leaved Red Rubin (RR) exposed to full sunlight over a four-week experimental period. We assembled and annotated 111,007 transcripts. A total of 5,468 and 5,969 potential SSRs were identified in TIG and RR, respectively, out of which 66 were polymorphic in silico. Comparative analysis of the two transcriptomes showed 2,372 differentially expressed genes (DEGs) clustered in 222 enriched Gene ontology terms. Green and red basil mostly differed for transcripts abundance of genes involved in secondary metabolism. While the biosynthesis of waxes was up-regulated in red basil, the biosynthesis of flavonols and carotenoids was up-regulated in green basil. Data from our study provides a comprehensive transcriptome survey, gene sequence resources and microsatellites that can be used for further investigations in sweet basil. The analysis of DEGs and their functional classification also offers new insights on the functional role of anthocyanins in photoprotection.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

กะเพรา (กะเพรา basilicum), หนึ่งที่นิยมปลูกทั่วโลก สมุนไพรแสดงจำนวนของสายพันธุ์ที่แตกต่างกันในหลายลักษณะ เช่นสีของใบไม้ การพัฒนา transcriptome อ้างอิงสำหรับโหระพา และการวิเคราะห์ของงูแสดงยีนในการสัมผัสกับแสงแดดธรรมชาติ irradiance พันธุ์ acyanic และ cyanic ชัดเจน มีความสนใจพืชสวน และชีวภาพจุดของมุมมอง มีดียังไม่แน่นอนเกี่ยวกับความสำคัญของ anthocyanins ใน photoprotection และวิธีการที่อาจทำการเปลี่ยนรูปร่างสีเขียว และสีแดงเมื่อสัมผัสกับภาพยับยั้ง แสง ใบพืชสภาพบนพื้นฐานประจำวัน และฤดูกาล เราเรียงลำดับ transcriptome ใบที่ใบเขียว Tigullio (TIG) และใบสีม่วงแดงรูบิน (RR) สัมผัสกับแสงแดดเต็มที่ตลอดระยะการทดลอง 4 สัปดาห์ เราประกอบ และคำอธิบายประกอบใบ 111,007 รวมศักยภาพ 5,468 และ 5,969 SSRs ถูกระบุใน TIG และ RR ตามลำดับ 66 ซึ่งได้ polymorphic ในรูปดอกไม้ วิเคราะห์เปรียบเทียบของ transcriptomes สองที่แสดงให้เห็นว่า 2,372 งูแสดงยีน (DEGs) คลัสเตอร์ใน 222 อุดมยีนภววิทยาเงื่อนไข ใบกะเพราสีเขียว และสีแดงส่วนใหญ่แตกต่างกันสำหรับใบความอุดมสมบูรณ์ของยีนที่เกี่ยวข้องในการเผาผลาญรอง ในขณะที่สังเคราะห์ของไขที่กำหนดขึ้นในใบกะเพราแดง สังเคราะห์ flavonols และแคโรทีนอยด์ถูกควบคุมขึ้นในกะเพราสีเขียว ข้อมูลจากการศึกษาของเรามีการสำรวจครอบคลุม transcriptome ทรัพยากรลำดับยีน และ microsatellites ที่สามารถใช้สำหรับการสืบสวนเพิ่มเติมในโหระพา วิเคราะห์ DEGs และการจำแนกพวกเขาทำงานยังมีความเข้าใจในบทบาทหน้าที่ของ anthocyanins ใน photoprotection

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โหระพา (Ocimum basilicum) ซึ่งเป็นหนึ่งในสมุนไพรที่ได้รับการปลูกฝังที่นิยมมากที่สุดทั่วโลกแสดงจำนวนของสายพันธุ์ที่แตกต่างกันในหลายลักษณะเช่นสีของใบ การพัฒนาของยีนอ้างอิงสำหรับโหระพาและการวิเคราะห์การแสดงออกของยีนที่แตกต่างกันใน acyanic และไซยานิกพันธุ์สัมผัสกับรังสีแสงแดดธรรมชาติที่มีความสนใจจากจุดที่พืชสวนและทางชีวภาพของมุมมอง ยังคงมีความไม่แน่นอนที่ดีเกี่ยวกับความสำคัญของ anthocyanins ใน photoprotection และวิธีการที่ morphs เขียวและสีแดงอาจดำเนินการเมื่อสัมผัสกับแสงภาพถ่ายยับยั้งสภาพพืชเผชิญในชีวิตประจำวันและพื้นฐานตามฤดูกาล เราติดใจยีนใบสีเขียวใบ Tigullio (TIG) และสีม่วงใบสีแดงรูบิน (RR) สัมผัสกับแสงแดดเต็มรูปแบบในช่วงระยะเวลาการทดลองสี่สัปดาห์ เราประกอบและข้อเขียน 111,007 จิตบำบัด รวมเป็น 5,468 และ 5,969 SSRs ศักยภาพที่ถูกระบุใน TIG และ RR ตามลำดับออกจากที่ 66 เป็น polymorphic ใน silico การวิเคราะห์เปรียบเทียบของทั้งสองแสดงให้เห็นราน 2,372 ยีนแสดงออกที่แตกต่างกัน (degs) กลุ่มใน 222 อุดมแง่ยีนอภิปรัชญา สีเขียวและสีแดงใบโหระพาแตกต่างกันส่วนใหญ่สำหรับใบรับรองผลการเรียนความอุดมสมบูรณ์ของยีนที่เกี่ยวข้องในการเผาผลาญรอง ในขณะที่การสังเคราะห์ของแว็กซ์ได้รับการขึ้นควบคุมในโหระพาสีแดง, สีสังเคราะห์ของ flavonols และ carotenoids ก็ขึ้นควบคุมในสีเขียวใบโหระพา ข้อมูลจากการศึกษาของเรายังมีการสำรวจยีนที่ครอบคลุมทรัพยากรลำดับของยีนและไมโครที่สามารถใช้สำหรับการตรวจสอบต่อไปในโหระพา การวิเคราะห์และการจำแนก degs การทำงานของพวกเขายังมีข้อมูลเชิงลึกใหม่เกี่ยวกับบทบาทหน้าที่ของ anthocyanins ใน photoprotection

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โหระพา ( แมงลักโหระพา ) , หนึ่งนิยมปลูกสมุนไพรทั่วโลก แสดงจำนวนของสายพันธุ์ที่แตกต่างกันในหลายลักษณะ เช่น สีของใบ การพัฒนาทราน ริปโตมอ้างอิงสำหรับโหระพาและการวิเคราะห์ยีนที่แสดงออกแตกต่างกันใน acyanic cyanic พันธุ์ดังกล่าวและได้รับแสงแดดธรรมชาติมีความสนใจจากพืชสวนและชี้ทางชีวภาพของมุมมอง ยังคงมีความไม่แน่นอนเกี่ยวกับความสำคัญที่ยิ่งใหญ่ของแอนโทไซยานินใน photoprotection และวิธีการสีเขียวและกลายเป็นสีแดงอาจแสดงเมื่อสัมผัสกับภาพว่าแสง , ภาพพืชใบหน้าทุกวันและตามฤดูกาล . เราทำการใบทราน ริปโตมของ tigullio ทิ้งสีเขียว ( TIG ) และจากสีม่วงแดง รูบิน ( RR ) สัมผัสกับแสงแดดเต็มรูปแบบกว่าสี่สัปดาห์สัปดาห์ เรารวบรวมและบันทึกย่อ 111007 รายงาน รวม 5468 5969 ssrs และศักยภาพที่ถูกระบุในทิกและ RR ตามลำดับ จากที่ 66 ( polymorphic ในซิลิโค . การวิเคราะห์เปรียบเทียบสอง transcriptomes พบ 1627 แสดงออกแตกต่างกันยีน ( degs ) เป็นกลุ่มใน 222 อุดมยีนอภิปรัชญาเงื่อนไข สีแดงและสีเขียวเป็นส่วนใหญ่ มีใบกะเพราให้ความอุดมสมบูรณ์ของยีนที่เกี่ยวข้องในระดับการเผาผลาญ ในขณะที่การสังเคราะห์ไขสามารถในกระเพราแดง การสังเคราะห์ และคาโรทีนอยด์ ฟลาโวนอลสามารถในใบเขียว ข้อมูลจากการศึกษาของเรามีการสำรวจครอบคลุมลำดับยีนทราน ริปโตม , ทรัพยากรและไมโครแซเทลไลต์ที่สามารถใช้สำหรับการตรวจสอบต่อไปในใบโหระพา การวิเคราะห์และ degs แบ่งตามหน้าที่ของตนยังเสนอข้อมูลเชิงลึกใหม่ในบทบาทการทำงานของแอนโทไซยานินใน photoprotection .