Single nucleotide polymorphisms (SN

Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are important DNA markers for genetic studies. However, the number of SNPs is limited in important aquaculture species. We have identified 23,535 high quality SNPs in genes of Nile tilapia (Oreochromis niloticus) by analyzing the available RNA-seq data. Among them, 17,699 SNPs were mapped onto 22 linkage groups (LG) using in silico mapping. The number of mapped SNPs ranged from 332 on LG2 to 1148 on LG16_21 with an average number of 805 SNPs/LG. The mapped SNPs were located in 7146 genes. This SNP resource will be useful in monitoring the genetic diversity and mapping QTL for genetic improvement of tilapia species. We further studied the relationships among individuals from four populations (GIFT, O. niloticus, Red tilapia and O. mossambicus) using 101 SNPs from LG23. Ninety-four SNPs (~ 93%) were polymorphic in the tested populations. Red tilapia (77%) had the highest number of informative markers than GIFT (69%), Nile tilapia (56%), and Mozambique tilapia (12%). Significant population structure was detected through phylogenic and population structure analysis. The Red tilapia individuals were closely related to Mozambique tilapia, but were split into several subclades, confirming that red tilapia is a hybrid admixture of different resources of tilapias.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

นิวคลีโอไทด์เดี่ยว polymorphisms (SNPs) คือ ดีเอ็นเอเครื่องหมายที่สำคัญสำหรับการศึกษาทางพันธุกรรม อย่างไรก็ตาม จำนวน SNPs ถูกจำกัดในการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำที่สำคัญสายพันธุ์ เราได้ระบุ 23,535 คุณภาพ SNPs ในยีนของนิล (Oreochromis niloticus) โดยการวิเคราะห์ข้อมูลลำดับอาร์เอ็นเอ ในหมู่พวกเขา 17,699 SNPs ถูกแมปไปยัง 22 เชื่อมโยงกลุ่ม (LG) ใช้ในการแม็ป silico จำนวน SNPs แมปที่อยู่ในช่วงจาก 332 ใน LG2 ไป 1148 ใน LG16_21 มีการเฉลี่ยของ SNPs 805 LG. SNPs แมปมีอยู่ในยีน 7146 ทรัพยากร SNP นี้จะเป็นประโยชน์ในการตรวจสอบความหลากหลายทางพันธุกรรม และการแม็ป QTL ปรับปรุงพันธุกรรมของสายพันธุ์ปลานิล เราได้ศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างบุคคลจากประชากรสี่ (ของขวัญ โอ niloticus ปลานิลแดง และหมอเทศโอ) เพิ่มเติมโดยใช้ SNPs 101 จาก LG23 ไนน์ตี้โฟร์ SNPs (~ 93%) มี polymorphic ในประชากรที่ผ่านการทดสอบ ปลานิลแดง (77%) มีจำนวนสูงสุดของเครื่องหมายข้อมูลของขวัญ (69%), นิล (56%), และโมซัมบิกนิล (12%) โครงสร้างประชากรที่สำคัญคือพบ โดย phylogenic และการวิเคราะห์โครงสร้างประชากร นิลแดงบุคคลใกล้ชิดเกี่ยวข้องกับโมซัมบิกนิล แต่ถูกแบ่งออกเป็นหลาย subclades ยืนยันว่า ปลานิลแดงจะผลิตแบบผสมผสานของทรัพยากรต่าง ๆ ของ tilapias

