2.2. Phylogenetic analyses to defin

2.2. Phylogenetic analyses to define lineage group

Before the phylogenetic analyses, models test implemented in jModelTest v2.1.6 (Darriba et al., 2012) was conducted to investigate the most appropriate DNA substitution model among the 88 candidate models for each segment based on a fixed BioNJ-JC tree, under the Akaike Information Criterion (AIC). As a result, the general time reversible (GTR) with a gamma distribution of rates among sites (G) was applied for the best substitution model for all analyses. Maximum likelihood (ML) phylogenetic trees were inferred for each segment using raxmlGUI v.1.3, which includes the executable files of RAxML v.7.4.2 (Silvestro and Michalak, 2011 and Stamatakis, 2006). For the robustness of individual nodes on the phylogeny, a bootstrap resampling process (100 replications) was used and then summarized with 50% majority rule consensus trees computed by the SumTrees script implemented in DendroPyv.3.3.1 (Sukumaran and Holder, 2010). In all analyses, the sequence of A/equine/Prague/1/56 (H7N7) served as an outgroup because it was found to be the closest to the influenza B virus as a pre-divergent lineage in NP and PB2 (Gorman et al., 1991 and Gorman et al., 1990); otherwise, the most distant group was used for the outgroup (e.g., Avian lineage in NS segment).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.2 phylogenetic วิเคราะห์เพื่อกำหนดกลุ่มเชื้อสายก่อน phylogenetic วิเคราะห์ รุ่น jModelTest v2.1.6 (Darriba et al. 2012) ในการทดสอบการตรวจสอบแบบแทนดีเอ็นเอที่เหมาะสมที่สุดในรุ่น 88 ผู้สมัครแต่ละเซ็กเมนต์ตามต้นไม้ BioNJ JC ถาวร ภายใต้เงื่อนไขข้อมูล Akaike (AIC) เป็นผล ทั่วไปเวลากลับ (GTR) ด้วยการแจกแจงแกมมาอัตราในไซต์ (G) ถูกใช้สำหรับแทนรูปแบบที่ดีที่สุดสำหรับการวิเคราะห์ทั้งหมด ต้นไม้ phylogenetic โอกาสสูงสุด (ML) ได้ข้อสรุปแต่ละเซ็กเมนต์ที่ใช้ raxmlGUI v.1.3 ซึ่งรวมถึงแฟ้มปฏิบัติการของ v.7.4.2 RAxML (เพสเอลเวเทีย และ Michalak, 2011 และ Stamatakis, 2006) สำหรับความแข็งแกร่งของแต่ละโหนบนมหาการ กระบวนการ resampling เริ่ม (ระยะ 100) ถูกใช้ และสรุปแล้ว 50% ส่วนใหญ่กฎมติต้นคำนวณ โดยสคริปต์ SumTrees มา DendroPyv.3.3.1 (Sukumaran และใส่ 2010) ในการวิเคราะห์ทั้งหมด ลำดับของ A/ม้า/ปราก/1/56 (H7N7) ทำหน้าที่เป็น outgroup การเนื่องจากมันพบจะ ใกล้เคียงกับไวรัสไข้หวัดใหญ่ B เป็นเชื้อสายที่แตกต่างก่อน NP และ PB2 (Gorman et al. 1991 และ Gorman et al. 1990); มิฉะนั้น กลุ่มอยู่ห่างที่ใช้สำหรับ outgroup (เช่น นกเชื้อสายใน NS)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.2 phylogenetic วิเคราะห์เพื่อกำหนดกลุ่มเชื้อสายก่อนที่จะมีการทดสอบ Phylogenetic วิเคราะห์รูปแบบการดำเนินการใน jModelTest v2.1.6 (Darriba et al., 2012) ได้ดำเนินการตรวจสอบรูปแบบดีเอ็นเอทดแทนที่เหมาะสมมากที่สุดในหมู่ 88 รุ่นผู้สมัครสำหรับแต่ละกลุ่มอยู่บนพื้นฐานของ BioNJ คงที่ ต้นไม้ -JC ภายใต้ Akaike ข้อมูลเกณฑ์ (AIC) เป็นผลให้ในเวลาพลิกกลับทั่วไป (GTR) มีการกระจายรังสีแกมมาของอัตราในเว็บไซต์ (G) ถูกนำมาใช้สำหรับรุ่นทดแทนที่ดีที่สุดสำหรับการวิเคราะห์ทั้งหมด ความน่าจะเป็นสูงสุด (ML) ต้นไม้ที่ถูกอนุมานสำหรับแต่ละกลุ่มใช้ raxmlGUI v.1.3 ซึ่งรวมถึงไฟล์ปฏิบัติการของ RAxML v.7.4.2 (Silvestro และ Michalak 2011 และ Stamatakis 2006) เพื่อความแข็งแรงของโหนดแต่ละเชื้อชาติที่เป็นกระบวนการ resampling บูต (100 ซ้ำ) ถูกนำมาใช้และสรุปได้ 50% ส่วนใหญ่ต้นไม้กฎฉันทามติคำนวณโดยสคริปต์ SumTrees ดำเนินการใน DendroPyv.3.3.1 (Sukumaran และ Holder 2010) แล้ว ในการวิเคราะห์ทั้งหมดลำดับของ A / ม้า / ปราก / 1/56 (H7N7) ทำหน้าที่เป็น outgroup เพราะมันถูกพบว่ามีความใกล้เคียงกับเชื้อไวรัสไข้หวัดใหญ่ B เป็นเชื้อสายก่อนที่แตกต่างกันใน NP และ PB2 (กอร์แมน, et al . ปี 1991 และกอร์แมน, et al, 1990). มิฉะนั้นกลุ่มไกลที่สุดที่ใช้สำหรับ outgroup (เช่นเชื้อสายไข้หวัดนกในส่วน NS)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.2 . การวิเคราะห์ phylogenetic เพื่อกำหนดกลุ่มเชื้อสายก่อนการวิเคราะห์ phylogenetic แบบทดสอบที่ใช้ใน jmodeltest v2.1.6 ( darriba et al . , 2012 ) มีวัตถุประสงค์ เพื่อศึกษาการใช้รูปแบบดีเอ็นเอที่เหมาะสมที่สุดของผู้สมัครแต่ละกลุ่มตามแบบถาวร bionj JC ต้นไม้ ภายใต้เกณฑ์เคราะห์ข้อมูล ( AIC ) เป็นผลให้ , ทั่วไปเวลากลับ ( GTR ) มีการแจกแจงแกมมาของอัตราระหว่างไซต์ ( G ) ใช้ทดแทนรุ่นที่ดีที่สุดสำหรับวิเคราะห์ข้อมูล ความน่าจะเป็นสูงสุด ( มิลลิลิตร ) ซึ่งมีทั้งต้นไม้แต่ละส่วนใช้ raxmlgui v.1.3 ซึ่งรวมถึงแฟ้มที่ปฏิบัติการได้ของ raxml v.7.4.2 ( silvestro และ มิชาลัก , 2011 และ stamatakis , 2006 ) เพื่อความทนทานของแต่ละโหนดในระบบเชื้อชาติ , บูกระบวนการสุ่มซ้ำ ( 100 ) ) ถูกใช้ แล้วสรุปด้วย 50% กฎส่วนใหญ่ฉันทามติต้นไม้คำนวณโดย sumtrees สคริปต์ที่ใช้ใน dendropyv . 3.3.1 ( sukumaran และผู้ถือ , 2010 ) ในการวิเคราะห์ลำดับ / ม้า / ปราก / 1 / 56 ( h7n7 ) ในฐานะที่เป็นกลุ่ม เนื่องจากพบจะใกล้เคียงกับไข้หวัดใหญ่ไวรัสเป็น pre อเนกเชื้อสายใน NP และ แบบเคลื่อนที่ ( กอร์แมน et al . , 1991 และ กอร์แมน et al . , 1990 ) ; มิฉะนั้น ไกลมากที่สุด คือ กลุ่มที่ใช้สำหรับกลุ่ม ( เช่นไข้เชื้อสายใน 2 ส่วน )