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

หลากหลายเดี่ยวเบื่อหน่าย (SNPs) เป็นเครื่องหมายดีเอ็นเอที่สำคัญสำหรับการศึกษาทางพันธุกรรม อย่างไรก็ตามจำนวนของ SNPs มีข้อ จำกัด ในสายพันธุ์ที่เพาะเลี้ยงสัตว์น้ำที่สำคัญ เราได้ระบุ 23,535 SNPs ที่มีคุณภาพสูงในยีนของปลานิล (Oreochromis niloticus) โดยการวิเคราะห์ข้อมูล RNA-seq ที่มีอยู่ ในหมู่พวกเขา 17,699 SNPs ถูกแมปไปยัง 22 กลุ่มเชื่อมโยง (LG) ที่ใช้ในการทำแผนที่ silico จำนวน SNPs แมปตั้งแต่ 332 เมื่อ LG2 เพื่อ 1148 เมื่อ LG16_21 กับค่าเฉลี่ยของจำนวน 805 SNPs / LG SNPs แมปตั้งอยู่ใน 7146 ยีน ทรัพยากร SNP นี้จะเป็นประโยชน์ในการตรวจสอบความหลากหลายและการทำแผนที่ QTL ทางพันธุกรรมในการปรับปรุงทางพันธุกรรมของปลานิลสายพันธุ์ เรายังได้ศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างบุคคลจากสี่ประชากร (ของขวัญทุมนิล, ปลานิลสีแดงและทุม mossambicus) โดยใช้ 101 SNPs จาก LG23 เก้าสิบสี่ SNPs (~ 93%) เป็น polymorphic ในประชากรที่ผ่านการทดสอบ ปลานิลแดง (77%) มีจำนวนสูงสุดของเครื่องหมายข้อมูลกว่าของขวัญ (69%), ปลานิล (56%), และโมซัมบิกปลานิล (12%) โครงสร้างประชากรที่สําคัญที่ตรวจพบผ่านวิวัฒนาการและโครงสร้างประชากรวิเคราะห์ สีแดงปลานิลบุคคลที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับประเทศโมซัมบิกปลานิล แต่ถูกแบ่งออกเป็นหลาย subclades ยืนยันว่าปลานิลสีแดงเป็นส่วนผสมไฮบริดของทรัพยากรที่แตกต่างกันของปลานิล

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ซิงเกิลนิวคลีโอไทด์พอลิเมอร์ฟิซึม ( snps ) เป็นเครื่องหมายดีเอ็นเอที่สำคัญสำหรับการศึกษาทางพันธุกรรม อย่างไรก็ตาม หมายเลขของ snps จำกัดในสายพันธุ์ที่เพาะเลี้ยงสัตว์น้ำที่สำคัญ เราได้ระบุ 23535 คุณภาพสูง snps ในยีนของปลานิลที่เลี้ยง โดยการวิเคราะห์ของ RNA seq ข้อมูล ในหมู่พวกเขา 17699 snps ถูกแมปไปยัง 22 กลุ่มเชื่อมโยง ( LG ) ใช้ในการทำแผนที่ซิลิโค .หมายเลขแผนที่ snps มีค่าจาก 332 ใน lg2 เพื่อเราบน lg16_21 ที่มีจำนวน 805 snps / LG . การแมป snps ตั้งอยู่ใน 7146 ยีน ทรัพยากร SNP นี้จะเป็นประโยชน์ในการตรวจสอบความหลากหลายทางพันธุกรรม และ QTL แผนที่สำหรับการปรับปรุงพันธุกรรมของปลานิลสายพันธุ์ เรายังได้ศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างบุคคลจากสี่ประชากร ( ของขวัญ , o . niloticus , ปลานิลสีแดงและ Omossambicus ) ใช้ 101 snps จาก lg23 . เก้าสิบสี่ snps ( ~ 93 เปอร์เซ็นต์ตามลำดับในการทดลองจำนวนประชากร ปลานิลสีแดง ( 77 เปอร์เซ็นต์ ) มีจำนวนมากที่สุดของข้อมูลเครื่องหมายมากกว่าของขวัญ ( 69% ) , ปลานิล ( 56% ) และโมซัมบิก ปลานิล ( 12% ) โครงสร้างประชากรที่ตรวจพบผ่านวิวัฒนาการและประชากร การวิเคราะห์โครงสร้างปลานิลสีแดงที่บุคคลได้รับเกี่ยวข้องกับโมซัมบิก ปลานิล แต่ถูกแบ่งออกเป็นหลาย subclades ยืนยันปลานิลสีแดงที่เป็นสารผสมของทรัพยากรที่แตกต่างกันของปลานิล .